南阳牛mtDNA D-loop序列多态性分析

本文以3头南阳牛线粒体DNA D-loop区910bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现，3头南阳牛D－loop区的核苷酸序列有3种单倍型。南阳牛1、2和3号D－loop区的平均核苷酸变异率分别为0.44%、4.84%和0.44%，其高变区的平均核苷酸变异率分别为0.81%、7.57%和0.00％。南阳牛1号的核苷酸变异类型只有转换一种式，南阳牛2号的核苷酸变异类型有转换、颠换、插入和缺失四种形式，南阳牛3号的核苷酸变异类型有转换和插入两种形式。在3头牛的核苷酸变异类型中，均以转换最常。说明南阳牛mtDNA D-loop区表现出丰富的核苷酸变异多态性。从线粒体D－loop区核苷酸序列的3种单倍型分析，提出南阳牛可能有两种不同的母系起源。     

猪mtDNA多态性的研究与应用

本文介绍了猪mtDNA的结构,以及mtDNA多态性的研究方法;综述了猪mtDNA多态性的研究进展与应用.     

家畜线粒体DNA（mtDNA）的研究

本文概述了家畜特别是牛和猪线粒体ＤＮＡ研究的概况和取得的成果，介绍了家畜线粒体ＤＮＡ的一些特征，限制性酶及限制性酶分析以及线粒体ＤＮＡ在家畜种间和品种间的多态性，并讨论了这种多态性，作为一个重要的母性遗传标记在考查家畜种及品种起源和演化上的意义。     

云南几个地方鸡种的mtDNA限制性片段多态性研究

云南几个地方鸡种的ｍｔＤＮＡ限制性片段多态性研究邹平张廷饮（云南省畜牧兽医科学研究所昆明６５０２２４）王文陈永久张亚平（中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放实验室线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）具有进化速度快、严格单性母系遗传和易于提取分析而成为研...     

猪mtDNA多态性的研究与应用

本文介绍了猪mtDNA的结构，以及mtDNA多态性的研究方法；综述了猪mtDNA多态性的研究进展与应用。     

中国荷斯坦牛mtDNA D-Loop全序列分析

本文分析了3头中国荷斯坦牛线粒体DNA D－Loop区910bp核革酸序列的变异情况，结果发现，3头中国荷斯坦牛mtDNA D-Loop区的平均核苷酸变异率为0.59%，其核苷酸变异类型包括转换、颠换和插入3种形式，其中，以转换最为常见。     

清远黄羽乌鸡mtDNA多态性及与9种具有药用价值乌鸡品种的亲缘关系研究

利用血液PCR和直接测序方法,对56只清远黄羽乌鸡(♂27、♀29)的线粒体DNA(mtDNA)控制区进行遗传多态性分析,并与9个具有药用价值的乌鸡种进行序列比对和进化分析。结果显示,清远黄羽乌鸡mtDNA控制区591bp序列的G+C含量为43.4%,序列共存在31个变异位点,其中转换占87.1%(27/31)、颠换占12.9%(4/31);共存在11个单倍型,单倍型多样度为0.821,核苷酸多样度为0.01123。品种间进化分析显示,清远黄羽乌鸡与江山乌骨鸡、乌蒙乌骨鸡、余干乌骨鸡以及雪峰乌骨鸡的遗传距离较近,与四川山地乌骨鸡、河南淅川乌骨鸡等距离较远,乌鸡种之间存在较为明显的地域关联性。     

秦川牛mtDNA cyt b基因序列多态性分析

对我国秦川牛6个个体mtDNA cyt b基因1140bp序列进行了分析。结果表明：6头秦川牛的cyt b基因序列中，共检测到核苷酸多态位点19个。cyt b基因全序列突变类型只有转换。6个个体具有4种单倍型。以欧洲牛mtDNA cyt b基因全序列为标准，其中单倍型Ⅰ、单倍型Ⅱ、单倍型Ⅲ的核苷酸变异率较低，都为0．071%，而单倍型Ⅳ的核苷酸变异率较高，为1．21%。应用MEGA软件中UPGMA法构建6头秦川牛的分子进化树，结果表明秦川牛有2个母系起源即普通牛起源（单倍Ⅰ、单倍型Ⅱ和单倍型Ⅲ和瘤牛起源（单倍型Ⅳ），但是本研究发现作为中原牛之一的秦川牛受普通牛的影响比较大。     

猪源致病性大肠杆菌gyrA基因喹诺酮耐药决定区的SSOP分析

DNA旋转酶基因gyrA中喹诺酮耐药决定区碱基变换在大肠杆菌对喹诺酮的耐药性方面起着十分重要的作用.采用PCR-SSCP(PCR-单链构象多态性)技术可对大肠杆菌gyrA基因QRDR的突变进行有效检测.本文以142株猪源致病性大肠杆菌氟喹诺酮药物敏感菌株为样本,测定了细菌对喹诺酮药的MIC值,结果表明142株猪源大肠杆菌对环丙沙星、恩诺沙星、诺氟沙星、氧氟沙星的耐药率分别为78.8%,56.3%,65.5%,76.8%.猪源大肠杆菌对氟喹诺酮药物的耐药率高,且耐药菌株MIC值较大.菌株WJPE2-1(对环丙沙星的NIC为0.5μg/mL)的诱导耐药试验,结果表明,在通过药物浓度梯度连续诱导过程中获得了MIC为2,8,64,128μg/mL的四株诱导菌株,诱导菌株4对ENR、NOR、OFL、CIP的MIC值分别增加到诱导前的32,128,128,256倍,且4株诱导菌株对CIP、ENR、NOR、OFL的MIC值均呈现递增.根据GenBank注册的大肠杆菌gyrA序列设计引物,横跨gyrA的第40和118密码子位置,包含完整的QRDR,从27株不同MIC值的大肠杆菌株、ATCC25922、4株诱导耐药菌株均获得约300bp的PCR产物.采用291的交联度、12%的聚烯酰胺浓度,1×TBE,凝胶中添加5%的甘油的条件,对诱导菌株、药物敏感菌株及不同耐药水平的分离菌株进行SSCP分析,结果表明,诱导菌株的谱型与敏感对照菌不同,低MIC值菌株SSCP谱型与敏感对照与敏感对照一致性高;耐药菌株的谱型多数与敏感对照不同.四株诱导大肠杆菌PCR产物的SSCP谱型均与对照不一致,检出率为100%;27株不同耐药性的猪源大肠杆菌中,7株敏感大肠杆菌共有6株的SSCP谱型与标准敏感菌株对照一致,符合率为85.7%;20株耐药大肠杆菌其谱型与标准敏感对照一致的菌株为2株,检出率为90.0%.序列比较结果表明,敏感菌株WJPE2-1的PCR产物与敏感对照有2个碱基(第91,111位氨基酸残基位置)的差异,序列同源率为99.16%(236/238).诱导菌株1与2表现在第83位氨基酸编码序列由tcg突变为ttg,菌株3、4与菌株1、2的差异表现在第87位氨基酸编码序列由gac突变为tac.进一步分析发现,菌株WJPE2-1在第91位及111位的突变均为同义突变,即密码子的变换没有引起氨基酸残基的改变.在诱导菌株中,1与2的gyrase的第83位氨基酸残基由Ser→Leu,菌株3、4的gyrase还在第87位氨基酸残基由Asp→Tyr.表明由于QRDR内碱基的改变,引起DNA旋转酶氨基酸的变化,导致大肠杆菌产生氟喹诺酮药物的耐药性.     

中国小型猪SLA-DMA基因的SSCP分析

通过对甘孜藏猪、合作猪、巴马猪以及五指山猪4个群体的SLA—DMA基因第2和第3外显子的PCR-SS-CP和序列多态分析表明：SLA—DMA基因的第2外显子没有多态，但第3外显子有2个等位基因的变异。通过优化低离子强度单链构象多态分型条件（LIS-PCR—SSCP）、克隆测序、菌落PCR、菌落不对称PCR及单链DNA二级结构计算机预测等技术，对第3外显子PCR—SSCP复杂带型进行了准确的判定，J等位基因的带型与单链DNA二级结构计算机预测结果之间存在很高的一致性。4群体中SLA—DMA基因的第3外显子共有JJ／JK／KK3种基因型，均达到了Hardy-Weinberg平衡。其中K等位基因频率高于J等位基因频率。杂合度和多态信息含量的高低依次为：巴马猪、五指山猪、合作猪、甘孜藏猪。除甘孜藏猪多态信息含量为低度多态外，其余群体均为中度多态。     

鹅基因PCR-SSCP分析条件优化的研究

SSCP是一种新的分子遗传标记分析方法,但影响其试验效果的因素很多。本试验从多个方面对鹅OBR基因SS-CP方法的影响因素进行分析,结果发现应用15%的聚丙烯酰胺凝胶常温下低压电泳(丙烯酰胺/N,N′-亚甲基双丙烯酰胺为29∶1)效果最佳,条带清晰,容易识别,可应用于其他SSCP分析方法的参考。     

内毒素致兔线粒体DNA基因突变的SSCP检测

将20只健康实验用白兔随机分为4组（5只／组）：正常对照组（A组）、阳离子A处理组（B组）、内毒素处理组（C组）、阳离子A＋内毒素处理组（D组），运用改进的碱变性法提取肝细胞的线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA），设计4对引物扩增mtDNA的tRNA^Leu（UUR）、tRNA^Lys、ATPase8、ATPase6基因，同时运用分光光度计法对扩增产物进行质量鉴定，并运用聚合酶链式反应-单链构象多态性分析技术对PCR产物进行突变分析。结果发现：c组tRNA^Leu（UUR）基因在凝胶中的带型出现泳动异常，表明该基因发生了碱基突变，序列测定表明该突变为2716位的A—G点突变，同时其他各组的tRNA^Leu（UUR）基因无突变发生。该结果提示内毒素可以导致mtDNA的tRNA^Leu（UUR）基因发生突变，而阳离子A对这一突变具有保护效应。     

半番鸭Agouti基因的克隆与SSCP分析

以半番鸭血液基因组为模板进行PCR扩增,获得了半番鸭Agouti基因部分序列,该序列长为1178bp。序列分析表明该序列由部分第1外显子（92bp）、第1内含子（105bp）、完整的第2外显子（95bp）、完整的第2内含子（851bp）和部分第3外显子（35bp）组成;应用PCR-SSCP技术对扩增序列进一步研究发现位...     

13/17罗伯逊易位猪生长抑素基因的多态性研究

采用微量全血培养法制备染色体标本,对13/17罗伯逊易位猪的3种杂交组合的309头后代进行核型鉴定,结果样本中存在3种核型的猪：正常核型猪（2n=38）、易位杂合子猪（2n=37）和易位纯合子猪（2n=36）;利用PCR SSCP技术检测发现生长抑素基因外显子1不存在多态性;其内含子的266～602 bp片段存在2个突变位点(T520C,G521T),但仅检测到2种基因型：AA和AB。遗传多态性分析结果表明,不同杂交组合后代及不同核型的猪群中AA基因型频率（频率范围为0.58～0.77）和A等位基因频率（频率范围为0.79～0.90）均显著高于其AB基因型频率（0.23～0.42）和B等位基因频率（0.10～0.21）;易位杂合子猪的AB基因型频率（0.42）均高于正常猪（0.25）及易位纯合子猪（0.40）。经卡方检验,差异不显著（P>0.05）,群体的基因型频率处于哈代－温伯格平衡状态。     

鸡H-FABP基因多态性及其与肌内脂肪含量的相关研究

根据GenBank发表的鸡H-FABP基因序列设计引物,以广东省农科院畜牧研究所提供的4个地方优质肉鸡品种,2个培育品种和1个引进的肉鸡品种为试验材料,通过测序和PCR-SSCP的方法进行SNP检测和基因型分析,探讨H-FABP基因多态性与肌内脂肪含量(IMF)之间的关系。结果发现在H-FABP基因260 bp和675 bp处存在T/C和G/A的突变位点,对2个突变位点在研究群体中进行基因型分析,结果产生3种基因型。基因型与IMF的相关分析结果表明:在T260C位点上,所有品种中AA基因型的IMF含量显著(P<0.05)高于BB基因型个体,但对于不同的品种来说,AA和BB基因型只对封开杏花鸡和岭南黄鸡II号的IMF含量有显著影响(P<0.05),而对其他各鸡种均无显著影响(P>0.05);在G675A位点上,所有品种中AA型和AB型肌内脂肪含量差异显著(P<0.05)。     

贵州地方猪种UCP3基因多态性与肉质性状的相关性分析

解耦联蛋白3(uncoupling protein 3,UCP3)是调节能量和脂肪代谢的重要因子。以商品猪(杂交猪)为对照,采用SSCP方法对贵州地方猪品种糯谷猪和萝卜猪的UCP3基因进行了多态性分析。结果表明:3个猪群体中,都检测到了3种基因型(AA、BB、AB),χ2独立性检验结果显示,3种基因型在3个群体间的分布不一致,糯谷猪和萝卜猪以AB基因型为主,杂交猪以BB基因型占优势,杂交猪与地方猪种之间的差异显著(P<0.01);对纯合基因型的UCP3基因片段进行克隆测序,证实AA基因型中UCP3基因外显子6编码区第842位碱基发生了单碱基突变(T→C),导致编码的氨基酸从苏氨酸突变为甲硫氨酸。进一步分析3种基因型与胴体和肉质性状之间的相关性,证明AB基因型个体的肉质最优,贵州地方猪种的大理石纹、肌内脂肪含量和嫩度3项指标显著优于商品猪(P<0.01),因此推测UCP3基因与贵州地方猪种的肉质性状具有相关性,可能是贵州地方猪种肉质性状的候选基因。