朱鹮全基因组序列图谱绘制完成

4月15日,西安交通大学和华大基因在西安交通大学科学馆召开新闻发布会,宣布朱鹮全基因组序列图谱绘制完成。这是继家鸡基因组、珍珠鸟基因组、火鸡基因组之后,世界上完成的第四个鸟类基因组测序项目和全基因组序列图谱,其对于挽救和保护朱鹮和注释生命现象具有重要科学价值和战略意义。     

中国水产科学研究院牵头完成鲤鱼全基因组序列图谱绘制

由中国水产科学研究院首席科学家孙效文研究员牵头,中国水产科学研究院联合黑龙江水产研究所、中科院基因组研究所、哈佛大学、奥本大学等单位组建的国际合作研究团队,完成了鲤鱼全基因组序列图谱绘制,成为国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱。该研究成果以Article形式于2014年9月21日在国际生物学权威期刊《自然-遗传学》(Nature Genetics)杂志在线发表(DOI 10.1038/ng.3098)。     

浙江白鹅全基因组序列图谱绘制完成

近日,浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所、华大基因研究院联合召开新闻发布会宣布,以浙东白鹅进行的首个鹅全基因组序列图谱已经绘制完成。这是我国独立研究完成的全世界首个鹅全基因组序列图谱。     

浙东白鹅全基因组序列图谱绘制完成

近日,浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所、华大基因研究院联合召开新闻发布会宣布,以浙东白鹅进行的首个鹅全基因组序列图谱已经绘制完成。这是我国独立研究完成的全世界首个鹅全基因组序列图谱。鹅全基因组序列图谱绘制由浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所和华大基因研究院共同主持完成,基因组大小约为1.2Gb     

益生菌Lactobacillus casei Zhang全基因组图谱已绘制完成

由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的益生菌L．casei Zhang的全基因组序列测定于2008年5月18日全部完成。这是我国第一个完成的乳酸菌基因全序列测定。     

古典猪瘟病毒全基因组序列研究进展

近50年来,分子生物学迅猛发展,极大地提高和加深了人们对动物传染病本质的认识。动物流行病学吸收分子生物学的研究成果,不断利用分子生物学的新理论、新技术和新方法,从分子或基因水平上,     

我国首次完成益生乳酸菌全基因组序列测定

由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的益生乳酸菌L、casei Zhang的全基因组序列测定分析历时15个月，近日全部完成。这是我国第一个独立完成、具有完全自主知识产权的乳酸菌基因全序列测定，标志着我国在乳酸菌基因组学方面的研究达到国际水平。     

我国科学家参与绘制出鸡基因组序列草图

我国科学家12月9日在京宣布，他们参与的破译鸡基因组序列和遗传差异的国际研究计划取得进展，已完成了原鸡基因组和家鸡基因组多态性研究。这项成果以主题科学论文的形式发表在12月9日出版的《自然》杂志上。     

新型鸭肝炎病毒FS株全基因组序列分析

本试验参考GenBank中已公布的新型鸭肝炎病毒全基因组序列,应用Primer Premier5．O软件,在序列保守区域分别设计了7对引物,通过RT-PCR方法对本实验室已鉴别纯化的新型鸭肝炎病毒Fs株进行了分段扩增,经过测序拼接整理,获得Fs株全基因组序列（GenBank中登录号为EU877916）。序列分析表明,Fs株全长7792个碱基,一个大的开放阅读框编码2251aa。将各基因与国内外已发表的新型鸭肝炎病毒参考毒株进行相似性分析,结果表明,与G株（GenBank登录号为EU755009）核苷酸相似性最高,为99．2％,而FS株与G株和C—GY株（GenBank登录号为EU352805）的氨基酸相似性最高,均为99．6％,与DHV—HS株和DHV-HSS株的相似性最低,均为83．6％。系统发育树分析发现,与G株亲缘关系最近。     

猪流行性腹泻病毒山西分离株全基因组序列分析

用RT-PCR扩增分离的一株PEDV CH-SXCH11-2015的全基因组序列,测序拼接后,进行了序列分析。CH-SXCH11-2015全长28 038bp比CV777长5bp,与BJ-2011-1同源性最高,为98.9%;与LZC、SM98同源性最低,为96.6%。S基因全长均为4 161bp,突变主要发生在S1区,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015核苷酸同源性与BJ-2011-1和CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.9%,与SM98同源性最低为93.6%,与CV777、CV777vaccine同源性分别为94.2%和93.8%。CH-SXCH11-2015S基因氨基酸同源性与CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.3%,与CV777vaccine、SQ2012同源性最低为91.8%,与CV777的同源性为92.9%。ORF3基因全长均为675bp,无核苷酸插入和缺失,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CH/HBQX/10核苷酸同源性最高,为99.3%,与CV777truncated核苷酸同源性最低,为90.6%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因推导的氨基酸与(CH/HBQX/10、CH/S、CH/SHH/06、CH/TJ-2012、CH/ZKXH/11、CPF299、GZGY-10、PFF188、PFF285)同源性最高,为98.7%;与CV777truncated毒株最低,为88%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CV777、attenuated DR13的核苷酸同源性分别为96.6%和97.6%,氨基酸同源性分别为95.1%和97.1%。遗传进化分析表明,CH-SXCH11-2015全基因组、S基因、ORF3基因与2010年以后我国分离的毒株亲缘关系较近,与CV777、2个疫苗株(attenuated DR13、CV777vaccine)的亲缘关系较远。     

1株白鹭源新城疫病毒致病特性及全基因组序列测定分析

2011年从广西防城港市1只患病白鹭中分离到1株新城疫病毒(命名为WBE-10),为了对其主要生物学特性及基因组序列进行研究,对该毒株进行了1日龄雏鸡脑内致病指数(ICPI)的测定和全基因组扩增(RT-PCR)。结果显示:该病毒的ICPI值为1.846,表明该毒株属于强毒株,F基因的112～117位氨基酸序列为112R-R-R-K-R-F117,符合NDV强毒株的特征,该结果与ICPI的测定结果一致;F基因绘制的遗传进化树表明该毒株属于基因VIIa型,与Sukorejo/019/10株的亲缘关系最近,该分离株在全基因组序列与印度尼西亚鸡分离株Sukorejo/019/10较接近。本试验为进一步了解候鸟源携带新城疫病毒与家禽新城疫疫病传播、暴发之间的联系提供一定的科学依据。     

猫杯状病毒全基因组的克隆及序列分析

采用RT-PCR和重组PCR扩增了猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV)CH-GD株的全基因,并进行了序列测定,用DNAStar软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行比较分析。结果表明,首次分离于中国广东的CH-GD株与各参考毒株有较大的差异。CH-GD株与各参考毒株之间的同源性仅为75.4%~77.1%,明显低于各参考毒株之间的同源性(78.9%~99.9%)。同时遗传进化树显示,14个分离株形成两大分支,CH-GD株独自在一分支,各分离株无明显的地域性差异。对FCV衣壳蛋白6个区(A~F)的分析结果发现,CH-GD株中A~F区的特点与报道的相符。此外还发现,CH-GD株有3个区域的3个连续的氨基酸发生了变异,与参考毒株相比,CH-GD株在这3个区域的抗原性和亲水性也都发生了相应的变化。     

犬瘟热病毒SH202003株全基因组序列分析

为了解上海地区犬瘟热病毒（Canine distemper virus,CDV）遗传变异情况,本研究采用首尾重叠的11对特异性引物,对CDV上海株SH202003进行RT-PCR扩增,将扩增片段进行反复测序,序列拼接后最终获得了SH202003株全基因组序列,应用Lasergene 7.0和Mega 6.0软件对全基因及H基因进行序列分析,并构建系统进化树。结果显示,SH202003株基因组全长为15 690 bp,编码6种结构蛋白（N、P、M、F、H和L）,H和L基因间隔序列为CUA,L和5'端尾随序列为CAA,与Hebei株核苷酸和氨基酸相似性最高,达到98.6%和96.6%,与疫苗株核苷酸相似性在92.2%~94.3%,氨基酸相似性只有82.7%~87.0%;全基因进化树中,SH202003株与流行野毒株在同一分支,与疫苗株在不同的分支;H基因同样与Hebei株亲缘关系最近,核苷酸和氨基酸相似性分别为98.7%和99.5%,与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac及Onderstepoort亲缘关系较远;SH202003株处于Asia-1型分支,属于Asia-1型强毒株;SH202003株具有9个潜在N-糖基化位点,与强毒株Hebei株一致。研究表明,上海株SH202003属于CDV强毒株,为Asia-1型,其H基因序列相对保守,具有9个潜在N-糖基化位点,但是全基因序列存在较多突变,与疫苗株的匹配度较差,可能是免疫犬依然发生犬瘟热的主要原因。     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒( DHV -Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究.结果表明:不含poly(A)尾的DHV -Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列...     

全基因组测序在山羊上的研究进展

全基因组测序技术可对生物基因序列进行定位与功能分析,解析家畜表型变异的遗传基础,在缩短家畜分子育种周期和提高畜牧产业经济效益方面表现出巨大潜力.本文综述了山羊全基因组测序及其在重要性状的研究进展,旨在为山羊分子育种工作提供参考.     

猪轮状病毒的分离鉴定和全基因组序列分析

为了解广东省规模化猪场中猪轮状病毒(PoRV)流行毒株的基因特征,本试验在广东省某猪场采集腹泻仔猪肠道组织样品,经实时荧光定量PCR(qPCR)进行病毒初步鉴定;分离获得病毒后,通过间接免疫荧光、电镜观察进一步鉴定,并对分离毒株进行全基因组高通量测序和遗传进化分析。结果显示,qPCR初步鉴定该腹泻仔猪病料为PoRV感染,从阳性病料中分离获得1株能引起典型细胞病变的毒株,在电镜下可观察到似车轮状的病毒颗粒,在倒置荧光显微镜下观察有绿色荧光,将该PoRV分离毒株命名为GD2022,其完整基因型为G9-P[23]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1;基因遗传进化分析结果显示,GD2022为人轮状病毒、猪轮状病毒和狗轮状病毒基因组重组后的毒株。本试验结果丰富了PoRV基因组学和分子流行病学相关的研究资料,为轮状病毒防控提供了数据支持。     

猪乳头瘤病毒基因1型全基因组的克隆及序列分析

猪乳头瘤(SsP)是由猪乳头瘤病毒(SsPV)引起的一种猪传染性肿瘤.为了解SsPV中国流行株基因组信息,本研究对采集自广西的56份猪皮肤组织样品进行PCR检测,对检测为阳性的样品进行SsPV全基因组的克隆及序列分析.结果显示,56份广西猪皮肤组织样品中共检测出1份阳性样品,属于SsPV1,克隆序列拼接获得1株SsPV...     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究。结果表明:不含poly(A)尾的DHV-Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列进行序列分析,VP1蛋白变异最大,180～220位为高变区,与DHV-Ⅰ参考毒株核苷酸序列同源性在94.0%～97.4%之间,氨基酸序列同源性在97.5%～99.2%之间;对此病毒株进行遗传进化分析,与DHV-Ⅰ参考毒株处于同一分支,与韩国和中国台湾省新型鸭肝炎病毒处于不同分支。     

细菌全基因组测序技术用于沙门氏菌流行病学调查的可行性分析

为探讨细菌全基因组测序（whole genome sequencing,WGS）技术在基层沙门氏菌防控中的优势与可行性,对前期分离的9株沙门氏菌进行细菌全基因组测序,并进行血清型预测、多位点序列分型（multilocus sequence typing,MLST）和耐药基因分析,将全基因组测序结果与传统血清分型和耐药性分析结果进行对比。结果显示：基于全基因组测序数据的血清分型结果与传统血清分型结果符合率为100%,两种方法对9株沙门氏菌血清分型结果完全一致;两种方法分析出的β-内酰胺类、氯霉素类、喹诺酮类和氨基糖苷类药物的耐药基因与耐药表型符合率为100%,即耐药菌株中均含有4大类抗菌药物的耐药基因;用全基因组测序检测到利福平、磺胺类和四环素3大类抗菌药物的7个耐药基因,表明9株沙门氏菌可能对这3大类抗菌药物耐药。结果表明：全基因组测序结果与传统实验室诊断结果完全一致,且具有快速、低成本、操作简单等优势,并且随着测序技术的发展,其检测成本和周期将进一步缩减,因此基于细菌全基因组测序开发沙门氏菌快速分型和耐药性分析方法有一定的应用价值和可行性。