两种杂交石斑鱼子一代及其亲本的线粒体COⅠ基因遗传变异分析

对两种杂交石斑鱼子一代（青龙斑和虎龙斑）及其亲本（斜带石斑鱼、棕点石斑鱼和鞍带石斑鱼）的线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ（COⅠ）基因序列进行了测序分析。在15个样本中,同源序列片段（1551bp）中共检测到9个单倍型和249个核苷酸多态位点。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,核苷酸序列同源性在88．1％-100％之间,无明显遗传分化。虎龙斑的2个COⅠ基因单倍型与母本棕点石斑鱼单倍型的同源性为99％和100％,而与父本鞍带石斑鱼的同源性均为88．1％。青龙斑的2个单倍型与母本斜带石斑鱼的3个单倍型的同源性在99．7％-100％之间,而与父本鞍带石斑鱼的同源性分别为89．3％和89．4％,结果表明两种杂交子一代在线粒体DNACOⅠ基因上严格遵循母性遗传规律。     

鸭源致病性大肠杆菌工型菌毛pilA基因序列测定及生物信息学分析

据GenBank中人源大肠杆菌pilA基因序列，由Oligo 6．0设计一对引物，以提取的鸭源致病性大肠杆菌基因组为模板，进行PCR扩增，获得了5株鸭源致病性大肠杆菌的pilA基因，序列测定和生物信息学分析表明：鸭源致病性大肠杆菌pilA基因核苷酸序列长度为549bp，编码182aa，与人源、鸡源及猪源大肠杆菌pilA基因之间核苷酸同源性为87．3％～100．0％，氨基酸同源性为87．5％～100．0％。对不同宿主来源大肠杆菌pilA基因所编码蛋白的二级结构、亲水性、抗原性、抗原表位进行预测分析比较，结果显示Ⅰ型菌毛间具有一定的结构相似性，并存在一定的共同抗原位点；系统进化分析表明，各菌株之间的pilA基因遗传相关性与其宿主来源及血清型之间没有严格的相关性。     

莆田黑猪H-FABP基因单核苷酸多态性分析

利用PcR．SSCP技术,分析莆田黑猪心脏型脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因的多态性．结果表明：在H-FABP基因5＇-调控区检测到两个多态性位点（G7T和C11A）,由两个等位基因控制,定义为A和B,基因频率分别为0．740和0．260;在外显子2处存在3个多态性位点（A2C、T62C和T65C）,由两个等位基因控制,定义为c和D,基因频率分别为0．164和0．836．群体遗传分析表明,H-FABP基因5＇-调控区属中度多态（0．25〈PIC〈0．5）,外显子2区属低度多态（PIC〈0．25）．）c2适合性检验表明,两位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0．05）．将莆田黑猪H-FABP基因外显子2的核苷酸序列与GenBank中野猪核苷酸序列进行同源性比对,同源性为100％,而与牦牛、驴、人、大鼠、鸡和斑马鱼的同源性分别为94．0％、92．4％、87．8％、82．4％,77．9％和67．2％．     

山羊痘病毒P32基因的克隆测序及序列分析

参考Genbank中的序列设计1对特异性引物对1株疫苗株和6株广西分离株的P32基因进行全基因序列测定和分析。结果显示,广西分离株间的核苷酸同源性为99．4％～100．0％,与疫苗株间的同源性为99．6％～99．9％,与Genbank中已发表山羊痘序列间的同源性为99．3％～99．8％;推导的氨基酸同源性为98．1％～100．0％、98．8％～99．7％、97．8％～99．4％;与国内疫苗毒株相比,广西分离株在100～105位缺失了6个碱基A,在651位所有广西分离株核苷酸的碱基全部由T变为C,647～652位核苷酸构成由TGTATA变异为TGTACA,多了1个限制性内切酶Bsp1407 I位点。研究结果为深入了解广西山羊痘分离株的分子特性以及山羊痘的诊断与防治奠定了基础。     

免疫鸡群肾型传染性支气管炎病毒的分离和鉴定

[目的]鉴定免疫鸡群肾型传染性支气管炎病毒（IBV）。[方法]以接种IBV的鸡胚尿囊液为模板,根据GenBank中登录的IBV的N基因序列设计引物,通过RT-PCR扩增出目的片段,经酶切鉴定后对其进行测序鉴定。[结果]PCR扩增片段长度为409bp,将其Ⅳ基因核苷酸序列与不同地区分离株（山东、黑龙江等）以及欧洲呼吸型疫苗株（M41）的IBV核苷酸序列进行比较,结果表明,不同毒株的核苷酸同源性在85．6％～100．0％,此次分离所得IBV的N基因与IBVSD0708株（EU352625）N基因的核苷酸同源性高达99．3％,而与呼吸型疫苗株M41（M28566）的同源性仅为87．3％。测序结果及序列分析可以证实分离到的病毒为IBV,命名为HN／HL株。[结论]该研究为鸡传染性支气管炎病毒的控制奠定了基础。     

屠宰生猪体内猪链球菌2型带菌情况调查

应用猪链球菌2型定型PCR方法,对从福建省3个屠宰场采集的临床健康的生猪鼻咽拭子样本共121份进行了检测,同时对阳性样本进行了细菌分离鉴定及毒力基因检测。结果显示：121份样本中有17份为阳性,检出率为14．0％（17／121）,其中福州地区检出率为10．9％（7／64）,宁德地区检出率为11．8％（4／34）,莆田地区检出率为26．1％（6／23）。3株分离菌cps2J基因PCR特异性扩增产物大小均为675bp,其核苷酸序列与Genebank中猪链球菌2型参考菌株的同源性高达98％～100％,毒力基因型为gdh^＋／cps2J^＋／mrp^＋／ef^-／sly^-／fbps^＋／orf2^＋。调查结果表明,福建省福州、宁德、莆田等地区生猪群中均存在猪链球菌2型携带者,所分离到的3个猪链球菌2型菌株其毒力基因型为新的基因型。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因变异分析

采用RT—PCR方法对疑似PRRS阳性病料进行克隆和测序获得了0RF7基因片段。序列分析结果表明获得的0RF7基因序列不存在缺失现象。与美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列的同源性为91．3％,氨基酸同源性为92．6％;与我国最早的PRRSV分离株CH—la相比,核苷酸同源性为93．5％,氨基酸同源性为92．6％;与我国高致病性PRRSV毒株SD—ZQ的核苷酸同源性最高为98．1％,氨基酸只有两个不同,同源性为98．3％;与本省的Hn-1／06毒株的核苷酸同源性为97．3％,氨基酸同源性为97．5％;与2004年分离的FJ-2株与ORF7基因的核苷酸差异稍大为85．4％,氨基酸同源性为88．6％;与欧洲型分离株LV株和N-34株0RF7基因的核苷酸差异很大,同源性仅为41．1％和40％,氨基酸同源性为47．1％和47．6％。表明所获得序列的流行毒株属于美洲型,但其毒力已发生了变异。     

猪圆环病毒1型北京株全基因组克隆及序列分析

参照GenBank上猪圆环病毒1型（PCV1）全基因组序列设计1对引物,用PCR技术从北京一猪场的临床发病猪病变组织中扩增和克隆获得1株PCV1全基因组序列,并进行序列测定和分析。全基因组序列结果显示,该株PCV1基因组全长为1759bp,与国内外其他各株PCV1的核苷酸同源性为99．4％。主要开放阅读框（ORF）序列结果显示,该分离株与国内外其他PCV1毒株间的ORF1与ORF2的核苷酸同源性分别在97．5％～99．8％和92．7％～100％。虽然各个PCV1分离株之间的全基因组与主要ORF的核苷酸同源性均很高,但仍然呈现出一定的地域相关性。     

口蹄疫病毒R株基因组序列分析研究

根据GenBank上发表的口蹄疫（foot-and-mouth disease，FMD）全基因序列数据，设计了多对引物，采用RT-PCR的方法，分别对R株编码区和非编码区基因进行扩增，将各片段克隆至pMD18-T载体，进行核苷酸序列测定．按顺序拼接各基因的序列，将结果序列与GenBank上各FMDV毒株的序列进行比较和同源性分析．序列的比较和分析表明，R株编码区全长为6966个核苷酸，共编码2322个氨基酸；非编码区5’端内部核糖体结合位点（intemal ribosome entry site，IRES）长约450个核苷酸，3’非翻译区（untranslatable region，UTR）从TAA始至Poly（A）前长度为94个核苷酸，所测出Poly（A）尾长度为18个核苷酸．与GenBank世界流行毒株的序列比较，编码区核苷酸序列同源性为88％～90％，推导氨基酸序列同源性为88％～95％．     

南方5省区柑橘黄龙病病原16αSrDNA片段的克隆与序列分析

采集了广东、广西、贵州、福建、云南5省区的8个柑橘黄龙病样品,利用黄龙病病原的特异引物对其16SrD—NA片段进行PCR扩增,将其扩增产物纯化、回收,并与pMD18-TVector连接,转化大肠杆菌（Esherichia coli）DH5α,筛选含有黄龙病病原16SrDNA片段的阳性克隆,进行序列测定。利用生物信息学软件对所克隆的序列进行同源性分析和聚类分析．结果表明：来自我国南方5省区的柑橘黄龙病病原16SrDNA的序列与亚洲种（L22532）的同源性为96．9％～98．6％,与非洲种（L22533）的同源性为94．5％～97．1％,与美洲种（AY742824）的同源性为92．5％-94．2％．表明我国南方5省区柑橘黄龙病均属于亚洲种,但在亚洲种内部不同地区的黄龙病病原也发生了微小的变异,其中福建厦门和云南个旧的2个菌株变异较大．     

犬瘟热病毒甘肃株的分离和N蛋白基因遗传进化分析

采用Vero细胞从甘肃2008-2009年疑似犬瘟热感染病犬体内分离到8株病毒,通过RT-PCR方法扩增M蛋白基因初步鉴定所获得毒株均为犬瘟热病毒(CDV)。进一步通过RT-PCR方法扩增分离株的N蛋白基因,并进行序列分析。结果表明,8株分离株均为CDV,它们之间N蛋白基因的核苷酸同源性和推定的氨基酸同源性分别为98.4%~99.7%、98.3%~99.6%;8株CDV分离株的N蛋白基因和TN、A75/17相应序列的核苷酸同源性分别为98.5%~99.5%、97.0%~98.0%,推定的氨基酸同源性分别为98.3%~99.2%、98.7%~99.8%;8株CDV分离株N蛋白基因和疫苗株(Onderstepoort和Snyder Hill)的相应序列的核苷酸同源性和推定的氨基酸同源性分别为93.0%~94.0%、96.8%~98.3%。根据N蛋白基因所建立的遗传系统发育树可知这8株CDV分离株与TN的亲缘关系较近,而与疫苗株处于不同的分支上。说明从甘肃分离的CDV野毒株和TN由同一毒株演化而来,与疫苗株亲缘关系较远。     

陕西省猪瘟流行毒株E0和E2全基因分子特征分析

【目的】分析目前陕西省猪瘟病毒（CSFV）流行毒株的E0、E2全基因分子特征,为猪瘟防控提供参考。【方法】根据CSFV Shimen株及HCLV株全基因序列,设计并合成了4对引物,采用RT-PCR方法,从采自陕西不同地区的猪瘟病料中扩增E0、E2全基因并进行序列测定分析。【结果】从采集的病料中成功扩增了5株猪瘟流行毒株的E0、E2全基因,这5株流行毒株E0基因核苷酸同源性在94.4％～99.8％,与参考毒株ALD、Alfort187、Brescia、CAP、Glentorf、GPE、GXWZ02、HCLV、Paderborn、Rimes和Shimen的核苷酸同源性在80.4％～96.3％,氨基酸同源性在86.5％～99.3％。5株流行毒株E2基因核苷酸同源性在91.1％～98.0％,与参考毒株的核苷酸同源性在77.7％～94.6％,氨基酸同源性在85.2％～95.9％。5株流行毒株E0 Rnase活性区域氨基酸基序位点没有变异,但导致流行毒株发生免疫逃逸的E2蛋白关键位点中有3个发生了变异。【结论】测定的陕西省猪瘟流行毒株E0、E2基因序列变异明显,其中E2蛋白关键位点变异较大。     

东北马鹿Myostatin基因编码序列的克隆及序列分析

根据Myostatin基因的保守性,选择牛(Bos taurus cattle登录号:AB076403)的Myostatin序列为模板进行引物设计,首次从东北马鹿基因组中扩增出Myostatin序列,扩增产物连接pMD18-T载体,克隆出3个外显子片断。根据5-′GU-AG-3′规则和同源基因比对拼接出完整的编码序列,全长为1 128 bp(发表到GenBank登录号:EF629535),Myostatin蛋白前体由375个氨基酸组成。同源比较结果表明:Myostatin在进化过程中具有高度保守性,东北马鹿与猪Myostatin编码序列同源性最高达到98%,鸟类与哺乳动物间Myostatin编码序列同源性为85%~89%,鱼类与其他动物间编码序列同源性为60%~67%。Myostatin编码序列能够真实反映远缘物种的进化关系,可以作为远缘物种进化分析较理想的标记。     

猪流行性腹泻病毒的RT-PCR鉴定及其 M、N和E基因的序列分析

对引起仔猪严重腹泻的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)进行RT-PCR检测,并对PEDV部分基因进行克隆和序列分析。从陕西省某发生严重仔猪腹泻的养猪场采集肠道内容物,利用RT-PCR技术成功检测到PEDV感染。克隆检测到的PEDV M、N和E基因片段,并将该基因核苷酸序列和推导的氨基酸序列与其他不同来源的PEDV毒株进行比较分析。结果表明,克隆的M、N和E基因与其他已经发表的PEDV毒株核苷酸的同源性分别为96.3%～99.9%、95.2%～99.5%和96.1%～96.9%,氨基酸同源性分别为95.6%～99.6%、96.1%～99.5%和96.1%～98.7%;系统进化树结果表明,试验检测的PEDV与国内分离株的PEDV株亲缘关系更近。可见:陕西省养殖场存在猪流行性腹泻病毒感染,其M、N和E基因变异不大。     

PRRSV JX0708株结构蛋白基因的克隆及其生物信息学分析

根据GenBank中登录的美洲型PRRSV JXA1株基因组序列设计合成了4对引物,应用RT-PCR技术对PRRSV JX0708株结构蛋白基因进行扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行分析,并与国内外分离株进行核苷酸序列以及推导的氨基酸序列同源性比较.结果表明:PRRSV JX0708株结构蛋白基因长约3 186bp,分为ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个基因区;与国内分离的高致病性PRRSV美洲型毒株HuN、GD、JXA1、LN和普通毒株CH-1a以及经典毒株VR-2332和疫苗毒株pMLV的核苷酸及其推导的氨基酸同源性分别为88.0%～100.0%和83.5%～100.0%;而与欧洲型经典毒株LV和Euro-1的同源性差异显著,其核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为64.0%～69.7%和53.3%～79.9%.遗传进化分析表明,PRRSV JX0708株在基因型上属于美洲型,同时美洲型PRRSV的变异存在某种地域和时间跨度上的相关性,但每个结构蛋白基因的变异并不严格遵从这种规律,而有所差异.     

陕西关中某羊场羊口疮病毒的分离鉴定与基因序列分析

羊口疮疫病的暴发可严重影响畜牧的经济效益,为探明陕西地区该病的发病原因。本研究从陕西关中地区某羊场出现特征症状病羊嘴部痂皮中分离病原,经过感染MDBK细胞系,获得1株病毒,经形态学、理化学、PCR检测及病理组织学等方法鉴定,该病毒分离株为羊传染性脓疱病毒(Orf virus,ORFV),命名为ORFV-SXGZ。依据GenBank中发表的ORFV特异性B2L、F1L及VIR基因的核酸序列,设计并合成3对引物,应用PCR方法成功对ORFV-SXGZ毒株的B2L、F1L及VIR基因进行克隆,并将其基因序列及推导的氨基酸序列与其他不同来源ORFV分离株进行比较分析。序列分析结果表明,ORFV-SXGZ毒株的B2L、F1L和VIR基因与其他已发表ORFV毒株之间的核苷酸同源性分别为96.7%~99.6%、95.8%~97.9%和95.0%~99.3%,氨基酸同源性分别为95.3%~99.7%、95.8%~98.2%和95.5%~98.4%。系统进化树分析结果显示,ORFV-SXGZ毒株与国内新疆和甘肃等西北部地区分离株的亲缘关系更近,证实陕西关中地区养殖场中存在羊口疮病毒感染。     

纳米型植物抗逆剂油松蘸浆造林效果分析

采用药剂蘸浆造林的方法比较了纳米型植物抗逆剂（NPA）和多效抗旱驱鼠剂（RPA）的油松造林效果。结果表明,定植当年干旱、鼢鼠和草兔致死率占总致死的比例为85.8%～87.9%、10.4%～11.9%和0.7%～1.4%;定植3 a三者分别占65.5%～77.7%、12.8%～22.5%和7.9%～10.7%。NPA蘸浆造林定植当年对干旱、鼢鼠和草兔的预防效果为65.2%～73.0%、95.3%～100.0%和100.0%,RPA为52.9%～55.9%、91.1%～100.0%和100.0%。定植3 a时,NPA的预防效果为76.0%～78.2%、94.0%～98.8%和92.8%～100.0%,RPA为65.7%～67.5%、90.6%～93.9%和91.0%～93.6%。说明使用150倍NPA和RPA蘸浆造林能显著提高油松的抗旱能力,降低鼢鼠和草兔的危害,且NPA的整体效果优于RPA。     

猪圆环病毒2型广东株全基因组的克隆与序列分析

根据GenBank已发表的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组序列,设计2对特异性引物,对广东省不同地区规模化猪场采集的疑似断奶仔猪多系统消耗综合征(PMW S)组织病料进行了PCV2全基因组克隆和序列分析.结果表明,PCV2核苷酸序列较稳定,不同地区6个PCV2毒株全基因组序列均由1 767 bp组成,彼此间核苷酸序列相似性达95.3%~99.8%,亲缘关系密切;与GenBank已发表的国内不同地区PCV2参考毒株的相似性介于70.1%~99.1%;与欧洲各地区毒株的相似性介于67.7%~98.8%;其中与美国的毒株(AY094619)差异性最大,介于69.4%~70.8%之间.     

广西家蚕核型多角体病毒株gp64基因 克隆与序列分析

[目的]了解广西家蚕核型多角体病毒(Bombyxmori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)毒株gp64基因的保守性,并掌握其具体的突变位点,为研究核型多角体病毒(NPV)种内的微进化模式提供参考依据.[方法]对广西不同桑蚕产区的19株BmNPV毒株进行gp64基因克隆与测序,分析完整开放阅读框(ORF)序列的同源性和单核苷酸多态性,并构建基于gp64基因的遗传进化树.[结果]广西BmNPV毒株的gp64基因ORF序列不一致,存在1590、1593和1599 nt三种类型,是由于第94~96位缺失GCG或第97~102位插入GCGCCG所致,且插入核苷酸突变仅在广西BmNPV毒株中出现.仅GXSL毒株与T3毒株的核苷酸及其推导氨基酸序列同源性均达100.0%,其余18株毒株与T3毒株的核苷酸序列同源性在98.5%~99.2%,其推导氨基酸序列同源性在98.7%~99.6%.19株广西BmNPV毒株被分为两个亚群(cladeⅠ和cladeⅡ),其中11株独立形成cladeⅡ,7株独立形成cladeⅠ中的一个亚群;广西毒株在多个位点出现同义核苷酸突变,呈一定的规律性.[结论]广西BmNPV毒株的gp64基因具有遗传多样性,在遗传进化上较独立,插入突变显示出地域特点.     

福建省猪流行性腹泻病毒的ORF3基因序列分析

为探讨福建省猪流行性腹泻病毒(PEDV)ORF3基因遗传变异情况,于2014-2015年从福建省不同地区猪场扩增8株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传进化分析。结果表明:8株分离株均为野毒株;与近年来国内及其周边国家的分离株亲缘关系较近,其核苷酸同源性及推导的氨基酸同源性最高高达100%;与经典株CV777亲缘关系较远,其核苷酸及推导的氨基酸同源性达96.0%~96.9%与92.5%~94.7%;表明近年来福建省PEDV流行株较以往的经典株已经发生了改变。