不同树龄银杏叶内生真菌的多样性及群落结构分析

以湖南省壶瓶山国家级自然保护区生长的9株(3组)不同树龄银杏为研究对象,应用IlluminaHiSeq高通量测序技术,分析银杏叶片组织内生真菌的多样性及群落结构。结果表明:银杏叶片内生真菌群落的多样性、群落结构与组成均存在显著性差异,且随着树龄的增加,叶片内生真菌群落结构差异增大;子囊菌门(Ascomycota)为绝对优势菌门;曲霉属(Aspergillus)、假丝酵母属(Candida)、球腔菌属(Mycosphaerella)等真菌为银杏叶内生真菌群落优势菌属;通过对银杏叶黄酮含量进行检测,发现不同树龄银杏叶的黄酮含量存在显著差异,且随着树龄的增加,3种黄酮醇苷(槲皮素、山奈酚和异鼠李素)含量均呈递减趋势;进一步分析表明,黄酮类化合物作为重要环境因子,可能通过影响优势菌门子囊菌中优势菌属的定殖与生长对内生真菌群落的形成与变化产生显著影响。     

海南和西双版纳植胶区橡胶树根际真菌群落多样性分析

【目的】探讨不同气候区的植胶区橡胶树根际真菌群落组成和多样性差异以及环境因子相关性,为橡胶林高效种植管理及增产提质提供理论参考。【方法】以海南和西双版纳植胶区橡胶树为研究对象,通过提取橡胶树根际土壤样品的DNA,采用高通量测序技术研究分析两地橡胶树根际真菌的物种组成、多样性特征及主要驱动因子,并对其进行功能预测。【结果】海南和西双版纳在门水平和属水平上根际真菌组成及群落结构存在差异,西双版纳的担子菌门(Basidiomycota)相对丰度高于海南,但其子囊菌门(Ascomycota)和被孢霉门(Mortierellomycota)的相对丰度低于海南。降雨量和铵态氮(AN)对海南橡胶树根际真菌群落组成变异的解释率最高,速效钾(AK)和全钾(TK)对西双版纳橡胶树根际真菌群落组成变异的解释率最高。优势菌门中,子囊菌门与土壤有机质(SOM)呈显著负相关(P<0.05,下同),担子菌门与SOM呈正相关被孢霉门与SOM、AK呈显著负相关。在OTU水平上,海南植胶区橡胶树根际真菌的Shannon指数高于西双版纳,差异极显著(P<0.01);两地橡胶树根际真菌的β多样性差异不显著(P>0.05);海南植胶区橡胶树根际真菌的γ多样性更大。海南橡胶林根际真菌中内生菌—凋落物腐生菌—土壤腐生菌(Endophyte-litter saprotroph soil saprotroph)、真菌寄生菌(Fungal parasite)和菌根真菌(Arbuscular mycorrhizal)的相对丰度明显高于西双版纳橡胶林根际真菌。【结论】土壤理化性质是影响橡胶树根际真菌的最主要原因,西双版纳的SOM高于海南,从而导致西双版纳担子菌门相对丰度较高,子囊菌门较低,且西双版纳的AK也高于海南,故西双版纳的被孢霉门相对丰度也较低。     

茶树内生真菌的种类及分布

对豫南地区茶树内生真菌的种类及分布进行了初步研究。结果表明,该区茶树内生真菌种类丰富,有7科15属18种,这些真菌由子囊菌与半知菌构成,未发现担子菌与接合菌种类。在这些真菌中,Colletotrichum,Pestalotiopsis sp.1,Phomopsis sp.,Macrophoma sp.1等4种真菌分布普遍,且分离率高,为茶树优势内生真菌。研究还表明,不同茶园茶树内生真菌的群落结构不同,这与茶园的生态环境密切相关;不同的茶树器官,其内生真菌的种类也不同,叶片内生真菌种类最多,未发现种子有内生真菌存在;茶树同一器官不同组织的内生真菌种类不同。     

兔眼蓝莓幼果内生真菌多样性及其抑菌活性鉴定

采用组织分离法和对峙培养法研究兔眼蓝莓幼果内生真菌多样性及其对6种植物病原真菌的拮抗作用,筛选具有抑菌作用的内生真菌。结果表明：从兔眼蓝莓幼果中共分离得到25株内生真菌,利用菌株rDNA−ITS序列进行blastn比对,将25株菌株划分为12属19种,相似度为97%～100%。其中,子囊菌门真菌共9属14种共20株,担子菌门有3属5种。间座壳属真菌为子囊菌门菌株的优势属,占子囊菌门菌株的25%。兔眼蓝莓幼果内生真菌Shannon−Wiener多样性指数（H）为2.2870,Pielou均匀度指数（J）为0.9203,Margalef丰富度指数（R）为3.4173。在25株兔眼蓝莓幼果内生真菌中,裂褶菌属菌株G6对5种病原菌抑制率在40%以上,G18对4种病原菌抑制率在45%以上,抑制效果较好。     

拉萨青稞种植农田土壤中真菌区系分析

为明确拉萨青稞种植农田土壤中真菌群落区系组成,采用Illumina高通量测序技术对拉萨9处不同青稞种植农田土壤进行了真菌群落结构解析。结果表明,随着青稞的生长发育,其土壤样品中真菌丰富度和多样性逐渐增高,土壤真菌群落在门的水平上主要为子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)、球囊菌门(Glomeromycota)和接合菌门(Zygomycota),在属的水平上主要为被孢霉属(Mortierella)、足孢子菌属(Podospora)、赤霉菌属(Gibberella)、分子孢子菌属(Cladosporium)和毛壳菌属(Chaetomium)等。青稞灌浆期较播种前期、收获后期真菌群落组成差异较小,其土壤真菌群落具有趋同特征。     

基于高通量测序的橡胶林土壤真菌多样性及群落组成分析

[目的]分析不同林龄橡胶林中土壤真菌的多样性及群落组成,为橡胶林土壤生态系统的健康发展和可持续利用提供参考依据.[方法]采用高通量测序技术测定海南大丰农场不同林龄(5、10、13、18、25和30年生)橡胶林中土壤真菌的ITS序列,观测真菌多样性和群落组成随种植年限的变化情况,并分析其与土壤环境因子的关系.[结果]从6个林龄橡胶林的18份土壤样本中获得563658条ITS序列,在97%序列相似性基础上可划分为10943个可操作分类单元(OTU).真菌群落的丰富度指数(Ace和Chao1)以25年生橡胶林最低,而多样性指数(Shannon-wienner和Simp-son)在不同林龄橡胶林间差异不明显.Ascomycota(子囊菌门)、Zygomycota(接合菌门)和Basidiomycota(担子菌门)是海南大丰农场橡胶林土壤真菌的主要优势类群;不同林龄橡胶林间的真菌群落组成差异主要体现在Zygomycota、Basidiomycota、Glomeromycota(球囊菌门)和Rozellomycota类群相对丰度的不同.冗余分析(RDA)结果表明,橡胶林的土壤真菌多样性与土壤养分含量(尤其是钾元素含量)密切相关.[结论]高通量测序技术测定的不同林龄橡胶林间土壤真菌群落多样性无明显差异,而真菌群落丰度以25年生橡胶林最低,5、10、13、18和30年生橡胶林间差异不明显;真菌群落组成的优势类群为子囊菌门、接合菌门和担子菌门;土壤养分含量(尤其是钾元素含量)是影响橡胶林土壤真菌多样性的重要因素.     

盐碱地白刺不同部位微生物群落高通量分析

【目的】研究新疆盐碱环境中耐盐植物白刺的根际土壤和叶片内生微生物群落的结构丰富度和多样性。【方法】运用Novaseq测序平台对白刺根际土壤和叶片进行16SrDNA-V4区和ITS1区测序。经FLASH进行拼接,经过Qiim过滤叶绿体和线粒体序列,得到的序列在97%的序列相似性水平上聚类成为操作分类单元(OTUs)。对序列数据进行生物信息学分析,评价物种的Chao1指数、shannon指数以及Alpha多样性。【结果】白刺根际土壤细菌优势菌群为放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes);真菌优势菌群为子囊菌门(Ascomycota)。叶片内生细菌优势菌群为蓝细菌门(Cyanobacteria)和放线菌门(Actinobacteria);真菌优势菌群为子囊菌门(Ascomycota),白刺不同部位的微生物菌群数量和多样性有显著差异(P<0.05),白刺各样地之间微生物群落构成差异明显。【结论】白刺不同部位微生物群落的丰富度和多样性分布。     

黄萎病侵染后棉花根部内生真菌群落结构分析

为研究黄萎病菌侵染对棉花根部内生真菌群落结构的影响,采用PCR-DGGE技术分析黄萎病侵染后苗期、蕾期、花期、铃期健康棉株和发病棉株内生真菌群落组成。结果显示,在棉花生长中后期,发病棉株样品中各指数均高于健康棉株,说明黄萎病菌侵染可提高内生真菌群落结构的多样性;在DGGE电泳图谱中,对差异明显的17个条带进行切胶回收、克隆测序,发现有7个条带分布在半知菌亚门,占41.18%,4个条带分布在子囊菌亚门,占23.53%,其他条带分别为fungal endophyt、uncultured fungus、Dothideomycete和Acremonium cellulolyticus。说明:黄萎病菌侵染能明显改变内生真菌群落结构多样性。     

纳帕海高原湿地不同退化阶段土壤真菌群落结构特征

目的为探讨纳帕海高原湿地不同退化阶段土壤真菌多样性及群落结构特征,揭示土壤真菌对湿地退化演替的响应规律。方法采用Illumina高通量测序技术,以沼泽湿地为对照,研究纳帕海高原退化湿地不同退化阶段土壤真菌群落组成、结构及Alpha多样性特征及其与土壤理化性质的相关性。结果(1) 不同退化阶段土壤真菌类群组成及结构存在差异,包括子囊菌门、担子菌门、分类地位不确定真菌、壶菌门和接合菌门5个真菌门,其中子囊菌门在草甸中最多(71.11%),分类地位不确定真菌在沼泽湿地中最多(85.26%),担子菌门在沼泽化草甸中最多(26.8%),接合菌门在垦后湿地中最多(39.34%)。经聚类分析显示,沼泽化草甸和沼泽湿地真菌群落结构和组成较接近,草甸和垦后湿地真菌群落结构和组成与沼泽差异较大。湿地从沼泽湿地向沼泽化草甸、草甸和垦后湿地退化后,主要优势菌群发生变化,由分类地位不确定菌群转变为子囊菌、担子菌和接合菌;(2)土壤真菌Alpha多样性在不同退化阶段间存在差异(P < 0.05),且随着湿地退化加剧而增加,多样性指数(Chao1、Ace、Shannon)呈垦后湿地(671.43、685.84、3.93) > 草甸(522.25、534.22、3.58) > 沼泽化草甸(387.80、391.37、3.48) > 沼泽湿地(379.17、380.56、3.12)的变化趋势。Simpson指数呈垦后湿地(0.079) < 草甸(0.081) < 沼泽化草甸(0.092) < 沼泽湿地(0.107)的变化趋势;(3)RDA分析与Pearson相关性分析表明,土壤含水量、有机质、全氮、碳氮比、速效氮和pH显著影响着不同退化阶段湿地土壤真菌群落结构与多样性。结论不同退化阶段湿地土壤真菌群落结构和物种多样性具有显著差异,土壤含水量、有机质等理化因子对真菌多样性与群落结构影响较大,研究结果能为退化高原湿地保护与恢复提供数据及理论支持。      

有机肥施用量和树龄差异对苹果园土壤真菌群落的影响

为揭示有机肥施用量对不同树龄果园土壤真菌群落的影响,在北京市昌平区选择不同有机肥施用量和种植年限的苹果园,采集0～20cm的土壤样品,利用Illumina Miseq高通量测序平台测定及分析土壤真菌丰富度、群落组成和群落结构,并与土壤理化性质和果实品质进行关联分析。结果表明:1)该苹果园长期施用有机肥,土壤有机质和速效养分(特别是碱解氮)含量增加;2)有机肥施用量相同时,随着树龄增加果园土壤真菌丰富度增加;而有机肥施用量对幼龄果园土壤真菌的丰富度和成龄果园土壤真菌群落的多样性有更多的影响;3)该苹果园土壤真菌包括7个门,其中子囊菌门和担子菌门为优势菌群,并且有机肥施用量使优势菌的占比发生改变,随有机肥施用量的增加,子囊菌门相对丰度增加,而担子菌门相对丰度降低;4)通过RDA分析表明,假霉样真菌属、毛壳菌属和镰刀菌属与果园土壤有机质和速效养分之间存在正相关关系,同时在果实可滴定酸和可溶性糖含量上也有正向作用。综上所述,适量增加有机肥施用量可增加有益真菌组成,从而提高树体长势和果实品质。     

阿特拉津胁迫对谷子种植区土壤真菌群落的影响

本试验以山西阳曲县谷子种植区土壤为研究对象,运用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析真菌多样性及群落组成变化情况.由α多样性指数可知,阿特拉津喷洒浓度越高,土壤真菌丰度和多样性越低;在黄土高原谷子种植区,土壤真菌主要门类为子囊菌门(Ascomycota)、接合菌门(Zygomycota)、担子菌门(Ba-s...     

多花黄精内生真菌及根际土真菌群落组成分析

基于Illumina Miseq高通量测序技术分析了湘黔桂三地野生多花黄精（Polygonatum cyrtonema Hua.）内生真菌、根际土真菌的群落组成及多样性。获得真菌ASVs共3 188条，经聚类涉11门33纲85目166科320属375种真菌，真菌类别主要为子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）。在属水平上，根际土真菌贵州样品优势属为Cladophialophora、外瓶柄霉属（Exophiala）等，湖南为Archaeorhizomyces、被孢霉属（Mortierella）等，广西为镰刀属（Fusarium）、Saitozyma等；内生真菌贵州优势属为外瓶柄霉属、粉褶菌属（Entoloma）等，湖南为地星属（Geastrum）、被孢霉属等，广西为镰刀属、Saitozyma等。α多样性分析显示，湘黔桂三地多花黄精药用部位块茎内生真菌、根际土真菌群落的多样性和丰富度均有较大差异；PCoA及UPGMA聚类结果显示，三地间的真菌群落组成差异较大；PICRUSt 2分析预测表明，内生真菌及根际土真菌参与多条代谢途径及黄精多糖等活性物质生成。     

不同生境下野生铁皮石斛内生真菌多样性的初步研究

采集湖南省新宁县崀山世界自然遗产风景名胜区和广西省乐业县雅长兰科植物自然保护区这两个生境中处于生长期的铁皮石斛（Dendrobium of ficinale）的营养根,并进行分离培养。通过对分离所得的41个菌株进行形态观察和ITS序列测定相结合的鉴定,共获得内生真菌34种。对担子菌和子囊菌分别进行了系统发育树构建结果显示,子囊菌为优势种类（31种）,以炭角菌目（Xylariales）和肉座菌目（Hypocreales）的种类为主,担子菌则以胶膜菌科（Tulasnellaceae）为主。Simpson多样性指数分析结果表明,不同生境下野生铁皮石斛内生真菌的多样性都很高,且雅长的高于崀山的。     

海南省不同地区橡胶树内生真菌多样性研究

从海南省10个县市的15个不同地点采集橡胶树RRIM600品系的叶、枝、果、根等组织进行分离培养,共获得内生真菌507株,415株能够产生孢子,根据形态特征鉴定为18个属,23个种,其中丝孢纲真菌9个属,10个种;腔孢纲真菌6个属,9个种;子囊菌门真菌3个属,4个种。初步研究表明:在所研究不同地区的橡胶树中,穗黑孢霉(Nigrospora oryzae)、树状多节孢(Nodulisporium sylviform)、刺盘孢(Colletotrichum sp.)均有分布。不同地区橡胶树内生真菌定殖率为17%~100%,分离率为0.42~0.97。不同地点橡胶树中内生真菌群落组成的相似性比较结果表明,地理分布对橡胶树中内生真菌组成具有一定的影响。     

杨树内生真菌群落多样性1）

为了探究杨树内生真菌的群落多样性,采用组织分离法,从杨树的叶、枝、干皮及根中分离出992个真菌菌株,经过鉴定,这些菌株分别归属于2亚门、4纲、4目、5科、13属。研究表明,链格孢属（Alternaria spp．）和茎点霉属（Phoma spp．）为优势菌种。不同部位、不同树龄、不同品种的杨树内生真菌的数量和种类具有一定的差异,说明内生真菌具有一定的宿主和组织专一性。运用多样性指数可以定量的直观地体现内生真菌群落多样性的高低。     

木麻黄内生真菌次生代谢产物及生物活性

【目的】分离和鉴定木麻黄Casuarina equisetifolia枝条和果实中的内生真菌,筛选具有抗菌和抗氧化活性的内生真菌。【方法】采用组织块分离法分离木麻黄枝条和果实中的内生真菌,通过菌落观察和分子生物学相结合的方法对分离到的内生真菌进行鉴定;采用薄层层析-生物自显影法测定木麻黄内生真菌次生代谢产物对细菌的抑制活性,采用多孔板-DPPH显色法测定抗氧化活性。【结果】从木麻黄枝条和果实中共分离鉴定得到12株内生真菌,枝条和果实内生真菌存在明显的差异,相同的菌株只有2株,分别为Cef-1(Pseudofusicoccum sp.)和Cef-7(Pestalotiopsis sp.);12株内生真菌分属于9个不同的属中,分别为Pseudofusicoccum、葡萄座腔菌属Botryosphaeria、拟盘多毛孢属Pestalotiopsis、木霉属Trichoderma、曲霉属Aspergillus、裂菌属Rhytidhysteron、拟茎点霉属Phomopsis、镰刀菌属Fusarium和炭疽菌属Colletotrichum。其中,葡萄座腔菌属种类最多,为木麻黄内生真菌的优势种群,其次是拟盘多毛孢属真菌。抗细菌活性的结果表明,Cef-2(Botryosphaeria sp.)表现出最强的抑制活性,对所有供试细菌的抑菌斑直径均大于10 mm,强于阳性对照硫酸链霉素,Cef-1和Cef-9(Fusarium sp.)对青枯病菌Ralstonia solanacearum也表现出较好的抑制活性。内生真菌Cef-2表现出最好的抗氧化活性,IC50为0.80mg/mL。【结论】木麻黄枝条和果实中均存在内生真菌且均以葡萄座腔菌属为优势种群,2个部位真菌的种类存在明显差异。内生真菌Cef-2表现出最强的抗细菌和抗氧化活性,可作为候选菌株进一步分离和鉴定其活性成分。     

准格尔露天矿区复垦过程中土壤真菌多样性及其变化研究

为了解我国鄂尔多斯准格尔露天煤矿复垦过程中土壤真菌的多样性及其变化,运用分子生物学PCR-DGGE技术对土壤真菌进行了测定和分析,结果表明:煤矿复垦区的土壤真菌比较丰富,包括子囊菌门、球囊菌门、担子菌门和未分类菌4个类群,其中子囊菌门和担子菌门是最主要的真菌类群,占到总数的86.4％;分子生物学技术是检测土壤微生物的有效手段,在37个测序序列中,检测到不可培养真菌10个,占到真菌总数的27％;不同复垦阶段的真菌群落的多样性存在一定差异,在种植豆科－禾本科牧草的复垦土壤中,除在每个复垦时间均出现少量的共有菌外,大多数的条带以及乔灌草类型下的全部条带表现是无规律的,说明真菌种类是随复垦时间的不同发生了变化,但其变化很复杂;从多样性指数方面来看,除了1993年复垦样地多样性比较低外,1992-2003年间的各复垦样地中的多样性指数变化不大.     

多花黄精根茎内生真菌的物种多样性研究

多花黄精是一种著名的中药材，其药用部位（根茎）含有多种内生真菌，是新化合物、新药源和生防制剂的潜在资源。为研究黄山市祁门县多花黄精根茎内生真菌的物种多样性，为其开发利用提供种质资源，采用组织分离法分离培养多花黄精根茎内生真菌，通过经典形态分类学并结合rDNA ITS序列比对鉴定分离得到的真菌，并进行物种多样性分析。结果表明，从多花黄精根茎中共分离出182株内生真菌，经鉴定为2门、5纲、13目、28科、33属和49种，另外有4株未确定其分类地位。其中子囊菌门(Ascomycota)为优势门，分离频率为83.52％；粪壳菌纲(Sordariomycetes)为优势纲，分离频率为59.34％；肉座菌目(Hypocreales)为优势目，分离频率为46.70％；优势科是麦角菌科(Clavicipitaceae)，分离频率为33.52％；Metapochonia是优势属，分离频率为33.52％。物种多样性研究结果表明黄山市祁门县多花黄精根茎的内生真菌物种丰富，群落结构复杂，且春季的多花黄精根茎内生真菌的Shannon-Wiener指数、Pielou均匀度指数、Simpson优势度指数和丰富度指数均高于夏季。     

野菊内生真菌生物多样性与生态分布

通过采样、分离、培养与鉴定,对信阳地区野菊[Dendranthema indicum (L.) Des Moul.]内生真菌的群落结构及生态分布进行了研究.结果表明,野菊内生真菌具有丰富的生物多样性,分离得到真菌21种,它们多数为半知菌,少数为子囊菌.其中,刺盘孢菌(Colletotrichum spp.)、拟茎点霉(...     

两种内生真菌对大花蕙兰的共生效应比较

\t\t\t\t\t目的\t\t\t\t\t为了解海桐内生真菌资源组成及其生态分布特征。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t方法\t\t\t\t\t采用组织分离和形态分类的方法对海桐内生真菌进行分离和鉴定。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t结果\t\t\t\t\t海桐内生真菌菌群由子囊菌(78.55%)、接合菌(1.21%)及无孢菌群(20.21%)构成,分属于5纲,12目,17科,23属。在纲的水平上,以座囊菌纲(Dothideomycetes)的相对多度为最高,占38.04%;在目的水平上,以格孢腔菌目(Pleosporales) 的相对多度为最高,占29.95%;在科的水平上,以格孢菌科(Pleosporaceae)的相对多度为最高,占16.19%;在属的水平上,以交链孢属(Alternaria)的相对多度为最高,占16.19%。内生真菌在果实中分布的菌群和菌株为最高,分别占58.33%和42.51%;在根中分布的菌群和菌株为最少。叶片和果实之间的内生真菌菌群组成的相似度最高(C_s=0.571),以根与果实之间的相似度为最低(C_s=0.381)。除根和叶片、根和果实之间在内生真菌菌群组成上存在显著差异之外(P<0.05),在根与枝条、枝条和叶片、枝条和果实、叶片和果实之间无明显差异(P>0.05)。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t结论\t\t\t\t\t海桐内生真菌资源组成丰富,且内生真菌在海桐不同组织中的分布存在一定差异。\t\t\t\t