猪ZAR1基因变异及其对产仔数的影响

根据合子阻滞因子1(zygotearrest 1,ZAR1)基因GenBank的DNA序列(DQ231443,gi:83727928)设计2对引物,用直接测序和PCR-SSCP相结合的方法,进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)检测,分析该基因在5个品种猪(小梅山、清平、杜洛克、长白和大白)中变异特征及其与产仔数的相关性。测序后在内含子2、3和外显子3中存在6个SNP及在内含子3中存在1处5bp的插入/缺失变异。在5个品种猪群中,对外显子3中的第54碱基处C→T突变(Exon3-BstUⅠ)和内含子3中的5个碱基插入/缺失的变异(Intron3-TspRⅠ)进行了PCR-RFLP检测,并与产仔数进行了关联分析,结果表明,Exon3-BstUⅠ多态对杜洛克母猪第1胎和2胎总产仔数产生显著(P<0.05)影响,对经产母猪总产仔数产生极显著(P<0.01)影响,对经产母猪的产活仔数影响极显著(P<0.01),携带CC基因型母猪的产仔数均高于TT基因型的;Intron3-TspRⅠ多态对杜洛克母猪第1胎和经产胎次总产仔数和产活仔数有显著(P<0.05)影响,NN基因型高于MN和MM基因型的产仔数。     

ZP3基因的变异及其对猪产仔数和乳头数的影响

猪的透明带基因主要可以分为ZP1、ZP2、ZP3和ZP4 4种硫酸化的糖蛋白，在精卵识别和结合的过程中具有重要的作用：一是与精子专一性地结合，二是在与精子结合后诱导精子的顶体反应，从而影响猪的受精率和产仔数。猪ZP3已经被定位在3pter-p15（李天晴等，2000），由421个氨基酸组成。当前对于ZP3基因的研究主要集中在人、鼠类等动物，研究表明ZP3基因点突变将导致人的繁殖障碍（Bruch et al．．1996；Acevedo and Smith，2005）。目前尚未见有关猪SNP位点与繁殖性状关系研究报道。本实验采用PCR-SSCP技术结合直接测序方法，对猪ZP3基因的第7个外显子和第6个内含子的部分序列进行了SNP多态检测，发现一个新的SNP位点，并初步分析了不同基因型与猪的有效乳头数、总产仔数、总产活仔数、头胎产活仔数、经产活仔数等繁殖性状的相关性。     

猪OPN基因与繁殖性状的关联分析

摘要：OPN（osteopontin）基因是近年来在猪的繁殖性状上发现的一个候选基因,本试验以长白猪,大白猪和北京黑猪为研究对象,研究OPN基因多态性与猪的繁殖性状之间的关联。经特异性产物的扩增,结合测序发现,OPN基因的第6内含子存在305bp的缺失突变,从而产生多态。在长白猪和大白猪中发现了AA、AB和BB 共3种基因型,在2个群体中处于中度多态,且已达到Hardy-Weinberg平衡状态。而在北京黑猪群体中没有多态,只有BB基因型。利用SAS 8.0 软件采用最小二乘法拟合线性模型,将不同基因型与总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和初生重(WB)进行了关联分析,结果表明：长白猪初产母猪AA型个体的TNB、NBA显著的高于AB和BB型个体(P＜0.05),经产母猪AB型个体的TNB和NBA显著的高于AA型与BB型个体(P＜0.05),A等位基因对TNB、NBA和WB均表现为正效应。在大白猪中,不论是初产母猪还是经产母猪,其BB和AB型个体的TNB、NBA高于AA型个体,但其差异不显著(P＞0.05),B等位基因对TNB、NBA都表现为正效应。     

六个候选基因多态性与母猪繁殖性状关联分析

在同一个大白猪猪群中采用PCR-RFLP法进行了雌激素受体（ESR）基因、催乳素受体（PRLR）基因、卵泡促激素β亚基（FSHβ）基因、核受体辅激活蛋白1（NCOA1）基因、催乳素（PRL）基因、备解素（OPN）基因等6个与繁殖性能相关的基因多态性检测并对不同基因型的总产仔数、产活仔数及出生窝重进行了相关分析。结果表明：大白猪群体ESR、PRLR、FSHβ 和 OPN 基因的优势基因是B等位基因; NCOA1 和PRL 基因的优势基因是A等位基因。对初产母猪,NCOA1基因AB基因型个体总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和出生窝重（BLW）分别比AA基因型个体少1.12 头、1.08 头和1.71 kg,差异显著（P　<　0.05）;PRL基因AA型个体TNB、NBA和BLW分别比AC基因型个体多3 头、3.23 头和5.13 kg,BC基因型个体TNB、NBA和BLW分别比AC基因型个体多3.37 头、3.84头和4.75 kg。对经产母猪,PRLR基因各基因型个体之间在TNB和BLW上存在显著差异（P　<　0.05）,杂合型个体比纯合型个体TNB和BLW分别少1.0～1.5头和1.0～1.4 kg;PRL基因AA和BC基因型个体分别比AC基因型个体BLW重1.08和1.05 kg（P　<　0.05）;OPN基因BB基因型个体比AA基因型个体TNB多2.13 头（P　<　0.05）。在对合并基因型结果分析中发现,ESR和PRLR基因的A等位基因对TNB表现出正效应,OPN基因的B等位基因对TNB、NBA和BLW都表现出正效应。     

鸭脂联素基因多态对肉质和血清生化指标的影响

脂联素在调控动物脂质代谢过程中起着重要作用。根据鸭脂联素基因序列设计1对特异引物扩增兴义鸭和三穗鸭脂联素基因内含子1和部分外显子2,采用SSCP法和DNA直接测序技术检测其多态,分析多态对鸭肉质和血清生化指标的影响。结果显示,在2个鸭群体中均检测到3种基因型BB、BC和CC,等位基因B和C,B均为优势等位基因,多态信息含量均表现为中度多态,卡方检验显示基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态（p〉0.05）;不同基因型序列比对发现2个SNPs：内含子1的295C〉T突变和外显子2的456T〉C沉默突变;最小二乘分析显示,BB基因型个体的肌内脂肪、血清白蛋白、血清甘油三酯和血清总胆固醇显著高于CC基因型个体（p〈0.05）,表明该多态座位可能对鸭脂肪沉积有一定影响。     

鹅HMGR基因内含子5的SNP及其与鹅重要经济性状的关联分析

本文屠宰测定了116只皖西白鹅胴体性状、羽绒性状和肉质性状，克隆了鹅3－羟基－3－甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶（HMGR）基因内含子5，采用PCR-SSCP检测其SNP，并分析了SNP与鹅重要经济性状之间的关联性。结果显示，鹅HMGR基因内含子5长704bp，与鸡的同源性44.0%；PCR-SSCP检测发现，内含子5存在一对等位基因A和B，A和B的基因频率分别为0.7716和0.2284。分析SNP基因型与鹅重要经济性状的关联性，结果表明，AA型可以显著提高鹅的胸肌重和腺胃重（P<0.05），增加千朵重（P<0.01），和降低绒系水率（P<0.05）；AB型则具有显著降低胸肌纤维直径（P<0.01）和提高胸肌45pH的作用（P<0.05）。     

苏太猪SLA-DQB及DRB基因第2外显子多态性及其与繁殖性能的关联分析

采用PCR-RFLP技术对苏太猪SLA-DQB及DRB基因第2外显子PCR产物进行分析，结果表明：苏太猪SLA-DQB基因经RsaⅠ酶切后共产生3种等位基因，5种基因型；SLA-DRB基因经RsaⅠ酶切后共产生3种等位基因，4种基因型。χ2适合性检验表明，苏太猪SLA-DQB及DRB基因外显子2的RsaⅠ酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态。将SLA-DQB和DRB基因的基因型进行组合，共产生12种组合基因型，BBDF的第3胎繁殖性能总产仔数、产活仔数、初生窝重和断奶仔猪数显著高于组合基因型AADD、AADF、ABDD和CCDF（P＜0.05）。就繁殖性能而言，BBDF在群体中为最优秀的组合基因型。     

奶牛IGFBP-3基因部分序列PCR-SSCP多态性与产奶量和生长性能的相关性

采用PCR-SSCP技术,对荷斯坦奶牛及荷斯坦公牛冻精杂交改良的黄牛后代(回交二代)共105头奶牛胰岛素样生长因子结合蛋白3(IGFBP-3)基因内含子2部分序列和外显子3全部序列进行了多态性研究,分析了该基因与奶牛生产性状的相关性.结果表明:IGFBP-3基因第2内含子共存在2个等位基因3种基因型,A、B基因频率为O.7667和O.2333,AA、AB和BB基因型频率分别为0.6000、O.3333和0.0667.该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态,遗传杂合度(H(e))和多态信息含量(PIC)分别为O.3578和为O.2937.测序结果显示,与普通黄牛该基因序列(AF305712)相比,B等位基因在第8 515碱基处发生了G→A的转换,而A等位基因在此处与AF305712序列相同.此外,A、B等位基因在第8 634碱基位置(属第3外显子区)均为c,而普通黄牛在此处为T碱基,该突变为同义突变.最小二乘法分析表明,AA基因型305 d产奶量和12月龄体重极显著高于AB和BB基因型(P<0.01);AA型12月龄体长和体高均极显著高于AB型(P<0.01),而BB型与AB型和AA型差异不显著;不同基因型的胸围和腹嗣差异不显著.     

鸭脂肪型脂肪酸结合蛋白基因（A-FABP）内含子1序列多态性分析

根据鸭A-FABPmRNA序列和鸡A-FABP基因组序列设计1对引物扩增出鸭脂肪型脂肪酸结合蛋白基因(A-FABP)内含子1序列(GenBank登录号:FJ536257),并根据扩增产物设计4对引物,利用PCR-SSCP对鸭A-FABP基因部分序列进行SNP检测,且对不同鸭群体进行群体遗传学分析.结果表明:克隆序列包含鸭A-FABP基因外显子1、2部分序列和完整的内含子1序列,与鸡A-FABP基因内含子1同源性为75.1%;经SSCP检测,发现引物P1扩增片段有3处碱基突变,引物P3扩增片段有6处碱基突变,这些突变分别产生了3种和8种基因型.在P1位点樱桃谷鸭和苏牧麻鸭偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.05),在P3位点3个群体均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05).同时,这些基因型在不同鸭群体中分布存在显著或极显著差异(P<0.05或P<0.01).群体遗传学分析结果显示A-FABP基因在不同鸭群体中具有丰富的单核苷酸多态性,可以进一步作为候选基因来分析其与脂肪性状相关性.     

大黄鱼FST基因SNP筛选及与生长性状相关性分析

为探索FST基因单核苷酸多态性(SNP)与大黄鱼生长性状的相关性,本研究采用直接测序和高分辨率熔解曲线(HRM)法分别进行SNP位点筛查和验证分型。结果共筛查到19个SNP位点,其中2个在外显子1,8个在外显子2,7个在外显子3,外显子4和外显子5各1个,近端启动子区域未筛查到突变。位于外显子4的g.2169AC位点,AA基因型占96.8%,CC基因型占3.2%,多态信息含量为0.0600;位于外显子5的g.2998AG位点,AA基因型占63.2%,AG基因型占30%,GG基因型占6.8%,多态信息含量为0.2828,这2个位点均处于哈代-温伯格平衡状态。相关性分析表明,在g.2169AC位点,CC型个体各个生长性状(体重、体长、全长、体高)均大于AA型个体,但差异不显著(P0.05);g.2998AG位点,AG型个体各性状均值最大,GG型个体最小,但只在全长性状上基因型AG与GG存在显著性差异(P0.05),表明FST基因编码区的突变对大黄鱼的生长性状有一定的影响。本试验结果为大黄鱼育种中体型的选择提供了一定的理论依据。     

五指山猪GH、IGFBP3基因SNPs检测及与生长性状的关联分析

以五指山猪为试验材料,采用PCR-SSCP和测序相结合技术,对GH基因和IGFBP3基因进行多态性检测,并分析其与生长性状（体质量,体高,体长和胸围）的相关性。结果表明,GH基因第2外显子存在一处G→A转换,属沉默突变,该位点与生长性状关联分析显示,BB基因型的体重显著高于AA基因型和AB基因型;IGFBP3基因第2外显子存在一处G→C颠换,属沉默突变,该位点与生长性状关联分析显示,AA基因型的体高显著高于BB基因型;IGFBP3基因第4内含子存在一处碱基C缺失,该位点与生长性状关联分析显示,AA基因型体重显著高于AB基因型和BB基因型。研究将为五指山猪生长发育规律、系统选育及矮小机制等方面研究提供了遗传学依据。     

ADSL、GARS-AIRS-GART基因多态位点和聚合基因型对白耳鸡肌苷酸（IMP）含量的效应分析

采用PCR-SSCP方法检测白耳鸡ADSL基因外显子2和GARS-AIRS-GART基因5’侧翼区多态性,分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌苷酸（IMP）含量的关联,并比较分析了不同聚合基因型个体的生产性能。结果表明：ADSL基因外显2和GARS-AIRS-GART基因5,侧翼区的多态位点C3484T、C-179T与IMP含量显著相关（P<0.05）,TT为两种有利单基因型,其对IMP含量的加性效应分别为0.1710 mg/g和0.128 mg/g,显性效应分别为-0.025 mg/g和0.031 mg/g 。两种有利单基因型聚合个体TTTT的IMP含量显著高于其他基因型聚合个体（除TTCC型）,且在聚合基因型中两种有利单基因型TT对IMP含量的影响均达到显著水平（P<0.05）,但两者间的互作效应并不显著（P>0.05）。TTTT聚合基因型个体的90日龄平均体重、72周龄产蛋性能仍保持相对稳定。     

奶牛IGFBP-3基因PCR-SSCP多态性与产奶量和生长性能相关性

采用PCR-SSCP技术,对荷斯坦奶牛及荷斯坦公牛冻精杂交改良的黄牛后代(回交二代)共105头奶牛IGFBP-3基因第3外显子进行了多态性研究, 分析了该基因与奶牛生产性状的相关性。结果表明：IGFBP-3基因第3外显子共存在2个等位基因3种基因型,A、B基因频率及AA、AB、BB基因型的频率分别为0.7667 、0.2333和0.6000、0.3333、0.0667。该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态,遗传杂合度（He）和多态信息含量(PIC)分别为0.3578和为0.2937。测序结果显示: 与AF305712相比,B等位基因在第8515碱基处发生了G-A的转换,而A等位基因在此处与AF305712序列相同;此外,A、B等位基因在AF305712的第8634碱基处均发生了T-C的无义突变。最小二乘法分析表明：AA基因型305天产奶量、12月龄体重极显著高于AB和BB基因型( P < 0.01);AA型12月龄体长和体高均极显著高于AB型（p<0.01）,而BB型与AB型和AA型差异不显著;不同基因型的胸围、腹围差异不显著。     

小尾寒羊BMP4基因多态性及其与高繁殖力关系的研究

采用PCR-SSCP技术检测骨形态发生蛋白4（bone morphogenetic protein 4,BMP4）基因外显子2、3和4在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊）和低繁殖力绵羊品种（中国美利奴绵羊、考力代绵羊、南非肉用美利奴绵羊）中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。结果表明：外显子2和4在4个绵羊品种中都不存在多态性,外显子3则都存在多态性。对于外显子3的引物,在4个绵羊品种中都检测到3种基因型(AA、AB、BB);统计结果表明：小尾寒羊、中国美利奴绵羊、考力代绵羊、南非肉用美利奴绵羊AA基因型频率分别为0.017、0.216、0.115、0.429,AB基因型频率分别为0.102、0.317、0.269、0.500,BB基因型频率分别为0.881、0.467、0.616、0.071;测序结果表明：BB型和AA型相比在BMP4基因外显子3第305位碱基处发生C→A的突变,该突变导致氨基酸由丙氨酸改变为天冬氨酸;BB型小尾寒羊平均产羔数分别比AB型和AA型多0.61只（P<0.05）和1.01只（P<0.05）。     

贵州本地山羊STAT5A基因多态性及其与生长性状关联分析

本研究通过探讨STAT5A基因SNP与山羊生长性状关联性,旨在为山羊选种选育提供更好的科学依据。实验以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测STAT5A基因单核苷酸多态性。结果发现,在贵州白山羊和贵州黑山羊STAT5A基因内含子10均检测到1个SNP位点G127A,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA。基因型与生长性状关联分析显示,贵州黑山羊基因型GA个体的胸围和体重指标显著高于基因型GG个体（p〈0.05）,而其余3个指标均差异不显著（p〉0.05）;贵州白山羊基因型GA个体的体斜长、胸围和管围指标显著高于基因型GG个体（p〈0.05）,而其余指标均差异不显著（p〉0.05）。研究结果提示：STAT5A基因可能是影响山羊体重、体斜长、管围和胸围的主效基因或与主效基因连锁,G127A位点可望作为提高山羊个体生长性状的分子遗传标记。     

牛、羊促卵泡素受体(FSHR)基因转录调控区的序列特征

测定了山羊、绵羊和牛的FSHR基因启动子区序列。比较发现序列长度存在差异，碱基变异率分别为3．14％、6．12％和6．72％。有2处较大的碱基插入／缺失突变。在检索出的转录调控元件（或潜在调控元件）中，3畜种在7个元件序列有碱基突变。与人和大鼠FSHR基因不同的是，在牛羊的FSHR基因启动子区检索出了TATA盒基元和多个类CAAT盒序列，且在山羊、绵羊和牛之间没有碱基差异。分析认为：（1）牛羊的FSHR基因启动子属TATA启动子型，而不是InR型。（2）尽管目前在绵羊的FSHR基因只发现1个转录起始点，但启动子区的序列特征表明牛羊可能存在第2转录起始点。（3）3畜种在转录调控元件的碱基变异和在不同位点的较大插入／缺失突变，可能影响基因的转录，从而造成双胎率的差异。因此，对牛羊FSHR基因转录启动和表达调控值得作进一步研究。     

苏太猪SLA-DQB和SLA-DRB基因第2外显子多态性及其与繁殖性能的关联分析

采用PCR-RFLP技术对苏太猪SLA-DQB及SLA-DRB基因第2外显子PCR产物进行分析。结果表明,苏太猪SLA-DQB基因经RsaⅠ酶切后共产生3种等位基因,5种基因型;SLA-DRB基因经RsaⅠ酶切后共产生3种等位基因,4种基因型。χ2适合性检验表明,苏太猪SLA-DQB及SLA-DRB基因外显子2的RsaⅠ酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态。将SLA-DQB和SLA-DRB基因的基因型进行组合,共产生12种组合基因型,BBDF的第3胎繁殖性能总产仔数、产活仔数、初生窝重和断奶仔猪数显著高于组合基因型AADD、AADF、ABDD和CCDF(P<0.05)。从繁殖性能看,BBDF在群体中为最优秀的组合基因型。     

兴义鸭LPL基因外显子8多态性与生长和肉质性状的关联性分析

脂蛋白脂酶（LPL）是动物脂质沉积和新陈代谢的关键酶,对生长和肉质发挥着重要作用。试验采用PCR-SSCP法和DNA直接测序技术相结合对兴义鸭LPL基因外显子8进行多态性检测,并分析其多态与生长和肉质性状的关联性。结果表明,在兴义鸭LPL基因外显子8首次检测到1个T1251C同义突变,产生三种基因型TT、TC和CC,2个等位基因T和C,基因型TT和等位基因T的频率分别为0．8077和0．8750,多态信息含量为0．1948,表现为低度多态,卡方（X2）检验表明T1251C位点的基因型分布在兴义鸭中未偏离Hardy-Weinberg平衡。最小二乘分析显示,TT基因型个体的宰前体重显著低于CC基因型（p〈0．05）,胸宽显著低于TC基因型白〈0．05）,推测等位基因C可能是兴义鸭生长性状的有利等位基因,可作为生长性状的一个标记性辅助选择位点。     

京海黄鸡繁殖性状与29个多态位点的关联性

为了寻找影响鸡(Gallus gallus)繁殖性状的候选基因,本研究利用单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片分型技术,利用已报道的影响鸡繁殖性状的29个位点对396只京海黄鸡母鸡的29个位点直接进行SNP分型,并对11个繁殖性状进行关联分析。结果发现,29个SNP中,有12个SNP与至少1个繁殖性状关联显著(P0.05),其中有7个SNP同时与2个繁殖性状关联显著(P0.05)。所有繁殖性状中,与京海黄鸡开产体重关联显著的SNP有1个,与京海黄鸡462 d产蛋数关联显著的SNP有2个,与蛋重关联显著的SNP有6个,与开产体重关联显著的SNP有6个,与综合选择指数关联显著的SNP有2个,与后代健雏率关联显著的SNP有1个,没有发现与300 d产蛋数、300~462 d产蛋数和后代孵化率关联显著的SNP。同时,根据这些位点的群体遗传参数发现,12个SNP的平均多态信息含量偏低,说明京海黄鸡有持续选育提高的可能性和必要性。大部分有利基因型为纯合基因型,但有部分基因型为杂合基因型。对与12个SNP最近的功能基因犰狳(Priodontes maximus)重复基因(armadillo repeat gene deleted in velocardiofacial syndrome,ARVCF)、集落刺激因子3受体基因(colony stimulating factor 3receptor,CSF3R)和ODZ同源物2基因(odz,odd Oz/ten-m homolog 2,ODZ2)的功能探讨发现,这些基因可以通过不同的途径影响鸡的繁殖性状。本研究为鸡繁殖性状候选基因的进一步研究提供了基础资料。     

催乳素受体基因多态性及其与济宁青山羊高繁殖力关系的研究

设计8对引物，采用PCR-SSCP技术检测催乳素受体(prolactin receptor，PRLR)基因外显子3至外显子9和内含子9在高繁殖力山羊品种（济宁青山羊）和低繁殖力山羊品种（辽宁绒山羊、安哥拉山羊）中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。结果表明：8对引物中，只有扩增内含子9的P8引物的扩增区域具有多态性，其余7对引物的扩增片段都不存在多态性。对于P8扩增片段，在济宁青山羊、辽宁绒山羊和安哥拉山羊中都只检测到AA型和AB型。 测序表明AB型与AA型相比有1处突变（209A→G），该突变位于PRLR的第9内含子。济宁青山羊2 种基因型之间产羔数的最小二乘均值差异不显著（P>0.05）。这些结果初步表明检测的PRLR基因位点对济宁青山羊高繁殖力没有显著影响。