四川黄牛品种线粒体DNA 遗传多样性研究

测定了四川黄牛5个品种的线粒体细胞色素b部分片段（420bp）42个个体以及28个个体线粒体DNA控制区（D-loop）的全序列，结合已报道的中国8个黄牛品种22个个体的线粒体DNA控制区（D-loop）全序列，分析结果表明：四川黄牛的部分Cytb基因片段有5个变异位点，7种单倍型可分为以2个单倍型为主的2大类型；线粒体DNA控制区检测到64个变异位点，28种单倍型，单倍型H1～H23为普通黄牛类型，单倍型H24～H28为瘤牛类型的单倍型。在四川黄牛中，67．86％为普通牛类型，32．14％为瘤牛类型。研究结果表明四川黄牛主要有2类母系来源。     

贵州威宁黄牛线粒体DNA D-loop区全序列分析

为了解贵州威宁黄牛的遗传多样性及遗传背景，测定了19个个体的线粒体DNAD-loop区全序列。威宁黄牛D-loop区全序列中，A＋T平均含量为61．4％，G＋C含量为38．6％。经比对，共检测到威宁黄牛D-loop区8种单倍型，核苷酸多态位点45个，其中7种为普通牛血统的单倍型，1种为瘤牛血统的单倍型，表明威宁黄牛同时受到普通牛和瘤牛的影响。在威宁黄牛19个个体中，其单倍型多样度为0．715，核苷酸歧异度（π值）为2．415％，表明威宁黄牛品种的遗传多样性丰富。     

夏南牛与13个黄牛群体mtDNA及微卫星DNA遗传多样性比较研究

采用mtDNA和微卫星DNA两种标记方法,对夏南牛与13个黄牛群体的179个个体进行遗传多样性和群体间的亲缘关系及母系起源分析。通过测定14个黄牛群体179条mtDNA D-loop区序列,共发现124个变异位点和60种单倍型,表明14个黄牛群体具有丰富的遗传多样性。夏南牛群体mtDNA D-loop区序列共发现49个变异位点和7种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.732±0.017,其单倍型多样度较中国地方牛种低,中国黄牛具有更丰富的遗传多样性。通过测定9个具有高度多态性的微卫星座位的等位基因数(Na)、平均杂合度(H)和多态信息含量(PIC),表明9个微卫星位点在60个夏南牛个体中共发现47个等位基因,平均每个位点的有效等位基因数为1.229~6.584。总群体的PIC和H分别为0.608~0.798和0.695~0.837,夏南牛的PIC和H分别为0.692和0.715,夏南牛的遗传多样性较中国黄牛低,中国黄牛群体的遗传多样性高于外来牛种,这一结果和群体间mtDNA D-loop区研究结果一致。构建的NJ系统进化树显示14个黄牛群体主要起源于普通牛和瘤牛,夏南牛受瘤牛的影响更大,具有瘤牛和普通牛的种质特征。本研究为夏南牛遗传资源的保护、合理利用和选育改良提供了理论依据。     

黔西化屋苗寨黑土鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析

为了对黔西化屋苗寨黑土鸡线粒体DNA控制区进行分子遗传学研究,试验采用PCR扩增线粒体DNA控制区第Ⅰ高变区进行直接测序分析的方法。结果表明:在所分析的D-loop区序列(521 bp)中,A、G、C、T 4种碱基的平均含量分别为27.55%、12.60%、29.65%、30.20%;共发现16个核苷酸多态位点,核苷酸多样度(Pi)为0.008 26,单倍型变异度(Hd)为0.594,通过群体构建的NJ系统发育树发现,黔西化屋苗寨黑土鸡起源于红色原鸡,部分个体与乌蒙乌骨鸡、威宁鸡的亲缘关系较近。     

温州水牛线粒体DNA D-loop遗传多态性分析

以30头温州水牛为研究对象,对每个个体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区915bp全序列进行了分析研究,结果共检测到14种单倍型,50个核苷酸多态位点,其中出现核苷酸转换48个,颠换2个.温州水牛mtDNAD-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0184,单倍型多样度(H)为0.8575,表明温州水牛线粒体DNA遗传多样性丰富.NJ聚类分析表明,温州水牛有2个母系起源.     

广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区序列多态性及起源分析

【目的】探究广西3个地方黄牛品种线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop区）序列的多态性及其母系起源,为广西地方黄牛品种的选育、系统分类和开发利用提供科学依据。【方法】利用PCR扩增、测序和生物信息学方法对广西3个地方黄牛品种（南丹黄牛、隆林黄牛和涠洲黄牛）mtDNA D-loop序列进行多态性分析与系统发育进化树构建。【结果】从广西3个地方黄牛品种127个个体mtDNA D-loop区序列中检测到27种单倍型,其核苷酸多态位点65个,多态位点占所测核苷酸总长（908~912 bp）的7.143%,其中有61个转换、3个颠换和1个转换/颠换共存。广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区单倍型多样度（H）为0.339~0.795,核苷酸多样度（π）为 0.31%~2.54%,表明广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传多样性存在较大差异,其中,南丹黄牛具有更丰富的遗传多样性,隆林黄牛次之,涠洲黄牛的遗传多样性较贫乏。聚类分析结果表明,广西3个地方黄牛品种具有普通牛和瘤牛2大母系起源,受瘤牛起源影响更明显。【结论】广西3个地方黄牛品种具有瘤牛和普通牛两大母系起源,但受瘤牛影响更明显。隆林黄牛与南丹黄牛为瘤牛和普通牛的混合母系起源,而涠洲黄牛为纯正的瘤牛母系起源,因此,应加强对广西地方黄牛品种资源,尤其是对涠洲黄牛品种资源的保护力度。     

贵州黎平黄牛线粒体DNA D-loop区全序列初步分析

为了解贵州黎平黄牛的遗传多样性及遗传背景,我们测定了20头黄牛的线粒体DNA D-loop区序列。结果检测到8种单倍型,其中4种为普通牛血统的单倍型,4种为瘤牛血统的单倍型,表明黎平黄牛同时受普通牛和瘤牛的影响。该研究对于黎平黄牛的保种及持续利用有着重要的理论指导意义。     

基于mtDNA D-loop序列分析探究青海雪多牦牛的遗传多样性及母系遗传背景

为从分子水平上探究青海雪多牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,对33头雪多牦牛的线粒体DNA(mt DNA)D-loop区部分序列进行了测定,统计计算了多态位点、单倍型数目、核苷酸多样度和单倍型多样度。结果表明:在获得的636 bp D-loop序列中,排除3处插入/缺失后共检测到42处多态位点,其中单一多态位点9处,简约多态位点33处;共确定了19种单倍型,单倍型多样度为0.9000±0.043,核苷酸多样度为0.01173±0.00305,表明雪多牦牛具有丰富的母系遗传多样性;系统发育分析结果表明,雪多牦牛19种单倍型可分为2个支系,推测其具有2个母系起源。     

崇仁麻鸡mtDNA D-loop区遗传结构与遗传多样性分析

为研究崇仁麻鸡线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区遗传多样性和遗传结构，试验采用PCR产物直接测序的方法，测定崇仁麻mtDNA D-loop区的全序列，并与其他5个红色原鸡亚种进行系统进化关系分析。结果显示：30个样本的mtDNA D-loop区序列长度范围为1 231～1 232 bp，共发现27个多态位点，单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异（K）数值分别为0.947、0.006 89和8.476。群体中16种单倍型划分为A、B、C和E单倍型类群。研究表明，崇仁麻鸡具有较高的线粒体遗传多样性，可能来源于不同的母系。     

中国水牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源

[目的]检测中国水牛21个群体232条线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化关系.[方法]PCR扩增、测序和生物信息学方法.[结果]发现232条序列中共有87种单倍型,其核苷酸多态位点88个,其中有79个转换,6个颠换,3个颠换与转换共存.中国水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值) 为0.01403±0.00178, 单倍型多样度(H)为0.8460±0.0240,表明中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富.根据单倍型构建了中国水牛的NJ分子系统树,发现中国水牛变异类型主要为两个大支系A和B,表明中国水牛有两个主要母系起源.进一步分析发现支系B具有较大的差异,可以细分为两个亚支B1 和B2.[结论]中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富,有2个母系起源.     

鲁西牛不同杂交组合生产性能比较分析

试验旨在探索鲁西黄牛与不同优良肉牛品种的杂交效果，提高鲁西黄牛的生产性能。选取111头健康公牛分为4组：A组为29头利木赞牛×鲁西牛杂交牛（利鲁牛）；B组为26头西门塔尔牛×鲁西牛杂交牛（西鲁牛）；C组为27头和牛×鲁西牛杂交牛（和鲁牛）；D组为29头纯种鲁西牛。在相同饲养管理条件下进行育肥及屠宰试验，并对育肥效果进行综合分析。结果显示，利木赞牛、西门塔尔牛、和牛对鲁西牛均有较好的杂交改良效果；平均日增重以西鲁牛最高，极显著高于其他3组牛（P<0.01）；宰前活重、胴体重、屠宰率均以西鲁牛最高，显著高于其他3组牛（P<0.05）；和鲁牛大理石花纹沉积能力最强；日平均采食量和日平均饲料成本在各组间差异均不显著（P>0.05）。综合分析，从产肉量来讲，西鲁牛最佳；从大理石花纹沉积能力来讲，和鲁牛最佳。     

3个品种兔微卫星标记的遗传多样性研究

为分析福建黄兔、新西兰兔、日本大耳白兔群体内的遗传变异情况和群体间的遗传相关性,本试验选取3个品种兔各25只,分别耳静脉采血并采用试剂盒抽提全血基因组,运用15个微卫星标记,结合荧光PCR技术和毛细管电泳方法获得目的片段,通过计算等位基因数、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量和遗传距离,分析3个品种兔的遗传多样性。结果显示,3个品种兔在15个座位共检测到110个等位基因,平均等位基因数为7.3个,其中福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别检测到95、95和88个等位基因,且分别在11、12和11个微卫星座位表现为高度多态,表明3个品种兔在筛选的15个微卫星座位均呈现较丰富的遗传多态信息。Hardy-Weinberg遗传平衡检验结果表明,福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别有8、8和6个座位处于Hardy-Weinberg不平衡状态。Nei氏遗传距离分析显示,福建黄兔与新西兰兔、福建黄兔与日本大耳白兔、新西兰兔与日本大耳白兔的Nei氏遗传距离分别为0.1761、0.2347和0.0432。遗传距离越小时,相似度越高,亲缘关系越近,因此,新西兰兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最近,福建黄兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最远。     

鲁西牛群体遗传多样性与生长发育性状的微卫星标记研究

以120头鲁西牛为研究对象,选用分布于牛60条染色体的30对微卫星引物中多样性丰富的8对微卫星位点,探讨与鲁西牛生长发育性状相关联的分子遗传标记。本研究采用微卫星标记技术和最小二乘线性模型,检测了鲁西牛群体的遗传多样性和分析了与鲁西牛生长发育性状相关的标记效应。结果,共检测到34个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数为3～6个,平均等位基因数为4.25,该群体的基因平均杂合度(H)为0.561 3,多态信息含量(PIC)为0.498 3。结果表明,7个微卫星座位的不同基因型之间的差异达到显著(P<0.05)或极显著水平(P<0.01)。影响相应性状的最有利基因型分别是ETH185座位的AE与体高,BM711座位的CC和BM1824座位的BB与体长,TGLA53座位的AD和BM711座位的CC与管围,BM1824座位的BB和DVGA55座位的AB与腹围,TGLA53座位的AC、ETH185座位的BD、BM711座位的AB、DVGA46座位的AC、DVGA44座位的BB和DVGA55座位的BB与体质量。而对生长不利的基因型有:DVGA46的AD型,DVGA44的AD型,DVGA55的AA型和ETH185的BC型。...     

8个牛品种的大理石花纹评分相关基因变异的微卫星DNA池分析

本研究以8个牛品种为研究对象,利用与大理石花纹评分基因相关的7个微卫星位点结合DNA池分析技术,探讨微卫星DNA多态性与8个牛品种大理石花纹评分间的关系,并根据性状同质性原理预测品种组合,以加快生产出高端"雪花"牛肉。结果表明:日本和牛与荷斯坦牛、安格斯牛、渤海黑牛的相似性系数均超过0.8,而日本和牛与其他牛品种的的相似性系数均小于0.8。利用MEGA4软件采用邻接法进行聚类,利木赞牛与西门塔尔牛先聚合在一起,再与草原红牛聚合;渤海黑牛与鲁西黄牛2个地方良种聚合在一起,以上5个品种聚为第1大类。荷斯坦牛与日本和牛聚合,再与安格斯牛聚在一起,它们聚为第2大类。根据本研究结果和国外肉牛杂交生产实践,从牛肉大理石花纹性状的同质性出发,建议利用日本和牛、荷斯坦牛为亲本,杂交生产高档"雪花"牛肉,以解决我国的肉牛牛源短缺问题。     

4个肉牛品种微卫星多态性分析

本研究探讨了引进牛种（西门塔尔牛、利木赞牛）和山东地方黄牛（鲁西黄牛、利鲁牛）在20个微卫星位点上的多态性。试验从不同地区的种公牛站采集鲁西黄牛、利鲁牛、利木赞牛和西门塔尔牛的血液或精液样本,分别为56、27、31和30个,共计144个样本,血液样本采用Lab-Aid基因组DNA分离试剂盒提取基因组DNA,精液样本采用高盐法提取基因组DNA。利用20个微卫星标记,采用荧光标记毛细管电泳方法,对4个肉牛品种的DNA多态性进行分析,主要研究了每个群体的遗传变异指标（等位基因数、多态信息含量和杂合度）及群体间的遗传关系（F-统计量和基因流）。结果表明,肉牛基因组DNA条带整齐,无拖尾现象,质量较好,可用于本试验。20个微卫星座位中共检测到211个等位基因,平均等位基因数为10.6个。群体的平均观测杂合度在0.6147~0.7176之间,平均期望杂合度在0.6735~0.7862之间。在所有群体中各位点的多态信息含量在0.4853~0.8714之间,平均为0.7284,但在各个群体内的差异较大。近交系数及基因流分析结果表明,4个肉牛品种近交系数较低,群体间平均近交系数为0.085,每个微卫星位点的基因流均>1。总体来看,所选用的20个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于肉牛品种间遗传多样性分析。     

Rapid assay for repair of damage induced by ultraviolet light in bovine lymphocytes

Bovine peripheral blood lymphocytes exhibit a peak of deoxyribonucleic acid (DNA) repair, measured after exposure of cells to ultraviolet light, three to four days after phytohaemagglutinin addition to diluted blood cultures. This peak of DNA repair is induced coincidentally with that of DNA replication. DNA repair is determined in the presence of hydroxyurea which inhibits DNA replication. This assay provides a rapid screening method for deficits in DNA repair synthesis in cattle.     

鲁西黄牛MSTN基因上游序列多态性对转录表达的影响

肌肉生长抑制素（myostatin,MSTN）基因是转化生长因子-β（transforming growth factor-β,TGF-β）超家族的新成员。为了研究鲁西黄牛MSTN基因上游序列多态性与转录表达的关系,本试验提取鲁西黄牛腿肌组织细胞的基因组,扩增出MSTN基因上游序列,构建进化树并通过基因测序确定其上游序列中存在单核苷酸多态位点,多态位点位于起始密码子上游805 bp处。构建表达载体,在体外对C2C12细胞进行转染,从而验证MSTN基因上游序列多态位点对转录的影响。结果显示,MSTN基因上游序列中单个核苷酸的改变会影响其下游基因的表达水平。推测在体内MSTN基因上游序列中单核苷酸多态性能够影响基因的转录活性,在调节基因转录的过程中起着重要作用。     

Japanese black cattle with orotic aciduria detected by gas-chromatography/mass-spectrometry

A 4-months-old calf of Japanese black cattle was diagnosed with orotic aciduria by gas-chromatography/mass-spectrometry (GC/MS). Until now orotic aciduria had not been reported in Japanese black cattle. The animal showed repeated diarrhea. The hematocrit was low, and microcytes and acanthocytes were observed in blood smears. The calf had lower serum total protein concentrations with a higher blood ammonia concentration. Needle-shaped crystals of orotic acid were observed in urinary sediments. Sequence homologous analysis with cattle uridine monophosphate synthase DNA indicated silent mutation in the affected calf.     

鲁西黑头肉羊与小尾寒羊肉质性状的比较研究

 分别选4只5月龄鲁西黑头肉羊和小尾寒羊屠宰，测定常规指标，同时取背最长肌和股二头肌测定肌肉中化学成分、氨基酸、脂肪酸、矿物质和微量元素含量。结果表明：鲁西黑头肉羊屠宰率为55.09%，比小尾寒羊提高8.83个百分点，净肉重比小尾寒羊提高32.48%（P＜0.01）；眼肌面积比小尾寒羊增加27.2%(P＜0.05）。经测定，鲁西黑头肉羊与小尾寒羊肌肉的pH值，肌肉的剪切力，肌纤维密度，粗蛋白质和18种氨基酸总量等均与小尾寒羊差异不显著。鲁西黑头肉羊ω-6与ω-3脂肪酸的比例为4.54～5.17∶1，肌肉中S∶M∶P比接近1∶1∶1，达到世界卫生组织和联合国粮农组织推荐标准。综合分析表明，鲁西黑头肉羊肌肉硬脂酸含量低，膻味轻，而且胆固醇含量低（59.19 mg），肉质品质好，是生产优质高档羊肉的理想群体。