斑马鱼微卫星分子标记检测鲤鱼种间多态性

用6072对斑马鱼（Danio rerio）微卫星引物对黑龙江鲤（Cyprinus carpio haematopterus Temminck et Schlegel）、荷包红鲤（Cyprinus carpio var．wuyuanensis）和柏氏鲤（Cyprinus pellegrini Tchang）进行种间遗传差异分析，共发现563个斑马鱼微卫星标记在鲤鱼种间表现出多态性。从中随机抽选25个标记，对斑马伍和3种鲤鱼的遗传多样性进行分析，使用Phylip3．63软件按照Nei氏标准遗传距离计算种间遗传距离，再用MEGA3．0软件绘制NJ系统发生树，并进行1000次bootstrap检验系统树。结果显示，黑龙江鲤与荷包红鲤首先聚类，然后是柏氏鲤、斑马鱼。这些具有多态性的斑马鱼微卫星标记可用于鲤鱼种间种质鉴定，同时，借用模式生物斑马鱼的丰富遗传标记资源，增加同科的鲤鱼遗传连锁图谱上遗传标记的密度，必将对鲤鱼遗传育种进入分子育种时代起到促进作用。     

不同鲤鱼种间DNA遗传标记多态性

用８４个随机引物对黑龙江野鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ ｃａｒｐｉｏ ｈａｅｍａｔｏｐｔｅｒｕｓ Ｔｅｍｍｉｎｃｋ ｅｔ Ｓｃｈｌｅｇｅｌ）和柏氏鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ ｐｅｌｌｅｇｒｉｎｉ ｐｅｌｌｅｇｒｉｎｉ Ｔｃｈａｎｇ）进行种间ＲＡＰＤ分析,结果共扩增出４８４个片段,二者共有扩增片段为１３个,黑龙江野鲤特有的为２３３个,柏氏鲤特有的为２２５个,这些特异片段可做为黑龙江野鲁和柏氏鲤的分子遗传标记。并对     

3种对虾种间RAPD遗传标记

用RAPD技术对虾属中凡纳对虾、日本对虾和中国对虾基因组DNA的特异性遗传标记进行分析，筛选了OPK和OPE两个系列40个引物，有37个引物获得了片段长度在250-2200bp之间且重复性良好的谱带，其中34个引物均可以将1种、2种甚至3种对虾分别区别开来，共获得了264个扩增片段，其中3种对虾特异性片段95个，每个引物分别获得了1-7个大小不等的片段，凡纳对虾获得了28个特异性片段，日本对虾获得了32个特异性片段，中国对虾获得了35个特异性片段。通过Popgnen1.32种群遗传分析软件包计算结果表明：日本与对虾与中国对虾的遗传距离最大，高达0.9096；日本对虾与凡纳对虾的遗传距离次之，为0.8608；凡纳对虾与中国对虾的遗传距离最小，其值为0.6219。根据遗传距离指数，用UPGMA方法进行聚类分析，构建系统树。     

中国鲤几个代表种群基因组DNA遗传多样性分析

中国鲤具有悠久的养殖历史和重要的经济价值,无论是天然种群还是养殖品种,年产量远超过其它鱼类。近几十年来,养殖新品种的开发获得成功,大大提高了产量,改善了品质。但是由于盲目的开发利用,许多重要的鲤养殖种类的种质资源遭到破坏。"江西三红"(Cyprinuscarpiovar.xingguonensis、Cyprinuscarpiovar.wuyuanensis、Cyprinuscarpiovar.wananensis)、黄河鲤(Cyprinusycarpiovar.)和黑龙江野鲤(Cyprinuscarpiohaematopterus)是中国鲤几个具有代表性的养殖品种和野生种,在我国鲤鱼遗传育种研究中均占有非常重要的地位。应用第二代分子标记,即微卫星标记(microsatellite)84个,对以上5个具有代表性的中国鲤进行了全基因组DNA检测。结果表明,当退火温度提高至60℃时,有43对标记引物扩增出清晰的条带,其中有14对在群体间呈现多态性,扩增等位基因位点为2～4个。微卫星座位MFW4,MFW19,MFW23和MFW26在群体内显示了高度的多态性,扩增等位基因位点为7～13个。统计实验结果发现,"江西三红"3个品种间遗传差异较小,兴国红鲤和荷包红鲤的亲缘关系较近(0.93);属于同一亚种不同地理种群的黄河鲤和黑龙江野鲤具有较高的遗传相似性(0.89)。另外,根据微卫星多态性分析结果,探讨了这5种鲤的遗传多样性。     

SSR和ISSR分子标记技术及其在遗传多态性方面的应用

SSR(Simple SequenceRepeat)和：ISSR(Inter-Simple Sequence Repeat)分子标记技术是近几年发展起来的、以PCR为基础的DNA多态性检测技术。它们通常表现为共显性、呈孟德尔式遗传、具有较好的稳定性和多态性、遗传信息量大,目前已广泛应用于基因组研究的各个领域。本文主要论述了SSR和ISSR分子标记技术的原理及实验中的技术要点。并总结了其在物种亲缘关系和遗传多态性研究、DNA指纹库的建立、遗传图谱的构建和基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用。     

鲤鱼的遗传连锁图谱（初报）

建立了鲤鱼的遗传连锁图谱。图谱有ＲＡＰＤ分子标记５６个,鲤鱼的ＳＳＬＰ标记２６个,鲤鱼ＳＳＬＰ标记１９个,斑马鱼的ＳＳＬＰ分子标记７０个,鲤鱼基因标记９１个,共有标记２６２个;图谱有５０个连锁组,连锁图给出鲤鱼的基因组大小在５７８９ＣＭ左右。     

建鲤线粒体DNA的遗传多态性初步分析

用16种限制性内切酶对建鲤mtDNA进行酶解分析,结果表明：建鲤的mtDNA分子大小约为16.6kb;除Bgl Ⅱ无切点,ClaⅠ、PstⅠ、SalⅠ和XhoⅠ有一个切点外,其余11种酶都有2个或2个以上酶切位点,其中DraⅠ、PvuⅡ检出mtDNA多态,将建鲤mtDNA分为两种不同的单倍型;计算建鲤种内（群体内）mtDNA多态值π＝0.00164。建鲤在分子水平显示出的遗传多样性,可能是建鲤能够适应全国各地的环境条件和养殖方式,并得以大规模推广的重要原因之一。     

金边鲤群体的遗传结构及个体间遗传差异的QTL标记分析

为了评估金边鲤(Cyprinus carpio var.Jinbian)群体的遗传组成,制定合理的繁殖配组策略,本研究用24个QTL标记分析了金边鲤亲本群体的遗传结构及雌、雄个体间遗传距离.结果显示:在192尾样本中共检测到184个等位基因,群体平均等位基因数(No)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂...     

两种不同地方种群尼罗罗非鱼遗传差异和分子遗传标记↑（*）

用ＡｐａⅠ，Ｂｃ１Ⅰ，Ｂｇ１Ⅱ，ＤｒａⅠ，ＥｃｏＲⅠ，ＥｃｏＲＶ，ＨｉｎｄⅢ，ＫｐｎⅠ，ＰｓｔⅠ，ＰｖｕⅡ，ＳａｃⅠ，ＸｂａⅠ，ＸｈｏⅠ等１３种限制性核酸内切酶对来自尼罗河上游和下游的两种不同地方种群尼罗罗非鱼的线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）进行酶切分析，得到这两种罗非鱼的ｍｔＤＮＡ分子大小为：上游尼罗为１６９０９±９０ｂｐ，下游尼罗为１６９１２±１００ｂｐ。研究中还发现我国养殖的这两种不同地方种群尼罗罗非鱼，每一群体内个体间均存在ｍｔＤＮＡ酶切片段长度多态现象，而且群体间在ｍｔＤＮＡ水平上具有一定差异，依此构建了这两种不同地方种群尼罗罗非鱼ｍｔＤＮＡ限制性内切酶酶切图谱，建立了识别它们的分子遗传标记。     

凉山半细毛羊徽卫星标记多态性的研究

利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究,检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数,计算等位基因频率（Pi）、遗传杂合度（H）和多态信息含量（PIC）,分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中,平均等位基因数为8.2778个（3～19个）,平均多态信息含量为0．591（O.253～0.833）,遗传杂合度均值为0．500（0.026～0.888）。表明该品种绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。     

异源四倍体鲫鲤及其原始亲本遗传变异的RAPD分析

在优化RAPD检测条件的基础上，从100个随机引物中筛选出60个扩增较好的引物对异源四倍体鲫鲤及其原始亲本红鲫和湘江野鲤相互间扩增DNA片段的异同性进行比较研究。结果显示，60个引物共产生1554条带，单一引物扩增的DNA片段数在6～20条之间，片段大小在200～3500bp之间。遗传相似率分析表明，异源四倍体鲫鲤与其原始母本红鲫的相似率为69．41％，与其原始父本野鲤的相似率为64．47％，说明异源四倍体鲫鲤接受原始母本红鲫的遗传物质要多一些；而红鲫和野鲤之间的相似率为42．18％，说明两者的基因组成有较大的相似性，从分子水平证实了红鲫和野鲤的远缘杂交具有较大的亲和性。在分析中，还发现异源四倍体鲫鲤有4条非亲本带，非亲本带谱率达0．72％，这些非亲本带可以作为异源四倍体鲫鲤特异性的分子标记。     

福瑞鲤与豫选黄河鲤选育群体的遗传结构及亲本间遗传距离分布

用微卫星标记分析了鲤鱼(Cyprinus carpio L.)的2个品种福瑞鲤和豫选黄河鲤选育群体的遗传结构,并揭示了雌雄个体间遗传距离的分布规律。结果表明,23个微卫星标记在福瑞鲤(FR,n=192)和豫选黄河鲤(YX,n=96)中各检测到160个和131个等位基因。福瑞鲤的平均有效等位基因数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)和多态信息含量(PIC)分别为4.559、0.695、0.741和0.702,群体处于高度多态水平(PIC≥0.5);豫选黄河鲤的4项遗传多样性参数分别为3.620、0.665、0.642和0.600。虽然豫选黄河鲤同样处于高度多态水平(PIC≥0.5),但是N_e、H_e和PIC均极显著低于福瑞鲤(P0.01),说明福瑞鲤的杂交选育背景决定了其较系统选育的豫选黄河鲤具有较多的来源于不同亲本的等位基因;而两者H_o差异不显著(P0.05),说明豫选黄河鲤种内也保持了较高的遗传杂合度。分别统计福瑞鲤与豫选黄河鲤雌雄个体间的遗传距离,结果表明两两雌雄个体间遗传距离呈正态分布。福瑞鲤个体间遗传距离的中间值位于0.8~1.0,占37.39%;而豫选黄河鲤个体间遗传距离中间值位于0.5~0.7,占49.33%。建议福瑞鲤和豫选黄河鲤在家系配组时,选择亲本间遗传距离阈值范围在0.8~1.0和0.5~0.7为宜。     

Verification of mitotic gynogenesis in ornamental (koi) carp (Cyprinus carpio L.) using microsatellite DNA markers

The Japanese ornamental (koi) carp is a popular decorative fish all over the world. In koi, clones have not yet been obtained, although production of fish with identical colour patterns could be of commercial interest. Mitotic gynogenetic progenies are essential for subsequent production of clones in fish. However, resulting late‐shocked progenies may be contaminated with meiotic gynogens from spontaneous suppression of the second meiotic division in eggs. In this study, microsatellite DNA markers were used to confirm mitotic gynogenetic origin of obtained late‐shocked progenies. Recombination rate (y) and mapping distance relative to centromere (M‐C) of 10 microsatellite loci were determined based on percentage of heterozygotes in meiotic gynogenetic progenies. The range of y varied from 0.01 to 0.96 and the M‐C map ranged from 0.5 to 48 cM. The mean value of y over the 10 loci was 0.481. Six loci, which had y 0.47 and higher, were used as markers in two late‐shocked gynogenetic progenies. Complete homozygosity was revealed at all six microsatellite loci indicating mitotic gynogenetic origin of analysed progenies.     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

银鲫与普通鲫群体遗传结构的比较分析

利用15个微卫星多态性分子标记,对黑龙江省方正县双龙水库和双凤水库两个水体的雌核发育银鲫(Car-assius auratus gibelio)和二倍体普通鲫(Carassius auratus(L))的群体遗传多样性进行比较分析。结果显示:平均每个多态性位点获得银鲫10.39个有效等位基因,普通鲫11.82个有效等位基因;双龙水库三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度分别为0.6035和0.6300,双凤水库中的三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度为0.5311和0.5885;相似性与遗传距离分析结果显示:相似性最大的是双凤水体内的银鲫和普通鲫(0.8127),远大于两个水体间的银鲫群体间的相似性。结果表明,银鲫与普通鲫存在着明显的遗传物质交流,较高的遗传相似性不仅与传统的银鲫起源于普通鲫的观点一致,也暗示银鲫与普通鲫存在经常性地遗传物质交流。     

两种鲤鱼对侵袭性病原体及嗜水气单胞菌抗病力的比较

调查同塘饲养的高寒鲤,散鳞镜鲤当年鱼对侵袭性病原体及人工感染嗜水气单胞菌耐受力进行比较,侵袭性病原体检出8种,其中绦虫只有散鳞镜鲤感染,感染率达到29％,其余种类二种鲤鱼体表,鳃都有寄生,但寄生的程度有所不同,高寒鲤的抵抗力要比散鳞镜鲤强,对人工感染的嗜水气单胞菌的耐受力高寒鲤比散镜鲤高,这可能与品种对病原菌耐性不同有关。     

转基因"超级鲤"F2代与松浦鲤的耗氧率及窒息点的比较研究

通过转外源生长激素基因"超级鲤"F2代与松浦鲤的耗氧率与窒息点的比较试验证明在水温为18.0±1℃、鱼体重为84.5±1g时,"超级鲤"F2代的耗氧率是174.65±23.43mg/h.l,松浦鲤的耗氧率是257.98±19.25mg/h.l,经T检验(|T|=8.2067;df=8;双侧p＜0.01),"超级鲤"F2的耗氧率极显著地小于松浦鲤的耗氧率.耗氧率与水温或体重的变化关系均是随着水温的升高而升高,随着体重的增加而降低.F2代与松浦鲤的耗氧率昼夜变化曲线在走向上基本一致,高峰是在1030时和2030时,低谷是在1830时和030时.在同一水温条件下,F2代与松浦鲤窒息点的差异性随着鱼体重的增加而趋于显著.在水温为18.0±1℃条件下,当鱼体重为84.5±1g时,"超级鲤"F2代窒息点为0.1318mg/l,松浦鲤窒息点是0.1203mg/l,经T检验(|T|=2.775;df=2;双侧p=0.1090＞0.05)差异性不显著;当体重为108.5±1g时,F2代窒息点为0.1937mg/l,松浦鲤窒息点是0.1443mg/l,经T检验(|T|=8.296;df=2;双侧p=0.0142＜0.05)差异性显著.这两种鱼的窒息点与体重的变化关系一样,都是随着体重的增加而增加.     

长江草鱼多态微卫星位点的分离及后备亲鱼的遗传多样性分析

本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5～22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3～8个等位基因,平均有效等位基因数为3.9302,多态信息含量在0.4129～0.8107之间变动,平均为0.6678,除了GC78座位为中度多态外,其他9个座位均为高度多态。基因分化系数、Shannon指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度的平均值分别为0.3457、1.4262、0.9511和0.7193,表明该群体的遗传多样性比较丰富。