鸭源H5N1亚型禽流感病毒分离株的致病性及表面蛋白基因序列分析

分析1株2004年从广东省分离获得的H5N1型禽流感病毒株A/Duck/GuangdongJiedong/23/2004对SPF鸡和鸭的致病性,并对其血凝素(HA)基因和神经氨酸酶(NA)基因的序列进行测定,与GenBank中收录的其他序列进行比较。结果,此分离株对SPF鸡和鸭均具有高致病性,且致死率达100%。HA基因与SCK/ST/475/04的同源率最高,而NA基因与Ck/GD/178/04同源率最高。进化分析结果表明,此毒珠与DK/Ch i-na/E319-2/03的HA、NA亲缘关系较近,推测它们来源于同一祖代毒株。推导的HA基因氨基酸裂解位点为-RRRKK-,具有典型高致病性禽流感的特征序列;NA基因颈部49~68位20个氨基酸缺失是近年来H5N1亚型优势流行株共同的遗传标志。     

广西鸭源H6N6亚型禽流感病毒HA和NA基因的序列分析

为了明确H6亚型禽流感病毒在广西地区的流行情况,广西自治区动物疫病预防控制中心从健康家鸭体内分离鉴定了一株H6N6亚型禽流感病毒A/duck/GX/038/2009 (H6N6) (Dk/GX/038/09),对其血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因进行了克隆和序列分析,并绘制了基因遗传进化树.结果显示,Dk/GX/...     

两株鸭源H5N1亚型禽流感病毒的序列分析及致病性研究

本研究对2010年在湖北活禽市场监测分离到的两株鸭源H5N1亚型禽流感病毒(AIV) (HuB/495/10和HuB/513/10)进行了序列分析和致病性试验研究,以了解湖北地区H5N1亚型AIV的生物学特性差异.序列分析显示:2株病毒全基因组核苷酸同源性在97.3 ％～98.6％,2株病毒的8个节段基因均与青海和香港分离的野鸟源病毒A/great crested-grebe/Qinghai/1/2009 (H5N1)和A/black-crowned night heron/Hong Kong/659/2008 (H5N1)的核苷酸高度同源,HA蛋白裂解位点序列基序为341RRRKR345,呈现典型的高致病力分子特征.以105 EID50/100 μL病毒剂量感染4周龄SPF鸭发现:HuB/495/10和HuB/513/10对鸭的致死率分别为100％和20％,病毒在鸭体内呈全身性复制并可通过呼吸道和消化道向外排毒;不同滴度的病毒感染6周龄BALB/c小鼠,HuB/495/10和HuB/513/10的MLD50分别为1.38 log10 EID50和1.68 log10 EID50,对小鼠表现为高致病力,均在肺脏中高拷贝复制.     

1株H6N6亚型禽流感病毒贵州分离株HA和NA基因克隆与序列分析

为了解 H6亚型禽流感病毒(AIV)在贵州地区的流行情况,本研究对2014年从贵州省三穗鸭体内分离鉴定出的1株H6N6亚型AIV (A/duck/Guizhou/013/2014) HA和NA基因进行了克隆和序列分析。结果显示,A/duck/Guizhou/013/2014的HA基因与华东地区2009年鸭源H6N6亚型AIV同源性最高,达97.5%,HA蛋白裂解位点的氨基酸序列为P-Q-I-E-T-R-G,符合低致病性AIV的分子特征;而NA基因则与福建2007年鸭源H6N6亚型AIV同源性最高,达98.2%;由遗传进化树分析结果可知,HA和NA基因在遗传进化关系上,与湖南毒株位于同一分支,而与2007年贵州分离的3株H6N6亚型AIV不处于同一分支,说明A/duck/Guizhou/013/2014与本地区的H6N6亚型AIV亲缘关系较远。本研究结果表明当前贵州地区H6N6亚型AIV存在明显的遗传多样性。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株HA基因的克隆及序列分析

参照已发表的H5N1亚型禽流感的HA基因序列,设计了1对引物,对禽流感病毒新疆株A/Duck/XJ/3(H5N1)、A/Duck/XJ/4(H5N1)、A/CH/XJ/5(H5N1)、A/Goose/XJ/10(H5N1)和A/Duck/XJ/11(H5N1)进行RT-PCR扩增和克隆,获得了5个毒株的HA全长核苷酸序列,分别为1 779 bp、1 774 bp、1 776 bp、1 758 bp和1 740 bp序列分析表明,在HA切割位点处均有多个连续的碱性氨基酸(-R-E-R-R-R-K-K-R-)插入,具有高致病性禽流感病毒的特征.同源性分析表明,新疆分离株之间的核甘酸同源性在96.9%～98.8%;与来自青海湖斑头雁、广西天鹅、香港白鹭和台湾鸽等不同野禽毒株同源性为95.7%～100%;与来自香港、越南、浙江的人源禽流感毒株的同源性为95.2%～98.2%.     

H7N2禽流感病毒分离株血凝素蛋白全基因的序列分析

为进一步分析H7N2禽流感病毒（AIV）分离株血凝素（HA）基因的特性,参照已发表序列设计了1对引物,采用RT-PCR获得了1条约1.7 kb的DNA片段,测序后进行了同源性比较、HA基因系统发育进化树分析和氨基酸编码分析.结果表明,所测的2个分离株的HA基因全长1 664 bp,编码除信号肽以外的HA蛋白的全部544个氨基酸,其中包括HA1的323个氨基酸,HA2的221个氨基酸.2个分离株HA基因核苷酸序列的同源性为99.4%;与GenBank中AIV标准株A/Afri.Star./Eng-Q/983/79（H7N1）的同源性最高,分别为99.4%和99.0%;与美国A/Chicken/NewYork/13142-5/94（H7N2）株同源性很低（仅65.0%）,而与以色列、意大利H7N2 AIV的同源性较高（为96%～97%）;2个分离株在HA基因进化树中均处于H7亚型AIV的欧亚群系分支内.推导氨基酸的序列分析表明,其HA蛋白裂解位点的氨基酸序列为-GR-GLF-,仅包含1个碱性氨基酸（R-）残基,符合低致病力AIV的基因特征.     

禽流感病毒N4亚型神经氨酸酶基因的克隆和序列分析

应用无特定病原体 (SPF)鸡胚增殖禽流感病毒 A/ Turkey/ Ontario/ 6 118/ 6 8(H8N4 )毒株 ,Tri Zol L S Reagent提取病毒 RNA,RT- PCR扩增神经氨酸酶 (NA)基因全片段 ,克隆到 p MD18- T载体上 ,并进行了鉴定和序列测定。所获得的 NA基因片段长 14 4 1bp,编码 4 90个氨基酸残基。根据推导的氨基酸序列进行预测 ,有 9个潜在的糖基化位点和2 0个半胱氨酸残基     

两株鸭源H1N3亚型流感病毒的分离鉴定和遗传进化分析

从2008年10月至2010年7月,每月定期在华东地区扬州活禽市场采集健康家鸭泄殖腔拭子,并从中分离鉴定了14株H1亚型禽流感病毒。对其中的2株病毒进行全基因测序和遗传演化分析,发现2株病毒均属于H1N3低致病性禽流感病毒。各基因遗传进化分析均与类禽猪流感的分离株的亲缘关系相对较近;除血凝素(haemagglutini,HA)基因外,其它所有的基因均发生了不同程度基因重组。其中H5N1病毒参与了多聚酶蛋白PB1与PB2基因的重组,H9N2病毒参与了PA基因的重组。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NS基因的克隆和序列分析

根据已发表的H5N1禽流感病毒NS基因全序列设计了1对引物，对4株禽流感病毒新疆株的NS基因进行了RT—PCR扩增，并将其克隆到pMD18-T载体上，分别获得了全长为817、851、854、854bp的全基因序列。序列分析结果表明，新疆毒株间的核苷酸同源性为97．8％～98．9%，氨基酸同源性为96．5％～98．7％，与广东、香港和东南亚等不同地区的11个毒株比较，同源性为90．0％～99．4％；与来自野禽、猪等不同种类的11个流感毒株比较，同源性为81．4％～99．3％。系统进化树分析表明，新疆株独立分支。     

中国鸭源H5N6 AIV血凝素和神经氨酸酶基因特征及遗传进化分析

为明确中国鸭源H5N6 AIV的HA和NA基因特征及其遗传变异情况,研究选取了NCBI流感病毒资源库里的32株具有完整ORF编码区的中国鸭源H5N6 AIV的HA和NA基因序列,利用分子生物学软件分析其HA和NA基因特征及其遗传进化情况。结果显示,中国鸭源H5N6 AIV的HA裂解位点有REKRRKR↓G、RERRRKR↓G和KEKRRKR↓G三种类型,HA有6个潜在的N-糖基化位点,其中第182、222、224位氨基酸依次为N、Q、G,具有与禽源唾液酸α-2,3受体结合的特性,然而HA发生了S123P/T、T156A、S223R氨基酸位点突变,部分毒株发生了I151T氨基酸位点突变;HA基因核苷酸遗传进化分析显示,中国鸭源H5N6 AIV遗传进化上均处于clade2.3.4.4分支,并进一步进化出Ⅰ和Ⅱ两个亚分支。部分中国鸭源H5N6 AIV NA第59~69位缺失11个氨基酸,中国鸭源H5N6 AIV NA基因遗传进化上分为两个大的分支,分别对应NA基因颈部缺失型和完整型两种类型;NA颈部完整型的NA有6个潜在的N-糖基化位点,NA颈部缺失型的NA由于第59~69位氨基酸的缺失,导致其第67位丢失了一个N-糖基化位点。研究为中国鸭源H5N6 AIV的生物学特性和遗传进化特征研究奠定基础。     

2011年－2014年我国部分省区 H9N2亚型禽流感病毒HA 基因序列分析

本研究于2011年－2014年在我国部分省区鸡群中鉴定出49株 H9N2亚型禽流感病毒,并对所有毒株的 HA 基因进行克隆、测序及序列分析。结果表明,49个毒株的 HA 基因开放阅读框全长均为1683 bp,编码560个氨基酸。所有分离株均属于以 HK/Y280/97株为代表的 H9．4．2谱系,并明显分成2个亚分支(H9．4．2．5和 H9．4．2．6)。分离株 HA 基因核苷酸同源性在87．1％~100％之间,与疫苗株 SH/F/98株、GD/SS/94株和 SD/6/96株核苷酸同源性在89．4％~92．5％之间。对 HA 基因的推导氨基酸序列分析表明,所有分离株裂解位点附近没有连续的碱性氨基酸插入,符合低致病力毒株特征,受体结合位点为PWTN?LY 形式,受体结合位点左沿为 NGLM/QGL 形式,右沿均为 GTSKA 形式。在49个分离株中共发现10个潜在糖基化位点,但只有6个糖基化位点保守。研究表明,近年来 H9N2亚型禽流感在我国多个地区流行,2013年以后流行毒株趋势以 H9．4．2．5为主,但病毒基因仍在不断发生变异,因此需要继续加强对H9N2亚型禽流感分子流行病学的监控。     

2株云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因序列分析

在2019年1月-2019年6月对云南出现呼吸道疫病的57个鸡场进行H9亚型禽流感检测的基础上,选取石林和楚雄2个H9亚型禽流感阳性样品进行病毒分离。从分离的H9N2亚型禽流感病毒感染鸡胚尿囊液中提取总RNA,采用特异性引物经反转录PCR分别扩增HA和NA基因,PCR产物纯化后进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,云南2株H9N2毒株HA基因核苷酸序列同源性为94.2%,NA基因核苷酸序列同源性为93.6%,系统进化分析表明云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因均属于欧亚谱系中的类ADKHKY28097分支（Y280-like）,ACKYN12019和ACKYN72019 HA基因之间的同源性为94.3%,与参考毒株ACKJX2448的同源性最高,为95.6%~98.5%,与中国流行的H9N2代表株和疫苗株同源性较低。HA蛋白333-340位裂解位点为PSRSSR↓GLF,具有低致病性禽流感病毒分子特征,受体结合位点均发生E198T和Q234L的突变,具有人样受体结合特征,在29、141、298、305、313、492位氨基酸有6个糖基化位点。ACKYN12019和ACKYN72019 NA基因同源性为93.6%,与Y280-like代表毒株的同源性分别为97.1%~97.5%和93.7%~94.6%,NA蛋白缺失63、64、65位氨基酸,在44、69、86、146、200、234位氨基酸处存在6个潜在的糖基化位点,NA蛋白红细胞结合（HB）位点分析发现,368-369、399-403、432位氨基酸处存在变异。研究结果显示,H9N2亚型禽流感病毒一直处于不断的变异之中,故应加强其监测与防控。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NA基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术对3株H5N1亚型高致病性禽流感病毒新疆株的NA基因进行了扩增,分别得到了3个毒株的NA基因,序列分析表明,3个毒株NA的全长核苷酸序列均为1 380 bp.同源性分析表明,3个分离株之间的核苷酸同源性在95.1%～97.9%之间;与来自青海、浙江、广东、东南亚等不同地区水禽禽流感病毒毒株的同源性为90.3%～98.8%;与分离自香港、浙江、越南等地区的流感病毒同源性为86.7%～97.9%.     

2017年山东16株H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定及其HA基因序列分析

为了解山东省H9N2亚型禽流感的流行情况, 2017年从山东省不同地区分离并鉴定16株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)株,并对其血凝素(HA)基因进行扩增、克隆和测序,将所得序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,2017年分离的16株病毒之间HA基因的核苷酸序列同源性为91.2%~99.8%,氨基酸同源性为93.6%~100.0%。系统进化树显示,16株病毒均属于H9.4.2.5分支,表明H9.4.2.5分支毒株仍是山东省H9N2亚型AIV主要流行株。重要氨基酸位点研究显示,16株病毒的HA蛋白的裂解位点仍是K/RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的特征;16株病毒的234受体结合位点多为L,除198位受体结合位点存在变异外,其他受体结合位点均保守;16株病毒的潜在糖基化位点有7个~8个,其中7个位点较保守,而218位糖基化位点均缺失,其中3株病毒分别在145位、206位和285位新增糖基化位点。总之,山东省分离的H9N2亚型AIV在分子生物学上发生了部分新的遗传进化,但与临床上病毒的致病性与流行规律的关系还有待于进一步研究。     

Cloning and Sequence Analysis of HA and NA Genes of One Strain of H6N6 Subtype Avian Influenza Virus Isolated from Guizhou Province

To investigate the epidemic situation of H6N6 subtype avian influenza virus (AIV) in Guizhou province,A/duck/Guizhou/013/2014 was isolated from Sansui duck in live poultry market of Guizhou in 2014,the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of DK/GZ/14 were subjected to clone and sequence analysis.The results showed that HA gene had the highest nucleotide homologies (97.5%) with the duck-origin H6N6 subtype AIV isolated from Eastern China in 2009,and the strains of HA gene proteolytic cleavage sites was P-Q-I-E-T-R-G,which accordeol with the molecular characteristic of low pathogenic AIV (LPAIV).However,NA gene of A/duck/Guizhou/013/2014 had the highest nucleotide homologies (98.2%) with the duck-origin H6N6 subtype AIV isolated from Fujian in 2007.The phylogenetic tree showed that A/duck/Guizhou/013/2014 and Hunan strains located in the same branch,while three duck-origin H6N6 subtype AIV isolated from Guizhou in 2007 and A/duck/Guizhou/013/2014 located in the different branch for HA and NA genes in genetic evolution,which suggested that A/duck/Guizhou/013/2014 was far with the local H6N6 subtype.The results also clearly indicated that duck-origin H6N6 subtype AIV had genetic diversity in duck population in Guizhou.     

10株H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因的序列分析

为了解中国目前H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)血凝素(HA)基因的遗传变异情况,对中国不同地区分离的10株H9N2亚型AIV的HA基因进行扩增、克隆和测序,并对所获得的HA全序列进行同源性和遗传进化分析。结果表明,10个分离株的裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;10个分离株有7~9个潜在糖基化位点,由于基因突变有些HA基因出现了新的糖基化位点;与参考株相比,发现了4个抗原表位的突变,这些表位的突变可能引起病毒致病性的改变;受体结合位点除198位有变异外,其他位点均较保守;6株病毒234位氨基酸均为L,具有与哺乳动物唾液酸α,2-6受体结合的特征;10个分离株HA基因与国内疫苗株的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为90.4%~99.2%和92.2%~98.7%;10个分离株同属于欧亚谱系中的A/duck/Hong Kong/Y280/97群,但差异显著,为此本试验又将其分为4个不同的亚群。人工感染排毒试验结果表明,BJ15和NJ17分离株在鸡体内具有较强的复制能力,排毒周期较长且排毒量也较大,而S145N的漂变导致在145-147位氨基酸多出1个糖基化位点NGT,可能是分离株复制能力增强的原因。     

H4亚型家养水禽流感病毒分离株的表面膜蛋白基因的序列测定和遗传进化分析

采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR方法对华东地区家养水禽中流感病毒的带毒状况进行4年多的监测，分离鉴定出多株H4亚型禽流感病毒。对其中的A／Duck／Yangzhou／216／2002（简称Dk／YZ／216／02）、A／Duck／Yangzhou／526／2003（简称Dk／YZ／526／03）、A／Duck／Yangzhou／36／2004（简称Dk／YZ／36／04）的血凝素基因和Dk／YZ／526／03、Dk／YZ／36／04的神经氨酸酶基因进行了克隆测序，并与GenBank中收录的其它序列进行了比较，遗传进化结果表明Dk／YZ／216／02的血凝素基因（HA）与毒株Tk／Minnesota／833／80（H4N2）同源性最高，而Dk／YZ／526／03和Dk／YZ／36／04的血凝素基因（HA）均与Budgerigar／Hokkaido／1／77（H4N6）同源性最高；而神经氨酸酶基因（NA）遗传进化分析结果表明Dk／YZ／36／04（H4N6）的NA基因与毒株Pigeon／Nanchang／8-142／2000（H3N6）同源性最高，而Dk／YZ／526／03（H4N2）的NA基因与Dk／Hokkaido／13／00（H9N2）同源性最高，3株禽流感病毒的HA推导的氨基酸剪切位点序列均为P-E-K-A-S-R，为典型低致病性禽流感病毒的特征序列，与对SPF鸡的致病力试验相吻合。     

2株H3N8亚型禽流感病毒HA和NA基因遗传变异分析

采用RT-PCR技术扩增了2株H3N8亚型流感毒株A/duck/Guangxi/69/2009和A/chicken/Guangxi/2117/2010的HA和NA基因,并与GenBank中收录的其他毒株序列进行比较分析和遗传进化分析.结果表明,分离株的HA与NA基因全长分别为1 733 bp、1 432 bp.A/du...     

2012~2015年H9N2亚型AIV分离株HA基因的克隆及序列分析

为了解近年来中国部分地区H9N2亚型禽流感病毒流行特点及遗传进化情况,利用RT-PCR方法扩增2012~2015年分离的17株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因片段,并进行序列测定和遗传进化分析,同时对HA蛋白的裂解位点、受体结合位点和潜在的糖基化位点进行分析。结果显示,17株H9N2亚型禽流感病毒HA基因核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为87%~100%和75%~100%,均属于Y280-like亚系毒株。HA基因裂解位点均为非连续碱性氨基酸,属于低致病力毒株。HA基因受体结合位点149、198、234和235位氨基酸存在变异,其中,16株分离毒株的234位氨基酸由Q突变为L,表现出人流感病毒受体结合特征。潜在糖基化位点分析结果显示,11株病毒在218位氨基酸处缺失1个糖基化位点,4株病毒在492位氨基酸处缺失1个糖基化位点,17株病毒在313位氨基酸处增加1个糖基化位点。研究结果表明,应加强对H9N2亚型AIV的流行病学监测,关注疫苗毒株与流行毒株的差异。