不同品种（系）凤凰单丛茶DNA指纹图谱的构建

为能够快速、准确地对不同品种（系）凤凰单丛茶进行鉴定,建立不同品种（系）凤凰单丛茶的DNA指纹图谱,本研究利用ISSR分子标记技术,以4份凤凰单丛茶品种为材料,对UBC802~UBC899等58条ISSR引物进行筛选,得到了12条多态性好的ISSR引物。在确定引物最佳退火温度后,利用这12条ISSR引物对39份凤凰单丛茶进行了扩增,结果显示,从其中筛选出的6条核心引物共扩增出84条带,平均每个引物扩增出14条带,其中多态性条带78条,多态性条带比例为92.86%,多态信息量平均为0.9456,其中引物UBC843多态性最为丰富,品种相似性系数在0.4063~0.9836之间;为将39份凤凰单丛茶品种全部区分开,本研究对6条核心引物进行了组合,发现其中UBC827/UBC846的组合鉴别效率最高;通过综合品种名称、国家地区编号、采样地点、高效核心引物组合名称以及ISSR数据代码,本研究建立了39种凤凰单丛茶的DNA指纹代码。之后,通过整合软件录入如品种指纹图谱代码、香型、海拔、ISSR-PCR扩增数据图片等更多相关信息,形成指纹图谱二维编码,构成凤凰单丛茶的DNA指纹图谱,为凤凰单丛茶品种权益保护及信息平台的建立提供数据支持。     

ISSR标记鉴别云南茶树种质资源的研究

利用最少数量引物获得最大鉴定能力,这对种质资源的分子鉴别尤为重要。本研究应用ISSR标记技术对134份云南茶树资源进行了分子鉴别研究,用3种独立的方法对茶树种质资源进行了鉴别:特殊标记、特异的谱带类型和不同引物提供谱带类型组合。结果表明,UBC807等12个引物扩增的10个特异标记的存在和15个特异标记的缺失,可以为香竹箐大山茶等21份资源提供鉴别依据。引物UBC811扩增的54种谱带类型可以为海南大叶茶1等35份资源提供鉴别依据。UBC811、UBC835、ISSR2、ISSR3等4个引物带型的组合可以鉴别所有的134份茶树资源,并为这134份云南茶树资源的构建了可以相互区别的DNA指纹图谱。     

利用ISSR标记分析20份甜菜品种的遗传多样性

针对来源于德国的18份甜菜品种和来源于瑞士的2份甜菜品种进行遗传图谱的构建和聚类分析。以5份甜菜种质资源为材料,对引物UBC801~UBC900等100个引物进行筛选,筛选出多态性好的ISSR引物7个。利用7个ISSR引物扩增适宜新疆种植的20份甜菜种质资源,共获得39个等位变异,每对引物检测到的等位变异数的变幅为3~8个,平均等位变异数5.6个。其中多态性条带为30条,7对ISSR引物的多态信息含量(PIC)的变化范围为0.6273~0.8360,平均为0.7650,20份参试品种遗传相似系数的变异范围为0.4615~0.9231,平均为0.6923。供试20份甜菜品种遗传多样性丰富。ISSR分子标记技术可以有效地用于甜菜品种资源评价和指纹图谱构建。     

基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。     

ISSR在茶树品种分子鉴别和亲缘关系研究中的适用性分析

ISSR是最近发展的一种基于PCR技术的分子标记,已在植物种质鉴别和遗传多样性分析等方面得到广泛应用。本文对其在茶树品种分子鉴别和亲缘关系的适用性进行分析,利用筛选出的8个ISSR引物对六个茶树品种的基因组DNA进行扩增,共扩增出99条带,多态性平均为79.6%。由两个ISSR引物TRI22和TRI30扩增的指纹图谱可清楚区分六个不同品种,利用特殊ISSR标记的存在或缺失以及不同标记组合也可以鉴别不同品种。根据Nei-Li系数将六个品种聚为两类,茂绿、翠峰、青峰、迎霜和劲峰五个品种聚为一类,龙井43单独聚成一类,聚类分析证实了它们的亲缘关系。结果显示,ISSR作为一种信息量高、重演性好的分子标记,应用于茶树品种鉴别和亲缘关系分析是非常有效的。     

11个茶树品种遗传多样性的ISSR和TRAP比较分析

用12个ISSR引物和18个TRAP引物组合分别对11个茶树品种的基因组DNA进行扩增。ISSR引物共产生6l条带，多态性带占83．6％，遗传距离变化范围在0．231-0．707。TRAP引物共产生69条带，多态性带占79．7％，遗传距离变化范围为0．200～0．755。基于两种标记的聚类结果存在一定的差异，TRAP聚类结果能较好地体现供试品种的亲缘关系、地域特性和树型特点，与传统的基于形态特征建立的分类结果比较一致。     

利用ISSR构建甜菜品种指纹图谱

为了快速、准确鉴定甜菜品种,采用ISSR分子标记对39个甜菜品种进行扩增并构建其指纹图谱。利用8个不同的甜菜品种DNA进行引物筛选,在100条ISSR引物中筛选出4条扩增条带清晰、多态性好的引物,对39个甜菜品种进行PCR扩增,构建甜菜品种指纹图谱。结果表明,2条ISSR引物ISSR826和ISSR827扩增条带多态性为71.4%～90.0%(平均85.2%),利用该2条构建的指纹图谱就可以完全区分39个甜菜品种的真实性和纯度。甜菜品种指纹图谱的构建为甜菜品种的鉴定、区分,为科学、快速、高效鉴定甜菜品种,保护科研工作者以及农民的利益提供理论依据。     

利用RAPD、ISSR分子标记分析野牡丹属亲缘关系

采用ISSR和RAPD分子标记技术对9个种44份野牡丹属种质资源进行了亲缘关系分析。结果表明:11条ISSR引物共扩增出91条谱带,其中多态性条带90条,多态性条带的比率为98.9%;16条RAPD引物共扩增出113条谱带,其中101条多态性条带,多态性比率为89.38%。2种分子标记相比较,ISSR分子标记检测出的多态性比率更高。44份野牡丹属种质明显聚为2组,种质资源遗传相似系数在0.61~0.88,平均相似系数0.75。基于不同引物的条带组合构建了供试的44份野牡丹属种质资源的ISSR和RAPD指纹图谱,采用这2种指纹图谱可对供试的所有野牡丹属种质资源进行鉴定。     

基于荧光标记SSR的CID法快速鉴定福建茶树品种

茶树品种真实性鉴定是茶树种质资源研究的重要组成部分,是茶树品种知识产权保护的前提。在茶树基因组上按照均匀分布的原则选择45个SSR标记合成荧光标记引物,利用这些标记引物对54个福建无性系茶树品种进行PCR扩增,标记基因型分型后进一步筛选出9个SSR标记核心引物。这批核心引物的多态性信息含量(Polymorphism information content,PIC)均大于0.5,等位位点数在3~5之间,基因型数在5~10之间,属于高度多态性引物且方便进行基因型数据统计,适宜用来进行无性系茶树品种的真实性鉴定。利用其中的6个标记核心引物建立了54个福建无性系茶树品种的品种鉴别图(Cultivar identification diagram,CID),该CID能直观地提供对其中任意品种进行鉴定所需要的标记引物以及相应的标记基因型,且能够方便地进行扩容以用来对更多的无性系茶树品种进行真实性鉴定。利用该方法对无性系茶树品种进行真实性鉴定,操作方便、快速准确、稳定性高、实用性强。本实验所获得的茶树品种鉴定图(CID)对茶树品种知识产权保护,以及促进茶树品种选育工作健康可持续发展具有重要的意义。     

基于ISSR标记的航天香蕉新材料的遗传特异性

随着航天事业的发展,将传统的育种技术与航天诱变技术相结合实现育种目标的方法已经得到育种专家的广泛认可。福建香蕉产业受到病害、寒害和风害的威胁,以及外来或进口香蕉的冲击,种植规模正面临着萎缩的处境,使香蕉新品种的选育成为香蕉产业研究亟需解决的重要课题。本研究前期以巴西蕉为母本,在航天空间诱变的基础上,经过连续栽培、筛选和观察,选育出生物学和形态学特征差异明显的2份材料。为鉴定自主选育的以上2份航天香蕉材料的遗传特异性,本研究采用ISSR分子标记技术,从30条引物中筛选出2条多态性好的引物,对2份航天香蕉种质和18份现有香蕉种质进行分析。结果表明：筛选的2条引物共扩增出17条清晰的DNA条带,其中多态性条带13条,占总条带数的76.47%,在DNA分子水平上显示出较高的多态位点和丰富的遗传多样性。凝胶电泳结果显示,结合ISSR引物UBC881和UBC847,2份航天香蕉材料均存在特异性扩增条带,可区别于其他18份香蕉种质。聚类分析结果显示,20份香蕉种质材料间的遗传相似性系数介于0.545～1.000之间,平均值为0.905;在遗传相似性系数为0.960时,所选育的2份航天香蕉材料之间,2...     

利用ISSR分子标记进行不同来源大豆品种的分类

采用ISSR分子标记技术对不同来源大豆品种(系)进行了分类研究,对UBC ISSR801-850引物进行筛选,发现有11个引物没有产物,选出39个引物具有扩增产物,一般每个引物可以扩增出1-6条带,产物片段大小多在831-3530b之间.39个引物共扩增出121条带,其中多肽性带47条,占38.84%.每个引物平均可扩增出带数为3.1条;其中多肽性带数为1.21条.ISSR引物扩增的结果表明,ISSR分子标记技术能很好地用来区分不同来源的大豆品种(系).不同大豆品种(系)因其遗传背景不同,经ISSR引物扩增出来的谱带数也不一样,而且不同品种(系)还具有特异性的标记谱带.另外,对沈农系列大豆品种(系)的生产力与本试验采用的日本大豆品种的比较分析可以看出,沈农系列大豆品种(系)的生产力要高于日本大豆品种的生产力.     

马铃薯遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记分析了20个马铃薯材料的遗传多样性和亲缘关系。从60条ISSR引物中筛选出10个ISSR引物,在供试材料中共扩增出57个清晰条带,其中48个具有多态性,多态性比率为84.21%,各扩增条带的多态性信息指数(PIC)平均为0.2055。种质间遗传相似系数变化范围为0.5263～0.9825,平均值为0.7220。通过聚类分析20份马铃薯材料分为五大类,富金单独是一类,第二类有2个品种,即克新17号和黑美人,大西洋和YN-1为第三大类,克新20号和中薯1号为第四类,其余归到第五大类。试验结果显示,所选马铃薯材料的遗传差异比较大,遗传多样性相对丰富。本研究的结果为马铃薯杂交育种的亲本选配提供了理论依据。     

能源甘蔗亲本分子标记初步研究

应用ISSR和RAPD标记对6个能源甘蔗亲本构建的分离群体进行甘蔗亲本的分子遗传初步分析,结果显示,在供试亲本间扩增出的多态性引物中,RAPD扩增的PPB值为43.80%,平均PIC值为0.755;ISSR的PPB为46.30%,平均PIC为0.677,说明ISSR比RAPD的多态性检测水平略低,但重复性优于RAPD,利用其中的ISSR引物UBC845对5个半同胞群体的分析结果呈1∶1分离。     

ISSR分子标记在茶树遗传关系分析中的初步应用

ISSR标记是一种基于微卫星序列发展起来的十分有效的分子标记。本文主要利用ISSR分子标记对我国39份茶树种质资源进行遗传关系研究,从40条引物中筛选出15条引物,共扩增出143个位点,其中多态性位点为131个,占91.6%。通过UPGMA聚类分析,39个茶树种质资源GS变化范围0.21~0.95,其中慢奇兰与竹叶奇兰GS值最大、遗传相似程度最高,遗传距离最近;崇庆枇杷茶与英红1号GS值最小、遗传相似程度最低、遗传学差异最大。聚类分析将39个种质资源划分为3个大类(GS=0.20),崇庆枇杷与英红1号,属于原始类型资源,归为一类;九龙珠与黄龙,属于较原始类型,也归为一类;其余的种质资源归为一类。据此认为,ISSR作为一种信息量高、重演性好的分子标记,应用于茶树遗传多样性和亲缘关系分析是非常有效。     

利用ISSR标记进行菜用大豆和普通大豆的分类

ISSR标记技术因具有很高的多肽性而被广泛应用于遗传多样性研究.进行菜用大豆品种多样性研究将有助于育种家进行杂交亲本的合理选配.采用ISSR标记技术对37个菜用大豆品种(系)和13个普通大豆品种(系)进行了分类研究.结果表明:50个ISSR引物中有11个引物没有多肽性,其他39个引物共产生132条谱带,其中81条多肽性谱带,占61.4%.引物扩增的谱带数在l～7条之间,大小为830～3530 bp.每个引物平均扩增的谱带数和多肽性带数分别为3.3和2.1.聚类分析结果表明,可将供试的50个品种划分为3个类组,扁茎大豆Taikadai-zu单独一组,7个普通大豆(多数为中国选育)划归为B组,C组由日本菜用大豆和4个普通大豆组成.C组还可以划分成若干亚组,同一亚组的品种具有相似的性状,比如有一亚组的品种均是褐脐、茶色种皮、白花、不易炸荚.系选的品种和原始品种在分类图中也显示出其密切的亲缘关系.基于ISSR标记的分类可以反映菜用大豆的遗传关系,菜用大豆和普通大豆之间存在遗传多样性,合理保存菜用大豆种质将有助于未来大豆品质改良计划.     

SSR、SRAP、ISSR分子标记在茶树品种亲本鉴定上的比较分析

为鉴定湘波绿2号的父本,同时为茶树亲本鉴定和亲缘关系分析等研究提供分子标记参考,本研究采用SSR、SRAP、ISSR 3种分子标记体系,在对湘波绿2号与其母本和5个可能父本进行亲缘关系分析基础上,比较了这3种分子标记体系的多态性条带比率（PPB）、多态性信息含量（PIC）、多样性指数（DI）、引物解析强度（Rp）、分子标记指数（MI）等指标。29对SSR引物共检测到等位位点83个,平均每对引物2.86个,引物PPB、PIC、DI、Rp、MI平均值分别为77.01%、0.55、0.29、1.31、0.95。17对SRAP引物共检测到等位位点139个,平均每对引物8.18个,引物PPB、PIC、DI、Rp、MI平均值分别为71.70%、0.84、0.15、3.65、3.59。10个ISSR引物共检测到等位位点90个,平均每个引物9.00个,引物PPB、PIC、DI、Rp、MI平均值分别为69.76%、0.85、0.15、4.21、4.71。3种标记体系的MI、Rp、PIC趋势一致,ISSR最高,依次为SRAP和SSR,而PPB和DI正好相反。以上结果表明,ISSR和SRAP标记具有较高的标记效率,而SSR标记具有丰富的多态性。不同分子标记体系获得的品种间相似系数有所不同,但湘波绿2号与湘波绿和福鼎大白茶聚为一类,说明湘波绿2号与其关系较近,湘波绿可能为湘波绿2号的父本。     

不同来源花生品种的ISSR分析及亲缘关系研究

利用13对ISSR引物对28个栽培种花生品种进行PCR扩增,研究这些品种的DNA多态性及其亲缘关系。结果表明,有7对引物检测到明显的多态性,从28个花生品种中扩增出90条带,其中多态性带达到79条,多态性比率为87.8%,平均每个引物可扩增出12.86条带,11.29条为多态性条带。品种间的遗传相似系数值在0.411~0.800之间,平均为0.620。在UPGMA聚类分析简单匹配系数值为0.57处,可把28个花生品种分成3个品种群。由此表明,这些不同来源的花生品种具有较高的DNA多态性,亲缘关系不同。     

Downy mildew resistant/susceptible cucumber germplasm (Cucumis sativus L.) genetic diversity assessment using ISSR markers

Downy mildew is one of the major foliar diseases of cucumber in which the new resistant cucumber cultivars are necessary to control this disease. Before improving the new cultivar, knowing the information about genetic diversity of cucumber germplasm is necessary. Thus, the objective of this study is to evaluate the genetic diversity of downy mildew resistant/susceptible cucumber germplasm. Forty cucumber accessions were screened for downy mildew disease reaction and were classified into five classes which the average of percent of symptomatic leaf area ranged from 20.1% (highly resistant) to 95.0% (highly susceptible). Then, these cucumber germplasms were analyzed with 20 inter simple sequence repeat (ISSR) markers. A total of 17 ISSR primers (85%) could amplify in all 40 cucumber accessions with the percent of polymorphic bands of each primer ranged from 55.56% to 100%. The polymorphism information content (PIC) ranged from 0.12 to 0.45 with the mean of 0.25, while the resolving power (RP) averaged at 1.82 and ranged from 0.50 to 3.20. The phylogenetic tree and principal component analysis revealed the association between downy mildew disease reaction and country of the origin of cucumber germplasm which could help the cucumber breeders to select the parental lines for improving the new cultivars that resist to downy mildew in the future.