基于AFLP分析的乌江四川裂腹鱼种群遗传结构及多样性研究

本研究采用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记技术,以筛选出的7对引物,对采自贵州乌江的30尾四川裂腹鱼(Schizothorax kolzovi)的遗传结构和多样性进行分析.结果显示,用7对引物获得的扩增片段数为5～73,扩增片段长度范围为69～500bp,共检出扩增位点856个.其中,多态位点796个,占扩增总位...     

三种黄鳝RAPD分析的引物筛选

试验用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对黄鳝属中产自缅甸的山黄鳝、印度尼西亚的穴黄鳝及中国的黄鳝的混合DNA进行引物筛选。40条引物有35条引物扩增出多态性片段。35条引物共获得334个扩增片段,长度为250～5417bp。     

金鱼两个品种遗传多样性的AFLP研究

试验结果表明,金鱼红白兰寿和红白虎头每对引物扩增的AFLP标记数分别为12~41个和10~45个,平均每对引物出现标记数分别是27.26个和27.20个。每对引物扩增片段的多态性条带数和多态百分率分别为4~17个和10.91%~23.68%,平均8.78个和16.13%;每对引物扩增所得到的遗传相似度为0.7632~0.8909,平均0.8387。     

西伯利亚鲟(Acipenser baeri)养殖群体遗传结构的AFLP分析

本研究构建了西伯利亚鲟(Acipenser baeri)扩增片段长度多态性(AFLP)分析体系,分析了DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤.用7对引物对24尾西伯利亚鲟进行了AFLP分析,每对引物扩增的位点数在24～39之间,共扩增出了234个位点,多态性位点为116个,多态性比例为...     

牙鲆微卫星标记的筛选及群体多态性分析

以牙鲆（Paralichthys olivaceus Temminck et Schlegel）为材料，基因组DNA经Sau3A Ⅰ进行部分酶切后，选取400～1200bp大小的片段连接到经BamH Ⅰ酶切的pUC19质粒中，连接产物转化大肠杆菌DH5a，构建牙鲆酶切片段基因组文库。采用菌落杂交的方法，以（AC）10、（AG）10为探针从文库中筛选阳性克隆16个，共得到20个微卫星序列，其中完全型13个，不完全型5个，复合型2个。对其中18个进行引物设计，有11对引物扩增出目的片段，其中8对引物在群体中具有扩增多态性。在威海野生牙鲆30个个体中，各座位上得到的等位基因数为4～19个，观测杂合度（Ho）为0．4138～0．9655。其中有3对引物扩增的等位基因数超过17个，表现出高度多态性。本研究旨为进一步的牙鲆遗传多样性分析、家系分析及遗传图谱的构建等提供基础依据。     

巢式PCR法鉴定猪早期胚胎性别的研究

根据猪SRY基因序列设计合成2对巢式PCR引物作为性别鉴定引物,根据猪β-珠蛋白基因序列设计了一对引物作为内标引物建立了猪胚胎性别鉴定的PCR反应体系。公猪可以扩增出187bp的SRY基因片段和255bp的β-珠蛋白基因片段,母猪只能扩增出255bp的β-珠蛋白基因片段。由于巢式PCR只需3～8个细胞就可以在紫外灯下看到扩增结果,而常规PCR则需要较多的细胞,所以胚胎性别鉴定时使用巢式PCR效果更好。     

白斑综合征病毒PCR检测中使用dUTP扩增的PCR产物极限长度

依据白斑综合征病毒的序列设计了7对PCR引物,扩增长度从600bp到1 800bp.结果显示,使用dUTP代替dTTP,用普通Taq酶所能扩增的最大长度约为1 400bp.Mg2+梯度研究发现,扩增片段长度越长,最适Mg2+浓度越低.使用具有3,-5’外切酶活性的Taq酶无法扩增出任何长度的片段.     

3种扇贝遗传结构的RAPD分析

用RAPD方法对扇贝科中的虾夷扇贝、海湾扇贝和栉孔扇贝的基因组DNA的特异性遗传标记进行分析,筛选了43个随机引物,有13个引物获得了片段长度在250～2000 bp之间且重复性良好的谱带,每个引物分别获得了4～17个大小不等的片段,共获得了170个扩增片段,其中12个引物得到特异性片段58个,可以将两种或者3种扇贝区别开来。通过Popgene 3.2分析软件包统计表明,虾夷扇贝与海湾扇贝的遗传距离最大,为0.2481;栉孔扇贝与海湾扇贝的遗传距离次之,为0.2161;虾夷扇贝和栉孔扇贝遗传距离最小,其值为0.2133。根据遗传距离指数,用MEGA3统计软件中的UPGMA方法进行聚类分析,构建系统树。     

用RAPD技术研究3种鳗鱼的种质鉴定

利用RAPD技术从32个随机引物中筛选出20个引物,对日本鳗(Anguillajaponicus)、欧洲鳗(Anguillaanguilla)和美洲鳗(Anguillarostrata)的DNA进行扩增,均得到1～13条大小不等的DNA片段,长度大部分在500～2300bp,其中14个引物共扩增出37个特异性标记,可用来区分这3种鳗鱼。日本鳗和欧洲鳗和美洲鳗种群内相似系数分别为0.885,0.717,0.686;种间遗传距离分别为:日本鳗和欧洲鳗0.747,日本鳗和美洲鳗0.668,欧洲鳗和美洲鳗0.211。这与形态学分析的结果相一致。     

福建官井洋大黄鱼AFLP指纹多态性的研究

对福建官井洋大黄鱼(Pseudosciaenacrocea)野生种群和2个养殖群体进行5对选择性引物(共37个标本)的AFLP分析。结果表明,共检出503个不同的扩增片段(50～450bp),每对引物扩增出的片段数目为76～155个;在5对引物检出的扩增片段中,101个(20.1%)为全部37个受试个体共有,312个(62.0%)为部分野生与养殖个体共有,53个(10.5%)仅见于野生个体,37个(7.4%)仅见于养殖个体,养殖群体中出现野生种群所没有的扩增片段;野生种群、养殖1、养殖2多态片段比例分别为76.6%、70.6%、69.2%,遗传差异度分别为0.2464、0.2322、0.2299,养殖群体多态片段比例与个体间的遗传差异度均低于野生种群。养殖群体的遗传多样性水平较低,遗传变异相对贫乏。     

我国沿海多鳞四指马■群体遗传多样性的fAFLP分析

为了解多鳞四指马■(Eleutheronema rhadinum)的遗传多样性信息,采用荧光标记扩增片段长度多态性技术(fluorescent amplified fragment length polymorphism, fAFLP)对多鳞四指马■8个地理群体214个样本进行扩增和遗传结构分析。结果显示：用9对引物组合共扩增位点493条,其中多态性位点为443条,多态性比例为89.86%;8个地理群体观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.679 0、1.467 2、0.250 8和0.363 1;群体遗传多样性高低依次为舟山>崇明>启东>东山>广州>湛江>琼海>高雄。应用AMOVA对8个群体的遗传变异来源进行分析得出,总的遗传分化指数F_st为0.237 2,表明23.72%遗传变异来自于群体间。8个地理群体遗传距离(D)在0.021 6～0.194 4之间;相似系数(H)在0.823 4～0.978 6之间,UPGMA聚类得出多鳞四指马■群体可...     

中华绒螯蟹微卫星单引物扩增产物的初步分析

采用人工合成的 6个串联重复寡聚核苷酸单引物 ,以及 2个加锚的二核苷酸引物 ,利用SPAR和ASSR技术 ,对中华绒螯蟹 (Eriocheirsinensis)基因组进行PCR扩增 ,结果发现 ,对于GC含量丰富的三、四核苷酸引物如(CGA) 5、(GACA) 4 ,在不同退火温度的PCR反应中 ,都能扩增出清晰的条带 ,可以作为PCR扩增引物 ;反之 ,GC含量 <5 0 %的 (CATA) 4 和 (GATA) 4 很难检测到扩增产物 ;在基本PCR条件下 ,2个加锚的二核苷酸引物能扩增出可分辨的条带 ,但随着退火温度的升高 ,其中部分条带消失 ;对于不加锚的二核苷酸引物如 (AC) 8、(GA) 8,无论怎样改变退火温度 ,终难形成清晰条带。将不同引物扩增产物分别克隆到T Vector上 ,选取其中 9个阳性克隆进行序列测定 ,发现在 (GACA) 4 引物扩增的 2个片段中 ,序列结构相似 ,除引物序列外 ,都出现了 2～ 3个内部重复序列和高含量的AT ;其余 7个片段在引物序列间都未见内部重复序列     

基于AFLP分子标记的杂色杜父鱼遗传多样性分析

为了解吉林省杂色杜父鱼野生群体遗传多样性，应用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism, AFLP）标记技术，对漫江、三道松江河和鸭绿江上游采捕的3个杂色杜父鱼群体总计30个个体的遗传多样性、遗传变异及遗传相似性进行分析，并构建系统进化树。8组引物组合总计扩增出915个条带，其中多态性位点843个，占比92.1%。3个群体的观测等位基因数（N_a）分别为1.316 6、1.306 7、1.203 7,有效等位基因数（N_e）分别为1.151 7、1.134 2、1.111 9,Nei’s基因多样性指数（H）分别为0.091 2、0.081 6、0.067 0,Shannon’s信息指数（I）分别为0.141 0、0.127 3、0.102 0,其中漫江群体的遗传多样性水平最高，鸭绿江上游群体最低；3个群体的遗传分化系数(G_st)平均值为0.286 0,表明3个群体之间发生了一定程度的分化；30个个体的遗传相似性在0.809 0～0.945 6,表明所采集的30尾杂色杜父...     

西伯利亚鲟（Acipenser baeri）养殖群体遗传结构的AFLP分析

本研究构建了西伯利亚鲟（Acipenser baeri）扩增片段长度多态性（AFLP）分析体系,分析了DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤。用7对引物对24尾西伯利亚鲟进行了AFLP分析,每对引物扩增的位点数在24～39之间,共扩增出了234个位点,多态性位点为116个,多态性比例为48.83%,平均Nei氏基因多样性指数H为0.4297,平均Shannon氏指数I为0.1233,个体间平均遗传距离为0.1872,表明西伯利亚鲟养殖群体的遗传多样性程度比较低,同时还构建了西伯利亚鲟的聚类图。     

西北太平洋大弹涂鱼群体遗传结构的 AFLP 分析

应用AFLP标记分析了西北太平洋沿岸大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)的遗传多样性和群体结构.利用6对选择性引物对采自日本、韩国、越南及中国广西、广东、福建、台湾和浙江8个群体的126尾大弹涂鱼进行扩增.在15～500 bp之间得到186条条带,其中多态性片段160条,多态性比例为86.02％,每对引物组合扩增片段为25～36条,每对引物组合多态位点检出率为52.0％～96.42％.各群体的多态性位点比例在27.96％～57.53％之间,其中韩国群体的多态性位点比例最高,广东群体的多态性位点比例最低.各群体间Nei's遗传距离为0.038～0.151,遗传距离较大.各群体间遗传分化指数Fst值为0.175～0.459,均检测到显著的遗传分化(P=o.ooo).基于遗传距离矩阵构建的NJ系统树显示,大弹涂鱼的8个群体被分为了两支,其中日本、韩国及台湾群体聚为岛屿支系,浙江、福建、广东、广西和越南群体聚为大陆支系.AMOVA分析显示,大部分的变异组分来自于各群体内个体间,且组群间、群体间及群体内均存在明显的遗传分化.群体间遗传分化系数Gst为0.385 7,群体间的基因流Nm为0.796 4,群体间基因交流弱于其他多数鱼类.     

半滑舌鳎雌性特异扩增片段长度多态性标记的筛选与应用

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevisGünther)为东北亚特有的名贵冷温性比目鱼类,为我国养殖业的新宠。半滑舌鳎雌鱼生长速度是雄性的2~3倍,若能实现单雌化养殖将大大提高养殖业的经济效益。本研究利用扩增片段长度多态性(AFLP)技术,应用64个引物组合,检测了半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevisGünther)雌雄基因组DNA的多态性,筛选与半滑舌鳎性别相关的AFLP分子标记。实验经过3轮筛选和验证,4个引物组合扩增出7个雌性个体出现频率为100%的DNA片段,我们认为这7个标记是半滑舌鳎雌性特异的AFLP标记,分别命名为CseF382、CseF575、CseF783、CseF464、CseF136、CseF618和CseF305。同时,将标记CseF382成功转化为SCAR标记,测定了该标记的DNA序列,建立了半滑舌鳎遗传性别鉴定的PCR技术,为半滑舌鳎性别决定机制的研究和性别控制奠定了重要基础。     

中华绒螯蟹一个种质鉴定相关RAPD标记的SCAR转化

通过克隆测序获取了中华绒螯蟹Opp17目的片段,分析其长度、碱基组成等序列特征。序列测定结果表明,克隆片段的准确大小为1170bp,G+C含量为50.34%,Opp17(TGACCCGCCT)引物与所测序列中的引物结合位点完全匹配。在GenBank中对序列进行BLast检索,未找到任何同源序列。在此基础上,在原有随机引物Opp17的基础上向3’端延伸13～19个nt以设计SCAR引物,最终设计了1对中华绒螯蟹特异性SCAR(sequence characterized ampLified regions,序列特征化扩增区)引物SCAR-1(F-TGACCCGCCTCAGCACCCGAACG;R-TGACCCGCCTCTCAGCCACACACC)。利用这对引物对长江天然群体中华绒螯蟹基因组DNA进行PCR扩增,结果表明所有个体均能扩增出预期大小1170bp的特异性条带。对目的条带进行回收测序,结果与之前的测序结果完全一致,表明本研究已成功获取了中华绒螯蟹种质鉴定国家标准中Opp17目的条带的SCAR标记。     

杂交一代_尼罗罗非鱼_奥利亚罗非鱼_及其亲本基因组DNA的比较

采用RAPD技术,用20个随机引物对尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼及其杂交一代的精巢DNA进行扩增反应,发现引物OPZ-14和OPZ-18在尼罗罗非鱼和奥利亚罗非鱼之间扩增出有差异的DNA片段,作为鉴定两种鱼的分子标记有较高可信度.对这两种鱼的杂交一代基因组DNA的RAPD扩增能获得足够的多态性,20个引物中有8个引物扩增出差异性产物,表明杂交一代基因杂合性增强,这是杂种优势得以形成的重要遗传物质基础之一.     

六个鲫鱼品系线粒体Cytb基因PCR-RFLP分析

从6个鲫鱼品系肝组织中提取总DNA,采用特异引物扩增细胞色素b基因。利用5种限制性内切酶(HinfI,HaeIII,MspI,TaqI,HindIII)对细胞色素b基因进行单酶切,结果显示HinfI和MspI2种酶在品系间存在限制性片段长度多态性,同时在红鲫、金鲫这2个品系内也存在限制性片段长度多态性,在6个品系的120个个体中,共检测到4种组合单倍型。经数据统计分析,这6个鲫鱼品系的细胞色素b基因大小基本在1260bp左右,根据限制性片段长度共享度,分别计算出4种单倍型和6个品系的群体遗传距离,并进行聚类分析,结果表明野鲫和黑龙睛的遗传距离为0,高背鲫与彭泽鲫的为0,野鲫与红鲫为0 00039,其次是金鲫,然后是高背鲫、彭泽鲫。     

中华绒螯蟹微卫星单片引物扩增产物的初步分析

采用人工合成的6个串联重复寡聚核苷酸单引物,以及2个加锚的二核苷酸引物,利用SPAR和ASSR技术,对中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis)基因进行PCR扩增,结果发现,对于GC含量丰富的三、四核苷酸引物如（GGA）5、（GACA）4,在不同退火温度的PCR反应中,都能扩增出清晰的条带,可以作为PCR扩增引物;反之,GC含量＜50％的（CATA）4和（GATA)4很难检测到扩增产物,在基本PCR条件下,2个加锚的二核苷酸引物如（AC）8、（GA）8,无论怎样改变退火温度,终难形成清晰条带,将不同引物扩增产物克隆到T－Vector上,选取其中9个阳性克隆进行序列测定,发现在（GACA）4引物扩增的2个片段中,序列结构相似,除引物序列外,都出现了2－3个内部重复序列和高含量的AT,其余7个片段在引物序列间都未见内部重复序列。