线粒体ISSR与SCAR标记鉴定大豆细胞质雄性不育系与保持系

通过提取细胞质雄性不育系和同型保持系的线粒体基因组DNA,用100条ISSR引物进行筛选,发现引物ISSR829的扩增片段在不育系和保持系间存在差异。对差异片段进行测序发现,该序列仅存在于保持系线粒体基因组中,且位于基因Atp6上游2 000 bp处,推断其可能与不育有关。利用测序获得片段设计引物,用目前已育成的5个大豆杂交种的不育系母本和同型保持系的基因组DNA为模版,进行PCR扩增,发现不育系母本未出现特异片段,而对应保持系出现目的片段,表明该特异片段转化为SCAR标记,可用于不育系的筛选和不育系种子纯度鉴定。     

太空诱变玉米雄性不育突变体的DNA-AFLP分析

利用AFLP标记及克隆测序技术对太空诱变玉米雄性不育突变体的基因组DNA进行分析,寻找与不育性状紧密连锁的分子标记。在供试的56对引物中,32对引物能够扩增出稳定、清晰的条带,4对引物能够在不育株和可育株之间扩增出多态性条带。通过对多态性片段的回收、克隆测序及序列分析结果表明,不育株特有的条带(Zmd1-302)与玉米基因组的克隆(AC187265)和玉米雄配子cDNA文库中的EST序列(gi33771201)同源性都很高,推测该片段和玉米太空诱变核不育之间的育性差异有关。将具有多态性的AFLP标记转化为SCAR标记,3对SCAR引物在8个不育单株和8个可育单株中均有扩增,通过聚丙烯凝胶电泳未检测到不育和可育之间的长度多态性,序列比对分析发现不育与可育之间存在多个单碱基差异。     

能源甘蔗亲本分子标记初步研究

应用ISSR和RAPD标记对6个能源甘蔗亲本构建的分离群体进行甘蔗亲本的分子遗传初步分析,结果显示,在供试亲本间扩增出的多态性引物中,RAPD扩增的PPB值为43.80%,平均PIC值为0.755;ISSR的PPB为46.30%,平均PIC为0.677,说明ISSR比RAPD的多态性检测水平略低,但重复性优于RAPD,利用其中的ISSR引物UBC845对5个半同胞群体的分析结果呈1∶1分离。     

利用ISSR和SRAP标记分析耐抽薹大白菜的遗传多样性

对36个耐抽薹大白菜品种进行ISSR和SRAP分析.结果表明:10个ISSR引物共扩增出120条清晰的谱带,其中76条为多态性条带,占63.3％;12对SRAP引物,共扩增出218条清晰的谱带,其中多态性谱带160条,占73.4％.ISSR标记聚类分析将供试种质分为3个类群6组,分类结果与供试耐抽薹大白菜地理分布相似;SRAP标记聚类分析将供试种质分为3个类群5组,标记划分类群与叶色分类比较接近.ISSR和SRAP标记的遗传相似性系数不显著相关(r=0.150).两个标记整合后聚类分析可检测到更大的遗传变异.     

利用RAPD、ISSR分子标记分析野牡丹属亲缘关系

采用ISSR和RAPD分子标记技术对9个种44份野牡丹属种质资源进行了亲缘关系分析。结果表明:11条ISSR引物共扩增出91条谱带,其中多态性条带90条,多态性条带的比率为98.9%;16条RAPD引物共扩增出113条谱带,其中101条多态性条带,多态性比率为89.38%。2种分子标记相比较,ISSR分子标记检测出的多态性比率更高。44份野牡丹属种质明显聚为2组,种质资源遗传相似系数在0.61~0.88,平均相似系数0.75。基于不同引物的条带组合构建了供试的44份野牡丹属种质资源的ISSR和RAPD指纹图谱,采用这2种指纹图谱可对供试的所有野牡丹属种质资源进行鉴定。     

华山新麦草3Ns染色体特异SCAR标记的开发

为快速准确地建立小麦-华山新麦草杂交后代的分子标记鉴定方法,采用150条10bp的随机引物R1-R150对华山新麦草、普通小麦7182、中国春及华山新麦草1Ns-7Ns全套二体附加系共10个材料进行了RAPD分析,从中获得了华山新麦草3Ns染色体上2个特异RAPD分子标记片段FR-113和FR-125。克隆这两个片段并测序,发现其全长分别为543bp和515bp;分析序列后对其分别设计SCAR引物S-113和S-125,重新对10个材料进行SCAR分析,结果只在华山新麦草和小麦-华山新麦草3Ns二体附加系上扩增出了特异条带,由此证明已将华山新麦草3Ns染色体上获得的两个RAPD标记成功转化为稳定可靠的SCAR标记。这两个SCAR标记可用于检测小麦背景下的华山新麦草3Ns染色体,同时为小麦-华山新麦草杂交后代提供了分子鉴定依据。     

ISSR分子标记在芦柑提纯复壮研究中的应用

采用ISSR（Inter-simple Sequence Repeat）分子标记技术，从随机引物中筛选出能稳定扩增的14条引物，利用2条引物对供试的10个芦柑样品进行PCR扩增，获得了与母本完全一致的条带，从而可以确定鉴定样本为珠心苗。     

利用ISSR标记鉴定杂交水稻种子纯度初步研究

以华南地区生产上大面积应用的7个杂交水稻组合及其父母本为材料,研究了利用ISSR标记鉴定杂交稻种子纯度的可行性。结果从60条ISSR引物中筛选出4条引物,能分别在特定杂交稻组合的父母本间扩增出多态性条带,杂种F1代的带型除特优048、湛优226为偏父型外,其余供试杂交稻组合均为互补型,能有效将杂交稻组合与其亲本区分开,说明ISSR标记可用于杂交稻种子的纯度鉴定。     

华山新麦草2Ns染色体SCAR标记的开发

为准确快速地建立小麦-华山新麦草杂交后代的分子标记鉴定方法,利用180条长度为10 bp的随机引物R1~R180对小麦-华山新麦草全套（1Ns~7Ns）二体附加系及其亲本华山新麦草和普通小麦7182共9个材料进行了RAPD分析。结果表明,R131在华山新麦草和小麦-华山新麦草2Ns二体附加系中可以扩增出特异条带。将该特异条带回收并测序,发现其全长为1 126 bp,对其进行序列比对分析后设计SCAR引物S131,然后利用S131重新对9份材料进行了SCAR分析。结果显示,S131只在华山新麦草和小麦-华山新麦草2Ns二体附加系中扩增出特异性条带,表明RAPD标记R131已成功转化为可靠、特异的SCAR标记S131。这个新的SCAR标记可用于检测普通小麦背景下华山新麦草2Ns染色体。     

ISSR标记鉴别云南茶树种质资源的研究

利用最少数量引物获得最大鉴定能力,这对种质资源的分子鉴别尤为重要。本研究应用ISSR标记技术对134份云南茶树资源进行了分子鉴别研究,用3种独立的方法对茶树种质资源进行了鉴别:特殊标记、特异的谱带类型和不同引物提供谱带类型组合。结果表明,UBC807等12个引物扩增的10个特异标记的存在和15个特异标记的缺失,可以为香竹箐大山茶等21份资源提供鉴别依据。引物UBC811扩增的54种谱带类型可以为海南大叶茶1等35份资源提供鉴别依据。UBC811、UBC835、ISSR2、ISSR3等4个引物带型的组合可以鉴别所有的134份茶树资源,并为这134份云南茶树资源的构建了可以相互区别的DNA指纹图谱。     

小麦抗叶锈基因 Lr20、 Lr28、 Lr29的STS、SCAR标记在近等基因系上的特异性验证

为了把特异性分子标记与抗病性鉴定有效地结合起来,用含有不同抗叶锈基因的54个以Thatcher为遗传背景的近等基因系（Nearisogenic lines,NILs）对与抗叶锈基因 Lr20、 Lr28和 Lr29（ Lr29UBC和 Lr29OPY）连锁的STS、SCAR标记进行特异性验证,结果分别扩增出片段大小依次为540、378、1 000、900 bp的条带,与报道片段大小一致。同时发现与抗病基因 Lr20、 Lr29连锁的STS分子标记及与 Lr29连锁的两个SCAR标记 Lr29UBC、 Lr29OPY在NILs中特异性较好,但 Lr28的PCRSTS Lr28扩增产物不仅在其亲本中,而且在其余53个近等基因系中都扩增出与报道大小相同的378 bp的条带。验证结果表明,与抗病基因 Lr20、 Lr29连锁的STS、SCAR分子标记在NILs中特异性较好,可方便地用于小麦抗叶锈的分子标记辅助选择育种,而 Lr28的STS分子标记没有特异性,不能用于分子标记辅助选择育种。     

1个与卡瓦胡椒特异的SCAR标记的获得

采用6份卡瓦胡椒材料、21份栽培胡椒和野生胡椒材料、1份不同属的草胡椒材料共计28份试验材料,在对它们进行了RAPD研究的基础上,进行了SCAR分子标记研究。设计1对卡瓦胡椒特异SCAR引物P8.1和P8.2,用这对特异引物对本次试验的28份材料进行PCR扩增,结果只有6份卡瓦胡椒材料扩增出了预期大小355bp的特异带,其它材料均无任何扩增。这说明引物P8.1和P8.2为卡瓦胡椒特异SCAR引物,这对卡瓦胡椒种质资源的鉴定有一定帮助。     

Development and Application of SCAR Markers for Discriminating Cytoplasmic Male Sterile Lines from Their Cognate Maintainer Lines in Indica Rice

The DNA fragments about 1 600 bp were amplified using random amplified polymorphism DNA (RAPD) primer OPA12 with the templates of mitochondrial DNA of Zhenshan 97A and Zhenshan 97B,and were sequenced.The nucleotide sequences and lengths of the fragments from Zhenshan 97A and Zhenshan 97B showed no difference.The precise length of the fragment was 1 588 bp.Sequence characterized amplification region (SCAR) primers were then developed to discriminate the cytoplasmic male sterile (CMS) lines and their maintainer lines.A specific 1 588 bp fragment could be amplified with SCAR primers,CHI19F2/CHI19R2 and CHI20F3/CHI23R3,in the mitochondrial DNA of Zhenshan 97A,but not Zhenshan 97B.Furthermore,the specific fragment could be also amplified from the total DNA from green leaf tissues of Zhenshan 97A with SCAR primers,but not Zhenshan 97B.With the corresponding primers,the specific fragment could also be amplified from the total DNA of green leaves of other two CMS lines with wild abortive type cytoplasm (CMS-WA),namely Zhenpin A and Tianfeng A,but not in their maintainer lines.Moreover,using total DNA as template,each of the four pairs of SCAR primers could also be used to amplify the 1 588 bp fragment in CMS-ID (Indonesia paddy type) line Ⅱ-32A,but not in II-32B,and the specific fragment was amplified from the DNA of both F1 and F2 seedlings of Shanyou 63.The results of detecting the genetic purity of a man-made mixture of the seeds of Zhenshan 97A using CHI20F3/CHI23R3 were completely consistent with the phenotypes.Taken together,these results indicated that the specific 1 588 bp-fragment amplified by CHI20F3/CHI23R3 was the unique amplification products of CMS mitochondrial DNA,and could be used to distinguish CMS-WA and CMS-ID lines from their corresponding maintainer lines at the seedling stage.     

海南部分荔枝种质的ISSR分析

从74条引物中筛选出23条多态性引物,用ISSR方法对80份海南荔枝(Litchi chinensis Sonn)种质进行分子标记分析和遗传多样性研究。结果表明,大多数种质的遗传距离在0.2￣0.5之间,说明它们的亲缘关系较近。在遗传距离为0.55的水平上,80份荔枝种质被分为7组,海垦8号、琼山3号与永25单独为一组,可能属于海南的地方种质。另外,通过与SSR,RAPD等方法对比,ISSR方法应用前景较好。     

秀珍菇菌种复壮方法比较

以从秀珍菇(Pleurotus geesteranus)污染菌包中分离得到的3个秀珍菇菌株为出发菌株,采用挑取尖端菌丝、基内菌丝及气生菌丝3种方法进行复壮处理,共获得处理菌株8个。以出发菌株为对照,比较处理菌株的菌落形态、菌丝生长速度及菌丝生物量,并通过出菇实验以及dsRNA检测,对不同复壮方法的复壮效果进行评价。结果表明:尖端菌丝和基内菌丝挑取法能显著提高出发菌株的菌丝生长速度和生物量,可以缩短出菇周期并提高出菇产量;而气生菌丝挑取法则不能对出发菌株进行复壮,其菌丝生物量和出菇产量反而比出发菌株有所降低。     

番石榴（Psidium guajava L.）资源的ISSR分析初报

用ISSR技术分析16份番石榴资源的亲缘关系.结果表明:从11条能扩增出较清晰多态性指纹图谱的引物中,筛选出了6条引物能对所有资源均扩增出可重复的清晰指纹,共扩增出44条可重复带.其中多态性带占61.4%;扩增结果可将16份供试资源一一分开,部分资源存在同名异物现象;各资源间的相似系数在0.689～0.981之间,平均为0.841.UPGMA聚类结果将16份资源分成了3组.     

运用ISSR标记鉴别水稻品种的初步研究

用4条ISSR引物对18个水稻新材料的DNA进行扩增,共出带29条,其中特异性带18条,比例为62.1%,利用这些特异性带构建各个材料的分子指纹,可以将供试材料区别开来。相对其它DNA分子标记技术而言,ISSR操作简单、检测方便、稳定性好、多态性高,是一种较理想的水稻分子指纹方法。     

中国黄淮麦区菲利普孢囊线虫淮阳和博爱致病型群体特异性SCAR标记的建立

菲利普孢囊线虫(Heterodera filipjevi)是在我国黄淮麦区新发现的小麦病原线虫,其致病力更强,危害更严重,对小麦产量和质量造成潜在威胁。病原致病型鉴定对抗病品种的筛选和培育十分重要。为了建立一套简便、快速、准确的SCAR标记检测体系,以黄淮麦区5个重要禾谷孢囊线虫致病型共9个群体为材料,首先对其进行RAPD分析,然后在RAPD分析的基础上对其进行SCAR分析。结果表明,通过筛选97条随机引物,获得2个菲利普孢囊线虫淮阳和博爱致病型群体特异的RAPD标记,其中,引物S232扩增出的多态性条带大小为550bp,引物S278扩增出的多态性条带大小为1 700bp。其后将引物S232扩增的条带进行回收、克隆及测序,根据测序结果设计的特异性引物F232-8-1/R232-8-1仅在菲利普孢囊线虫淮阳和博爱致病型群体中扩增出大小为517bp的特异性条带,而在小麦孢囊线虫其他致病型群体中没有扩增出该条带,说明菲利普孢囊线虫淮阳和博爱致病型群体SCAR标记成功建立,并将其命名为SC-S232。