利用多相分类法鉴定瓜类枯萎病拮抗菌株HVG60

对分离自东北蔬菜保护地土壤的一株拮抗菌株HVG60进行了形态学特征、培养特性、生理生化特征分析以及分子生物学鉴定.结果表明,链霉菌HVG60菌落圆形,气丝稀疏不发达,顶端直线型、大环状或松散敞环螺旋状,基丝发达,多分支;聚类分析表明,菌株HVG60与教酒链霉菌、拒霉素链霉菌、美浓链霉菌、纳塔尔链霉菌和橄榄产色链霉菌的同源性均较高,达98%,但又有所差别,最终将菌株HVG60确定为链霉菌属的一个新种,命名为瓜类链霉菌.     

番茄叶霉病拮抗放线菌菌株A-10的鉴定

对分离自东北蔬菜保护地土壤的1株番茄叶霉病拮抗放线菌菌株A-10进行了形态学、培养特征及生理生化分析.鉴定结果表明:放线菌A-10除在ISP4培养基上不生长之外,在大多数培养基上生长良好,基内菌丝无横隔,不断裂,气生菌丝体形成孢子链,孢子丝呈波曲、直形或形成单环.上述特征与纤维素链霉菌(streptomyces cellulosae)高度相似.聚类分析结果表明,二者的16s rDNA序列的相似性达到了99%.因此,可将链霉菌A-10定名为纤维素链霉菌A-10(Streptomyces cellulosae A-10).     

瓜类枯萎病拮抗放线菌T8-41的鉴定

[目的]为阐明1株拮抗放线菌菌株的分类地位提供依据。[方法]以从东北地区蔬菜保护地土壤中分离的1株拮抗放线菌菌株T8-41为试材,分析其形态和培养特征、细胞壁成分和生理生化特性。经PCR扩增后,对其与相关菌株的16S rDNA进行同源性分析和聚类分析。[结果]拮抗菌株T8-41属于典型的链霉菌属菌丝形态。其细胞壁中含有L-DAP和甘氨酸,细胞壁类型为I型。该菌可利用D-木糖、L-鼠李糖、D-果糖、蔗糖、棉子糖、葡萄糖、D-甘露醇和肌醇,但不利用乳糖。可以初步鉴定为绿产色链霉菌。T8-41菌株的16SrDNA全长为1 465 bp,与绿产色链霉菌相似性达99%。[结论]链霉菌T8-41属于青色类群的绿产色链霉菌,可将其定名为绿产色链霉菌T8-41(S.viridochromogenes T8-41)。     

三株田间分离大豆根瘤菌16S rDNA基因鉴定及序列比较

文章采用16S rDNA技术,对分离自黑龙江省的3株大豆根瘤菌进行了序列测定及分析,通过与模式菌株的比较确定其在系统发育中的地位。结果表明,3个菌株与慢生根瘤菌亲源最近,利用分析根瘤菌16S rDNA的方法来鉴定根瘤菌的准确性较高,可行性较好。     

一株土壤琼胶降解菌QM64的16S rDNA序列分析

从背阴处堆肥表层25cm下的土样中分离得到一株较高活性的琼胶降解茵QM64,采用细菌的16S rDNA通用引物,通过PCR的方法扩增到一条约1.0 kb的16S rDNA片段,与GenBank上已提交的16S rDNA进行比对(BLAST),表明该细菌与Pseudomonas aeruginosa ATCC 10145T(X06684)的相似性最高,为97%,故鉴定为假单胞茵属.将该细菌的16S rDNA序列提交GenBank,收录号为FJ907533,并与同源细菌进行比对,得到其系统发育树,为今后的工作打下了良好基础.     

北京地区枣疯病植原体16S rDNA基因序列分析

利用植原体16S rDNA基因保守序列通用引物R16F2n/R16R2对北京昌平区西峰山村小枣患病植株总DNA进行PCR扩增,结果得到约1.2 kb的特异性DNA片段。对克隆扩增获得DNA片段测序,结果表明,北京昌平地区枣疯病植原体16S rDNA基因片段长1 248 bp,与韩国枣疯病植原体同源性最高,为99.51%。序列同源性比较的结果表明克隆到的植原体归属于榆树黄化组16SrV-C亚组。     

番茄叶霉病拮抗链霉菌BPS2的筛选及鉴定

从江苏昆山、吉林图门等地采集的土壤样品中分离到1株对番茄叶霉病菌有强烈抑制作用的BPS2菌株。研究其拮抗性表明,对革兰氏阳性细菌、革兰氏阴性细菌以及多种病原真菌均有强烈的抑制作用。根据形态特征、培养特征、生理生化特性及16S rDNA序列等方面的多项分类研究,确定其属于链霉菌属,并被命名为Streptomyces tumenensis BPS2。该菌株在大多数培养基上生长良好,基内菌丝无横隔,不断裂,气生菌丝体形成孢子丝,孢子丝呈波曲或直形。     

南方5省区柑橘黄龙病病原16S rDNA片段的克隆与序列分析

采集了广东、广西、贵州、福建、云南5省区的8个柑橘黄龙病样品,利用黄龙病病原的特异引物对其16S rD-NA片段进行PCR扩增,将其扩增产物纯化、回收,并与 pMD18-T Vector 连接,转化大肠杆菌(Esherichia coli)DH5α,筛选含有黄龙病病原16S rDNA片段的阳性克隆,进行序列测定.利用生物信息学软件对所克隆的序列进行同源性分析和聚类分析.结果表明:来自我国南方5省区的柑橘黄龙病病原16S rDNA的序列与亚洲种(L22532)的同源性为96.9%～98.6%,与非洲种(L22533)的同源性为94.5%～97.1%,与美洲种(AY742824)的同源性为92.5%～94.2%.表明我国南方5省区柑橘黄龙病均属于亚洲种,但在亚洲种内部不同地区的黄龙病病原也发生了微小的变异,其中福建厦门和云南个旧的2个菌株变异较大.     

西北半干旱地区黄芪根瘤菌DNA同源性及16S rDNA全序列分析

 数值分类表明 ,分离自西北半干旱地区的 9株黄芪根瘤菌构成一个独立的表观群。在此基础上 ,进行了DNA同源性及 16 S r DNA全序列分析。 9株菌的 G +C mol%在 5 9.1～ 6 0 .3之间 ;群内 DNA同源性为 81.5 %～91.0 % ,大于 70 % ;中心菌株 SH2 90 B与各已知种模式菌株 DNA同源性在 10 .5 %～ 6 3.0 % ,小于 70 %。 SH2 90 B的16 S r DNA全序列与参比菌株的序列进行比较 ,得到系统发育树状图。其处在土壤杆菌 -山羊豆根瘤菌构成的分支中 ,与 R.galegae和 R.huatlense的 16 S r DNA全序列相似性分别为 96 .8%和 97.5 % ,大于 95 %以上 ,它们应归属于同一个属。因此 ,菌株 SH2 90 B代表一个新的根瘤菌种     

吸水链霉菌新种的筛选和鉴定

从土壤中分离得到一株产生对叶螨等有高活性抗生素的新链霉菌株。该抗生素对各种叶螨(红蜘蛛)、蚜类等都有较高的防治效果。通过对该菌株进行形态特征、培养特征、生理生化、细胞壁组份分析及16S rDNA序列分析,确定该菌种为吸水链霉菌的一株新菌,命名为冰城链霉菌(Streptomyces bingchengensis.n.sp.)     

用16S rDNA序列分析方法鉴定4个拮抗细菌

用1对16SrDNA通用引物，对4个拮抗细菌96-38、96-41、96-79和9682的基因组DNA进行扩增，PCR产物经克隆、测序、同源性分析表明，这4个菌株的16SrDNA全长均为1513bp，同源性达99．79％，仅在13个碱基位点存在差异。Blast分析发现，这些菌株与Genbank收录的芽孢杆菌属5个菌株16SrDNA序列的同源性为99．1％～99．9％，由此推断这4个拮抗细菌为芽孢杆菌属细菌。     

嗜水气单胞菌的分离与16S rDNA鉴定

[目的]分离并鉴定鱼嗜水气单胞菌,并构建系统发育分析.[方法]从云南某鱼场采集发病鱼的病变组织进行细菌分离与培养,并对分离菌株进行初步鉴定、16S rDNA鉴定和系统发育分析.[结果]分离培养到1株细菌,命名为Ah1305.经表型鉴定、生化试验及16S rDNA系统发育分析,鉴定为嗜水气单胞菌.[结论]该研究可为快捷、准确检测鱼嗜水气单胞引起的疾病提供参考.     

一株高产脂肪酶产生菌16S rDNA的序列分析

[目的]对分离获得的高产脂肪酶菌株进行鉴定,为其改造和更好利用奠定基础.[方法]对从食堂下水道中分离获得的一株高效产脂肪酶细菌(JLΠ-4)进行培养,提取其基因组DNA.设计16S rDNA通用引物,扩增16S rDNA基因片段,并连接到pUC19-T载体上,转化大肠杆菌DH5X,经PCR鉴定的阳性克隆摇菌培养后测序.[结果]提取获得较高质量的基因组DNA,扩增获得新分离菌株16S rDNA基因片段,长度为1528 bp,BLAST相似性比对分析结果表明,其与伯克霍尔德氏菌16S rDNA序列相似性达97%,是一株与伯克霍尔德氏菌最近的革兰氏阴性菌.[结论]初步将高产脂肪酶细菌JTΠ-4鉴定为唐菖蒲伯克霍尔德菌.     

黄喉拟水龟松鼠葡萄球菌16S rDNA的序列测定和系统进化分析

从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌（YLD81101）,经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1．5kp的目的片段,测序得到1条长度为1515bp的核苷酸序列（GenBank登录号GQ261178）。核苷酸相似性分析表明,所得序列与GenBank公布的松鼠葡萄球菌（Staphylococcus sciud,S．sciuri）CTSP9菌株16S rDNA核苷酸序列相似性最高（99．9％）。同时,用与该序列相关性较高的S．sciuri及常造成动物葡萄球菌病的S．aureus S、saufeuss．bsp．anaerobius、S.gallinarum、S.hyicus代表菌株构建的系统发育进化树显示,菌株YL081101与S.sciuri代表株聚为一簇。上述研究证实,分离菌株YL081101为松鼠葡萄球菌。     

拮抗放线菌111A202的种类鉴定及其16S rDNA序列分析

对分离自药用植物假橐吾的一株拮抗放线菌菌株111A202进行了形态特征、培养特征、生理生化特征、细胞壁组分分析及16 S rDNA序列分析.结果表明该菌基内菌丝无横隔、不断裂,气生菌丝分枝、孢子丝波曲,孢子椭圆形,表面光滑.细胞壁化学组分Ⅰ型.以16 S rDNA序列为基础构建了包括7株相关种属菌在内的系统发育树,111A202与变铅青链霉菌(Streptomyces lividans)、微白黄链霉菌(S.albidoflavus)的16 SrDNA序列的相似性达到99.5%和99.6%.根据以上多相分类结果,放线菌111A202的形态培养特征及其细胞组分与链霉菌一致,且与微白黄链霉菌近似性很高,因此,可以将放线菌111A202定名为微白黄链霉菌111A202(S.albidoflavus 111A202).     

应用16S rDNA序列分析对马铃薯贮藏期三个病原细菌菌株的鉴定

通过对甘肃天祝引起马铃薯病害的细菌的分离培养和致病性测定,有3个细菌菌株能够引起马铃薯贮藏期腐烂病.通过16S rDNA序列分析,2个菌株被鉴定为Erwinia persicinus,1个菌株为Microbacterium phyllosphaerae.3个菌株均为革兰氏阴性菌,且对贮藏期的马铃薯均有不同程度的致病性,能引起马铃薯的腐烂.     

16SrDNA对四种常见细菌中的鉴定与应用

本实验利用16SrDNA序列分析技术,对来自犊牛腹泻粪便中的四株菌（A菌,B菌,C菌,D菌）进行菌种鉴定。使用16SrDNA通用引物,通过PCR扩增分别得到1500bp,与GenBank中序列进行比对。结果表明：A菌与肠杆菌属、B菌与短小芽孢杆菌、C菌与大肠杆菌、D菌与变形杆菌的同源性最高,相似率均达到了99％,初步确定A菌为肠杆菌属、B菌为短小芽孢杆菌、C菌为大肠杆菌、D菌为变形杆菌。本试验的目的是为16SrDNA在临床细菌的鉴定提供客观理论依据。