苦瓜种质资源遗传多样性的AFLP分析

对36份苦瓜种质资源进行AFLP-银染分子标记技术扩增,进行遗传多样性和亲缘关系评价分析.筛选8个多态性高、分辨力强的E+3/M+3引物组合对36份供试材料的基因组DNA扩增,共获得条带数1142条,多态性条带数992条,扩增效率87%,平均每对引物扩增条带数142.75条.其中,以E-ACA/M-CAG引物的扩增效率最高,达到91.79%;其次是E-AAG/M-CTA,达到90.30%;扩增效率最低的引物是E-ACA/M-CTT,为82-31%.表明供试材料在DNA水平上酶切位点的分布存在广泛的变异.各供试材料相似系数介于0.64～0.89;UPGMA分析将36份资源从变种间水平分为2个类群.     

利用SRAP标记绘制中国芥菜基因源分子指纹图谱

以中国9个省份和地区的86份芥菜种质资源为供试材料,利用SRAP分子标记和DNA指纹图谱分析软件,绘制芥菜遗传资源基因组DNA指纹图谱。从270对SRAP引物中筛选出40对多态性明显、条带清晰的引物组合,对86份供试材料基因组DNA分子进行扩增,共扩增出632条谱带,其中多态性条带427条,多态性比率为67.56%,表明芥菜种质资源遗传多样性较丰富。以供试的86份芥菜种质资源的SRAP扩增条带为基础,建立供试材料扩增条带指纹数据库的Excel文件,然后利用自主开发的DNA指纹图谱软件,构建86份芥菜种质资源的DNA指纹图谱,获得了所有芥菜种质资源的分子"身份证"。结果表明,SRAP分子标记非常适合芥菜DNA指纹图谱的构建。     

利用RAPD、ISSR分子标记分析野牡丹属亲缘关系

采用ISSR和RAPD分子标记技术对9个种44份野牡丹属种质资源进行了亲缘关系分析。结果表明:11条ISSR引物共扩增出91条谱带,其中多态性条带90条,多态性条带的比率为98.9%;16条RAPD引物共扩增出113条谱带,其中101条多态性条带,多态性比率为89.38%。2种分子标记相比较,ISSR分子标记检测出的多态性比率更高。44份野牡丹属种质明显聚为2组,种质资源遗传相似系数在0.61~0.88,平均相似系数0.75。基于不同引物的条带组合构建了供试的44份野牡丹属种质资源的ISSR和RAPD指纹图谱,采用这2种指纹图谱可对供试的所有野牡丹属种质资源进行鉴定。     

基于ISSR标记的建兰种质资源遗传多样性分析

为揭示建兰种质间的亲缘关系,促进建兰种质资源的有效保护和利用。本研究利用ISSR标记分析了源于中国各地的39份建兰品种,并采用UPGMA方法进行了聚类分析。结果表明：6个ISSR引物对39份建兰品种的基因组DNA进行扩增,共扩増出64条清晰条带,其中57条为多态性条带。平均每条引物检测到的条带数为11条,多态性条带10条,多态性比率为89.88%。通过UPGMA法进行聚类分析表明供试材料的遗传相似系数在0.500~0.953之间,供试材料被分为6群集,说明ISSR标记在建兰的品种间具有丰富的多态性,能够很好地揭示建兰品种间的亲缘关系。本研究结果可为建兰种质资源品种鉴定及杂交育种等提供理论依据。     

广东地区野生狗牙根遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对广东地区30份野生狗牙根进行遗传多样性研究。从50个ISSR引物中筛选出15个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出151条谱带,平均每个引物能扩增出10.07条带,其中多态性条带总数为142条,多态性条带比率达93.7%。材料间遗传相似系数GS=0.58278～0.92715。基于遗传相似系数,利用UPGMA聚类分析表明,供试材料可聚为4类。POPGENE分析软件结果表明,平均Shannon信息指数I=0.5689,平均Nei's基因多样性h=0.3813,每位点平均有效等位基因数ne=1.6196。     

咖啡种质资源DNA指纹图谱的构建

选用4份咖啡种质资源为材料,对S1-S100共100个RAPD引物进行筛选,选出多态性好的引物10个。利用这10个RAPD引物对28份咖啡资源进行扩增,共获得86条带,平均每个RAPD引物扩增出8.6条带,多态性谱带74条,多态性条带比率为86.0%。结果表明：供试咖啡种质资源遗传多样性较丰富;10个多态性好的RAPD引物中S8的鉴别效率最高,能将全部供试材料全部区分开,通过整合软件录入如所属种类、种质名称、采样地点、引物、RAPD-PCR 扩增数据以及电泳图片等相关信息,形成指纹图谱二维编码,构成咖啡种质资源的DNA指纹图谱,为咖啡种质资源品种权益保护及分子身份证构建奠定了基础。     

睡莲种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术对从国内外引种的46份睡莲种质资源进行遗传多样性分析,并对其中的原生种及原生变种构建DNA指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系基础上,为睡莲分类鉴定、杂交育种、功能基因的挖掘和利用及图位克隆等提供理论依据。结果表明：从100条ISSR引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在46份睡莲种质资源中共扩增出281条带,平均每条引物扩增条带数为28.1条,多态性条带281条,多态性比例为100%;平均Shannon信息指数（I）为0.4197,平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.2657,平均有效等位基因数（N）1.4139,表现出丰富的遗传多样性;遗传相似系数值在0.51~0.98之间,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了46份睡莲种质资源的亲缘关系,并在相似系数水平为0.68时,可将所有供试材料聚为6类。对总计24个睡莲原生种及原生变种构建了DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的睡莲种质。     

鹤蕉种质资源遗传多样性的AFLP分析

利用荧光标记AFLP技术研究鹤蕉种质遗传多样性及亲缘关系,为合理利用鹤蕉种质资源、培育观赏价值高的鹤蕉新品种提供依据.采用8对E+3和M+3引物组合对52份鹤蕉种质进行总基因组DNA水平上的多态性检测.检测结果共获得1534条可统计的条带.其中1 520条呈多态性,多态性带百分率达99.09%.揭示了鹤蕉种质具有丰富的遗传多样性.聚类分析结果表明,多数鹤蕉种质资源与其花型的大小表现出较为密切的关系;来源相同的种质基本上可聚在一起,反映出品种间的亲缘关系;在相似系数0.56处将52份种质划分为5大类.8组引物在52份供试材料中检测到数目不等的特异带型,这些特异带型对供试鹤蕉种质具有一定的鉴别价值.     

利用SSR分子标记研究花生属种间亲缘关系

以5份花生栽培种资源和花生属六个区组的19份野生种资源为研究材料，通过SSR分子标记技术分析其DNA多态性并进行聚类分析。大多数从栽培种基因组分离出的SSR引物能在野生种中扩增出DNA片段，共筛选出21对多态性SSR引物；每对引物在花生基因组中扩增出的条带数为1～13条，在供试材料中扩增出的总条带数为5～40条，平均18.1条，其中多态性条带为4～40条，平均18.0条；SSR引物的多态性指数为0.92～9.04；供试材料间的遗传距离为0.33～0.91，平均0.76。结果表明，大多数花生SSR引物为多位点引物，花生属种间种质存在丰富的DNA多态性， A. duranensis是花生栽培种（A. hypogaea L.）的野生种亲本之一，与花生区组野生种亲缘关系最近的是异形花区组，最远的是大根区组。     

武夷山名丛单丛茶树种质资源的遗传多样性与亲缘关系分析

利用ISSR分子标记对武夷山84份武夷山名丛单丛茶树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。用39条ISSR引物进行样品扩增筛选,从中选出多态性高、重复性好的16条引物分别对供试材料的基因组DNA进行扩增。共扩增出98条清晰可辨的谱带,其中多态性谱带87条,多态性比率达88.78%。84份名丛的平均有效等位基因数(Ne)为1.48,平均Nei's基因多态性(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.339、0.532,表明武夷山茶树种质资源的遗传多样性较高。同时,84份名丛间的Jaccard相似系数在0.34-0.93之间,平均值为0.70。根据Jaccard相似系数平均值,利用UPGMA聚类分析,将供试的84份名丛分成六大类群,并绘制亲缘关系树状图,揭示了武夷山茶树种质资源84份名丛之间的亲缘关系。该研究结果以期为武夷山茶树种质资源的合理开发利用提供参考依据。     

Estimation of genetic variation and relationship in potato (Solanum Tuberosum L.) cultivars using AFLP markers

Amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers were used to distinguish commercial cultivars and to assess the level of polymorphism in potato. AFLP analysis templates were made using Eco RI and Mse I as described in the Gibco BRL AFLP kit protocol. Seven primer combinations with three selective nucleotides on both primers were screened individually with 12 potato cultivars. Multiple polymorphisms could be detected in a single reaction to the extent that all 12 commercial potatoes tested could be distinguished using any one primer combination. Up to 84 polymorphic bands were detected with a single primer combination among 12 accessions. The seven primer combinations generated a total of 466 bands, of which 409 (88%) were clearly polymorphic among the cultivars. The presence or absence of each AFLP markers was scored and then phylogenetic and genetic distance analyses were used to generate dendrograms showing genetic relationships among the cultivars evaluated. The analyses based on amplified DNA fragments did not always reflect the known genetic relationships among the cultivars. These results demonstrate that AFLP DNA markers can be of great value in identification and measurement of variation, but should be treated with caution for purposes of estimating true measures of genetic similarity in potato.     

SSR和AFLP分子标记鉴定巴西橡胶树种质资源的比较研究

选用178份巴西橡胶树种质材料,采用SSR和AFLP分子标记技术对巴西橡胶树种质资源进行鉴定,探讨2种方法的应用效果并加以比较分析。结果显示:利用多态性强的19对SSR引物,检测到92个等位基因;用25对AFLP引物组,检测到702条有多态性的带。SSR位点的平均多态性信息量(PIC)值为0.46,而AFLP多态性带比例是54.88%,AFLP比SSR分子标记具有更高的多态性。结果说明,AFLP标记比SSR标记更适合于巴西橡胶树种质材料的鉴定和保护,同时进一步验证了在作物遗传资源的研究中,采用多种分子标记方法可以获得更加准确的研究数据。     

花生AFLP指纹图谱

ＡＦＬＰ是一种以ＰＣＲ为基础的ＤＮＡ指纹图谱技术。利用ＡＦＬＰ技术对从国际半干旱所（Ｉ－ＣＲＩＳＡＴ）引进的９份花生抗旱品种绘制指纹图谱,通过引物Ｅ—ＡＣＡ和与之匹配的ＭＣＡＧ和Ｍ—ＣＡＴ,在３００～６０００ｂｐ的范围内共获得１５７７条ＡＦＬＰ扩增产物,每个品种有主带和次带至少７１条之多,其中１０条为多态性的带纹。     

188份巴西橡胶树种质材料AFLP指纹图谱分析

对188份巴西橡胶树种质材料进行AFLP指纹图谱分析,25对多态性引物在100～1 000 bp内共扩增出1 274条带,其中701条带具多态性,多态性达55.02％.每对引物扩增的谱带数在36～66之间,平均为51条.12份橡胶树种质材料具特征带.大多种质的遗传相似系数都在0.84～0.94之间,占94.6％.说明大多数供试材料的遗传差异相对较小,这与橡胶树种质遗传基础狭窄,遗传差异不丰富相吻合.UPGMA聚类结果将供试材料分为3大类,5个类群,每个类群再细分为若干个小组,橡胶树大部分种质按照类群遗传特性聚集在一起,表明AFLP分子标记指纹图谱结果与表型鉴定种质结果一致,分子标记指纹图谱技术可以作为种质鉴定的辅助方法,从微观方面来进行种质的研究保存,为选育种提供好的育种材料.     

利用RAPD进行茶组植物遗传多样性和分子系统学分析

对张宏达系统山茶属茶组植物24种、变种的遗传多样性和分子系统学进行了RAPD分析。从冬梢中获得了高质量和高得率的基因组DNA, A260/A280平均为1.71,平均得率为331μg/g鲜重。从Operon技术公司的61个十聚体随机引物中筛选出15个用于茶组植物的RAPD扩增,在所扩增得到的107条可重现谱带中(平均7.1条/引物)有102条(平均6.8条/引物)是多态的,多态性程度是95.3%。每个引物扩增的谱带数在211条之间,相对多态性频度在0.04—0.96之间,不过总平均多态性频度只有0.30,     

茄子及其近缘野生种遗传多样性及亲缘关系的AFLP分析

为了明确茄子育种资源的遗传差异和亲缘关系,对来自国内外的54份栽培种茄子高代自交系以及4份近缘野生种进行了遗传多样性的AFLP分析.结果表明:10对EcoRI/MseI引物组合共扩增出570条多态性条带.平均多态率为57%.其中54份栽培种内扩增出120条多态性条带,平均多态率为16%:各引物组合在栽培种内的平均观测等位基冈数、平均有效等位基因数、平均Nei's基因多样度和平均香农信息指数分别为1.176、1.084、0.0051、0.079.基于Jaccard's相似系数采用Complete linkage法进行聚类分析,结果显示:近缘野生种与栽培种的平均遗传距离由近到远依次为红茄、托鲁巴姆、龙葵:栽培种内不同自交系间的相似系数在0.904以上.在相似系数0.915处.栽培种可以分为两个大类;聚类结果与果实性状(果皮色、肉色、果形)和地理来源存在一定的相关性.     

3种分子标记分析油菜品种间的多态性效率比较

应用RAPD、SSR和AFLP三种分子标记,对甘蓝型油菜恢复系垦C1和保持系1141B、32B的多态性进行了分析.在648条RAPD引物、196对SSR引物、414对AFLP引物中,两组合材料具有多态性的引物分别为172条和167条,131对和133对,147对和141对,而重复性好、多态性比率高的引物分别有78条,50对,120对组合;结果表明,平均每个(对)引物可以扩增出多态性片段数目为RAPD 2.1个,SSR 2.6个,AFLP引物12.7个.AFLP多态性检测效率高.AFLP、SSR是研究油菜遗传多样性比较有效的分子标记.     

山东花生主栽品种AFLP指纹图谱的构建

利用MseⅠ和EcoRⅠ酶切和9对引物组合对10个山东花生主栽品种进行AFLP分析,9对引物组合共扩增产生169条带,其中55条为多态性的,其多态性带比率为32.54%。至少两对引物组合的配合如E-ACT/M-CAA//E-AAG/M-CAC和E-ACC/M-CAA//E-AAG/M-CAC可将这10个品种完全区分开。     

89份油菜区试品种的AFLP指纹图谱分析

以2004-2005年度全国冬油菜区试的89份参试品种为材料，运用筛选确定的4对AFLP核心引物对这些品种进行分子标记分析，共获得67个多态性片段，其中多态性位点占总扩增位点的27.80％，利用67个多态性片段初步构建了这些品种的AFLP指纹图谱。聚类结果显示，在相似系数为1.00时，89份区试品种完全区分开；同一单位育成的品种的遗传距离较近。对不同类型品种（品系）遗传多样性指数分析, 结果显示，三系杂种的遗传多样性程度最高，常规种居中，两系杂交种最低。