橡胶树尖孢炭疽菌分子检测及遗传多态性分析

根据GeneBank中Colletotrichum属的20个种的ITS序列,比较设计出1对引物CAF53/CAR356(CAF53 5’-GGG CAG GGG AAG CCT CTC G-3’;CAR356 5’-AGC GGT GCT TGA GGG TTG-3’);该引物可以扩增出1条303 bp的尖孢炭疽菌特异性DNA条带。并利用ISSR和RAPD分子标记技术对从海南、广东、广西和云南等垦区橡胶树上收集的21个尖孢炭疽菌株进行遗传多态性分析,以杧果上分离的尖孢作为参照菌株进行了聚类分析。结果表明,RAPD的平均遗传相似系数为0.8,ISSR的平均遗传相似系数为0.7,2种分子标记的平均遗传相似系数基本一致,均可揭示尖孢炭疽病菌的遗传多态性;2种分子标记产生的聚类分析结果存在一定差异;ISSR和RAPD类群与菌株的地理来源均不存在相关性。     

尖孢镰刀菌致病性菌株遗传多样性的ISSR分析

致病性尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）是一种世界性分布的作物土传病原真菌,为明确其不同寄主及专化型菌株遗传差异性和亲缘关系,利用ISSR分子标记技术对来源于不同寄主（专化型）及地理分布的43个菌株进行了遗传多样性分析。结果表明,供试的15条引物通过ISSR-PCR 扩增,共扩增出147条条带,其中多态性条带为144条,平均多态性条带达98.0％。43个菌株的聚类结果表明,各菌株间的遗传相似系数为0.67～0.97,且遗传多样性与其寄主和地理来源没有明显的相关性。进一步将供试菌株中葫芦科与茄科作物尖孢镰刀菌分别进行聚类分析,当遗传相似系数为0.84时,16个葫芦科的菌株可分为6个ISSR类群;当遗传相似系数为0.77时,16个茄科的菌株亦可分为6个ISSR类群;且均表现为相同寄主或专化型菌株因地理来源不同,被归属于不同的ISSR类群,说明寄主或专化型相同的菌株与地理来源存在一定的相关性。     

利用RAPD、ISSR分子标记分析野牡丹属亲缘关系

采用ISSR和RAPD分子标记技术对9个种44份野牡丹属种质资源进行了亲缘关系分析。结果表明:11条ISSR引物共扩增出91条谱带,其中多态性条带90条,多态性条带的比率为98.9%;16条RAPD引物共扩增出113条谱带,其中101条多态性条带,多态性比率为89.38%。2种分子标记相比较,ISSR分子标记检测出的多态性比率更高。44份野牡丹属种质明显聚为2组,种质资源遗传相似系数在0.61~0.88,平均相似系数0.75。基于不同引物的条带组合构建了供试的44份野牡丹属种质资源的ISSR和RAPD指纹图谱,采用这2种指纹图谱可对供试的所有野牡丹属种质资源进行鉴定。     

贵州省白术白绢病菌遗传多样性评价

为研究贵州白绢病菌株间的亲缘关系,对采自贵州省贵阳、遵义等5个市(州)郊不同发病地的20株白术白绢病菌进行随机多态性扩增,根据引物扩增的DNA指纹图谱,运用UPGMA法分析其遗传多样性。116条引物中筛选出12条引物,获得了较为清晰的扩增谱带,共获得DNA指纹图带64条,其中多态性条带44条,多态性检测率为68.75%,菌株间相似性系数为0.56～0.98。以遗传相似系数0.79为阈值,供试菌株被划分为3个遗传聚类组(Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ)。除部分相同地理来源(毕节)的菌株被划分为同一组外,其它不同菌株间的遗传相似性与地理来源直接相关性并不明显。     

44份香料烟品种ISSR遗传多样性分析

以44份香料烟品种资源为材料,利用ISSR分子标记技术进行了遗传多样性分析.结果表明:100个ISSR引物中可筛选出8个核心引物,在44份香料烟品种中扩增出223个片段,其中209个具多态性.供试香料烟品种的遗传相似系数在0.51～0.96之间,平均为0.79.当相似系数为0.636时,44份香料烟品种可分为两大类,表明44份香料烟品种间的遗传多样性低,急需通过引种及种质创新等手段来丰富香料烟品种的遗传多样性.     

割手密种质资源遗传多样性的ISSR分析

为探讨国内割手密种质资源的遗传多样性,本研究采用ISSR分子标记对采自8省的52份割手密种质资源进行了分析。结果表明,22条ISSR引物共扩增出127条条带,其中多态性条带121条,多态率达95.3%。材料间遗传相似系数GS在0.60~0.91之间。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数0.72时52份材料可分为4大类;ISSR分析结果显示,割手密遗传多样性丰富,可以用ISSR对割手密进行分子水平的鉴定和遗传多样性研究。     

应用ISSR标记分析12份臂形草种质的遗传差异

选用17条ISSR引物分析12份臂形草种质遗传差异,结果表明:臂形草种质问的多态性高,17条引物产生了286条DNA片段,其中280条具有多态性,多态性比率高达97.90%;每个引物可扩增出6～23条DNA片段,平均16.8条,种质问遗传相似系数变化范围为0.486～0.968,平均值为0.681;通过聚类分析可将12份臂形草种质分为两类:一类为巴拉草和湿生臂形草,其余品种则聚为另一类.     

龙眼品种SRAP指纹检索系统的开发及遗传多样性研究

应用SRAP技术开发了龙眼指纹检索系统并进行了遗传多样性分析。12对引物组合在16份龙眼及龙荔种质中共扩增出257条DNA带,其中248条为多态带(占96.5%),平均每个引物扩增多态性带20.7条。17份材料间的遗传相似系数范围为0.399~0.871。利用Me6Em7、Me5Em4、Me2Em8等3对引物开发的指纹检索系统,可以区分全部17份种质。根据相似系数进行聚类分析,16个龙眼品种和龙荔分成2大组,龙眼品种间的聚类结果基本反映了供试材料之间的亲缘关系。     

小麦AFLP_SCAR标记的开发及应用

为给小麦DNA指纹及基因或QTL定位等研究提供更多、更具有特异性的分子标记,将760条小麦AFLP（Amplification fragment length polymorphism）片段回收、克隆和测序,通过与美国农业部Grain-Genes数据库中的DNA序列进行比对,在760条AFLP片段中有155条与GrainGenes中的片段高度同源,其余605条片段为新发现的小麦DNA序列。利用同一AFLP引物组合扩增的同长度片段的DNA序列差异设计了178对AFLP-SCAR（Sequence Characterized Amplified Region）引物。115对引物在不同小麦品种中扩增出稳定清晰的多态性产物,其中46对引物在小麦品种间能够扩增出DNA片段长度多态性,可检测DNA位点59个,可在种子纯度鉴定、遗传作图和构建小麦DNA指纹等方面得到应用;另69对引物的扩增产物在品种间无长度多态性,但具有SNP多态性（Single nucleotide polymorphism）。     

基于ISSR与ITS-RFLP的花生白绢病菌遗传多样性分析

本研究利用简单重复序列区间(Inter Simple Sequence Repeat,ISSR)和ITS-RFLP技术,对采自我国12个省市的39个花生白绢病菌菌株进行遗传多样性分析.结果表明:从筛选出的17条ISSR引物共扩增出269条DNA谱带,其中多态性谱带266条,平均多态性百分率为98.9％,UPGMA聚类分...     

广西云耳菌株的遗传差异分析

为了解广西云耳菌株的遗传多样性,本研究对广西的10个百色云耳野生菌株和9个商品栽培菌株的菌丝和子实体性状进行测定,采用ISSR技术对其遗传差异进行分析,从而为广西云耳资源的合理利用提供依据。结果显示,19个菌株的菌丝培养特征和子实体外观性状都具有丰富的多样性;野生菌株与商品菌株间存在明显差异,其中前者多数菌株的菌丝培养期间色素发生早、子实体颜色较浅而呈半透明状、子实体质地柔软而滑嫩、咀嚼性低,后者菌丝培养期间色素发生晚或无色素、子实体颜色深而不透明、子实体质地较脆、咀嚼性高。ISSR分析结果显示,19个菌株的遗传相似系数在0.51~0.90之间,在相似系数为0.69时,可将它们划分为5个类群。其中,类群I和III全为野生菌株,遗传相似系数分别在0.69~0.74和0.69~0.77之间;类群II和IV全为栽培菌株,遗传相似系数分别在0.80~0.86和0.85~0.90之间;类群V仅野生菌株BY81。上述结果表明,广西云耳菌株具有丰富的遗传多样性,百色云耳野生菌株间的遗传差异较大,广西商品栽培的云耳菌株间的遗传差异较小;野生菌株与商品菌株间的遗传差异大,属于不同的生态类群;百色云耳是一类有待开发的宝贵云耳资源。     

“黄金茶”特异种质资源遗传多样性和亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记对珍稀地方种质资源“黄金茶”的110个株系进行遗传多样性和亲缘关系分析。从100条ISSR引物中筛选出18条多态性高、重复性好的引物,分别对供试材料的基因组进行扩增,共获得205条清晰可辨的谱带,其中多态性带187条,多态性比率达91.22%,反映了黄金茶群体基因组DNA多态性较高。110个黄金茶株系的平均有效等位基因数为1.51,平均Nei’s基因多样性指数为0.30,平均Shannon信息指数为0.45,说明黄金茶群体的遗传多样性较高。110个黄金茶株系间的Jaccard相似系数在0.22~1.00之间,平均值为0.55。根据相似系数平均值,用UPGMA法将供试的110个株系分成七大类群,并绘制ISSR聚类树状图,揭示了黄金茶群体各株系之间的亲缘关系。该研究为今后加强对黄金茶特异种质资源的保护和利用、优良品种的选育及杂交亲本的选配等从分子水平上提供了一定的参考依据。     

“黄金茶”特异种质资源遗传多样性和亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记对珍稀地方种质资源"黄金茶"的110个株系进行遗传多样性和亲缘关系分析。从100条ISSR引物中筛选出18条多态性高、重复性好的引物,分别对供试材料的基因组进行扩增,共获得205条清晰可辨的谱带,其中多态性带187条,多态性比率达91.22%,反映了黄金茶群体基因组DNA多态性较高。110个黄金茶株系的平均有效等位基因数为1.51,平均Nei’s基因多样性指数为0.30,平均Shannon信息指数为0.45,说明黄金茶群体的遗传多样性较高。110个黄金茶株系间的Jaccard相似系数在0.22~1.00之间,平均值为0.55。根据相似系数平均值,用UPGMA法将供试的110个株系分成七大类群,并绘制ISSR聚类树状图,揭示了黄金茶群体各株系之间的亲缘关系。该研究为今后加强对黄金茶特异种质资源的保护和利用、优良品种的选育及杂交亲本的选配等从分子水平上提供了一定的参考依据。     

不同来源花生品种的ISSR分析及亲缘关系研究

利用13对ISSR引物对28个栽培种花生品种进行PCR扩增,研究这些品种的DNA多态性及其亲缘关系。结果表明,有7对引物检测到明显的多态性,从28个花生品种中扩增出90条带,其中多态性带达到79条,多态性比率为87.8%,平均每个引物可扩增出12.86条带,11.29条为多态性条带。品种间的遗传相似系数值在0.411~0.800之间,平均为0.620。在UPGMA聚类分析简单匹配系数值为0.57处,可把28个花生品种分成3个品种群。由此表明,这些不同来源的花生品种具有较高的DNA多态性,亲缘关系不同。     

马铃薯遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记分析了20个马铃薯材料的遗传多样性和亲缘关系。从60条ISSR引物中筛选出10个ISSR引物,在供试材料中共扩增出57个清晰条带,其中48个具有多态性,多态性比率为84.21%,各扩增条带的多态性信息指数(PIC)平均为0.2055。种质间遗传相似系数变化范围为0.5263～0.9825,平均值为0.7220。通过聚类分析20份马铃薯材料分为五大类,富金单独是一类,第二类有2个品种,即克新17号和黑美人,大西洋和YN-1为第三大类,克新20号和中薯1号为第四类,其余归到第五大类。试验结果显示,所选马铃薯材料的遗传差异比较大,遗传多样性相对丰富。本研究的结果为马铃薯杂交育种的亲本选配提供了理论依据。     

菲律宾火焰兰(Renanthera philippinensis)组织培养衍生群体表型性状评价及遗传多样性分析

对204株菲律宾火焰兰(Renanthera philippinensis)组织培养衍生群体的26个主要表型性状和遗传多样性水平进行调查与分析,并利用ISSR分子标记对该群体的遗传多样性进行验证.结果表明:7个外观株型性状的遗传多样性指数为1.85,19个花部数量性状的遗传多样性指数为1.87.通过主成分分析,提取了7...     

睡莲种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术对从国内外引种的46份睡莲种质资源进行遗传多样性分析,并对其中的原生种及原生变种构建DNA指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系基础上,为睡莲分类鉴定、杂交育种、功能基因的挖掘和利用及图位克隆等提供理论依据。结果表明：从100条ISSR引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在46份睡莲种质资源中共扩增出281条带,平均每条引物扩增条带数为28.1条,多态性条带281条,多态性比例为100%;平均Shannon信息指数（I）为0.4197,平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.2657,平均有效等位基因数（N）1.4139,表现出丰富的遗传多样性;遗传相似系数值在0.51~0.98之间,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了46份睡莲种质资源的亲缘关系,并在相似系数水平为0.68时,可将所有供试材料聚为6类。对总计24个睡莲原生种及原生变种构建了DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的睡莲种质。