黄瓜棒孢叶斑病菌基因组ISSR分子指纹分析

多主棒孢菌(Corynespora cassiicola)是危害黄瓜、番茄、橡胶等作物的重要病原真菌。研究不同地区、相同或不同寄主棒孢菌的遗传多样性,对了解多主棒孢菌的遗传分化和病害防治具有重要意义。本研究从天津、山西、河南、河北、山东、辽宁等黄瓜主产区共采集、分离纯化得到32个黄瓜多主棒孢菌菌株,对其生物学培养特征以及ISSR遗传变异进行了分析。菌株培养特征表明,在供试32个菌株中,Ⅰ型菌株有24个(5-28号),占75%,其菌落黑褐色,边缘浅绿,菌丝生长旺盛,PDA培养基上产孢量较少;Ⅱ型菌株4个(1-4号),占12.5%,菌落黑色,粉末状,PDA培养基上可大量产孢;Ⅲ型菌株4个(29-32号),占12.5%,菌落浅灰色或灰白色,菌丝疏松,基物浅粉色,PDA培养基上产孢量极少。其中Ⅰ型菌株占75%,为病菌优势小种。对该32个菌株和2个番茄寄主分离的多主棒孢菌株多样性进行了ISSR指纹分析,23条ISSR引物共扩增获得204个位点,其中194个为多态位点,占95.10%。32个黄瓜寄主的菌株间遗传变异较大,两两间的遗传相似系数在0.627 5~0.995 1之间。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数为0.65时,将34个菌株分为4个组,每组包含的菌株数分别为26、5、1、2。聚类分析结果显示,来源于黄瓜和番茄寄主上的菌株遗传分化较大,在相似系数为0.31时可以明显分为两簇。从多态性分析及聚类结果看,病菌分化与地理来源无明显的相关性,但与寄主来源可能存在相关性。该研究充分说明黄瓜棒孢叶斑病菌基因组在SSR区域具有丰富的遗传多态性,为黄瓜棒孢叶斑病抗病育种以及综合防治提供了重要的理论参考,并可以为多主棒孢菌的分类鉴定及系统发育研究提供依据。     

山东省番茄灰霉病菌种类与遗传多样性研究

利用单孢分离的方法从山东省11个地区的番茄病害标本上分离获得66个灰霉病菌菌株,通过形态学观察和5.8S rDNA-ITS序列分析,该66个菌株均为灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)。通过序列比对,该66个菌株的ITS序列属于两种类型,并且两种ITS序列只有单碱基差异。利用ISSR（inter-simple sequence repeats）标记技术对66个菌株进行遗传多样性分析,结果获得24个ISSR分子标记,其中58.33%的片段具有多态性,该结果表明菌株种群间遗传多样性不丰富。UPGMA聚类分析将66个菌株划分成4个遗传聚类群,遗传聚类群的菌株组成表明遗传群组的划分与菌株的种类和地理来源存在一定的相关性。     

双孢蘑菇栽培菌株遗传多样性的DNA指纹分析

对双孢蘑菇206个栽培菌株的总DNA进行大规模的SRAP、ISSR和RAPD分析,共获得15条SRAP、3条ISSR和2条RAPD标记。利用这20个标记对206个菌株进行聚类分析,获得亲缘关系树状图。结果显示在28%的相似值上,206个菌株可以分为高产型和优质型两大类群,而在100%相似值上,可分为大小72个类群,每群包含菌株数为1~31不等。     

烟草赤星病菌遗传多样性ISSR和RAPD标记比较分析

对分离出的链格孢菌株用ISSR和RAPD分子标记技术分析研究其遗传多样性,比较2种分子生物学方法在链格孢遗传分析中的优劣,为研究烟草赤星病菌遗传多样性及烟草抗病品种的培育奠定基础。采用ISSR和RAPD分子标记方法对来自不同地区的28份烟草赤星病菌进行遗传多样性分析,筛选出10个ISSR引物和10个RAPD引物;ISSR扩增出多态性条带112条,多态性条带比率为86.82%,菌株间相似性系数为0.53~0.97;RAPD引物扩增出多态性条带70条,多态性条带比率为81.39%,菌株间相似性系数为0.57~0.94。用SPSS 17.0 软件对2种标记遗传距离进行相关性分析,发现2种分子标记结果呈显著正相关,表明2种分子标记方法都适合于烟草赤星病菌遗传多样性研究,ISSR是一种多态性优于RAPD的标记技术。根据2种标记的结果,利用NTSYS软件按UPGMA方法进行聚类分析,发现烟草赤星病菌遗传多样性与地理差异没有显著相关性。     

黄瓜棒孢叶斑病菌的分子鉴定及rDNA-ITS序列分析

为了分析不同地区黄瓜棒孢叶斑病菌的种内分化,能够准确地鉴定该病菌,以服务于黄瓜抗病育种,对2007-2014年采集的黄瓜棒孢叶斑病菌多主棒孢经单孢纯化获得34个菌株。利用公开发表的特异性引物CCF/CCR对其进行了PCR分子鉴定,结果表明:34个菌株均扩增得到了预期272 bp的特异片段,说明均为多主棒孢菌。应用真菌核糖体rDNA区通用引物ITS1和ITS4分别扩增各个菌株的r DNA内转录间隔区序列,经测序并比对分析,34个菌株均扩增得到了559 bp的特异片段,其中32个从黄瓜上分离的多主棒孢病菌菌株碱基序列完全一致,2个从番茄上分离的菌株碱基序列完全一致,二者的差异在于2个SNP位点T-C、G-A的突变,二者相似度为99.64%。说明,多主棒孢菌属种间的ITS区序列高度保守,利用ITS序列分析方法可以为多主棒孢菌的分类鉴定及系统发育研究提供依据,可以区分出黄瓜和番茄寄主上的多主棒孢菌。     

黑龙江省马铃薯早疫病菌遗传多样性分析

为了解黑龙江省侵染马铃薯的早疫病菌菌株的遗传特性,利用RAPD和ISSR分子标记对来自黑龙江省马铃薯主产区不同地点的67株早疫病菌的遗传多样性进行分析,结果表明,用5条RAPD引物共扩增出53个条带,多态性位点占75.4%;用10条ISSR引物共扩增出93个条带,多态性位点占88.2%。聚类分析结果显示,RAPD和ISSR分子标记均可将供试早疫病菌株划分为不同的组,说明早疫病菌具有明显的遗传分化现象,但菌株聚类组群的划分与地理来源关系不大。研究结果可为黑龙江省马铃薯抗病育种和早疫病防治提供理论依据。     

肺形侧耳菌株的遗传差异分析与农艺性状评价

分析评价肺形侧耳菌株的遗传多样性及其农艺性状,为肺形侧耳种质资源分类鉴定及遗传育种等提供理论参考。结合拮抗试验、ISSR分子标记技术和农艺性状评价等方法,综合分析10个不同来源、产量较高的肺形侧耳菌株的遗传多样性。结果表明,10个供试肺形侧耳菌株遗传相似水平为0.63~0.92,其中以PL7和PL8的遗传相似系数最高,说明两者亲缘关系最近;其余各菌株间遗传相似系数较低,亲缘关系较远。当相似系数为0.69时,10株肺形侧耳菌株可以分为3个类群;供试菌株在苹果木屑和玉米芯基质上的生物学转化率为75.64%~88.21%,农艺性状存在较大差异,菌盖颜色包括黄白、灰色、白+褐、淡黄、褐色、深灰色6种,菌柄分为细长、中粗、粗长3类。结合ISSR分子标记技术、拮抗对峙试验和农艺性状评价等方法可以准确对供试肺形侧耳菌株进行遗传差异鉴定,表明供试肺形侧耳菌株具有较丰富的遗传差异和遗传多样性。     

基于ITS的烤烟棒孢霉叶斑病菌分子鉴定与生物学特性

为明确贵州烤烟棒孢霉叶斑病病原菌种类及生物学特性,本研究采用常规组织分离法对贵州省采集的烟叶进行病原菌分离与纯化,根据柯赫氏法则进行致病性测定,得到两个代表菌株YC1002和YC1104,通过形态学特征及ITS序列将其鉴定为多主棒孢霉(Corynespora cassiicola).生物学特性研究结果表明:病原菌在胡萝卜琼脂培养基(CA)上生长最快,在燕麦琼脂培养基(OA)上产孢量最多,最适生长温度为30℃,最适宜pH 6,菌丝致死温度为52℃ 10 min,光照对菌落生长影响不大.最适碳源为麦芽糖和可溶性淀粉,最适氮源为甘氨酸和苏氨酸.研究结果可为生产上烤烟棒孢霉叶斑病的有效防治提供一定的理论依据.     

18个茶树菇菌株的亲缘关系分析及农艺性状评价

为获得不同来源茶树菇的亲缘关系并筛选适合工厂化生产综合农艺性状较优菌株,以18株(4株野生菌株、7株栽培菌株、5株经钴60辐照诱变菌株和2株搭载神州十号的航天飞船诱变菌株)茶树菇菌株为试验材料,采用分子标记ISSR、拮抗和同工酶技术进行菌株分型和亲缘关系分析;通过分析菌盖厚度和直径、菌柄长度和直径、生育期、产量,对18...     

冬瓜枯萎病菌核糖体rDNA ITS区的克隆与序列分析

采用镰刀菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR扩增冬瓜枯萎病菌核糖体基因ITS区,并对产物进行克隆和序列分析;利用Mega 4.1软件对序列及GeneBank中以葫芦科为寄主的镰刀菌不同专化型ITS序列进行聚类。冬瓜枯萎病菌ITS全长1 063 bp,其中包括18S rDNA一部分序列,5.8S rDNA,ITS1和ITS2全部序列及28S rD-NA部分序列。聚类结果将15个菌株ITS序列划分为2个类群,类群I包括4个菌株,分别为2个西瓜枯萎病菌株和2个甜瓜枯萎病菌株;类群II包括11个菌株,其中冬瓜枯萎病菌株就在该类群中,其余为甜瓜枯萎病菌株5个、西瓜枯萎病菌株3个、黄瓜枯萎病菌株、丝瓜枯萎病菌株和葫芦枯萎病菌株各1个。     

白酒草属3种外来植物对黄瓜靶斑病菌的抑菌作用

为了解白酒草属3种外来植物的抑菌作用,并探讨其可能的亲缘关系,采用生长速率法测定白酒草属3种外来植物小蓬草、香丝草、苏门白酒草丙酮浸提液对黄瓜靶斑病菌菌丝生长的影响。结果表明：小蓬草、香丝草、苏门白酒草浸提液对黄瓜靶斑病菌菌丝生长均有抑制作用,且抑制率随浸提液质量浓度的提高而增大,随培养时间的延长而降低。相同浓度下,对菌丝生长的抑制作用最强的是小蓬草浸提液,苏门白酒草与香丝草浸提液对菌丝生长的抑制率较低。3种外来植物中,苏门白酒草与香丝草抑菌率较接近,化学成分、亲缘关系可能较近。     

豇豆轮纹病病原菌鉴定及ITS分析

为了解豇豆轮纹病病原,本研究采用形态观察、分子鉴定和系统进化分析的方法,对采自海口、澄迈、定安、文昌、万宁、陵水、三亚、乐东、东方、五指山等10个市县的豇豆轮纹病病样,进行了病原鉴定和ITS分析。结果表明:病原分离物具有多主棒孢霉(Corynespora cassiicola)的形态特征。其分生孢子梗褐色,数根丛生或单生,不分枝,直立或弯曲;分生孢子顶生,单生,倒棍棒形、圆柱形,正直或弯曲,褐色、淡橄榄色,具多个隔膜,顶部稍钝,基部有明显的脐。进一步序列分析发现其与NCBI数据库中多主棒孢霉(C.cassiicola)的多条ITS序列相似性达99%以上;系统进化树上,全部分离物聚在一个进化分支上,遗传距离近,差异极小;与对照豇豆炭疽病菌在不同的进化分支上,遗传距离远。综合形态学和ITS分析,将豇豆轮纹病病原鉴定为多主棒孢霉(C.cassiicola)。研究结果为明确豇豆轮纹病病原遗传多样性、成灾机理和防治技术提供参考依据。     

The Monitoring of Cultural Characteristics,Pathotype, Pathogenicity Differentiation and ISSR Genetic Variation of Verticillium Dahliae Isolates from Cotton in Northern Xinjiang

[Objective] This research focused on determining the strains variation and pathogenic differentiation of Verticillium dahliae from cotton in north of Xinjiang. [Method] Seventeen Verticillium dahliae single spore strains were recovered from cotton in northern Xinjiang. Cultural characteristics, pathotype, pathogenicity and ISSR genetic variation of these strains were studied. [Result] The results indicated that all the examined strains were sclerotia type and the defoliating and non-defoliating strains accounted for 76.5% and 23.5%, respectively. The average disease index of defoliating strains (58.72) was slightly higher than non-defoliating strains (52.7). Comparing with nondefoliating strains, defoliating strains had higher disease index on Simian 3 cultivar and lower disease index on Ao 3503. Based on average disease index, the tested isolates could be divided into strong pathogenic type, middle pathogenic type and weak pathogenic type. No strains were weak pathogenicity, while the strong pathogenic strains and middle strains occupied for 94.12% and 5.88%, respectively. The genetic variation of these isolates was wide from ISSR fingerprint analysis and had certain correlation to pathotype. Most of the defoliating strains and non-defoliating strains were in different clades, respectively. The results also showed three defoliating strains xj13-3①, xj13-3② and xj13-3③ isolated from the same field were in different sub-clades. [Conclusion] These results indicate complicated genetic variation ofVerticillium dahliae in northern Xinjiang.     

太行菊DNA提取和ISSR标记的筛选与优化

为了探索太行菊DNA的适宜提取方法,获得适用于太行菊的ISSR标记,以太行菊为试验材料,采用常规CTAB法、改良CTAB法和SDS法提取太行菊总DNA,利用提取的太行菊DNA对ISSR引物进行了筛选和优化。结果表明,改良CTAB法提取的DNA产率高且稳定,无明显降解,杂质少。以改良CTAB法提取的DNA为模板,应用ISSR引物对总DNA进行扩增,进而从测试的50条ISSR引物中选出了扩增效率高,条带丰富的15条引物。通过设置温度梯度对每条引物的反应条件进行了优化。最后,使用引物UBC848对部分群体样品进行检测,得到了效果稳定、重复性好的扩增结果。上述结果表明,通过温度梯度筛选出的ISSR引物适用于太行菊的群体遗传学研究。     

利用ISSR标记分析海南岛五节芒的遗传多样性

对7份来自海南不同地区的五节芒用ISSR标记分析,采用NTSYS-pc2.10y软件得到相似性系数后,用UPGMA法进行聚类分析。实验结果显示,从42条ISSR引物中筛选出了6条合适的ISSR引物,利用这6条引物对7份五节芒材料进行扩增,一共扩增出107条带,不同引物扩增条带数15~22条不等,平均每条引物产生17.8条带,其中104条为多态性条带,占总条带数的97.2%。样品之间的相似系数（GS）在0.4673~0.8318之间,平均值为0.6816;遗传距离（GD）在0.1682~0.5327之间,平均值为0.3184。研究结果表明海南岛的五节芒具有较高的遗传多样性水平,ISSR标记方法适用于五节芒的遗传多样性分析。     

Fingerprinting in cucumber and melon (<Emphasis Type="Italic">Cucumis</Emphasis> spp.) Genotypes using morphological and ISSR markers

In the present investigation, 13 Cucumis genotypes from different geographical areas of India were screened for genetic diversity using 19 morphological traits and 15 ISSR primers. The analysis of morphological traits grouped the accessions into six clusters. Cluster V contained the maximum number of genotypes namely Kanivellari, Long Green, Andaman Local, Perundurai Local, and Sempatti Local. Clusters I and VI contained the minimum number of genotypes. Among all the characters, the highest mean value was observed in fruit length (23.38) and the lowest mean value was observed in stripes on the blossom end (1.31). The 15 ISSR primers generated 109 polymorphic alleles. The average number of ISSR alleles generated was 8.3 per primer and the level of polymorphism was 87.20%. The ISSR primer UBC 825 was highly informative with a PIC value of 0.8934. The 13 genotypes were grouped into six clusters based on ISSR markers. Cluster III contained the maximum number of genotypes, namely Kanivellari, Sankagiri Local, Perundurai Local, Long Melon, and Sempatti Local, while Clusters I, II, IV, and V (Karur Local, Andaman Local, Edapaddi Local, and N 78, respectively) contained the minimum number of genotypes. The ISSR profile generated genotypes specific allele namely, UBC 812_700bp and UBC 812_1000bp for Cluster VI which contained Cucumis genotypes collected from the northern part of India. Similarly, UBC 808 produced specific allele UBC 808_650bp formed in Cluster III which contained genotypes collected from Tamil Nadu and Kerala.