中国对虾抗病性状遗传标记筛选及遗传多样性分析

对人工选育的29个中国对虾半同胞家系进行人工感染WSSV后,选取存活时间最长和存活时间最短各29个个体,组成抗病群体和感病群体。用400个随机引物进行RAPD分析,得到与抗病正相关的特异性遗传标记5个,与抗病负相关的特异性遗传标记两个。15个随机引物在两个群体的扩增位点进行统计,共得到82个位点,其中多态位点34个,占41.46%,两个群体的多态位点比例分别为40.24%和37.8%。Shannon′s多样性指数估算两个群体的平均遗传多态度为0.2177,SLT群体的遗传多态度为0.2190略高于SST群体0.2163;群体内的遗传变异（HPOP/HSP）0.9645,可见96.45%的遗传变异来自于群体内,3.55%的变异来源于群体间。统计各座位的基因频率计算出两个群体的遗传分化指数为0.0294,表明两个群体并没有发生明显的遗传分化。     

大麻哈鱼SRAP反应体系正交设计及优化

以大麻哈鱼基因组DNA为模板,利用相关序列多态性(SRAP)技术以及L25(56)正交试验和单因子试验方法,分析了不同浓度的TaqDNA聚合酶、引物、dNTPs、Mg2+、DNA模板对扩增结果的影响,最终确立的PCR最佳反应体系为15μl,该体系含有1×PCRbuffer,TaqDNA聚合酶0.75U,引物浓度0.3μmol/L,dNTPs浓度0.3mmol/L,Mg2+浓度2.5mmol/L,DNA模板100ng。利用此优化反应体系,获得了清晰、稳定、多态性高的DNA谱带。     

中国对虾家系水平遗传多样性的AFLP分析

采用扩增片段长度多态性分子标记技术对中国对虾的40个家系共200个样品进行了家系水平的遗传多样性分析。利用10对引物共产生307个表达清晰可用于分析的标记,其中189个标记表现为多态性,占总标记数的61.56%;中国对虾各个家系多态位点百分率在12.7%～34.2%之间;各个家系基因多样性指数在0.0494～0.122之间,Shannon指数的范围在0.0725～0.182之间(家系水平为0.1975)。对40个家系的AMOVA分析结果显示,家系间的基因分化系数Gst=0.4713,即总的遗传变异中有47.13%的变异存在于家系间,家系内的遗传变异占总遗传变异的52.87%。采用UPGMA法对中国对虾的40个家系进行了聚类分析,确定了各个家系之间的遗传亲缘关系;并且对200个个体进行了聚类分析。结果表明,90%同一家系的子代个体能完全聚类在一起。通过家系间的遗传分化系数Gst对中国对虾的40个家系间的基因流进行了估测,结果显示,Nm=0.5609,表明基因流处于较低水平。     

基于微卫星分子标记的凡纳滨对虾商业苗种遗传多样性分析

为研究我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)商业苗种的遗传多样性特征,于河北、山东、广东、海南等地采集了6个有代表性的凡纳滨对虾品牌苗种,分别命名为黄骅R、东营M、广州P、广州Z、海南S和海南Z,以8个微卫星标记检测其遗传多样性。结果显示,6个品牌的凡纳滨对虾在8个位点呈现不同程度的多态性,其平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为4.5~9.5、0.516~0.733、0.346~0.550和0.472~0.700,各品牌遗传多样性丰富程度从高到低分别为黄骅R>广州Z>广州P>海南Z>东营M>海南S。哈迪–温伯格平衡(HWE)检验显示,4.17% (2/48)的检测结果表现为显著的偏离(0.01相似文献   

适合中国对虾群体遗传多样性和系统进化分析的DNA分子标记技术

中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）是我国海水养殖业中最具代表性的一项产业,优良种质和抗病力已成为对虾养殖业中迫切需要解决的问题。在遗传育种中若能筛选到与抗病、生长等数量性状紧密连锁的遗传标记,将为开展标记辅助育种工作和实现良种化奠定基础。对虾种质资源以及种群遗传学已成为研究热点,种群保护也已提到议事日程。这些研究工作的开展将为对虾良种选育提供理论依据,相信随着研究工作的继续深入,人们会更好、更有效地利用对虾资源。本文对目前已经在对虾遗传多样性和系统进化研究中进行应用的DNA标记技术方法进行分析总结,拟对今后其他物种开展相关工作提供借鉴。     

遗传标记及其在沙蚕遗传多样性研究中的应用

遗传标记(Genetic markers)是指与目标性状紧密连锁,同该性状共同分离且易于识别的可遗传的等位基因变异[1].主要包括形态学标记、细胞学标记、生化标记和DNA分子标记4种类型.遗传标记不仅在遗传学的建立和发展过程中起着举足轻重的作用,同时也是研究生物遗传多样性的重要工具.     

凡纳滨对虾遗传多样性的SSR分析

通过对5个SSR位点的聚合酶链式反应(PCR)扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测,探究凡纳滨对虾群体的遗传多样性.结果表明,供试的凡纳滨对虾群体在5个SSR位点上有2～4个等位基因,平均等位基因数3个,平均杂合度0.5755,平均多态信息量0.4864,平均有效等位基因数2.5053.全群基因纯合度0～0.8,平均0.3917.显示该凡纳滨对虾群体的遗传多样性水平处于中度多态.     

不同地理群体日本囊对虾遗传多样性微卫星DNA分析

应用微卫星DNA(SSR)标记技术对福建(FJ)、湛江(ZJ)、北海(BH)地理群体的150尾日本囊对虾个体进行遗传多样性分析.10对微卫星引物在3个群体中共检测到27个等位基因,每个位点的等位基因数为2～4个.平均多态信息含量为0.3074～0.3645,平均观测杂合度为0.2960～0.4212,平均期望杂合度为0...     

“黄海1号”中国明对虾抗逆性状SRAP标记

采用序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)分子标记技术,结合分群分析法(bulk segregate analysis,BSA)对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)高氨氮和高pH胁迫敏感组和耐受组进行分析研究,筛选出与高氨氮或高pH耐受性相关的遗传标记.应用110对SRAP引物进行筛选研究,根据在BSA基因池产生的差异,筛选出与高氨氮耐受相关引物77对,与高pH耐受相关引物102对,以用于验证分析.根据片段在群体中出现频率和变化规律,筛选出6个可能与高氨氮耐受性相关的分子遗传标记,其中耐受高氨氮负相关标记1个,正相关标记5个;7个可能与高pH耐受性相关的分子遗传标记,其中耐受高pH负相关标记2个,正相关标记5个.对获得的13个序列片段进行回收,连接于pMD-18T载体后转化于大肠杆菌TOP10感受态细胞,进行了克隆和测序.将测序结果进行了BLAST分析比对,发现测得片段序列与数据库中序列同源性较低(一般都低于15％),未找到与之同源性较高的功能基因,推论这些特异性序列片段标记可能与高氨氮或高pH耐受性性状密切相关,后续群体验证工作正在进行,以期筛选出与中国明对虾抗逆性状密切相关的序列特征性片段扩增区域(sequence characterized amplified region,SCAR)分子标记,为分子标记辅助育种提供技术支持.     

斑节对虾养殖群体遗传多样性的同工酶和RAPD分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和RAPD方法对厦门养殖斑节对虾（Penaeus monodon Fabricius）群体的遗传多样性进行分析。9种同工酶共检测到21个座位，其中多态座位13个，多态座位比例为61．90％，预期杂合度0．151，观察杂合度0．120，Hardy—Weinberg遗传偏离指数（d）为-0．208，存在杂合子缺失。经x^2拟合度检验，多数座位偏离Hardy—Weinberg平衡，表明群体未达到随机交配。14个10bp引物共获得了83个标记，单个引物获得的标记数为2～11个，平均每个引物扩增出5．93个座位，其中多态标记数68个，多态位点比例为81．93％，杂合度为0．246，基因多样性为0．260，Shannon’S信息指数为0．397。两种方法均表明该斑节对虾养殖群体的遗传多样性水平较高，但可能已有近交衰退发生。     

中国明对虾快速生长选育群体的RAPD分析

运用RAPD技术分析了中国明对虾第3代、第4代和第5代人工选育群体各20个个体的遗传多样性。筛选的20个10bp的随机引物中,16个引物产生了稳定性好和可重复性强的谱带。共检测到103个位点,其片段长度在250～2000bp之间。3个群体的多态位点比例分别是37．86％、36．89％和33．01％,平均遗传多态度分别为0．189、0．208和0．163。群体间的遗传变异（Hsp Hpop／Hsp）平均为0．294。由此可见,70．6％的遗传变异来自于群体内,而29．4％的变异则是来自于群体间。     

基于简化基因组测序的中国明对虾3个选育世代遗传多样性分析

本研究基于简化基因组测序(2b-RAD)技术,对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis) “黄海2号” 2015~2017年3个连续选育世代(G9~G11)的亲本群体、共649个个体进行了简化基因组测序,并对这3个亲本群体进行了遗传结构和遗传多样性分析。实验在3个选育世代中共获得66985个SNP位点。遗传分析的结果显示,G9~G11平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.1439、0.1587和0.1674,平均观测杂合度(Ho)分别为0.1388、0.1515和0.1609,多态信息含量(PIC)分别为0.1241、0.1360和0.1430。G9~G11亲本群体的遗传多样性整体呈现一定的上升趋势,但差异不显著。F检验显示, 3个世代总的Fst值为0.0061,G9~G11相邻世代群体间遗传分化程度较弱(G9~G10为0.0029, G10~G11为0.0026),表明相邻世代的遗传距离逐渐减小。3个世代间基因交流充分,基因流为62.91~94.63。本研究表明,人工定向选育工作的推进对中国明对虾选育群体遗传多样性和遗传结构产生了一定的影响：在固定的选择压力下(4%~5%),亲本群体的遗传多样性并无降低的趋势,中国明对虾选育群体遗传分化小,遗传结构趋向稳定。研究结果为进一步制定中国明对虾选育计划提供基础遗传数据和科学的理论指导。     

中国对虾微卫星DNA引物的设计及筛选

根据建立的中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)部分基因组文库,对筛选的含微卫星DNA序列的克隆设计了28对引物,筛选出5对微卫星多态性引物,并用这5对引物对中国对虾的养殖群体20个个体进行了遗传多样性分析。在这5个微卫星位点中,虽然．RS0871位点是多态位点,但其等位基因数、杂合度和多态信息含量都比较低。其余4个微卫星位点可产生6～8个等位基因,等位基因的大小分布在142～364bp,基本上符合引物设计时理论产物长度。这些微卫星位点的期望杂合度的范围为0．7577～0．8064,表明它们都有较高的杂合度。仅有位点RS0956的观察杂合度与期望值有较大的出入,其他微卫星位点的这两值基本相符。有4个微卫星位点的PIC值较高,在0．7180～0．7709。因此,除RS0871位点以外的4个微卫星位点均可用于中国对虾种群遗传结构分析,这将为中国对虾品种选育、种系评估提供更多的微卫星DNA信息。     

中国明对虾种质资源研究现状与保护策略

中国明对虾主要分布在黄、渤海水域,是我国重要的渔业资源之一。由于忽视对中国明对虾种群自然状态下遗传多样性的监测,缺乏对种质资源进行长期的、有效的管理,造成黄、渤海野生群体的遗传多样性下降。目前,随着对种质资源的研究越来越受到人们的关注,中国明对虾种质资源以及种群遗传学已成为研究热点,种群保护也已提到议事日程。这些研究工作的开展将为中国明对虾良种选育提供理论依据,相信随着研究工作的继续深入,人们会更好、更有效地利用对虾资源。     

中国对虾生长性状相关遗传标记的筛选与克隆

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对中国对虾“黄海1号”快速生长的第6代群体同一养殖池中生长性状发生分离的两个极端群体、海捕的中国对虾对照群体,进行生长相关遗传标记的筛选。采用240个RAPD引物,共产生标记数2156个。筛选出与生长性状相关的遗传标记65个,其中正相关标记55个,负相关标记10个。依据这些标记在群体中出现的频率和变化规律,筛选出9个特异性标记,其中正相关标记7个,负相关标记两个。对这些特异性标记进行序列测定,获得了6个完整的DNA序列(Genebank注册号DQ185932-DQ185937),并将测序结果进行BLAST分析,发现测得DNA的序列与数据库中已注册序列的相似性较低,未能找到同源性较高的功能基因。根据每一序列重新设计引物,已有两个RAPD标记成功转化为稳定的SCAR标记。     

中国明对虾第一代和第六代人工选育群体的遗传结构分析

采用RAPD技术对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)第一代和第六代人工选育群体的遗传结构及其分化进行了分析。在20个10bp随机引物中筛选出16个引物,共扩增出89条DNA片段,其中多态性片段分别为34和30条,多态位点比例分别为38．2％5和33．71％。对2群体的遗传学参数计算结果表明：2群体间遗传分化指数为0．1408,属中等程度分化;群体间的遗传变异平均为0．197,由此可见,80％的遗传变异来自于群体内,而近20％的变异则是来自于群体间;第六代群体的多态位点比例和遗传多态度均低于第一代群体,这可能与人工定向选育过程中注重经济性状有关。     

磺胺甲基异(口恶)唑在中国明对虾体内的药代动力学研究

采用高效液相色谱法为定性、定量手段,研究了19℃下单次肌注给药后磺胺甲基异(口恶)唑在健康中国明对虾体内的代谢规律。给药后血淋巴内的药物浓度即达到峰值,此后迅速下降;肝胰腺内药物浓度较低,给药2小时后达到最高浓度(4.97μg/ml),此后迅速下降,至48小时不能检出。采用MCP-KP自动化药动学分析程序对数据进行分析,结果表明,中国明对虾单次肌肉注射磺胺甲基异曝唑后(50mg/kg),血药经时过程符合一级吸收二室开放模型。主要动力学参数如下:吸收半衰期(t1/2α)为0.41小时,消除半衰期(t1/2β)为10.87小时,药时曲线下面积(AUC)为64.51mg/L.小时,表观分布容积(vd)为12.21L/kg,总体清除率(CL)为780.05ml/kg/小时。结果表明,磺胺甲基异(口哑)唑在中国明对虾体内分布较广、代谢较快。     

ISSR-PCR技术在对虾中的应用初步研究

采用ISSR（Inter Simple Sequence Repeats)技术对中国对虾（Penaeus chinensis)进行了PCR扩增。优化了PCR反应体系和反应参数。对PCR产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测，从100条ISSR引物中筛选了40条有清晰产物的引物，每条引物检测到的位点数从1到19不等，平均每条引物可检测到位点数为7．7个。实验发现：中国对虾简单重复序列区主要由两碱基循环组成。通过分析ISSR－PCR技术本身的原理，探讨了该技术相对于同工酶检测和RAPD技术在遗传多样性分析中的优势所在，以及该技术用于遗传标识的确认和遗传图谱构建方面的前景。