应用PCR-DGGE技术分析福寿螺胃肠道菌群

为了探究福寿螺消化纤维素的生理机制,本研究采用PCR-DGGE技术分析了福寿螺胃肠内容物的菌群结构。无菌条件下采集福寿螺胃、肠内容物,提取细菌总DNA;以通用引物扩增细菌16S rDNA V3区;DGGE电泳,回收、克隆、测定DGGE优势条带。结果表明,雌雄福寿螺胃肠菌群结构相同,均为22种细菌;10个明显条带的序列分别与气单胞菌属（Aeromonas sp）、希瓦氏菌属（Shewanella sp）、粘质沙雷菌（Serratia marcescens）、肠杆菌属（Enterobacter）、铁单胞菌属（Ferrimonas sp）和5个不可培养的细菌的16S rDNA V3区序列高度相似。分离到2株细菌,其中1株为腐败希瓦氏菌。     

患根肿病的上海青根内生菌组成和结构的研究

旨在优化植物根内生菌高通量测序分析技术,更好地解析健康与患根肿病上海青根内生菌之间的差异。采用高通量测序方法,对其16S rDNA的V3-V4区进行扩增,并通过合适的软件和数据库进行菌群分析。结果表明,植物内生菌受植物叶绿体DNA的干扰大,平均叶绿体数据占67%。上海青根内生微生物菌群具有丰富的多样性,主要由变形菌门、放线菌门、拟杆菌门和厚壁菌门细菌组成,优势种群为假单胞菌,根瘤菌,芽孢杆菌,以及链霉菌等。健康样品的稳定性较好,不同患根肿病样品之间菌群比例差异较大。研究显示,根肿病侵染对上海青根内生菌群的结构和组成有较为显著的影响。     

青麦仁冻藏期内菌相分析及优势菌的分离鉴定

为了对青麦仁冻藏期间微生物进行控制,本研究利用选择性培养基对冻藏期间青麦仁的菌相进行分析,应用形态学观察、生理生化鉴定和16S rDNA序列分析法鉴定速冻青麦仁的优势菌株,探讨青麦仁冻藏期内菌相构成及优势微生物种类。结果表明,青麦仁冻藏期内细菌总数为3.76 lg(CFU/g),经分离纯化后得到特异性细菌菌株28株、真菌3株,菌落基本形态观察及菌落总数计数得到速冻青麦仁中优势菌群3株,经生理生化鉴定及16S rDNA序列测定可知速冻青麦仁中的3株优势菌分别为:QX-1鞘氨醇单胞菌属、QX-4微杆菌属和QX-26不动杆菌属。     

龙眼采后腐烂相关细菌与真菌的分离与鉴定

采用稀释涂布平板法,从龙眼腐烂果实中分离细菌和真菌,并结合菌落形态观察以及16S rDNA和ITS序列分析对所分离的细菌和真菌进行鉴定。结果表明,采用稀释涂布平板法,从龙眼腐烂果实中分离得到11株细菌和7株真菌。菌落形态观察以及16S rDNA和ITS序列分析结果表明,所分离的细菌主要鉴定为奥斯陆莫拉菌、短小芽胞杆菌、柠檬明串珠菌、肠膜状明串珠菌和东方醋酸菌。所分离的真菌主要鉴定为淡色生赤壳菌、葡萄座腔菌科真菌、间座壳菌、疖葡萄座腔菌和木贼镰孢菌。从龙眼腐烂果实中分离到的细菌和真菌目前在龙眼采后病害中未见相关报道,对于其致病性检测还有待于进一步的回接验证,以明确导致采后龙眼果实腐烂的主导微生物。     

南京市春季不同功能区大气微生物群落结构及多样性分析

研究旨在明确南京市不同功能区大气降尘中的微生物多样性分布规律,为控制某些空气传播的微生物病原菌提供理论依据。采用3种空气采样方法对比,通过PCR扩增、基因克隆、RFLP和序列分析对南京市3个不同功能区(NAU, NBG, XWG)的空气降尘进行细菌16S rDNA及真菌18S rDNA分析。结果显示,芽孢杆菌属(Bacillus),假单孢菌属(Pseudomona)及微球菌属(Micrococcus)在南京春季空气细菌中占比较大;而青霉属(Penicillium)、曲霉属(Aspergillus)、链格菌属(Alternaria)及挫孔菌属(Sistotrema)是真菌优势菌属。同时,空气微生物中也存在粘质沙雷氏菌等条件致病菌。该试验确定了春季南京市不同功能区细菌真菌丰度及多样性分布规律,为江苏省乃至全国对空气质量的监测及对大气微生物的研究提供了可行性方法。     

生物替代对黄顶菊根际土壤真菌群落多样性的影响

为了揭示外来植物入侵的土壤微生物学机制,基于18S rDNA的PCR-DGGE图谱分析,同时结合土壤养分的变化进行分析,对入侵植物黄顶菊不同替代控制下的土壤中真菌群落的多样性进行比较分析。DGGE图谱分析结果表明：替代处理后黄顶菊入侵地土壤真菌群落结构发生了显著变化,替代处理前后18S rDNA基因泳道带型的相似度只有45%,并且替代处理后土壤18S rDNA的多样性指数仅为2.04,显著低于单种黄顶菊的2.78;另外,不同植物群落土壤真菌多样性指数分别与有机质、微生物量碳显著正相关,而与速效磷显著负相关。替代处理降低了黄顶菊根际土壤真菌群落多样性、进而影响到土壤养分状况,形成了不利于黄顶菊生长的土壤环境,实现了对其替代防控。     

基于高通量测序的金钗石斛种子内生菌群落结构组成分析

本研究基于免培养和高通量测序技术,对金钗石斛种子内生菌16 S rDNA V 4区和ITS 1区扩增序列进行分析,揭示内生菌的组成和丰度。结果表明:扩增的内生细菌16 S rDNA序列归为13 OTUs,隶属于变形菌门(Proteobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria);其中变形菌门为优势门,泛菌属(Pantoea)为优势属;香农指数、辛普森指数和Chao 1指数分别为1.82、0.69和11.00。内生真菌序列归为14个OTUs,隶属于子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和接合菌门(Zygomycota);其中子囊菌门为优势门,德巴利酵母属(Debaryomyces)为优势属;香农指数、辛普森指数和Chao1指数分别为0.57、0.79和14.13。金钗石斛种子的内生细菌与内生真菌具有一定的多样性。此研究为进一步促进金钗石斛种子萌发及幼苗栽培具有一定的指导意义。     

变性梯度凝胶电泳法研究季节变化对散养芦花鸡肠道菌群的影响

为探究季节变化对鸡肠道菌群的影响,本文采用PCR-DGGE的方法研究了冬、春、夏季散养芦花鸡盲肠和小肠内的微生物群落结构变化。结果显示,随着季节的改变,散养芦花鸡肠道菌群结构变化较大,盲肠和小肠中夏季菌群结构与冬季相比只有66.7%、62.5%的相似度。盲肠微生物菌群多样性要明显高于小肠,但季节对盲肠和小肠微生物菌群的影响不同。相较于春季肠道菌群,冬季、夏季环境会导致盲肠菌群多样性降低,而导致小肠菌群多样性提高。盲肠中的共性菌为巨单胞菌属、拟杆菌属、梭菌属,小肠中的共性菌主要为乳杆菌。盲肠共性菌的数量随季节变化不大,小肠内不同种类乳杆菌的数量随季节变化较大。这些实验结果为根据季节变化在鸡饲料中添加不同的益生菌提供理论指导。     

基于高通量测序患炭疽病草莓根际与健康草莓根际细菌群落的比较研究

研究旨在比较患炭疽病草莓与健康草莓根际土壤细菌群落多样性,了解其细菌群落生态特征,为找到有效的生防菌奠定基础。本研究基于土壤细菌16S rDNA V3-V4区基因多样性,利用Illumina Miseq高通量测序技术进行比较研究。研究得出：与健康对照相比,患病土壤细菌的OTUs数目及多样性指数均较低;在门水平上,变形菌门、拟杆菌门、浮霉菌门等是2种生境共有的优势类群;在属水平上,2种生境的优势菌丰度有差异,患病土壤的假单胞菌属丰度显著降低,气单胞菌属丰度显著升高;而且,健康土壤的解毒类菌、固氮菌、光合菌和硝化菌丰度均高于患病土壤。健康草莓根际土壤细菌丰富度及多样性均高于患病草莓,2种生境细菌菌群结构有差异,且健康土壤中对植物有益的功能微生物群体含量高于患病土壤。     

应用PCR-DGGE技术研究储藏小麦中的真菌多样性

弄清粮食储藏期间真菌的种类及其生长演变规律是实现储粮减损的重要前提。本研究着眼于储粮真菌的种类问题,以储藏小麦为载体,将PCR-DGGE技术应用于储粮真菌多样性的分析中。研究结果表明本次储藏小麦样品中生长的真菌主要为帚状曲霉、枯叶格孢腔菌、枝孢菌和假丝酵母。虽然在DGGE的谱图中出现了一些非真菌条带,但是这些条带与真菌的条带明显分布在两个区域,不会影响到真菌条带的分析。研究结果确立了PCR-DGGE技术用于储粮生态体系中真菌多样性分析的流程和方法,为利用此技术监测储粮生态系统中的真菌种类奠定了基础,并为建立储粮真菌生长演变谱图数据库积累了部分初步资料。     

入侵植物薇甘菊和三叶鬼针草对土壤细菌群落的影响

【研究目的】通过比较外来植物薇甘菊和三叶鬼针草对入侵地土壤细菌群落的影响,以期揭示外来植物入侵的土壤微生物学机制。【方法】基于16S rDNA的PCR-DGGE图谱分析,结合条带割胶回收DNA进行序列分析的方法,对入侵植物薇甘菊和三叶鬼针草在广州不同入侵程度的土壤中细菌群落的多样性及优势类群进行比较分析。【结果】DGGE图谱分析结果表明：薇甘菊重度入侵与轻度入侵、重度入侵与未入侵样品中的细菌群落结构的相似性分别为59.6%和54.2%;三叶鬼针草重度入侵与轻度入侵、重度入侵与未入侵样品中的细菌群落结构的相似性分别为60.0%和58.6%。DGGE图谱中特异性条带序列分析表明：薇甘菊和三叶鬼针草入侵引起变化的优势菌群为与α、β、γ变形菌纲和芽孢杆菌有很近亲缘关系的不可培养细菌。【结论】2种入侵植物在不同入侵程度土壤中改变了土壤细菌群落的组成和种类,有可能形成有利于自身生长的微环境,以便于进一步扩张。     

森林生态系统中主要功能微生物的研究进展

森林土壤微生物是生态系统中重要的组成部分,其结构与功能对森林生态系统物质循环具有重要的作用。主要阐述了土壤功能微生物在不同森林类型中的差异;介绍了主要功能微生物在森林生态系统中的作用;概述了氨氧化微生物、产甲烷古菌和甲烷氧化细菌、反硝化细菌和真菌等主要功能微生物的相关研究进展;分析了森林植被类型和土壤理化性质对森林生态系统中微生物影响的研究成果。提出了森林功能微生物研究的发展方向。     

黑腹果蝇和斑翅果蝇肠道可培养的细菌多样性分析

为了了解斑翅果蝇Drosophila suzukii和黑腹果蝇D. melanogaster可培养的肠道细菌多样性。本研究将2种果蝇卵中及幼虫、蛹和成虫肠道中的细菌分别进行分离纯化,并利用16srDNA基因分析的方法鉴定。结果显示,在2种果蝇的不同发育阶段中,卵中的细菌数量最少,而幼虫肠道中最多,且斑翅果蝇中细菌的数量显著多于黑腹果蝇。2种果蝇共分离出31种细菌,以变形菌门细菌为主。斑翅果蝇和黑腹果蝇中细菌的种类分别为20和21种,其中相同种类的细菌为13种。斑翅果蝇肠道内比较稳定的细菌种类为弗氏柠檬酸杆菌Citrobacter freundii、产酸克雷伯菌Klebsiella oxytoca、金黄杆菌属Chryseobacterium sp.、形赖氨酸芽孢杆菌Lysinibacillus fusiformis,黑腹果蝇肠道内比较稳定的细菌种类为醋酸菌Acetobacter thailandicus、类芽孢杆菌Paenibacillus taichungensis、雷氏普罗威登斯Providencia rettgeri、摩氏摩根菌Morganella morganii。因此,不同发育阶段的斑翅果蝇和黑腹果蝇肠道中细菌的数量和种类均有差别。     

耕作方式对燕麦田土壤微生物群落多样性的影响

为探究不同耕作方式对燕麦田土壤微生物群落多样性的影响,丰富土壤微生物的种类与数量,设置机械免耕和传统翻耕2种耕作方式,分别于燕麦拔节期和灌浆期取0~20cm土壤样品,用16S rRNA测序技术和ITS测序技术分别对土壤细菌和真菌进行测序,分析微生物群落多样性与差异性。结果表明,在免耕处理下,土壤微生物的种类更多,丰度更高。优势度分析显示,真菌优势菌门为子囊菌门和担子菌门;细菌优势菌门为放线菌门、变形菌门和酸杆菌门。因此,免耕处理较传统翻耕处理提高了土壤微生物多样性,为燕麦田耕作方式的选择提供理论依据。     

氮磷钾配施对丘北辣椒土壤微生物数量及其相关性的影响

采用微生物培养法研究NPK配施对云南省丘北辣椒旺盛生长期、开花座果期和盛果期土壤细菌、放线菌、真菌、自生固氮菌、纤维分解菌、钾细菌、有机磷细菌和无机磷细菌数量的影响,对不同类群微生物数量进行相关分析,结果表明：NPK配施增加辣椒旺盛生长期的8类土壤微生物,开花座果期的土壤细菌、自生固氮菌、钾细菌和有机磷细菌,盛果期的土壤真菌、自生固氮菌和钾细菌的数量。N︰P2O5︰K2O比例为12︰10︰14的处理增加的辣椒土壤微生物数量最多。NPK配施增强丘北辣椒土壤不同类群微生物数量间的相关性,其中,自生固氮菌和纤维分解菌呈极显著正相关,自生固氮菌和纤维分解菌均与钾细菌呈极显著负相关,有机磷细菌与其它生理类群微生物呈极显著正或负相关。     

茶饼病病叶表面微生物多样性及病害真菌的分离鉴定

为了分析茶饼病病叶表面微生物多样性，分离鉴定病叶上真菌微生物。以茶饼病病叶与健康叶片为试材，采用扫描电镜对叶表面进行观察，利用16S和ITS测序分析不同叶片的细菌与真菌群落组成。在茶饼病病害叶片表面检测到113种细菌，252种真菌；健康叶片上检测到237种细菌，161种真菌。病叶细菌的多样性显著低于健康叶片，病叶真菌的多样性高于健康叶片。与健康叶片相比，枝孢属和拟盘多毛孢属真菌在病叶中丰度较低，被孢霉属丰度较高。采用PDA培养基从感病叶片表面分离鉴定获得了枝状枝孢菌，该菌可能在茶饼病的感染过程中发挥着重要作用。茶饼病感染后茶叶表面微生物群落结构发生显著变化，分离鉴定出的枝状枝孢菌可能与茶饼病的致病过程密切相关。