马氏珠母贝4种壳色选育系RAPD反应体系优化

旨在筛选出马氏珠母贝RAPD反应的最佳体系,为不同壳色马氏珠母贝种质资源遗传多样性和亲缘关系的研究奠定基础。试验以4种壳色马氏珠母贝为材料,采用SDS法进行闭壳肌的总DNA提取并对影响RAPD扩增效果的因素进行优化。通过单因素优化筛选出最佳的25μL反应体系：10×Taqbuffer2.5μL,DNA2.0ng/μL,Mg^2＋3.0mmol/L,引物0.25μmol/L,0.2mmol/LdNTP,Taq酶1.0U;反应程序：94℃预变性5min,然后进行40个循环：94℃变性45s,39℃退火60s,72℃延伸90s,最后72℃延伸10min,4℃终止反应。结果发现,采用SDS法所提取马氏珠母贝的DNA达到RAPD反应的要求,筛选体系扩增出清晰稳定的多态性条带,可用于对马氏珠母贝遗传育种方面的研究。     

近交对马氏珠母贝生长性状、遗传多样性及矿化基因表达的影响

[目的]探讨近交对马氏珠母贝生长性状、遗传结构及矿化基因表达的影响,阐明近交引起子一代性状退化的遗传原理,为贝类品种培育提供参考依据.[方法]以两个黄壳色全同胞家系(M和N)为亲本,按照因子设计构建4个家系组合(F1:M1♀ ×M1♂;F2:M1♀ ×N1♂;F3:N1♀ ×M1♂;F4:N1♀×N1♂),比较4个家系成贝生长性状差异,利用9对SSR引物分析其遗传多样性,并以实时荧光定量PCR检测家系间矿化基因nacrein、pearlin和pif177的表达差异.[结果]4个家系间的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、平均体重和平均壳重存在明显差异,且近交家系(F1和F4)的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、平均体重和平均壳重均小于杂交家系(F2和F3),其生长性状退化率(Ⅲ)为11.7%~29.4%.家系F1、F2、F3和F4的平均观测杂合度分别为0.2525、0.3116、0.3178和0.2752,平均期望杂合度分别为0.3451、0.3822、0.4005和0.3549,平均多态信息含量(PIC)分别为0.4591、0.5389、0.4878和0.4810.杂交家系(F2和F3)矿化基因nacrein、pearlin和pif177的相对表达量均高于近交家系(F1和F4),且4个家系的生长性状平均值与3个矿化基因的相对表达量存在明显正相关.[结论]近交能导致马氏珠母贝生长性状、遗传多样性及矿化基因表达量明显降低,因此制定马氏珠母贝育种方案时应构建合理的交配组合系统,防止因近交导致性状退化与遗传多样性指标降低而影响育种进程.     

马氏珠母贝“海选1号”和对照群体生长性状的比较

[目的]研究马氏珠母贝(P.f.martensii)"海选1号"的生长性状。[方法]测定并比较马氏珠母贝(P.f.martensii)"海选1号"养殖品种和对照养殖群体的受精率、孵化率和变态率及不同月龄生长数据。[结果]"海选1号"和对照群体的受精率没有显著性差异(P0.05),"海选1号"的孵化率和变态率显著高于对照群体(P0.05);3日龄和5日龄"海选1号"幼虫的存活率和对照组不存在显著性差异(P0.05);10日龄、15日龄和20日龄"海选1号"幼虫的存活率显著高于对照组(P0.05);3日龄"海选1号"幼虫的壳长和壳高与对照组差异不显著(P0.05);5日、10日龄、15日龄、20日龄"海选1号"幼虫的壳长和壳高均显著大于对照组(P0.05);40日龄、100日龄、150日龄、250日龄和360日龄"海选1号"稚贝的壳长和壳高均显著大于对照组(P0.05)。[结论]马氏珠母贝"海选1号"较对照养殖群体具有较好的生长优势。该研究为马氏珠母贝育种工作和产业应用提供了基础数据。     

文蛤红壳色选育子代2种壳色群体生长与消化酶活性的比较

以红壳色文蛤为亲本繁殖子一代(F1)红、黄壳色文蛤为试验材料.2011年3月,对2009年8月保种选优的红壳色文蛤的养成池进行随机取样,获取726个个体,其中黄壳色文蛤181个,红壳色文蛤545个.对壳长、壳高、壳宽和体重几方面进行生长效果比较;依据壳长大小将其分为5个不同规格试验组,进行2个群体淀粉酶和纤维素酶活性比较.结果表明:(1)壳长、壳高、壳宽和体重,红壳色文蛤群体分别为(25.83 ±3.05)mm、(12.41±1.66)mm、(21.58 ±2.56)mm、(4.20±1.70)g,黄壳色文蛤群体分别为(24.65±2.82)mm、( 11.87±1.46) mm、(20.42±2.27)mm和(3.61±1.38)g,红壳色文蛤群体的生长速度明显快于黄壳色文蛤群体(P＜0.05).(2)红壳色文蛤的淀粉酶活性变化范围是1.90 ～ 3.30 U/mg,黄壳色文蛤是1.38 ～3.00 U/mg;红壳色文蛤纤维素酶活性变化范围是36.81 ～72.41 U/mg,黄壳色文蛤是29.50 ～57.18 U/mg.消化酶活性单因素方差分析表明,红壳色文蛤淀粉酶和纤维素酶活性均显著高于黄壳色文蛤(P＜0.05),多变量方差分析结果表明,壳色和壳长对文蛤淀粉酶、纤维素酶活性有极显著影响(P＜0.01),而两者的交互作用对纤维素酶影响不显著(P＞0.05),对淀粉酶的影响显著(P＜0.05).因此,不同壳色群体的生长速度与其淀粉酶和纤维素酶活性有关.     

对4个不同地理种群褶皱臂尾轮虫遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对取自大连、盘锦、东营、天津的4个地理种群的褶皱臂尾轮虫Brachionus plicatilis的遗传多样性进行了研究。在优化的RAPD反应条件下,对30个10 bp的引物进行了PCR扩增,其中26条引物所得的扩增带带型清晰且重复性好,共检测出311个位点,片段长度为190~2 000 bp。根据4个种群之间的片段共享度和Ne i的平均遗传距离得知,大连与天津种群的遗传距离最大,盘锦与天津种群之间的遗传距离最小。由UPGMA聚类可得:盘锦种群与天津种群聚在一起,然后与东营种群聚在一起,最后与大连种群聚在一起。     

3个奥利亚罗非鱼群体遗传多样性的RAPD分析和SCAR标记的转化

应用RAPD技术对3个奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)群体(奥利亚罗非鱼83系、新引进的红色奥利亚罗非鱼与奥利亚罗非鱼02系)进行遗传多样性分析.根据扩增结果统计获得群体内和群体间的遗传距离:奥利亚罗非鱼83系、红色奥利亚罗非鱼、奥利亚罗非鱼02系群体内的遗传距离分别为0.021 0,0.090 3和0.014 9;群体间的遗传距离以奥利亚罗非鱼83系与红色奥利亚罗非鱼群体间的最大,为0.135 1,奥利亚罗非鱼83系与奥利亚罗非鱼02系的遗传距离最小,为0.061 0,红色奥利亚罗非鱼与奥利亚罗非鱼02系群体间的遗传距离为0.121 8.利用MEGA3.1软件进行聚类分析,奥利亚罗非鱼83系与奥利亚罗非鱼02系首先聚为一支,然后再与红色奥利亚罗非鱼聚为一支.3个奥利亚罗非鱼群体总的Shannon多样性指数为:0.234 0,总的Nei基因多样性指数为0.152 7,3个群体的遗传分化指数(Gst)为0.507 1.上述结果说明这3个群体的群体内遗传变异较小,但群体间存在一定程度的遗传变异和遗传分化.对RAPD分析中所获得的6条特异带进行SCAR转化.S97800和S4691400两个特异片段成功转化为SCAR标记.这些标记可作为鉴别3个奥利亚罗非鱼群体的遗传标记,并将为今后的选择育种提供分子标记.     

RAPD标记对25份柑桔资源及其芽变系的鉴定和多样性分析

 利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术,对几份柑橘资源及其芽变系共计25份材料进行了鉴定和遗传多样性分析,从70个引物中筛选出多态性好的10个引物组成单引物和双引物对基因组进行扩增,共扩增出142条谱带,其中多态带72条,共同带70条,平均每个单引物出现多态带6.8条,每对双引物出现多态带1.3条。利用UPGMA法分析发现,这些基因型间的遗传相似系数在0.834～0.966之间,在此基础上,构建了各基因型的遗传关系树状图。结果表明RAPD标记可以准确鉴定出各柑橘资源及其芽变系,这25份柑橘资源代表了25个基因型。较高的遗传相似系数揭示了柑橘资源间狭窄的遗传背景。     

马氏珠母贝TTLL基因的序列特征、SNP筛选及其与生长性状的关联分析

为了探究微管蛋白酪氨酸连接酶样(tubulin tyrosine ligase-like, TTLL)在马氏珠母贝Pinctada fucata martensii中的作用,对TTLL基因的序列特征、表达模式及其SNP位点进行了相关分析。结果表明：采用RACE技术克隆获得马氏珠母贝TTLL基因cDNA全长为1 962 bp,其中,开放阅读框(ORF)为1 611 bp,编码536个氨基酸,5′UTR长134 bp, 3′UTR长191 bp; TTLL蛋白靠近N端处具有一个TTL结构域;多序列比对及系统进化树分析显示,马氏珠母贝与其他物种的TTLL氨基酸序列具有较高的同源性,并与长牡蛎Crassostrea gigas等双壳贝类聚为一支;qRT-PCR分析显示,TTLL基因在马氏珠母贝外套膜、闭壳肌、性腺、肝胰腺、鳃和足中均有表达,在性腺中表达量最高(P<0.05),在生长性状较好的大规格群体和杂交家系中高表达(P<0.05),在卵和受精卵中的表达量也显著高于其他发育时期(P<0.05);马氏珠母贝TTLL基因共有277个SNP位点,其中,109个SNP位点符合哈迪-...     

濒危树种金钱松RAPD体系的建立和遗传多样性分析

通过优化随机扩增多态性DNA（RAPD） 反应体系,对浙江省不同来源的金钱松Pseudolarix amabilis进行遗传多样性分析。结果表明：18条随机引物在62个样品中可检测到172个可重复位点,其中多态性位点有170个,多态性比率为99.2%。聚类分析的结果表明：同一来源金钱松材料聚为一类,说明金钱松天然群体的RAPD多态性分类和其地理分布有一定的关系,但也有特殊个体不一致,表明金钱松天然种群体存在较高的遗传多样性,并建议对金钱松进行就地保存和迁地保存。图2表3参31     

低温对3种壳色菲律宾蛤仔幼贝耗氧率和排氨率的影响

为了探明不同壳色蛤仔的耐低温能力和低温下的基础代谢状况,在实验室条件下研究了低温(7.6、3.0、0.6、-1.6℃)对壳长约17 mm的菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum斑马蛤Zebra clam、白蛤White clam和两者杂交所得白斑马蛤White zebra clam 3种壳色品系幼贝存活率、耗氧率和排氨率的影响。结果表明:在温度由7.6℃逐渐降低至-2.1℃,并且在冰水混合状态下胁迫7 d时,3种壳色蛤仔的存活率依次为白斑马蛤(98.6%)>斑马蛤(93.3%)>白蛤(74.6%);随着温度的降低,3种壳色蛤仔的耗氧率显著下降(P<0.05),排氨率总体呈下降趋势,耐低温能力强的蛤仔,其接近冰点时(-1.6℃)的耗氧率和排氨率较高,随温度下降的幅度也较小;3种壳色的蛤仔O∶N值为6.86²0.72,壳色对O∶N值影响不显著(P>0.05),温度及温度与壳色的交互作用对O∶N值影响极显著(P<0.001),低温导致蛤仔呼吸代谢底物发生变化,而3种壳色蛤仔之间呼吸代谢底物无显著性差异(P<0.05);在0.620.72,壳色对O∶N值影响不显著(P>0.05),温度及温度与壳色的交互作用对O∶N值影响极显著(P<0.001),低温导致蛤仔呼吸代谢底物发生变化,而3种壳色蛤仔之间呼吸代谢底物无显著性差异(P<0.05);在0.6⁷.6℃时,3种壳色蛤仔耗氧率Q10值为1.4267.6℃时,3种壳色蛤仔耗氧率Q10值为1.426³.203,总体平均为2.508,排氨率Q10值为0.2763.203,总体平均为2.508,排氨率Q10值为0.276³.422,总体平均为1.724;温度由0.6降至-1.6℃时,Q10值异常升高,以白蛤升高最明显。本研究结果可为探明蛤仔耐低温的生理机制和定向选育抗低温的蛤仔新品种提供理论参考。     

黄山松群体遗传多样性分析

利用RAPD分子标记分析了黄山松 1 0个家系的遗传多样性。从 2 0 6个随机引物 (组 )中筛选出 1 7个引物 ,获得 38个多态位点。Shannon多样性指数平均为 4 5 2 5 1 ,Shannon多样性值范围在 0 0 1 0 2～ 0 0 5 0 4。家系 (余姚×文石 )遗传多样性水平最高 ,其Shannon多样性指数为7 965 8。根据这 38个多态位点计算遗传距离 ,进行聚类分析。在遗传距离 0 42处可将 1 0个家系聚类分成 3组。图 2表 3参 1 3     

叉尾斗鱼遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD标记技术对叉尾斗鱼Macropodus opercularis 5个地理群体（南宁群体、桂林群体、龙岩群体、福州群体和广州群体）的遗传多样性进行了检测。结果表明：从40个随机引物中筛选出11个有效引物,对每条叉尾斗鱼的基因组DNA进行扩增,共扩增出139条片段;各群体的多态位点比例为26.44%～40.95%,Nei基因多样性指数为0.1042～0.1457,Shannon指数为0.1543～0.2176;而总体的多态位点比例、Nei基因多样性指数和Shannon指数分别高达84.89%、0.3110和0.4606。研究表明,叉尾斗鱼的遗传变异主要来自群体间,而群体内部的遗传多样性水平较低。     

枝角类RAPD条件优化和遗传多样性分析

以蒙古裸腹(MoinamongolicaDaday)和多刺裸腹(M.macrocopaStraus)为材料,对枝角类RAPD扩增条件进行了摸索和优化,结果表明,枝角类PCR扩增反应的最佳体系为:在25μL体积中,模板DNA25ng/μL,dNTPs0.1mmol/L,TaqDNA聚合酶1U,引物0.1μmol/L,Mg2+1.5mmol/L,10×PCR缓冲液2.5μL。按照优化的RAPD条件进行实验,重现性良好。2种裸腹在盐胁迫条件下的种群遗传多样性分析表明,同种裸腹不同生存盐度之间的种群遗传相似度较高,分别为0.9134和0.9038;而多刺裸腹和蒙古裸腹两个种间的遗传相似度相对较低,约为0.5～0.6。     

中国鹅5个品种遗传多样性的随机扩增多态DNA分析

用４０个１０－寡核苷酸随机引物对中国鹅的５个品种－狮头鹅,皖西白鹅,太湖鹅,浙东白鹅和四川白鹅进行了随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析。结果表明,用筛选出的１４个引物共扩增出１７４个ＤＮＡ片段,其中的４８个（占２８．２％）在５个品种间表现为多态性。根据扩增ＤＮＡ片段的异同,计算了各品种和个体间的遗传多样性指数和遗传距离指数。同时,用分子进化遗传分析软件（ＭＥＧＡ）以ＵＰＧＭＡ法和ＮＪ法对遗传距离指     

广西和广东地区施氏獭蛤3个自然群体的形态差异和遗传多样性分析

采用形态特征分析和RAPD技术对采自广西北海、防城和广东湛江的施氏獭蛤Lutraria siebaldii 3个自然群体和越南大獭蛤Lutraria maxima 1个群体的遗传多样性进行分析。结果表明：用20条引物从施氏獭蛤3个群体和越南大獭蛤1个群体的145个样品中共扩增出428条带,大小为125～5 000 bp,每条引物扩增出6～17条带;多态位点比例为76.1%～91.9%,平均多态位点比例为84.5%,遗传距离为0.1321～0.2441;对施氏獭蛤3个群体和大獭蛤1个群体进行UPGMA聚类分析,施氏獭蛤北海群体和防城群体先聚为一体,再与湛江群体聚类,最后与越南的大獭蛤群体聚为一个整体;用8条引物可以区分施氏獭蛤3个自然群体和大獭蛤群体,可作为群体特征标记;形态差异分析结果显示,湛江、北海和防城施氏獭蛤3个群体的形态较接近,而越南大獭蛤群体的外部形态和遗传距离均与施氏獭蛤3个群体差异较大,已分化成为同属不同种;主成分分析表明,主成分1、主成分2和主成分3的贡献率分别为49.13%、17.18%和14.02%,累计贡献率为80.33%;施氏獭蛤3个群体判别函数的判别准确率P1为88.9%～100.0%,P2为86.7%～100.0%,综合判别率为95.9%。这说明施氏獭蛤3个群体的遗传多样性均处于较高水平,种质状况良好,且具有很好的养殖前景。     

四川省不同地区梁山慈竹RAPD与ISSR遗传多样性研究

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)和简单重复序列区间(ISSR)对四川省6个不同地区梁山慈竹进行遗传多样性分析。研究表明,筛选出的6个RAPD引物扩增出多态性条带57条,多态性高达95%;筛选出的6个ISSR引物扩增出多态性条带34条,多态性为58.64%。利用Popgen32软件进行聚类分析,结果表明,聚类结果可区分不同地区的梁山慈竹,其遗传距离分别为0.2657-0.9589和0.1092-0.5639,且树状聚类图分类总体趋势一致,表明RAPD和ISSR分子标记结合是一种在DNA水平上有效地检测梁山慈竹遗传结构的优良方法。     

野生银杏资源群体遗传多样性的RAPD分析

用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对浙江西天目山、贵州务川、湖北大洪山区、重庆金佛山区和福建武夷山区等5个群体150个银杏Ginkgo biloba个体进行了遗传多样性分析。12个寡核苷酸引物共检测到194个位点,多态位点130个,多态位点百分率66．67％。用PopGen 32软件对数据进行了分析,结果显示：Nei’s基因多样性指数（h）的群体水平是0．4317,Shannon信息指数（I）的群体水平是0．6211,基因分化系数（Gst）是0．2882。Shannon信息指数（I）分析揭示的银杏群体遗传分化水平[（Isp-Ipop）／Isp]=0．1903,AMOVA分析结果得出银杏群体间的分化占36．7％。RAPD数据显示．5个银杏群体遗传多样性较高,其中浙江西天目山、贵州务川和湖北大洪山区有可能是野生银杏冰川期避难所。图4表5参22     

紫花苜蓿种子产量性状遗传多样性分析

为培育高产、优质紫花苜蓿品种提供依据,采用形态标记和RAPD分子标记相结合的方法,对10个紫花苜蓿品种的单位面积单枝数、单枝花序数、花序结荚数、花序种子数、单荚种子数和种子千粒重等种子产量性状的遗传变异进行了研究.结果表明,紫花苜蓿品种间种子产量性状的变异为4.43%~51.61%,种子产量变异最大,变幅为92.6~381.9 kg/hm2 (p<0.05);种子千粒重的变异最小,且差异不显著(p>0.05);RAPD分析表明,各品种的遗传距离变异范围为0.21~0.35,其中WL323和Shanbei变异最大,而Derby和Prime变异最小,表明紫花苜蓿品种间的种子产量性状具有丰富的遗传多样性.     

我国近海中国对虾种群遗传差异的RAPD分析

应用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对取自我国近海烟台、长岛、青岛、宁波等4个地方的20只中国对虾进行了种群内和种群间遗传差异分析。在使用的50个随机引物中，有9引物扩增出条带清晰的多态性片段。烟台、长岛、青岛、宁波等4个地理种群内的遗传距离分别为0．0154、0．0370、0．0462、0．0550，种群之间的遗传距离分别为0．0793、0．1139、0．0988、0．1485、0．0880、0．1260。UPGMA和NJ法构建的种群间分子系统树基本一致，结果表明不同地理种群这间存在一定程度的遗传差异。