中国近海11种鳀科鱼类分子系统发育的初步研究

以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16S rRNA基因片段差异计算的种间遗传距离从0.22%(黄吻棱鳀和中颌棱鳀,刀鲚和凤鲚)到18.54%(长颌棱鳀和康氏侧带小公鱼),以金色小沙丁鱼作为外群构建的系统树,棱鯷属依次与鲚属、黄鲫属相聚,再与棱鳀属的赤鼻棱鳀相聚;最后与鳀属和侧带小公鱼属形成的分支相聚。赤鼻棱鳀自成单独的一支,建议将赤鼻棱鳀从棱鳀属中划分出来。     

基于线粒体COⅠ基因的中国近海棱鳀属鱼类DNA条形码

为明确中国大陆近海棱鳀属鱼类的分类地位,采用国际通用的COⅠ基因5'端652bp序列作为DNA条形码,对中国近海棱鳀属全部6种鱼类62尾标本进行鉴定分析。结果发现,所分析样品的序列碱基组成为T:29.0%,C:26.3%,A:25.3%,G:19.4%,A+T含量(54.3%)高于G+C含量(45.7%),转换/颠换率为3.76。6种棱鳀属鱼类组成5个自展支持率为100%的分支,除黄吻棱鳀和中颌棱鳀各为单系但聚合为一支外,其余4种均独立成支;分支内与分支间平均遗传距离分别为0.2%(0.0%~0.4%)和17.7%(15.7%~19.0%)。赤鼻棱鳀、汉氏棱鳀、杜氏棱鳀和长颌棱鳀均符合Hebert提出的种间遗传距离(15.7%~18.6%)大于或等于10倍种内遗传距离(0.0%~0.3%)的标准,确定了它们的物种有效性。黄吻棱鳀和中颌棱鳀的种内遗传距离皆为0.1%,与其他4种棱鳀的种内遗传距离处于同一水平;但二者种间遗传距离仅为0.6%,明显低于其他物种间的种间遗传距离,属于一般物种的种内遗传距离范围,表明二者亲缘关系很近;由于外部形态存在一定的差异,且在分子系统树上各为单系,二者可作为同一物种的2个不同亚种处理,但也不排除是2个近期分化形成物种的可能,在资源管理上应作为2个不同的进化显著单位分别加以管理。     

罗源湾三种鳀科鱼类的食性

黄吻棱鳀[Thrissa Vitirostris(Gilchrist et Thompson)],赤鼻棱鳀[T.kammalensis(Bleeker)]和康氏小公鱼[Stolephorus commersonii(Lacepede)]均为我国沿海常见的小型鱼类,是罗源湾定置网的主要渔获对象。有关上述3种鳀科鱼类生物学研究尚少,仅见陈大刚对黄渤海的赤鼻棱鳀、郑小衍和洪幼环对闽南台湾浅滩渔场的黄吻棱鳀和赤鼻棱鳀、陈清潮等对粤东沿岸的康氏小公鱼有过研究。本文对罗源湾的上述3种鱼类的食性进行分析,阐明它们的食性以及它们在罗源湾能流途径中所处的位置。     

福建沿海的鳀科鱼类

福建沿海分布的鳀科(Engraulidae)鱼类,目前已知的共5属15种,即属鳀(Engraulis Cuvier)的日本鳀(Engraulis japonicus Temminck et Schlegel),小公鱼属(Stolephorus Laeepede)的青带小公鱼(Stolephorus zollingeri ),康氏小公鱼(S.commersonii Lacepede),中华小公鱼(S.chinensis ),印度小公鱼(S.indicus),棱鳀属(Thrissa Cuvier)的赤鼻棱鳀(Thrissa kammalensis),汉氏棱鳀(T.hamiltonii),中     

两种大眼蟹线粒体12S rRNA基因序列的比较研究

测定了宽身大眼蟹和日本大眼蟹线粒体12S rRNA基因部分片段的序列,前者为577 bp, 后者为572 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为39.0%、35.7%、16.5%、8.8%;39.3%、 36.2%、 15.8%、8.7%;不包括11处插入/缺失位点,两序列间有75个变异位点,核苷酸差异率为13.18%,其中转换42个、颠换33个, 转换与颠换比约为1.3.对国内外4种大眼蟹长度为331 bp的12S rRNA基因同源序列进行分析,A+T的平均含量为76.6%,明显高于G+C的平均含量,且存有变异位点52个,简约信息位点25个.系统发生树的拓扑结构显示,所有的大眼蟹聚为一支,支持大眼蟹类为一单系.     

南黄海春季鳀和赤鼻棱鳀的食物竞争

根据南黄海鳀(Engraulis japonicus)和赤鼻棱鳀(Thrissa kammalensis)及其饵料的碳氮稳定同位素比值,采用IsoSource软件计算了两者饵料的质量贡献比。发现二者食物来源较为一致,其中仔稚鱼对鳀和赤鼻棱鳀的质量贡献率分别为42%~50%和53%~70%,是两者的首要能量与营养源。在获得食物贡献比的基础上,分别采用食物重叠指数法、聚类分析法和稳定同位素法3种方法,针对5种不同的摄食条件,依次对鳀与赤鼻棱鳀的食物重叠度进行计算。其中在饵料平均贡献比条件下,3种方法的计算结果相差不大,都在70%左右,计算偏差≤5%。研究结果表明,两者的食物竞争主要是针对仔稚鱼展开的,两者间存在显著的食物竞争关系。     

2种相手蟹线粒体12S rRNA基因序列分析

测定了红螯相手蟹和褶痕相手蟹线粒体12s rRNA基因部分片段的序列,前者为572 bp,后者为576 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为42.5%、37.6%、11.9%、8.0%;42.0%、37.0%、12.5%、8.5%;不包括8处插入/缺失位点,两序列间有48个变异位点,核苷酸差异率为8.42%,其中转换30个、颠换18个,转换与颠换比约1.67.对国内外相手蟹长度为383 bp的12SrRNA基因同源序列进行分析,A T含量为76.6%～81.4%,明显高于G C的含量,且存有84个多态位点.系统发生树的拓扑结构显示,所有的相手蟹分别聚为3大支,代表着3个不同的属即相手蟹属、栉齿蟹属和仿相手蟹属;这与形态学分类结果相一致.     

基于mtDNA-COⅡ基因序列对中国南海裸胸鳝属鱼类分子系统进化关系的研究

采用聚合酶链式反应直接测序法,获得细斑裸胸鳝、黄纹裸胸鳝、云纹裸胸鳝、黑点裸胸鳝、褐裸胸膳5种裸胸鳝属鱼类的细胞色素氧化酶Ⅱ(cytochrome oxidaseⅡ,COⅡ)基因序列(691 bp)。结合GenBank上蠕纹裸胸鳝COⅡ同源序列,采用多个生物软件对6种裸胸鳝属鱼类序列变异和碱基组成进行分析,共发现196个核苷酸位点存在变异(28.36%);计算了它们的相对遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数,6种裸胸鳝属鱼类的序列差异为0.012~0.199,其中云纹裸胸鳝与褐裸胸鳝的序列差异最大,为0.199,细斑裸胸鳝与黄纹裸胸鳝序列的差异最小,为0.012;总体来说,序列中的转换明显多于颠换,转换和颠换的比值(Ts/Tv)为2.7;以长鳝为外群构建NJ、ME、MP系统树,长鳝分为独立的一支,6种裸胸鳝为另外一支,分为3个平行进化的分支。     

东山湾渔业生物群落结构及生物量分布特征

根据2016年4月(春季)和10月(秋季)东山湾拖网定点调查资料,研究分析了东山湾渔业生物群落结构及其生物量分布特征。结果表明,调查共获取渔业生物128种,其中鱼类88种、虾类9种、蟹类19种、口足类4种、头足类8种,主要以暖水性种类为主;春季渔获物优势种为斑鱼祭(Clupanodon Punctatus)、黄吻棱鳀(Thrissa vitirostris)和短吻鲾(Leiognathus brevirostris)等3种,秋季则为日本蟳(Charybdis japonica)、青鳞小沙丁鱼(Sardinella zunasi)、食蟹豆齿鳗(Pisodonophis cancrivorus)、矛形梭子蟹(Portunus hastatoides)、黄吻棱鳀和赤鼻棱鳀(Thrissa kammalensis)等6种,优势种季节更替明显;春、秋季渔业生物群落质量平均资源密度指数分别为214. 91 kg·km-2和265. 19 kg·km-2,数量平均密度指数分别为12. 51×103尾·km-2和12. 02×103尾·km-2,渔业资源有衰减趋势;Margalef种类丰富度指数平均值为5. 112,Shannon-Wiener种类多样性指数平均值为2. 179,Pielou种类均匀度指数平均为0. 635,春季均明显低于秋季,生物多样性处于较低水平。     

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和（或）缺失,序列中转换（Transition）明显多于颠换（Transversion）。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。（A＋T）%为56.5%,大于（G＋C）43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。