DLK1基因的单核苷酸多态性与绵羊生长发育性状的相关性分析

对宁夏滩羊、得克塞尔、萨福克3个绵羊群体DLK1-GTL2印记化结构域的DLK1基因部分片段进行PCR-SSCP检测,结果表明:共检测到5个突变位点,分别为54507处的G→C突变、54553处的T→C突变、54592处的C→T突变、54620处的C→T突变、54638处的T→G突变,表现为5种单倍型D-1、D-2、D-3、D-4、D-5。对DLK1基因各SNP位点进行统计学分析表明,D1和D2、D3、D4、D5位点,D2和D3、D4、D5位点,D3和D5位点间存在强的连锁不平衡(P<0.01)。DLK1基因不同单倍型之间对宁夏滩羊、得克塞尔和萨福克群体的生长发育性状影响不显著(P>0.05)。     

多浪羊双肌臀基因Callipyge序列分析

绵羊的双肌臀(Callipyge)基因表现型为后臀肌肉增大近30%,由位于绵羊第18号常染色体上基因上游存在一个N→C的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名为SNPCLPG)产生的,该SNP标记的存在与Callipyge表现完全吻合。为此,根据已知多态性,选择设计合成了1对引物,以多浪羊为研究对象,对PCR扩增产物直接测序,进行了SNPCLPG位点的检测。获得303bp的扩增片断,测序后进行序列分析,发现在38bp处碱基产生A到G的突变,在80、92、149、219bp处碱基产生T到C的突变。     

澳洲白绵羊美丽臀和肌肉生长抑制素基因基因型的检测

美丽臀(callipyge,CLPG)及肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)是全世界公认的与肌肉生长发育相关的基因,突变后分别产生“美丽臀”和“双肌”的优良性状。为研究国外进口品种澳洲白绵羊是否携带2种基因的突变位点,本试验以澳洲白绵羊为试验动物,采用PCR-RFLP技术对CLPG、MSTN基因的多态性进行分型。结果发现:CLPG基因上有1个C→T的SNP位点,澳洲白绵羊群体中有CC和CT 2种基因型;MSTN基因在3'-UTR区发现1个G→A的SNP位点,澳洲白绵羊群体中有GG和GA 2种基因型。用R语言程序对所测数据进行性别间不同基因型与生长发育状况的单因素方差分析得知,CLPG和MSTN基因不同基因型对澳洲白公羊体重、体高、体斜长、尻宽、背膘厚和眼肌面积均无显著性影响(P>0.05);CLPG基因CT基因型在母羊体重上显著高于CC基因型(P<0.05),在体斜长上极显著高于CC基因型(P<0.01),MSTN基因GA基因型母羊眼肌面积极显著高于GG基因型(P<0.01)。澳大利亚进口澳洲白绵羊中筛选到含有CLPG和MSTN基因的突变位点,且该突变位点对绵羊体尺性状有显著性作用,因此澳洲白绵羊引进后可以作为改良本地羊品种、基因聚合及三元配套系的终端父本。     

绵羊Callipyge基因概述

美臀绵羊18号染色体端部的一个A-G的单碱基突变,产生了Callipyge表型,部分肌肉过度发育肥大,Callipyge基因属于印记基因家族,表现为父本极性超显性遗传,其作用机制可能是影响了1个顺式作用元件LRCE(long range control element)的功能,可能激活了1个增强子,也可能抑制了1个沉默子.Callipyge绵羊的瘦肉率和屠宰率较一般绵羊高,但是背最长肌的剪切力较高,影响了食用口感.育种工作可以利用Callipyge基因来提高绵羊的瘦肉率.     

4个绵羊品种双肌臀基因基因型的检测

绵羊的双肌臀(Callipyge, CLPG)基因表型为后臀肌肉增大近30%,是由位于绵羊18号染色体GTL2基因上游32.8 kb处存在1个A→G的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名为SNP CLPG)产生的,该SNP标记的存在与CLPG表型完全吻合。通过对SNP CLPG的分子检测,期望发现CLPG基因型种羊,为今后选育肉用性状更优异的新品系奠定基础。为此,选择设计合成了1对引物,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,分别以引进的纯种陶塞特羊、特克塞尔羊、夏洛莱羊和美利奴羊作为研究样本,进行了SNP CLPG位点的PCR检测。获得了预期的493 bp扩增片段,并检测到CLPG基因型特征性的SNP CLPG突变(A→G)。     

绵羊季节性繁殖相关基因TSHR外显子多态性研究

旨在研究乌珠穆沁羊与湖羊这两种具有不同繁殖性能和发情周期绵羊的促甲状腺激素受体(Thyroid stimulating hormone receptor,TSHR)基因外显子区遗传变异特性及其构建的单倍型在品种间的分布和对mRNA和蛋白质二级结构的影响,为进一步揭示其对TSHR表达调控的影响及表型效应奠定基础。本研究采用直接测序的方法对中国蒙古系2个绵羊品种共172个个体TSHR基因的遗传变异情况进行分析。共发现了6个突变位点,独立性卡方检验发现SNP1、SNP3、SNP4和SNP5 4个多态位点的基因型在两个绵羊群体间的分布存在极显著差异(P0.01),其中SNP5为错义突变,其余为同义突变;对这4个位点进行连锁不平衡分析发现,SNP3和SNP4两个位点完全连锁,其余位点两两之间存在不同程度连锁关系;生物信息学分析发现不同的单倍型使TSHR基因的mRNA二级结构发生改变,SNP5使受体蛋白的二级结构发生改变。结果提示:(1)TSHR基因外显子区存在4个在两个绵羊品种中具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成H1~H6共6种单倍型,其中H1(CGCC)和H4(TTTG)分别在乌珠穆沁羊和湖羊群体中为优势单倍型,这可能与这两种绵羊不同的发情周期有关。(2)外显子区SNP5位点突变影响mRNA和蛋白质二级结构的稳定性,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。     

绵羊双肌臀(Callipyge)基因型的检测

绵羊的双肌臀(Callipyge,CLPG)基因表型为后臀肌肉增大近30%,是由位于绵羊18号染色体GTL2基因上游32.8kb处存在一个A→G的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名为SNPCLPG)产生的,该SNP标记的存在与CLPG表型完全吻合。通过对SNPCLPG的分子检测,期望发现CLPG基因型种羊,为今后选育肉用性状更优异的新品系奠定基础。为此,选择设计合成了2对引物,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)和聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法,分别以引进的纯种澳洲陶塞特羊、德国美利奴羊以及陶塞特羊×新疆细毛羊杂交一、二代作为研究样本,进行了SNPCLPG位点的PCR检测。虽然获得了预期的两个497bp和165bp扩增片断,但未检测到CLPG基因型特征性的SNPCLPG突变(A→G)。     

TXNRD1基因多态性与乌珠穆沁绵羊生长性状的关联分析

本研究旨在探讨TXNRD1多态性与乌珠穆沁绵羊生长性状之间的关联性,以期找到与乌珠穆沁绵羊生长有关的分子标记。采用DNA混池测序技术筛选TXNRD1基因外显子突变位点,并采用质谱分型技术检测343头乌珠穆沁绵羊群体突变位点的基因型,并对其单个SNP及多个SNPs位点之间的组合基因型与生长性状之间进行关联分析。结果发现:在该基因第1外显子处发现1个C→T的错义突变(RS10);在第10外显子发现1个A→C同义突变(RS17);在第12外显子处发现1个T→C同义突变(RS18)。χ~2适合性检验表明,3个位点均处于HardyWeinberg平衡状态(P0.05)。连锁不平衡和单倍型分析表明:RS10-RS17,RS10-RS18两个位点之间可能存在强连锁,RS17-RS18之间弱连锁。CAT是优势单倍型,其频率为0.356。关联分析发现,每个位点的3种基因型的个体在4月龄体重和胸围上均有显著差异(P0.05)。RS10位点3种基因型的个体在6月龄体重、体高、胸围及胸宽上差异显著(P0.05),RS17位点3种基因型的个体在6月龄体高上差异显著(P0.05),RS18位点上3种基因型的个体在6月龄体重、体高、体斜长和胸围上有显著性差异(P0.05)。组合基因型关联分析发现,不同多态位点之间的组合基因型在乌珠穆沁绵羊不同生长性状之间差异显著(P0.05)。综上所述,可以将TXNRD1基因的多态性位点作为分子标记,在乌珠穆沁绵羊的选育中进行探索和尝试。     

夷陵绵羊KISS1基因多态性及其与产羔数的关联分析

本研究检测了肿瘤转移抑制基因（KISS1）在夷陵绵羊群体中的遗传多样性,并与产羔数进行关联分析,旨在研究KISS1基因的单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）对绵羊繁殖性状的影响。结果表明,KISS1基因在夷陵绵羊群体中存在14个SNP位点,其中11个SNP位点为非同义突变,这些SNPs共形成3个连锁区块;g.5765C>T对产羔数有显著影响,CC基因型母羊的产羔数比CT基因型的多0.45只。综上所述,KISS1基因与绵羊的繁殖性状密切相关,该基因g.5765C>T位点显著影响绵羊产羔数。     

2个印记的基因间lncRNAs位于牛Dlk1-Dio3印记区域

旨在鉴别牛Dlk1-Dio3印记区域内的新印记lncRNAs。本研究选取位于Meg8与Meg9基因间的2组表达序列标签(EST),通过RT-PCR克隆序列并进行分析,结果发现其具有lncRNA的特征,命名为Linc24062和Linc24063。分析Linc24062和Linc24063在牛8个组织(心、肝、脾、肺、肾、骨骼肌、皮下脂肪和大脑)中的表达,发现2个lncRNAs在被检测的组织中均表达。利用基于单核苷酸多态性(SNP)位点的直接测序法,通过比较杂合子牛中SNP位点处基因组PCR扩增产物与RT-PCR扩增产物的测序峰图分析Linc24062和Linc24063的印记状态,发现Linc24062和Linc24063在牛被检测组织中均为单等位基因表达,说明Linc24062和Linc24063在牛中是印记的。     

中国地方绵羊群体TYRP1基因遗传变异研究

本研究旨在了解酪氨酸酶相关蛋白1（tyrosinase related protein 1，TYRP1）基因在中国地方绵羊群体内的遗传变异，以及TYRP1基因突变与不同毛色表型绵羊群体的相关性。通过直接测序法和PCR-RFLP技术对10个中国地方绵羊群体进行单核苷酸多态性（SNP）检测，利用Beagle、PLINK和POPGENE等软件对突变位点数据进行单倍型构建、连锁不平衡分析和遗传变异研究。突变位点检测结果表明，在绵羊TYRP1基因内识别了13个SNPs，其中位于TYRP1基因外显子上的10个SNPs位点，除个别位点在大尾寒羊、中国美利奴羊和岷县黑裘皮羊中没有发生突变外，其他突变位点在所有绵羊品种中均出现不同程度变异，说明中国地方绵羊群体具有较高的遗传多样性。单倍型分析结果表明，所有样本中共有42个单倍型，优势单倍型0000000000（245/918）、0100000001（91/918）在所有绵羊群体中均存在，除单倍型0101100000（93/918）在中国美利奴羊中没有出现，单倍型0001000001（69/918）在岷县黑裘皮羊、哈萨克羊群体中没有出现外，在其他群体中均存在。连锁分析结果表明，10个SNPs在所有样本中均存在2个连锁模块。群体遗传变异分析表明，中国地方绵羊群体具有较高水平的群体内遗传变异，各绵羊品种间存在明显的遗传分化模式，且各品种遗传关系与其品种传统分类结果基本一致。本研究为进一步研究TYRP1基因对绵羊毛色遗传性状的影响提供了参考依据。     

DNA polymorphism of 5' flanking region of prolactin gene and its association with litter size in sheep

A single nucleotide polymorphism of 5' flanking region of the prolactin gene was investigated in both high prolificacy breeds (Small Tail Han and Hu sheep) and low prolificacy breeds (Dorset and Suffolk sheep) using polymerase chain reaction (PCR)-single strand conformation polymorphism (SSCP). The results indicated that two genotypes (AA and AB) were detected in Small Tail Han sheep (n   =   239), only one genotype (AA) was detected in Hu (n   =   40), Dorset (n   =   50) and Suffolk sheep (n   =   39). The mutant homozygous genotype (BB) was not detected in four sheep breeds. In Small Tail Han sheep (n   =   239), the frequency of genotypes AA and AB was 0.91 and 0.09, the frequency of the A and B alleles was 0.95 and 0.05, respectively. The fitness tests showed that the Small Tail Han sheep population was in Hardy–Weinberg equilibrium. Sequencing revealed a mutation (G→T) at the position 63 bp of the 5' flanking region of prolactin gene in AB genotype compared with AA genotype in Small Tail Han sheep. The Small Tail Han ewes with AB genotype had 0.83 (p < 0.05) lambs more than those with AA genotype. These results preliminarily showed that the prolactin locus is either a major gene that influences the high prolificacy in Small Tail Han sheep or is in close linkage with such a gene.     

The Polymorphisms of Chinese Merino Sheep eNOS Gene exon8 and its Association with Brucellosis Susceptibility

The association of Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 polymorphisms with brucellosis susceptibility was studied in this research.The sequences of human and Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 were aligned by the bioinformatics methods,and the polymorphisms of human eNOS gene in the NCBI SNP database were statistically analyzed.The polymorphisms of 101 Chinese Merino sheep negative samples and 61 Chinese Merino sheep positive samples were detected by PCR-SSCP method,and then the PCR products of different alleles were sequenced,aiming to determine exon8's polymorphism loci,and the allele frequency and genotype frequency of SNP loci were statistically analyzed.A novel SNP locus (ss974768653:A142G) was detected at the 142 bp of eNOS gene exon8,and the locus had no difference in allele frequency and each genotype between negative and positive groups (P >0.05).There might be no correlation between the A142G polymorphism locus of Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 and brucellosis susceptibility.     

中国美利奴羊eNOS基因exon8多态性及其与布鲁氏菌病易感性相关性分析

本试验旨在研究内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因exon8多态性与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性的相关性。利用生物信息学方法对人和中国美利奴羊eNOS基因exon8序列进行比对,并对NCBI SNP数据库上人eNOS基因exon8多态性进行了统计分析。通过PCR-SSCP对101只中国美利奴羊阴性样本和61只中国美利奴羊阳性样本eNOS基因exon8的多态性进行检测,然后对不同等位基因进行PCR产物测序,旨在确定该基因exon8多态性位点,并对SNP位点的等位基因频率、基因型频率进行统计分析。在eNOS基因exon8序列142 bp处检测到一个新的SNP位点(ss974768653:A142G),该位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著差异性(P >0.05)。eNOS基因exon8 A142G多态性位点与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性可能无相关性。     

鲁中肉羊BMP4基因g.63454744 T>G位点多态性与产羔数的关联分析

为了探索骨形态发生蛋白4(Bone morphogenetic protein 4,BMP4)基因g.63454744T>G位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,对前期重测序中筛选得到的BMP4基因编码区错义突变单核苷酸多态性位点(Single nucleotide polymorphism site, SNP)g.63454744T>G在384只鲁中肉羊中利用Sequenom MassARRAY~? SNP技术进行分型,再将分型结果与鲁中肉羊产羔数进行关联分析。结果表明:BMP4基因g.63454744T>G位点在鲁中肉羊中存在TT、GT和GG三种基因型;该位点在鲁中肉羊中表现为中度多态(0.250.05)。说明BMP4基因g.63454744T>G位点不适合用于鲁中肉羊产羔数选育。     

Polymorphism of CLPG and MSTN Genes and their Association Analysis with Growth Traits in Sheep

The study was conducted to explore the possibility that CLPG (Callipyge) and MSTN (Myostatin) genes which could be the candidate genes of sheep growth traits, and investigate the molecular genetic markers related to sheep growth traits.133 (Austrilian White sheep×Dorper sheep×Hu sheep) hybid-sheep were chosen as subjects, the technology of direct sequencing of PCR products and PCR-RFLP were used to detect the single nucleotide polymorphism of CLPG and MSTN genes, then the association of the SNPs different genotypes and combined genotypes with sheep growth traits were analyzed by the GLM statistical model of SPSS 22.0.Sequencing results showed that the SNP of C/T which called C1 was detected at position 232 bp of the STS sequence in CLPG gene.The SNP of G/A which called M1 was detected in the 3'UTR of MSTN gene.PCR-RFLP analysis showed that two genotypes CC and CT were in C1 site, two genotypes GG and GA were in M1 site.Association analysis revealed that C1 site was significantly or extremely significantly associated with backfat thickness and loin muscle area (P<0.05;P<0.01), M1 site was significantly or extremely significantly associated with body weight, tube girth, backfat thickness and loin muscle area (P<0.05;P<0.01).Meanwhile, the combined genotype was extremely significantly associated with body weight, backfat thickness and loin muscle area (P<0.01).The conclusions indicated that SNPs and combined genotype of CLPG and MSTN genes had effects on growth traits in sheep.C1 and M1 sites could be considered as effective genetic markers for sheep growth traits.     

绵羊CLPG和MSTN基因多态性及其与生长性状的关联分析

试验旨在探究CLPG(Callipyge)与MSTN(Myostatin)基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,调查与绵羊生长性状相关的分子遗传标记。本试验以133只澳洲白羊×杜泊羊×湖羊杂交绵羊为研究对象,利用PCR产物直接测序及PCR-RFLP技术检测CLPG与MSTN基因的单核苷酸多态性,然后通过SPSS22.0软件GLM统计模型分析多态位点不同基因型及聚合基因型与绵羊生长性状的关联性。测序结果表明,CLPG基因STS序列232bp处检测到C→T突变位点C1,MSTN基因3'UTR区检测到G→A突变位点M1。PCR-RFLP分析显示,C1位点表现为2种基因型:CC和CT;M1位点表现为2种基因型:GG和GA。关联分析表明,C1位点与绵羊背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01),M1位点与绵羊体重、管围、背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01)。聚合基因型对体重、背膘厚和眼肌面积影响极显著(P<0.01)。研究揭示CLPG与MSTN基因多态性及其聚合基因型对绵羊生长性状具有显著影响,C1和M1位点可以考虑作为绵羊生长性状的有效遗传标记。     

绵羊EYA3基因表达及其多态性与季节性发情之间的关系

为探究绵羊EYA3基因表达及其多态性与季节性发情之间的关系,本实验通过采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测EYA3基因在常年发情绵羊(小尾寒羊)和季节性发情绵羊(苏尼特羊)的大脑、下丘脑和垂体组织中的表达情况,同时利用Sequenom MassARRAY~?SNP技术检测2组绵羊(常年发情组:小尾寒羊、策勒黑羊和湖羊;季节性发情组:滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)EYA3基因SNP位点(g.238191128G>C)的多态性,并与绵羊季节性发情性状进行关联分析。结果表明:无论在小尾寒羊还是苏尼特羊,EYA3基因在各组织中均广泛表达,在苏尼特羊垂体中表达较高(P<0.01);且长光照条件下季节性发情的苏尼特羊垂体中EYA3基因表达量显著高于小尾寒羊(P<0.01)。绵羊EYA3基因g.238191128G>C位点均存在GG、GC和CC3种基因型。g.238191128G>C位点在小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊、滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊中表现为低度多态(PIC<0.25);在小尾寒羊、策勒黑羊、滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊5个群体中均处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05);并且该位点基因型频率和等位基因频率在常年发情和季节性发情绵羊组间差异均达到极显著水平(P<0.01)。综上,EYA3基因表达与g.238191128G>C位点与绵羊季节性发情性状存在一定关联。