鸡ApoB基因多态位点与生长和体组成性状的相关性研究

载脂蛋白B(Apolipoprotein B,ApoB)是血浆脂蛋白的主要成分,对脂类代谢具有重要的调控作用。本研究以东北农业大学高、低腹脂双向选择品系第9世代仔鸡为试验材料,对鸡ApoB基因进行SNP检测,分析ApoB基因多态性与生长和体组成性状的关系。根据鸡基因组测序结果提供的SNP,发现鸡ApoB基因5′调控区的-112A>G、3′调控区的9 bp插入缺失以及exon26上T>G的同义突变3个突变位点在研究群体中存在多态性。统计分析结果表明,5′调控区的-112A>G突变位点和3′调控区的插入缺失突变位点对7周龄体重和屠体重有显著影响(P<0.05),exon26上T>G对屠体重有显著影响(P<0.05),对7周龄体重有一定的影响(P<0.01)。本研究首次推测ApoB基因可能是影响鸡体重的主效基因或与影响该性状的主效基因紧密连锁。     

高邮鸭IGF-1基因SNP位点变异与骨骼肌生长发育相关性分析

胰岛素样生长因子1(IGF-1)是动物生长轴重要基因之一,在调节动物生长发育和代谢中具有重要作用。采用LDR法检测IGF-1基因在高邮鸭群体中多态性,筛选与高邮鸭骨骼肌生长性状相关SNP位点。结果表明,在IGF-1基因第二内含子上检测到g.110 431GT突变,形成GG、GT、TT三种基因型,该突变位点具有中度多态信息含量,在高邮鸭中处于哈代-温伯非平衡状态。相关分析表明,该突变位点与70日龄体重、胸腿肌重、胸肌肌纤维面积和直径、腿肌肌纤维密度显著相关,可作为高邮鸭生长发育早期选育分子标记。     

鸡PRLR基因多态位点检测及其与产蛋性状的关联分析

以催乳素受体基因(prolactin receptor,PRLR)作为影响鸡产蛋性能的候选基因,采用连接酶检测反应(ligase detection reaction,LDR)对378只四明香鸡B系的PRLR基因进行多态性检测,并利用最小二乘法分析了4个突变位点SNP1(C11390G),SNP2(A14952G),SNP3(A14969C)和SNP4(A14984G)与鸡134日龄体重、65周体重、65周产蛋数和300日龄产蛋数的相关性。单位点分析结果显示SNP2/SNP3/SNP4完全连锁,且其位点多态性对300日龄产蛋数影响显著(P0.05),G/A/G基因型300日龄产蛋数显著高于A/C/A基因型7枚(P0.05);SNP1位点多态性与鸡134日龄体重、65周体重、300日龄产蛋数和65周产蛋数均无显著关联(P0.05)。单倍型分析结果发现存在3种单倍型,即H1(CACA),H2(GACA)和H3(CGAG),不同单倍型对300日龄产蛋数差异显著(P0.05),表现出H3(CGAG)H2(GACA)H1(CACA)的趋势,且H3(CGAG)基因型的300日龄产蛋数比H1(CACA)基因型高7.33枚(P0.05)。结果表明,PRLR基因中H3(CGAG)为有利单倍型,可作为提高鸡群产蛋性能潜在的分子标记。     

CAPN1基因4685位点与肉质嫩度相关性研究

[目的]探索延边黄牛与草原红牛钙蛋白酶I(CAPN1)基因4685位点对肉质嫩度的影响。[方法]采用PCR-RFLP技术对草原红牛、延边黄牛CAPN1基因第14内含子区4685位点进行基因多态性与肉质嫩度进行分析,验证该位点在吉林省地方品种牛中的作用。[结果]该位点与肉质嫩度相关检测指标(蒸煮损失、肌纤维直径、剪切力、滴水损失等)密切相关,均表现为T等位基因的存在能够显著提高个体的嫩度水平,但该位点与pH无关。4685位点与屠宰性状(净肉重、胴体重、净肉率等)无关,仅与眼肌面积存在一定的相关性。[结论]延边黄牛与草原红牛CAPN1基因4685位点与肉质嫩度存在密切相关。     

甘南牦牛GDF-10基因多态与生产性状的相关性分析

【目的】GDF-10基因又称作骨形成蛋白3b,最早通过骨形成蛋白寡聚核苷酸序列的PCR扩增所得,与骨骼的形成和发育有关。很多研究已经表明GDF-10基因在骨骼的形态变化过程中发挥着重要作用。本实验通过研究甘南牦牛GDF-10基因多态性与生产性状间的相关性,证明GDF-10基因与骨骼发育的相关性,发现与牦牛生产性状相关的分子标记,为加快牦牛选育进程,提高牦牛生产性能提供参考。【方法】以298头甘南牦牛血样为材料,随机选取其中的30个DNA样混合组成DNA池,设计9对引物对GDF-10基因外显子1,2和3进行扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶回收后测序。运用BLAST 和Chromas软件通过测序峰图找出突变位点,然后采用高分辨率熔解曲线分析技术（high resolution melting curve,HRM）进行基因型分型和统计等位基因频率。采用SHEsis和PHASE软件对GDF-10基因多态位点进行配对连锁不平衡和单倍型分析,采用SPSS17.0进行基因多态位点与生产性状关联性分析。【结果】检测到甘南牦牛GDF-10基因外显子3的 3个多态位点12116（G/A）、12152（C/T）、和13041（T/C）。群体遗传学分析显示,3个多态位点均表现为低度多态（PIC＜0.25）;?2检验表明牦牛群体在13041（T/C）位点未达到Hardy-Weinberg平衡（P＜0.05）,其它两个多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P＞0.05）;多态位点配对连锁不平衡分析发现,三个突变位点之间存在弱连锁平衡;关联分析表明,甘南牦牛GDF-10基因不同突变位点的基因型与体斜长、体高、胸围、体重差异显著或极显著（P＜0.05或P＜0.001）,与管围差异不显著（P＞0.05）;单倍型分析后在群体中发现了7种单倍型组合,其中ATC和ATT组合与牦牛的体尺性状和体重显著相关。【结论】甘南牦牛GDF-10基因3个多态位点和两个单倍型组合与牦牛的体高、体长、体重和胸围显著相关,可以尝试作为牦牛生产性状的候选分子标记,为牦牛遗传资源的保护、开发与新品种的选育提供科学依据。     

秦川牛及其杂种牛POU1F1基因多态与生长性能相关性

 本研究首次利用PCR-RFLP技术研究相同季节4月（±10 d）龄纯种秦川牛（QQ）及杂种牛秦安（AQ）、秦德（DQ）、秦利(LQ) 4个群体164个个体POU1F1基因多态性及其与体重、体尺等生长性状指标之间的相关性。结果表明， QQ及AQ、DQ、LQ群体POU1F1-HinfI基因座的451 bp 的PCR产物被限制性酶HinfI消化后表现多态性，它们的等位基因A/B频率分别为：0.232/0.768、0.333/0.667、0.178/0.822和0.181/0.819，且均处于Hardy-Weinberg平衡状态。同时，4个群体POU1F1基因座不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关分析的结果表明，4个群体内AB、BB基因型个体在胸围、十字部高指标上显著高于群体AA型个体（P＜0.05），即BB、AB＞AA（P＜0.05），可作为秦川牛体尺指标(胸围、十字部高)候选基因之一。但在体长指标上均无显著差异（P＞0.05），所以不宜作为体长指标候选基因。初步认为BB基因型为优势基因型，相应地B为优势等位基因，对选择有正向效应。     

鸡白细胞介素-1β基因内含子1、2多态与部分免疫性状的相关性分析

【目的】以白细胞介素-1β(Interleukin-1β,IL-1β)基因为候选基因,研究其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),及其与部分免疫性状的关系。【方法】根据红色原鸡IL-1β基因序列设计引物一对,利用PCR-SSCP方法检测了如皋鸡、文昌鸡以及安卡鸡IL-1β基因内含子1、2的SNP,同时检测了56日龄的血清IL-1浓度、异嗜性粒细胞/淋巴细胞(heterophil/lymphocyte,H/L)值、绵羊红细胞(sheep red blood cell,SRBC)抗体滴度、新城疫(newcastle disease,ND)抗体滴度、禽流感(avian influenza,AI)抗体滴度5个免疫性状,并进一步分析了SNP位点与免疫性状的关系。【结果】共检测出6个SNP位点,分别为T107G突变、T130A突变、C143T突变、A208C突变、T241G突变及T274C突变。经关联分析,发现107、208、241及274位点存在显著的基因型效应(P0.05或P0.01),基因型组合对H/L值及ND抗体滴度两个性状上存在显著效应(P0.05)。【结论】241位点突变型个体3个免疫性状均优于野生型,有望在鸡的抗病育种中筛选为新的标记位点。利用基因型组合选择效果优于对单个位点的选择。     

林麝FSHβ、LHβ基因多态位点与产香性能关联分析

[目的]为加快高产香林麝群体的选育,本文通过分析FSHβ和LHβ基因多态性位点与产香性能的关联性,以期从遗传水平上寻找林麝产香性能标记位点.[方法]研究利用新一代测序技术,采用DNA混池测序方法对100个林麝血液样本进行SNP扫描,重点关注2个候选基因的基因区或上下游2 kb区域;运用质谱分析,对74只林麝的20个候选...     

牛PPARδ基因多态与胴体、肉质性状的相关性分析

以6个牛品种(秦川牛、南阳牛、郏县红牛、鲁西牛、安格斯和夏南牛)共计717个个体为研究对象,采用PCR-SSCP方法与DNA测序相结合的方法,对PPARδ基因全部编码区及部分内含子区域的SNPs位点进行检测,并分析了SNPs位点与秦川牛的部分胴体、肉质性状的相关性。结果表明,在检测样本中,未检测到编码区的突变,仅在PPARδ基因第2内含子上发现了1个61 C→T的突变。χ2检验显示,在该位点,南阳牛和夏南牛处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),其余4个群体均处于Hardy-Wein-berg不平衡状态(P<0.05);除夏南牛群体处于中度多态,其余5个群体均属于低度多态;相关分析表明,61 C→T突变与秦川牛的宰前活重和胴体重显著相关(P<0.05),KK基因型个体的宰前活重显著高于KL和LL基因型个体;KK基因型个体的胴体重也显著高于LL基因型个体。该位点突变可能是影响牛产肉性状的主效QTL或与之紧密连锁的辅助选择标记。     

DRD1及DRD2基因多态性与鸡冠高和体重的相关性

研究鸡DRD1及DRD2基因与冠高和体重的关系。在DRD1和DRD2基因上共选取20个多态位点,对586只宁都三黄鸡的基因型进行检测,分析各位点与77、84及91日龄冠高和体重性状的相关性。结果表明:位于DRD2基因5′侧翼区的位点A-6543G与91日龄体重显著相关(P<0.05),位点C-6539T与91日龄冠高显著相关(P<0.05);DRD1基因编码区上6个多态位点与不同日龄的鸡冠高和体重无显著相关(P>0.05),但由C+765T、C+1011T与G+1065A这3个位点组成的单倍型块与77日龄冠高呈显著的相关性(P<0.05)。研究结果提示:DRD1基因的单倍型块可作为77日龄冠高的辅助选择的有效分子标记;而DRD2基因上A-6543G可作为91日龄体重的有效分子标记,位点C-6539T可为91日龄冠高标记辅助选择提供参考。     

番鸭A-FABP基因单核苷酸多态与生产性状的相关性研究

为了解A-FABP基因单核苷酸多态在番鸭群体中的分布情况,以及单核苷酸多态与生产性能的关联性,采用PCR-SSCP技术对番鸭A-FABP基因进行多态性研究,分析该基因与体重、屠宰性能、常规肉品质的相关性。结果表明:番鸭A-FABP基因上发现A-C突变,位于第2内含子第201处碱基,形成了AA、AB、BB3种基因型,A等位基因频率为0.8241,B等位基因频率为0.175 9,群体纯合度为0.710 0,多态性信息含量为0.247 9。除第2、4周龄外,AA型公鸭早期体重显著高于AB型公鸭,母鸭不同基因型之间无显著差异。公鸭的宰前活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重、腹脂重、腹脂率指标在不同基因型之间存在显著性差异,AB型均小于AA型。母鸭只有腹脂重、腹脂率在不同基因型间存在显著性差异,AB型低于AA型。番鸭AFABP基因第2内含子A201C单核苷酸突变对腹脂沉积、公鸭体重有显著影响。     

鸡白细胞介素-1β基因内含子1、2多态与部分免疫性状的相关性分析#br#

 【目的】以白细胞介素-1β（Interleukin-1β,IL-1β）基因为候选基因,研究其单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）,及其与部分免疫性状的关系。【方法】根据红色原鸡IL-1β基因序列设计引物一对,利用PCR-SSCP方法检测了如皋鸡、文昌鸡以及安卡鸡IL-1β基因内含子1、2的SNP,同时检测了56日龄的血清IL-1浓度、异嗜性粒细胞/淋巴细胞（heterophil/lymphocyte,H/L）值、绵羊红细胞（sheep red blood cell,SRBC）抗体滴度、新城疫（newcastle disease,ND）抗体滴度、禽流感（avian influenza,AI）抗体滴度5个免疫性状, 并进一步分析了SNP位点与免疫性状的关系。【结果】共检测出6个SNP位点,分别为T107G突变、T130A突变、C143T突变、A208C突变、T241G突变及T274C突变。经关联分析,发现107、208、241及274位点存在显著的基因型效应（P＜0.05或P＜0.01）,基因型组合对H/L值及ND抗体滴度两个性状上存在显著效应（P＜0.05）。【结论】241位点突变型个体3个免疫性状均优于野生型,有望在鸡的抗病育种中筛选为新的标记位点。利用基因型组合选择效果优于对单个位点的选择。     

绵羊X染色体59578440位点多态分析及其与尾(臀)脂性状相关性研究

[目的]检测绵羊X染色体59578440位点在尾型极端差异的阿勒泰羊、湖羊和中国美利奴细毛羊群体中的多态性,并验证该位点是否可作为一个有效的分子标记应用于低脂绵羊新品种培育.[方法]采用PCR-RFLP方法进行SNP分型,并使用卡方检验的方法验证各基因型在群体中的Hardy-Weinberg平衡性.[结果]扩增出了含绵羊X染色体59578440位点SNP的296 bp片段,经AatⅡ核酸内切酶酶切分型后鉴定出了三种基因型(CC、TT和TC).C/T等位基因的比值显示阿勒泰羊群体中C等位基因属优势等位基因.[结论]X染色体59578440位点SNP可作为阿勒泰羊选育的一个实用性分子标记.     

猪PRLR基因AluⅠ多态与繁殖性状相关性的研究

采用PCR-Alu Ⅰ-RFLP技术检测长白猪、大白猪以及长大杂种的PRLR基因位点多态性,并分析了PRLR各基因型与繁殖性状的相关性。结果表明,3个猪群中均有A和B两个等位基因存在,其中B等位基因频率占有优势。利用最小二乘分析研究了该多态位点对初产、经产和所有胎次母猪的繁殖性状的影响,结果表明不同基因型母猪的总产仔数、产活仔数和初生窝重的差异均未达显著水平,但呈BB相似文献   

鲁西牛ANGPTL6基因的3个多态位点与其生长性状的关联性分析

【目的】揭示鲁西牛ANGPTL6 (angiopoietin-like protein 6)基因的遗传变异特征,发现与鲁西牛生长性状显著相关的候选分子标记,为鲁西牛分子育种积累基础资料。【方法】以183头鲁西牛血样为材料,运用DNA池测序和PCR-RFLP等技术检测ANGPTL6基因的序列变异。【结果】检测到鲁西牛ANGPTL6基因内含子中3个新的SNPs。χ2检验表明这3个多态位点均处于哈代-温伯格平衡状态（P＞0.05）。遗传变异特征分析显示,T2359C 和 G3258T位点属于中度多态性,C2403A位点属于低度多态性。连锁不平衡和单倍型分析表明,鲁西牛ANGPTL6基因3个多态位点之间为弱连锁,单倍型TCG（野生型）属于优势单倍型（频率为44.3%）。方差分析表明,单个的SNP和不同SNPs之间的组合均与鲁西牛生长性状有着显著或极显著的关联,杂合型个体的生长性状指标均高于纯合型个体。【结论】鲁西牛ANGPTL6基因的3个SNPs与其生长性状显著相关,并且杂合基因型个体明显优于纯合基因型个体,此结果可以应用于鲁西牛的分子育种实践。     

下丘脑-垂体-性腺轴上基因多态性与鸡冠高和体重的相关性分析

鸡冠高及体重是优质鸡早熟性选育过程中重要的参考指标,通过研究鸡多个侯选基因上突变位点与冠高和体重的相关性,寻找可作为该性状标记辅助选择的重要标记。在GnRH-I、GnRHR、NPY、DRD2、VIP、VIPR-1和PRL这7个侯选基因上共选取了10个多态位点,采用PCR-RFLP方法对1 310只宁都三黄鸡进行了基因型检测,并对各位点与77、84、91日龄冠高和体重性状的相关性进行了分析。结果表明:NPY基因上的2个位点I31391359D及C31394761T可作为91日龄体重标记辅助选择的有效分子标记;VIPR-1基因上的位点A1661691G可作为77、84日龄冠高的有效分子标记。     

CAPNl基因4685位点与肉质嫩度相关性研究

[目的]探索延边黄牛与草原红牛钙蛋白酶I（CAPNl）基因4685位点对肉质嫩度的影响。[方法]采用PCR—RFLP技术对草原红牛、延边黄牛CAPNl基因第14内含予区4685位点进行基因多态性与肉质嫩度进行分析,验证该位点在吉林省地方品种牛中的作用。[结果]该位点与肉质嫩度相关检测指标（蒸煮损失、肌纤维直径、剪切力、滴水损失等）密切相关,均表现为T等位基因的存在能够显著提高个体的嫩度水平,但该位点与pH无关。4685位点与屠宰性状（净肉重、胴体重、净肉率等）无关,仅与眼肌面积存在一定的相关性。[结论]延边黄牛与草原红牛CAPNl基因4685住点与肉质嫩度存在密切相关。     

牛及其他各物种SLC11A1基因的结构多态与疾病相关性的研究进展

SLC11A1基因与许多种胞内病原菌如沙门氏杆菌、结核分枝杆菌和利什曼原虫等病原菌的抗性和易感性有关,作为牛综合抗病的优良候选基因之一,它对于疾病的抵抗性是属于非病原特异性的。综述SLC11A1基因的结构特点、作用机制、表达调控,重点综述牛和其他不同物种SLC11A1基因结构多态与疾病的相关性,有望对牛的抗病育种提出理论依据。