缢蛏致病菌气单胞菌的分子生物学鉴定

从患病缢蛏(Sinvnovacula constricta)中分离到一株病原菌,暂命名为12#菌.对该株的16SrDNA的全序列进行PCR扩增并测序,然后用NCBIBLAST对测序结果进行比对.16S rDNA序列分析表明:12#菌与多株气单胞茵的16S rDNA的同源性均在95%vx以上.在细菌系统分类学中应归属于气单胞茵属.从构建的系统发育树中可以看出:12#茵与点状产气单胞茵(Aeromonas punctata)共同构成一个分支,且该菌株与点状产气单胞菌(Aeromonas punctata)的16S rDNA同源性达到99%以上,由此可以初步认为该菌为点状产气单胞茵(Aeromonas punctata).     

青枯菌拮抗菌2-Q-9的分子鉴定及抑菌相关基因的克隆

通过16S rDNA碱基序列的测定和同源性分析,鉴定青枯菌拮抗菌2-Q-9与桥石短芽孢杆菌(Brevibacillus choshinensis)亲缘关系最近,其16S rDNA序列提交GenBank,登录号为FJ613127.根据已测得的该拮抗菌外泌抗菌肽氨基酸序列中的一段设计简并引物,利用染色体步移法得到全长序列780 bp,经测序和BLAST比对分析表明,该基因属于CodY家族,与已鉴定的转录因子抑制剂CodY(ZP_01171531)的同源性最高;表现在氨基酸水平的相似性为77%,其序列全长已提交GenBank,登录号为FJ613128.     

一株芽孢杆菌16S rRNA的基因序列测定和系统进化分析

从河南黄河稻区土壤中分离出一株具有较强稻瘟病菌拮抗活性的芽孢杆菌菌株BS501,经过形态观察、生理生化特性检测和电镜技术,确定其为芽孢杆菌属细菌,为进一步确定其分类学地位,扩增了 BS501基因组的16S rDNA.并将测序结果提交GenBank数据库(登录号:FJ755787).利用BLAST软件将该序列与枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等芽孢菌属细曲及大肠杆菌16S rDNA序列进行同源性比对.系统进化树表明,BS501与芽孢菌属细菌存进化关系上组成一个大的分支,与枯草芽孢杆菌最为接近,与大肠杆菌较远.同源性分析表明该序列与枯草芽孢杆菌PRE23同源性达99%,证实该菌株的分类学地位为枯草芽孢杆菌.     

蜡状芽胞杆菌群16S rDNA分析

蜡状芽胞杆菌群主要包括炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)、蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus)、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis).GenBank已有这个群的8个菌株完成了全基因组序列测定.对这8株蜡状芽胞杆菌群菌株中98条16S rDNA的序列进行相互BLAST比较,发现在同一基因组内各个16S rDNA拷贝全局相似度最低为96.47%,在不同基因组间16S rDNA局部片段比对最小相似度达到99.72%,对应片段长度也有1417 bp.这点充分说明,该群的细菌完全共用同一种16S rDNA,根据16S rDNA给细菌分类的特点,它们应该属于同一个种.在亲缘关系上,枯草芽胞杆菌离蜡状芽胞杆菌群最近.     

黄鳝藤黄微球菌的分离鉴定及药敏试验

为探讨黄鳝(Monopterus albus)出血病病原菌的种类及耐药情况,采用动物回归和细菌常规分类鉴定方法及16S rDNA基因系统发育学分析等手段,从四川名山地区黄鳝出血病病料中分离到具有致病性的菌株(HM1),经人工感染实验证实该菌为黄鳝出血病的病原菌。动物致病性试验显示,该分离株对泥鳅和小白鼠不致病,对云斑有较弱的致病力。对该分离株的形态和生理生化指标进行分析,试验结果与报道的藤黄微球菌一致,为革兰氏阳性、球菌,无运动力,多成双、四联或簇状排列,不形成链状排列,不形成芽孢;接触酶和明胶液化阳性;乳糖、甘露醇、葡萄糖、七叶苷、硝酸盐还原、精氨酸双水解阴性等特征。采用细菌16S rDNA基因通用引物对该菌的16S rDNA基因进行PCR扩增、克隆测序,得到1条长度为1 382 bp的核苷酸序列(GenBank登录号为:HM044913)。该序列经RDP(Ribosomal Database Project)数据库在线Classifer分析,结果表明该菌株属于微球菌属细菌。以该菌16SrDNA序列和GenBank数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列进行同源性比对分析和构建系统发育树,结果显示分离...     

黄喉拟水龟摩氏摩根菌的分离鉴定及系统发育分析

从广西某黄喉拟水龟(Mauremys muticaCantor)养殖场发病的黄喉拟水龟的肝、肺分离到一致病性的菌株(HX081027),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。对该菌的形态、生理生化进行分析,试验结果与报道的摩氏摩根菌一致,表现为革兰氏阴性、两端钝圆的短杆菌,无荚膜及芽孢,葡萄糖产酸产气,接触酶、脲酶、苯丙氨酸脱氨酶和鸟氨酸脱羧酶阳性,氧化酶、脂酶、DNA酶和赖氨酸脱羧酶阴性,甲基红阳性,VP反应阴性,MR阳性等特征。采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA基因进行PCR扩增、克隆测序,得到1条长度为1506bp的核苷酸序列(GenBank登录号为FJ858185)。以该菌16S rDNA序列和GenBank数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列进行同源性比对分析和构建系统发育树,结果显示分离菌HX081027与摩氏摩根菌属内相关菌株的同源性在98.8%~99.6%,且在系统发育树上与来源于鱼类的M.morganiiJCM1672聚为一支,结合形态及生理生化特点将其确定为摩氏摩根菌(Morganella morganii)。     

黄喉拟水龟摩氏摩根菌的分离鉴定及系统发育分析

从广西某黄喉拟水龟(Mauremys muticaCantor)养殖场发病的黄喉拟水龟的肝、肺分离到一致病性的菌株(HX081027),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。对该菌的形态、生理生化进行分析,试验结果与报道的摩氏摩根菌一致,表现为革兰氏阴性、两端钝圆的短杆菌,无荚膜及芽孢,葡萄糖产酸产气,接触酶、脲酶、苯丙氨酸脱氨酶和鸟氨酸脱羧酶阳性,氧化酶、脂酶、DNA酶和赖氨酸脱羧酶阴性,甲基红阳性,VP反应阴性,MR阳性等特征。采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA基因进行PCR扩增、克隆测序,得到1条长度为1506bp的核苷酸序列(GenBank登录号为FJ858185)。以该菌16S rDNA序列和GenBank数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列进行同源性比对分析和构建系统发育树,结果显示分离菌HX081027与摩氏摩根菌属内相关菌株的同源性在98.8%~99.6%,且在系统发育树上与来源于鱼类的M.morganiiJCM1672聚为一支,结合形态及生理生化特点将其确定为摩氏摩根菌(Morganella morganii)。     

红色素产生菌H1的分子生物学鉴定

从青岛近海海洋沉积物中分离得到1株红色素产生菌H1,利用PCR技术扩增该菌株的16S rDNA核苷酸序列,通过琼脂糖凝胶电泳得到1条约1 500 bp的16S rDNA片段.运用Blast程序与数据库中已存在的细菌16S rDNA核苷酸序列进行相似性比较,表明该菌株与Kocuria rosea的相似性最高,为99.54%,可以认为属于同1个种.选取10株同源性较高的典型菌株序列,进行多序列比对,构建了菌株H1的系统发育树.     

珠芽蓼溶磷内生细菌Z14的鉴定

对1株具有溶磷能力的珠芽蓼内生细菌Z14的16S rDNA基因片段进行扩增、测序,并与GenBank中相似序列进行比对分析和构建系统发育树,结合生理生化测定结果将Z14鉴定为短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus);通过定量测定Z14的溶磷量为902.14 mg.L-1.     

一株植物病原真菌拮抗细菌的分离与鉴定

从泰山土壤中分离获得一株对多种植物病原真菌具有拮抗作用的细菌。经过形态观察、生理生化特征分析及16S rDNA碱基序列测定和同源性分析,鉴定该菌株为蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus),该菌株的16S rDNA序列已在GenBank中注册,登录号为AY756511。