陕西7个毛樱桃自然居群遗传多样性的SSR评价

【目的】研究陕西野生毛樱桃自然居群的遗传多样性,为科学保存和利用陕西野生毛樱桃资源提供理论依据。【方法】以陕西野生毛樱桃的7个自然居群140份样本为材料,用SSR分子标记技术研究其遗传多样性和遗传结构。【结果】用10对SSR引物从7个毛樱桃自然居群中共检测出92个等位基因,各引物扩增的条带在6~14个。居群多态位点比率(PPL)为100%,Shannon’s信息指数(I)平均值为1.280,Nei’s基因多样性指数(H)平均值为0.655,可观察杂合度(Ho)平均值为0.584,期望杂合度(He)平均值为0.672,表明陕西7个毛樱桃自然居群具有较高的遗传多样性水平。居群的基因分化系数Fst=0.181,表明陕西野生毛樱桃的遗传变异主要存在于居群(81.9%)内,遗传分化居群内高于居群间,基于Fst测得基因流Nm为1.128。利用UPGMA对7个毛樱桃自然野生居群进行聚类,可以分为3类:麟游(LY)、绣房(XF)、华阴(HY)、哭泉(KQ)归为第1类,小峪(XY)为第2类,鹦鸽(YG)和青化(QH)归为第3类。【结论】李属植物SSR引物在毛樱桃上能够有效的转移利用,陕西毛樱桃自然居群具有较高的遗传多样性水平,其中华阴居群遗传多样性水平最高,遗传分化居群内高于居群间,7个居群可聚为3大类。     

珍稀濒危植物太行菊遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记技术对太行山特有濒危物种太行菊8个自然居群的遗传多样性进行了研究。用14条引物对8个居群的48个样品进行扩增,共得到149个扩增位点,其中多态性位点123个,多态性百分率(PPL)为82.55%。POPGENE分析显示,太行菊具有较高的遗传多样性[Nei’s基因多样性(H)=0.203 3,Shannon’s多样性指数(I)=0.323 0]。Nei’s遗传多样性分析表明,8个自然居群间出现了较高的遗传分化(基因分化系数Gst=0.275 2,基因流Nm=1.316 6)。生境的的片段化和基因流障碍可能是导致太行菊居群间遗传分化显著的主要原因。     

紫背天葵遗传多样性的ISSR分析（英文）

【目的】对野生紫背天葵资源的遗传多样性研究可为其育种、利用和保护提供参考依据。【方法】应用ISSR分子标记技术对广东肇庆鼎湖山、广西桂林大野神境、青狮潭3个紫背天葵野生居群的遗传多样性进行分析。采用POPGEN32进行数据分析,UPGMA绘制聚类图。【结果】12条ISSR引物共检测到112个清晰的扩增位点,多态性位点102个,多态位点百分率为91.07%;Nei's基因多样性指数(He)为0.3383,Shannon多样性指数(I)为0.5011,基因分化系数(Gst)为0.1507。居群间的遗传相似系数为0.8949~0.9162,平均为0.9026。聚类分析可知,各居群个体的聚类与其地理位置一致。【结论】紫背天葵具有较高的遗传多样性,但居群间的遗传分化水平较低,建议可将各种群后代种子或幼苗相互交叉移栽,以提高群体间的基因交流,增加遗传多样性水平。     

基于EST-SSR标记的贵州野生刺梨居群遗传多样性分析

【目的】通过分析评价贵州野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源居群遗传多样性和遗传结构,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。【方法】从刺梨EST-SSR引物中筛选扩增效果好、多态性较高的10对引物,对收集的12个野生刺梨自然居群(共255份资源)的遗传多样性及遗传结构应用POPGENE 1.31软件进行分析,并根据Nei’s标准遗传距离,利用NTSYS-pc2.10e软件对各居群进行聚类分析,同时进行Nei’s遗传距离与地理距离的Mantel相关性检验。【结果】居群内Shannon信息指数(I)为0.62—0.88,基因多样性指数(Nei’s)为0.40—0.52,且除福泉(FQ)和晴隆(QL)居群外,其余10个居群的多态位点百分率均为100%。此外,卡方检验显示12个居群在大多数位点上等位基因显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),且居群内近交系数(F_(it))、总近交系数(F_(is))均为负值,居群间分化系数F_(st)平均值0.0403,居群间基因流N_(em)平均值为5.9484、遗传一致度GI为0.9068—0.9926、最大Nei’s遗传距离为0.0978。各自然居群间Nei’s遗传距离与地理距离存在显著相关性(r=0.2498,P=0.9512)。【结论】10对EST-SSR引物具有高度的多态性,可作为有效的遗传标记用于刺梨居群遗传多样性和遗传结构评价。贵州省野生刺梨自然居群内的遗传多样性较高,存在杂合度过剩的现象,且绝大多数的遗传变异发生在居群内;居群间具有基因交流频繁、遗传一致度高、Nei’s遗传距离小等特点。     

珍稀濒危植物宝华玉兰遗传多样性的ISSR分析

【目的】通过ISSR分子标记技术,分析宝华玉兰种质资源的遗传多样性,为该珍稀濒危植物的利用和保护提供理论依据和技术支持。【方法】利用ISSR分子标记对江苏句容宝华山的20个宝华玉兰单株进行遗传多样性分析。【结果】用筛选获得的6条引物对样品进行PCR扩增,共扩增出50个清晰的扩增位点,其中多态性位点34个,多态性位点比率为(PPB)68%。通过POPGENE32软件计算出有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息多样性指数(I)分别为1.406 8、0.235 6、0.351 2。利用NTSYSpc-2.1软件进行UPGMA聚类,各个样品间的遗传相似系数在0.58~1.0。【结论】宝华玉兰具有丰富的遗传多样性,20个野生单株间的遗传相似度较高,亲缘关系较近。     

濒危植物珙桐遗传多样性与遗传结构的ISSR分析

采用10条ISSR引物对我国珍稀濒危植物珙桐的6个天然居群和2个人工居群的229份材料进行分析,共检测到127个分子量在200～2 000 bp之间的位点,其中多态性位点119个、多态位点百分率93.81%;各居群多态位点百分率在40.21%～76.29%之间,平均为58.64%。物种水平上,珙桐的Nei’s基因多样性Hs=0.3013,Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.4566。居群水平上,各居群的Nei’s基因多样性介于0.1491～0.2690之间,各居群的平均Nei’s基因多样性Hs=0.2191,各居群的Shannon’s遗传多样性信息指数(I)介于0.2200～0.4028之间,平均Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.3232。居群间基因间分化度(Gst)为26.27%,基因流Nm为1.4。结果显示珙桐的遗传多样性较高,8个居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。     

亚洲6国普通野生稻群体遗传多样性分析

【目的】对6个亚洲国家的普通野生稻群体进行评价,以明确其遗传多样性特征。【方法】利用覆盖水稻12条染色体且多态性显著的25对微卫星分子标记,对来自中国南方4个省区(广西、广东、海南及云南)及与中国相邻的5个亚洲国家(尼泊尔、老挝、缅甸、柬埔寨及越南)11个居群的280份普通野生稻进行遗传多样性分析。【结果】所有个体平均等位基因数A=17.32,有效等位基因数Ae=8.71,期望杂合度He=0.87,香农指数I=2.34,基因流Nm=0.72,固定指数F=0.43。供试自然居群中以来自中国海南文昌(WC)的普通野生稻遗传多样性最高(He=0.84),来自越南(VT)的次之(He=0.83),中国广东茂名(GZ)的普通野生稻遗传多样性最低(He=0.43)。通过综合比较发现,6个国家的野生稻资源遗传多样性以越南为最高(He=0.83),中国及老挝(He=0.81)次之,缅甸最低(He=0.32)。通过聚类分析发现,来自东南亚4国的野生稻居群之间、中国广西及广东的野生稻居群之间分别表现出较高的遗传相似性;而中国海南文昌的野生稻居群与东南亚4国的野生稻亲缘关系更近。供试野生稻有11个潜在的遗传分支,并且群体之间存在基因交流。【结论】供试普通野生稻整体遗传多样性丰富,纬度较低且临近东海岸的越南(VT)和中国海南文昌(WC)群体表现出较高的多样性;群体之间的遗传距离与地理位置以及气候条件密切相关。加强收集亚洲各国的野生稻资源,充分分析其遗传多样性将对我国水稻育种工作的推进起到重要作用。     

江西三清山华东黄杉种群遗传多样性研究

采用ISSR分子标记技术分析江西三清山5个华东黄杉居群的遗传多样性水平和居群遗传结构.用10个引物对5个居群共45个样品进行扩增,共得到76条清晰的扩增带,其中68个位点为多态性位点.在物种水平上,多态性百分率(PP8)为89.47%,Nei's基因多样性指数(H)为0.282 7,Shannon's信息多样性指数(I)为0.432 2.在居群水平上,多态性位点百分率在56.58%～85.53%,Nei's基因多样性指数为0.191 3～0.282 7,Shannon's信息多样性指数为0.290 5～0.432 2.物种和居群遗传多样性水平都较高,居群间产生了一定的遗传分化(Gst=0.209 0,Φst=14.05%).由UPGMA聚类分析可知,1(SGTH)和2(LQJ)两个居群优先聚类,4(LM)和5(YJF)聚为一支,居群的亲缘关系与地理距离及海拔高度有一定的相关性.     

青海地方核桃种质资源遗传多样性研究

以青海省不同核桃分布区的222株地方核桃嫩叶为试验材料,对其进行ISSR分子标记遗传多样性研究。结果表明,12条引物共获得167个条带,其中多态性位点127个。供试材料物种水平上的多样性指数为:多态性位点127个,多态性位点百分率达76.05%,等位基因数1.760 5,有效等位基因数1.384 9,遗传多样度指数(H)0.233 2,香农指数(I)0.357 7。基于Nei’s(1978)遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数(G_st)为0.081 7,表明有8.17%的遗传分化存在于居群之间,说明核桃居群之内的遗传分化高于居群之间。遗传距离平均值为0.025 7,估测的居群间基因流为5.619 8,表明供试核桃居群间存在较大的基因交流。AMOVA方差分析也表明核桃的遗传变异主要分布于居群内。     

省沽油ISSR引物筛选及居群遗传多样性初探

测试和筛选出14条多态性较高的省沽油ISSR有效引物,并对安徽省野生省沽油的遗传多样性进行初步调查分析。共扩增出143个多态性位点,居群水平平均有效等位基因数ne为1.271,期望杂合度He为0.165,Shannon多态性信息指数I为0.257,物种水平遗传多样性参数分别为ne=1.341,He=0.227,I=0.370;居群间遗传分化系数为Gst=0.271。初步揭示了野生省沽油的遗传多样性,同时表明ISSR标记对于研究省沽油遗传多样性的适用性和可靠性,研究结果将为进一步深入研究省沽油多居群的遗传多样性和资源保护提供帮助。     

内蒙古不同生态地区冷蒿居群遗传多样性的RAPD分析

【目的】阐明内蒙古冷蒿居群亲缘关系与地理分布的关系。【方法】采用居群遗传学方法及RAPD技术,对内蒙古不同生态地区具有代表性的14个冷蒿居群的遗传多样性进行了研究。【结果】11个引物对14个冷蒿居群总DNA共扩增出93条带,其中77条表现出多态性,多态性标记所占的比例为82.8%,冷蒿居群表现出丰富的RAPD多态性。构建的14个冷蒿居群的遗传关系聚类图显示,扎尼河冷蒿居群与扎兰屯冷蒿居群的遗传距离最小,其次为卓伦高勒冷蒿居群与蔡木山冷蒿居群,贺兰山和吉兰泰冷蒿居群与其他冷蒿居群间的遗传距离均较大。【结论】RAPD技术适用于冷蒿居群遗传多样性的分析,冷蒿居群的亲缘关系与其地理分布有着密切关系。     

云南沟谷雨林建群种绒毛番龙眼居群的遗传多样性

【目的】了解云南特有的沟谷雨林主要建群种绒毛番龙眼居群的遗传多样性及遗传结构特征,为雨林植被恢复的采种规划和恢复效果评估提供重要参考。【方法】采用SSR分子标记技术,检测分析云南省西双版纳州和普洱市思茅区的绒毛番龙眼3个天然居群和1个人工居群共82个样本的SSR多态性,采用POPGENE v.1.32、GenAlEx 6.501和STRUCTURE 2.3.3等进行遗传多样性及遗传结构分析。【结果】19对SSR引物共检测到88个等位基因,每对引物平均4.632个,19个位点的Shannon’s信息指数（I）变化范围为0.264~1.687,平均为0.879;多态信息指数（PIC）变化范围为0.128~0.729,平均为0.422,期望杂合度（He）的变化范围为0.138~0.765,平均为0.473;4个居群I和He的均值分别为0.785,0.437。19个位点的遗传分化系数（F_ST）均值为0.069,基因流（Nm）的均值为3.363。STRUCTURE分析将绒毛番龙眼4个居群82个样本分为4个类群,基于遗传距离的UPGMA聚类显示4个居群聚为2个分支,菜阳河天然林居群、普文人工林居群和普文天然林居群聚为一支,勐养镇天然林居群单独为另一支。【结论】绒毛番龙眼的遗传多样性处于中等水平;居群间的遗传分化较低,遗传变异主要来源于居群内;建议特别关注居群内个体的选择和保护,在沟谷雨林植被恢复中设定天然居群多样性水平的恢复目标,并通过科学的采种规划实现这一目标。     

39个木槿品种亲缘关系SRAP分析

【目的】从分子水平确定39个品种木槿亲缘关系,为木槿品种鉴定、品种保护及杂交育种提供理论依据。【方法】使用SRAP法扩增39个木槿(Hibiscus syriacus)品种DNA条带,根据人工读带结果,利用UPGMA法进行聚类分析,得出了39份木槿样本的亲缘关系。【结果】从256对SRAP引物中筛选了10对引物组合,共扩增88条条带,平均每对引物组合扩增8.8条条带,其中多态性条带共72条,多态位点百分率(PPB)为81.81%。39个木槿品种等位基因数(N_a)为1.181 0,有效等位基因数(N_e)值为1.597 0,Nei's基因多样性指数(H)为0.332 8,Shannon's信息指数(I)为0.428 7。在遗传距离为0.759处,39份木槿样本被分为5类。【结论】不同木槿变型及变种之间的遗传距离较远,不同木槿品种之间遗传距离相对较近,木槿亲缘关系远近与木槿表型性状之间存在一定联系。     

新疆核桃种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]通过ISSR标记技术,对新疆核桃种质资源的遗传多样性及遗传结构进行分析,为该资源的保护与利用提供理论依据和技术支持.[方法]采用ISSR标记对5个居群和1个栽培类型共163份样品进行遗传多样性分析.[结果]用13条引物对163份样品进行扩增,共检测扩增位点117个,其中多态性位点98个.在物种水平上,多态性位点百分率(PPL)为83.76%,Nei's基因多样性(H)为0.3010,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4182;在居群水平上,多态性位点百分率平均为68.36%,Nei's基因多样性(H)平均为0.1 265,Shannon信息指数(Ⅰ)平均为0.1651.基于Nei's遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数(Gst)为0.6425,表明有64.25%的遗传变异存在于居群间.居群间的遗传一致度平均为0.7499,估测的居群问基因流(Nm)为0.2782,表明核桃采集的6个居群或类型之间存在较小的基因流.AMOVA方差分析也表明居群间的核桃遗传变异大于居群内.Mantel检测与UPGMA聚类均表明居群间的遗传距离与居群的地理距离之间具有较高的相关性.[结论]新疆核桃遗传多样性水平较高,居群之间遗传分化大,种质资源保护和利用策略首选就地保护;在就地保护过程中,通过监测遗传多样性水平可评价其保护的有效性.     

基于ISSR分子标记的红豆草资源遗传多样性分析

【目的】分析评价红豆草（Onobrychis viciaefolia）种质资源间亲缘关系的远近,为红豆草的良种选育提供了科学依据。【方法】利用ISSR分子标记技术对国内外22份红豆草种质资源进行遗传多样性分析。【结果】用13条引物扩增共获得101条谱带,其中多态性条带98条,多态性比率为97.12%,平均每条引物扩增出7.8个条带,平均多态性条带为7.5条,平均等位基因数（Na）、平均有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）和香农多样性指数（I）均值分别为1.97、1.49、0.30和0.46。【结论】遗传相似性系数聚类分析表明,22份红豆草种质资源在遗传系数0.69处可聚为4大类群,其中2668号和1号单独聚为一类,与其他材料遗传差异较大。     

基于SRAP标记的不同产区黄精的遗传多样性

【目的】研究不同产区黄精Polygonatum spp.的遗传多样性,为其资源保护及品种选育提供更多理论依据。【方法】使用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,分析来自华东(浙江、福建、安徽、江西)、西北(河北、陕西)、华中(湖南)、西南(四川、贵州、云南)等4个居群的47份黄精种质资源的遗传多样性。【结果】对88对SRAP引物进行筛选,有7对可用于黄精种质资源的SRAP-PCR分析,共得到159条扩增条带,其中多态性条带140条。物种水平上,多态性比率为88.05%,有效等位基因数(Ne)为1.600 6,Nei’s基因多样性指数(H)为0.204 1,Shannon信息指数(I)为0.308 0;居群水平上,多态性比率为42.14%～86.16%,H和I分别为0.188 1～0.259 1和0.238 2～0.399 4;4个居群的基因分化系数(Gst)为0.194 1,表明有80.59%的遗传变异在种群内进行,基因流(Nm)为2.075 4,表明居群间存在一定的基因流动;从非加权组平均法(UPGMA)聚类结果可知：当相似系数为0.66时,47份样品分成4组,Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ类的均...     

广西普通野生稻遗传多样性中心的确定与核心种质构建

【目的】确定广西普通野生稻Oryza rufipogon Griff.遗传多样性中心,构建普通野生稻核心种质资源,为广西普通野生稻资源保护利用提供参考资料。【方法】利用24对微卫星标记分析来自郁江流域、红水河流域、南流江流域和桂北山区的普通野生稻623份材料的遗传多样性;采用逐步聚类法构建10%和5%的广西普通野生稻核心种质。【结果】24个SSR位点总共检测到114个等位基因。平均等位基因数为4.75,平均有效等位基因数为3.000 1,Shannon信息指数为1.180 1,平均期望杂合度为0.638 8。9个居群遗传多样性指数为:邕宁居群临桂居群扶绥居群容县居群贵港居群平南居群古棚居群五里塘居群博白居群。4个区域的多样性指数为:郁江流域桂北山区南流江流域红水河流域。广西普通野生稻资源5%的核心样本共31份,其中邕宁居群有14份,扶绥居群有12份;邕宁居群和扶绥居群分别占本居群分析样本的5.76%和18.75%,是核心样本的主要来源。【结论】郁江流域是广西普通野生稻多样性中心;邕宁居群的普通野生稻地理分布广、种类丰富,而扶绥居群遗传多样性异常丰富,它们是核心样本的主要来源,也是值得特别关注和重点保护的重要区域。     

原位和异位保护对水稻种质资源遗传多样性的影响*

 利用24对SSR引物对云南省保山市分别在原位和异位保存条件下的12个水稻品种进行遗传多样性分析。24对引物在原位居群共检测到等位基因（A）110个,平均等位基因数(Na)为4.58个,平均有效等位基因数(Ne)为3.08个,其中多态性位点百分率(P)为91.76%,香农指数(I)为1.17;异位居群共检测到等位基因88个,Na为3.67个,Ne为2.52个,P为100%,I为1.03。结果显示,原位居群的各遗传多样性参数均高于异位保存居群,这表明与异位保护相比,原位保护是维持种群遗传多样性的一种更好的方式。     

海南两个自然保护区野生荔枝遗传多样性研究

采用常规聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对海南吊罗山和霸王岭两个国家级自然保护区野生荔枝等住酶遗传多样性进行了研究.13个酶系统、18个酶位点的检测结果表明,两个自然保护区野生荔枝具有较低的居群间遗传变异水平和较高的居群内遗传变异.吊罗山保护区野生荔枝的遗传多样性参数为:P=61.1%,A=2.05,He=0.27.霸王岭居群野生荔枝的遗传多样性参数为:P=61.1%,A=2.05,He=0.28.两个群体的遗传分化极小,GST=0.040.居群间遗传一致度较高,I=0.977.共检测到8个稀有等位基因.两个自然保护区的野生荔枝均有各自特有的稀有等位基因,都应采取措施予以保护.     

青藏高原7种嵩草遗传多样性AFLP研究

 【目的】从分子水平研究嵩草品种资源之间的遗传多样性,为综合评价青藏高原嵩草种质资源提供依据。【方法】用筛选出的4对E+3/M+3引物对11份嵩草基因组 DNA进行 AFLP扩增。【结果】共得到164条清晰可辨条带,多态性条带154条,多态性位点百分率为93.96 %,嵩草平均Nei’s 基因多样性指数为0.2430,Shannon’s多样性指数为 0.4012,表明嵩草种质间存在丰富的遗传多样性。通过UPGMA聚类分析,将11个嵩草居群划分为5类。【结论】嵩草的11个自然居群存在丰富遗传多样性,嵩草居群的遗传相似系数与海拔之间没有相关性,嵩草居群的生境的异质性影响遗传分化。