基于转录组数据的银鲴微卫星位点筛选

采用Illumina高通量测序技术对银鲴(Xenocypris argentea)肝脏组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并进行多态性检验。共获得7 272个微卫星位点。随机选取48个4碱基以上重复类型的SSR位点进行引物设计和PCR验证,有47对可以扩增出清晰稳定的条带。在上述47个位点中随机选择26对在洞庭湖银鲴群体中进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为21对。不同多态位点得到的等位基因数范围为3~15,平均基因数为7.29±3.94,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)以及香浓-威尔指数(H)平均值分别为0.532 7±0.211 4、0.613 6±0.196 4、0.564 6±0.198 0和1.302 0±0.577 9。21个微卫星位点中,有6个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)。     

基于全长转录组测序的金乌贼微卫星位点筛选与特征分析

以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite (MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)的位点信息。结果显示,在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点,分布在64,933条Unigene中,SSR位点发生频率为36.49%,出现频率为90.66%。其中,最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%。SSR包含的重复基元中,A/T是单核苷酸的优势重复基元,AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型。66,004个重复基元长度≥20 bp,占SSR总数的40.91%,且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)的SSR位点数量占优。以上结果表明,金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高,研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考。     

4 个斧文蛤群体微卫星标记的遗传多样性分析

为研究斧文蛤(Meretrix lamarckii)不同地理群体(浙江苍南群体、福建长乐群体、福建宁德群体以及广东汕头群体)的遗传结构和系统发生关系,采用13对微卫星分子标记,对4个不同地理群体进行了分析。结果显示,13对引物共检测出63个等位基因,每个位点等位基因数(Na)2~7个,平均每个位点观测等位基因数(Na)为4.87;有效等位基因数(Ne)为1.927~2.591;平均观测杂合度(Ho)为0.437~0.562;平均期望杂合度(He)为0.446~0.549;平均多态信息含量(PIC)为0.383~0.490;Hardy-Weinberg平衡检验表明,4个群体的大部分微卫星位点都偏离平衡状态(P0.05);UPMGA聚类分析表明,浙江苍南群体与福建宁德群体聚为一支,福建长乐群体和广东汕头群体聚为一支;群体间遗传变异指数Fst为0.230 9,表明4个斧文蛤群体间的遗传变异为23.09%。研究表明,斧文蛤4个不同地理群体遗传多样性处于中等多态水平;4个群体的遗传距离与它们实际的地理分布情况基本一致;4个地理群体间的变异较大,遗传分化水平较高。该研究为斧文蛤种质资源的有效保存、管理和恢复提供了理论依据。     

基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析

为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。     

曼氏无针乌贼转录组微卫星特征分析

本研究基于高通量测序获得的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)转录组数据,采用MISA(MIcro SAtellite)软件对其简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘。组装并去冗余后,得到127575个Unigene,序列拼接的总长度为103104058 bp。对Unigene序列进行SSR分析,共得到62124个SSR(完整型SSR 36813个),分布在50626条Unigene序列当中,SSR出现频率为48.70%,平均16.6 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以二碱基重复类型为主(31227,50.27%),其次为三碱基重复(16230,26.13%)。共发现122种碱基重复基元,在所有重复基元中(AT/AT)n占的比例最高为23.33%,其次为(AAAG/CTTT)n(17.42%)。曼氏无针乌贼SSR(完整型)的平均长度为25.87 bp,微卫星主要为重复长度大于20 bp的长序列,长度大于20 bp的微卫星序列占总数的51%。本研究发现,曼氏无针乌贼微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P0.01),相关系数为–0.594。该研究结果为开发高度多态性微卫星引物进行曼氏无针乌贼亲缘关系鉴定、种群遗传多样性和增殖放流效果评估等研究奠定了基础。     

基于转录组数据的溪红点鲑微卫星标记筛选及引进群体遗传结构

为了深入了解引进溪红点鲑种质遗传结构状况,本研究利用溪红点鲑转录组数据设计四核苷酸重复微卫星引物1 081对,选择其中200对进行引物合成,经过筛选鉴定共获得111个特异性好且扩增效率高的微卫星标记,用其中27个多态性标记比较分析了溪红点鲑引进群体和养殖群体的遗传多样性。结果显示,27个微卫星位点在2个群体中共检测到171个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.426 0～0.877 4,平均为0.673 1,其中23个位点高度多态(PIC≥0.5)。引进群体和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为5.555 6和4.444 4;平均有效等位基因数(Ne)分别为3.914 5和3.108 2;平均观测杂合度(Ho)分别为0.356 2和0.265 0;平均期望杂合度(He)分别为0.700 2和0.621 0;平均PIC分别为0.640 9和0.555 5。引进群体和养殖群体的遗传参数t检验结果显示,养殖群体的5项遗传多样性参数均显著或极显著低于引进群体,表明尽管溪红点鲑养殖群体的PIC仍处于高度多态水平(PIC≥0.5),但是经过多代群体自繁,已经出现等位基因严重富集的现象。经Bo...     

利用微卫星标记对文蛤4个壳色花纹品系的遗传分析

利用9个微卫星位点对文蛤红壳(RS)、黑斑(BS)、细纹(TC)、暗纹(DF)4个壳色花纹品系共120个个体进行遗传差异分析。结果共检测到105个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为11.7个,其中WG07位点等位基因数最多(21个),WG11位点最少(7个)。每个品系均具有特异等位基因类型,不同品系中相同微卫星位点的等位基因分布规律不同。4个文蛤品系的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.110～1.000、0.486～0.867、0.433～0.834,均属高度多态性位点。Hardy-Weinberg平衡的卡方检测发现,大多数位点偏离平衡状态;聚类分析表明,4个品系间存在较明显的遗传差异,TC品系与其它品系的遗传距离最大,DF品系和RS品系的遗传距离相对较小。     

长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析

本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记,为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示,从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1~6碱基的微卫星序列;刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征,其中,单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型,分别占总微卫星数目的34.94%、49.47%和13.34%;不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同,其中,A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%,AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%,AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%;不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同,重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势;从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记,并以此为基础,对长江刀鲚选育群体(F3)的遗传学特征进行了初步评估,结果显示,长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明,基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的,所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。     

丽文蛤与文蛤4个地理群体的形态差异分析

对丽文蛤和文蛤的可量性状进行了单因子方差分析、主成分分析、聚类分析和判别分析,比较了两者的形态差异。单因子方差分析结果显示,丽文蛤与文蛤在10个比例性状中存在着7~8个显著差异(P0.05)。主成分分析和聚类分析结果显示,文蛤不同地理群体为一组,丽文蛤为另一组。主成分分析构建了4个主成分,其贡献率分别为26.70%、17.04%、13.82%和10.40%,累计贡献率为67.95%。第一主成分主要受楯面长/壳长、小月面长/壳长的影响。判别分析结果显示,丽文蛤与文蛤4个地理群体的形态差异显著(P0.05)。建立了5个判别函数,其判别准确率P1为69.51%~98.75%,P2为76.67%~95.18%,综合判别率为82.80%。     

文蛤卵母细胞卵黄发生的超微结构

取不同发育阶段文蛤 (MeretrixmeretrixLinnaeus)活体解剖取出生殖腺 ,常规方法制成切片 ,以透射电镜(TEM )观察其卵母细胞的卵黄发生过程。结果表明 ,文蛤的卵母细胞卵黄发生期间 ,线粒体、内质网、高尔基复合体、溶酶体、微吞饮泡等细胞器均参与了卵黄粒的形成。卵黄合成早期的卵母细胞质膜伸出大量的微绒毛 ,并出现卵黄膜 ,胞质中有大量膜性小泡 ,溶酶体、线粒体、高尔基复合体和粗面内质网发达 ,卵黄前体物质逐渐增多。在卵黄合成中期 ,胞质内线粒体和内质网活动活跃 ,卵母细胞大量合成和积累卵黄物质 ,细胞质膜外凸 ,与外界进行物质交换。卵黄合成后期 ,卵质内贮存了大量的卵黄粒 ,细胞器不发达。此外 ,还对卵母细胞发育过程卵黄颗粒的细胞内、外原料来源进行了讨论     

文蛤规模化养殖技术开发

通过不同苗种规格、养殖密度等试验,确定了文蛤滩涂大规模养殖技术和保护性合理采捕技术,形成了滩涂潮间带文蛤高产养殖模式集成技术。专家鉴定认为,该成果总体水平达到国际先进。     

文蛤人工育苗试验

为了给文蛤苗种生产提供技术依据,以促进文蛤养殖业的发展,进行了文蛤的室内人工育苗试验。亲蛤取自浅海滩涂,催产后在水温21～24℃、水体比重1.015～1.020、弱光条件下孵化,再在自然水温、水体比重1.015、光照500 lux、溶氧5 m g/L以上,pH 8.0～8.6条件下培育幼虫,投喂金藻、角毛藻和扁藻,幼体开始营底栖生活时投放附着基。结果,从受精卵发育至稚贝的育苗率近60% ,从D形幼虫到稚虫的成活率为94% 。     

文蛤消化道粘液细胞研究

运用组织学和组织化学染色方法,在光镜水平上研究了文蛤消化道粘液细胞的类型,分布与组化特性。H.E染色法显示,粘液细胞主要存在于消化道上皮组织中,仅唇瓣结缔组织中发现有少量的粘液细胞,ABPAS染色法显示;文蛤消化道粘液细胞主要分为4种类型：Ⅰ型,呈红色,AB阴性,PAS阳性,含有中性粘液物质,Ⅱ型：呈蓝色,AB阳性,PAS阴性,含有酸性粘液物质;Ⅲ型：AB和PAS均呈阳性,但PAS阳性较强,两种粘液物质均含有,但中性粘液物质含量多;Ⅳ型：AB和PAS均呈阳性,但AB阳性较强,两种粘液物质均含有,但酸性粘液物质含量多,不同部位粘液细胞的类型,数量不同,唇瓣粘液细胞的数量较少,食道含有大量的粘液细胞,胃,肠,直肠中粘液细胞的数量以胃中最少,肠次之,直肠最多,AB-PAS（AB pH1.0）染色法显示：粘液细胞所含酸性粘液物质包括硫酸性粘液物质和涎酸性粘液物质,且唇瓣和直肠中粘液细胞所含的涎液酸性粘液物质比硫酸性粘液物质多,酶组化研究结果显示,肠粘液细胞具有弱酸性磷酸酶,弱碱性磷酸酶活性。     

文蛤养殖群体和野生群体遗传多样性的AFLP 分析

应用AFLP标记技术对辽宁和山东沿海文蛤（Meretrix meretrix）养殖群体和野生群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对5个群体（3个野生群体,2个养殖群体）150个个体进行扩增,共得到364个的位点。5个群体内的多态位点比例为84．3945％～87．6465％,总多态位点比例为99．6300％。群体的Nei’s基因多样性指数（H）为0．2301～0．2634;群体的Shannon多样性指数为0．3617～0．4248,群体间的遗传距离为0．0394～0．1609,群体内个体间的遗传距离为0．2592～0．5360。辽宁大洼野生群体和山东河口野生群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体内遗传距离均高于辽宁盘山和辽宁庄河养殖群体,辽宁庄河野生群体的遗传多样性处于中等水平。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,辽宁庄河野生群体单独成为一支,辽宁大洼野生群体与庄河养殖群体聚到一起,辽宁盘山养殖群体与山东野生群体聚到一起,但是用这5个群体的150个个体进行的聚类结果显示,所有个体基本是随机交叉聚类,不能形成明显的类群分支。分子变异分析（AMOVA）表明,文蛤群体94．04%的变异来源于群体内,群体间的变异仅占5．96％。以上结果表明,文蛤群体内遗传多样性非常丰富,群体间相似性较大,且存在较强的基因交流。[中国水产科学,2008,15（2）：215-221]     

文蛤牛首科吸虫寄生病的组织病理学

报道了一种牛首科（Bucephalidae)吸虫幼虫在文蛤体内的寄生情况以及所引起的组织病理学变化。观察结果表明,该吸虫幼虫主要侵占生殖腺,少部分进入附近的消化盲囊、鳃、外套膜和足等。消化道中未发现其存在。寄生虫不仅破坏已感染的组织,未感染部位的组织结构也呈现一定的病理学变化。严重感染时,生殖腺完全被吸虫幼虫侵占;消化盲囊、消化道和鳃等器官组织的上皮细胞脱落或溃散;肌肉紊乱或溶解等。严重者导致器官组织坏死,贝类死亡。     

文蛤池塘养殖几种模式的对比试验

文蛤（Meretrix meretrix Linnaeus）是一种埋栖性贝类,隶属于软体动物门,瓣鳃纲,异齿亚纲,帘蛤目,帘蛤科。一般生活在河口附近沿岸内湾潮间带沙滩或浅海细沙底质以及泥沙滩中,广泛分布于我国4个海区,是我国沿海常见的一种重要经济贝类,也是我国及我市出口创汇主要水产品之一。因此文蛤池塘养殖发展前景良好。但因文蛤池塘养殖产业起步晚,种苗来源杂,养殖技术不规范,导致养殖产品质量参差不齐、产量高低不一、病害爆发现象时有发生,严重影响出口创汇效益。为此,笔者从2001年开始对慈溪市文蛤池塘养殖有关情况进行了跟踪调查,对生产过程中的主要问题进行了相关研究。在开展文蛤幼苗培育技术研究的基础上,于2003年9月-2004年10月,在慈溪市龙山海水养殖区文蛤养殖基地进行了文蛤池塘养殖几种模式对比试验,并通过生产试验进行标准化生产技术研究。     

文蛤肝细胞超微结构研究

应用透射电镜技术研究了文蛤（Meretrix meretrix)肝脏的细胞组成，结果表明，文蛤肝脏主要由4种细胞构成；分泌细胞（B细胞）、储存细胞（R细胞）、吸收细胞（F细胞）和胚细胞（E细胞），描述了4种细胞的超微结构，根据观察结果和各种细胞的结构特点，指出文蛤肝脏细胞的功能，并探讨了肝脏细胞的分化序列。     

文蛤稚贝中间育成密度对其生长的影响

文蛤稚贝中间育成密度对其日生长、出苗量、育成成活率有一定影响。育成密度2 8万～19 6万枚/m2,日生长差异显著;密度在2 8万～11 2万枚/m2及11 2～19 6万枚/m2,日生长差异不显著。在试验密度范围内,随着育成密度增加,稚贝出苗量也在增加,成活率呈下降趋势,为85 25%～77 18%;在相同密度条件下,试验前期明显比后期生长速度慢;不同密度组,生长速度前期和后期差异不明显。稚贝开始育成密度以不超过3 0万枚/m2为好。