新型冠状病毒研究进展

自2019年12月新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)暴发以来,世界各国相继出现了大量新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染病例。SARS-CoV-2对全球公共卫生安全造成了巨大威胁。疫情发生以来,相关科研人员从SARS-CoV-2的病原学特点、流行病学特征、病原学检测、治疗与愈后症状等方面进行了研究。本文对上述几个方面的研究成果进行了汇总。研究发现:SARS-CoV-2以其遗传多样性和重组频繁的特点不断产生变异体,以更大的传播力感染人群;目前已知的2种传染途径为跨物种传播和人际传播,其中飞沫传播和接触传播是人际传播的主要传播途径;感染人群遍布各个年龄段,其中患有慢性疾病的老年人更容易发展成危重病人;临床检测时联合核酸和抗原抗体检测,将有助于提高SARS-CoV-2感染的检出率并排除其他冠状病毒感染的可能性;目前尚未有治疗COVID-19的特效药物,临床上广泛使用广谱抗病毒药物或中药来治疗各种症状;全球各国正在加紧研发SARS-CoV-2疫苗,部分疫苗已进入临床试验阶段。本文有助于全面了解SARS-CoV-2的研究状况,也为其后续研究及防治提供了参考。     

人新型冠状病毒与禽冠状病毒遗传进化关系简析

2019年底暴发的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情对全球人类健康构成了严重威胁。为研究其病原(SARS-Co V-2)与禽冠状病毒之间的关系,将两者进行了基因序列比对、遗传进化分析、蛋白结构比较及交叉血清学检测。结果显示:SARS-Co V-2与禽冠状病毒的基因组序列相似性仅为44.7%～50.7%,遗传进化距离较远;两者S蛋白空间结构相似度低;SARS-Co V-2 S蛋白与禽冠状病毒阳性血清无交叉反应。表明这两种病毒在基因和蛋白水平均存在较大差异。研究提示:这两种冠状病毒可能很难突破人类与禽类的种间屏障实现跨种传播,SARS-CoV-2通过感染家禽并进一步威胁公共卫生安全的风险甚小。     

非典型肺炎冠状病毒与其他动物冠状病毒的亲缘关系

非典型肺炎即重症急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndromes，SARS)，其病原目前被普遍认为是一种冠状病毒。本试验利用分子生物学计算机软件，首先对已在GenBank中发表的17株SARS病毒的主要结构蛋白基因S、M、N进行了定位，然后分别与已发表的其他冠状病毒的S、M、N基因进行同源性分析。结果发现，我国内地的5个SARS毒株的主要结构蛋白基因与其他冠状病毒的相对应基因的同源性普遍较低，而且变化范围较大。香港及国外的SARS毒株的情况恰好相反。从总体上看，SARS病毒与已发表的其他冠状病毒的亲源关系均较远，相对而言，与牛冠状病毒(BCV)、小鼠肝炎冠状病毒(MHV)的亲缘关系最近。这一结果对于SARS病毒的起源及流行病学研究乃至该病的预防和控制研究具有一定的参考价值。     

猪冠状病毒与SARS-CoV-2的S基因及其蛋白结构差异分析

自2019年12月以来,由SARS-CoV-2感染造成的COVID-19对全球人类的健康构成了巨大威胁。为研究SARS-CoV-2与猪冠状病毒之间的相关性,本实验采用生物信息学分析方法对SARS-CoV-2和常见猪冠状病毒的纤突(S)蛋白氨基酸序列进行遗传进化分析、对S蛋白S1亚基的受体结合域空间结构进行相似性分析,并采用双抗原夹心ELISA试剂盒检测了常见猪冠状病毒阳性血清中的SARS-CoV-2抗体。结果显示,SARS-CoV-2与猪冠状病毒的遗传关系较远,其S1亚基的受体结合域空间结构差异大,常见猪冠状病毒阳性血清中的SARS-CoV-2特异性抗体均为阴性。表明SARS-CoV-2与猪冠状病毒亲缘关系远,难以通过感染猪进而接触人类以实现跨物种感染,威胁公共卫生安全的风险极小。本研究为COVID-19病原溯源与跨物种生物安全性分析提供基础。     

猪德尔塔冠状病毒致病机理及防治研究进展

猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)是一种新发现的猪肠道冠状病毒,能引起猪腹泻、呕吐、脱水甚至死亡,给养猪业带来巨大威胁。深入开展PDCoV的研究对该病的防控有重要意义。PDCoV基因组编码的4种结构蛋白、15个非结构蛋白和3个辅助蛋白在病毒复制、增殖及致病过程中发挥重要作用。PDCoV致病机理复杂,笔者从其侵入宿主细胞以颉颃干扰素反应、诱导细胞凋亡、调控细胞自噬、抑制细胞焦亡途径来逃避宿主免疫应答,以及其他影响PDCoV复制的分子机制方面对其致病机理进行总结。PDCoV呈全球性流行趋势,常用S、M和N基因作为核酸检测和抗体检测靶标进行诊断。目前,尚未开发出针对PDCoV的安全有效的商品化疫苗和治疗方法,随着生物技术的发展,在灭活病毒疫苗、减毒活疫苗、重组载体疫苗、病毒样颗粒疫苗和乳酸菌载体口服疫苗上取得一定进展,且广谱抗病毒药物、抗病毒分子蛋白和新型抗病毒技术在PDCoV抗病毒研究中显示了良好的应用前景。因此,笔者总结PDCoV编码蛋白功能、致病机理、诊断方法及PDCoV的疫苗开发和抗病毒治疗,以期为后续科学研究和有效防治提供借鉴。     

犬冠状病毒研究进展

2020年2月,我国香港报道了新冠肺炎（COVID-19）患者家养的宠物犬感染了新型冠状病毒（SARS-CoV-2）,这引起了人们对犬冠状病毒的关注。为有助于人们全面了解犬冠状病毒,做好犬冠状病毒病防治,本文从病原学与流行病学、临床症状以及诊断和防治措施等方面进行了综述。犬冠状病毒在犬群中广泛存在,主要包括α冠状病毒属的犬肠炎冠状病毒和β冠状病毒属的犬呼吸道冠状病毒。犬冠状病毒致病性不强,引起的临床症状通常较轻,但对幼犬或与犬细小病毒、犬瘟热病毒等发生混合感染时,会引起较严重症状,且易发生突变,产生新的变异毒株,具有致病性增强的风险。目前,犬冠状病毒检测方法主要包括病原学检测、血清学检测以及RT-PCR、qRT-PCR、纳米PCR等分子生物学检测。犬冠状病毒感染的防治主要通过疫苗免疫以及科学饲养管理、卫生消毒和对症治疗等综合措施。虽然犬可感染SARS-CoV-2,但尚不清楚感染犬是否可将病毒再传染给其他动物或人类。因此,应加强犬冠状病毒的病原生态学研究和监测预警。     

猪δ冠状病毒辅助蛋白研究进展

猪δ冠状病毒（PDCoV）是一种新发现的猪肠道冠状病毒,可引起新生仔猪的腹泻、呕吐、脱水、死亡,而且具有跨种感染潜能,给养猪业和公共卫生构成了巨大威胁。冠状病毒的辅助蛋白（accessory protein）是一类功能特殊的蛋白,不同属甚至同属不同种的冠状病毒编码的辅助蛋白数量、同源性均存在较大差异,具有属或种特异性。虽然辅助蛋白是冠状病毒增殖非必需的,但在调控宿主天然免疫、病毒复制与致病性中发挥重要作用。目前,已证实PDCoV至少编码3个辅助蛋白,而且近年来在PDCoV辅助蛋白的功能研究方面取得了显著进展。本文简要介绍了PDCoV辅助蛋白的鉴定及其在免疫调控和致病性中的作用,并对今后的研究进行了展望。     

冠状病毒基因组及其编码蛋白

冠状病毒宿主范围广泛 ,不同种动物(禽、火鸡、猪等 )分离株又有众多血清型 ,最重要的特征之一是具有高度的变异性 ,所以对冠状病毒的系统研究一直是个难点。对其中某些病原体 (如犬、猫冠状病毒等 )的研究也相对较少。但最近出现的严重急性呼吸系统综合征( SARS)病原。使人认识到冠状病毒不仅能给畜禽业带来重大的经济损失 ,也可能会威胁到人类自身 ,甚至带来非常严重的后果。到目前还不清楚 SARS病毒的真正起源。是早已存在 ,不为我们所认识 ,还是现有某种病毒的变异体 ?因此 ,有必要对该属病原体的一些特性进行了解。文章对动物冠状病毒编码蛋白的研究进展进行了概述 ,为更好地对 SARS病原体的特性、进化和演变进行研究提供借鉴和参考。     

国内外猪流行性腹泻病毒和其他猪冠状病毒疫苗研究进展

中国近几年受猪流行性腹泻病毒(PEDV)影响较大,而最近,PEDV进入北美猪群,再次增加了养猪从业者对猪冠状病毒有效疫苗的需求。虽然世界各地的生产商已经可以生产传染性胃肠炎病毒(TGEV)疫苗,但是专门针对猪流行性腹泻病毒和猪啄冠状病毒的有效疫苗只是最近才开发出来或者仍然在开发中。因此,我们总结了现有的国内外猪冠状病毒疫苗技术,并重点介绍有前景的技术,这些技术将来可能有助于控制这些重要的病毒。     

水生动物冠状病毒研究进展

冠状病毒在自然界中普遍存在,可感染多种哺乳动物和鸟类,给畜牧业生产安全和公共卫生安全带来严重威胁。自北京新发地批发市场从切割进口三文鱼案板上检测到人新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸以来,三文鱼以及水生动物冠状病毒与SARS-CoV-2的关系成为公众关注的焦点。本文详细描述了白鲸、宽吻海豚、三文鱼等水生动物感染冠状病毒后的临床症状,以及病毒基因组结构特征,并对水生动物冠状病毒与SARS-CoV-2进行了遗传演化分析,结果显示目前已知的水生动物冠状病毒属于γ冠状病毒属和Alphaletovirus属,而SARS-CoV-2属于β冠状病毒属,二者基因组和主要基因(1ab、S、E、M、N)核苷酸同源性仅为43.7%～54.1%,可初步排除SARS-CoV-2来源于已知水生动物冠状病毒的可能性。本文通过系统阐述水生动物冠状病毒感染状况,旨在进一步提高公众对水生动物冠状病毒的认知,为科学防控冠状病毒提供理论依据。     

All in the family: A comparative look at coronaviruses

Coronaviruses, members of the order Nidovirales, the largest and most complex of the positive-stranded RNA viruses, have been recognized as important causes of disease in veterinary medicine for nearly a century. In contrast, in human medicine, especially until the recent SARS-CoV-2 pandemic, they were unimportant viruses associated with the common cold. This is a brief comparative review of the biology of coronaviral infections emphasizing the commonalities among the various members of the family and considering how the veterinary experience with coronaviruses can inform the response to SARS-CoV-2. Coronaviruses are perhaps best viewed as mutation machines whose genetic sequences can readily change through genetic drift, recombination, and deletions from a large genome. However, to be of clinical concern, variants must have the perfect set of amino acids in the S protein receptor binding domain and in their replication-mediating nonstructural proteins. Extensive experience with veterinary coronaviral vaccines suggests that optimal clinical immunity is a tandem of mucosal and systemic responses induced by a combination of mucosal and parenteral vaccines.     

新冠疫情期间我国部分地区猫冠状病毒感染状况调查

旨在了解新冠疫情期间我国部分地区猫是否携带新型冠状病毒以及猫冠状病毒的感染状况。从我国14个城市的宠物医院收集表现呼吸道症状和或腹泻症状猫的鼻拭子和直肠拭子样品，提取样品中的总RNA，反转录后进行PCR检测，检测样品是否携带新型冠状病毒和猫冠状病毒核酸。结果显示，在收集的269只猫的鼻拭子和直肠拭子样品中没有检测到新型冠状病毒核酸，检测到35只猫携带猫冠状病毒。这些结果说明在新型冠状病毒肺炎疫情期间，上述14个城市宠物医院就诊猫未携带新型冠状病毒。     

Research Advances on Porcine Emerging Coronaviruses

Currently, corona virus disease 2019 (COVID-19) caused by SARS-CoV-2 is still raging worldwide, which attracts great concern about coronavirus originated from animal. Porcine deltacoronavirus (PDCoV) and swine acute diarrhea syndrome coronavirus (SADS-CoV) are newly discovered porcine coronaviruses in recent years, they not only damage pig industry severely but also pose potential threats to public health. This article reviews the literature concerning the etiology, origin and evolution, pathogenicity, and diagnostics of PDCoV and SADS-CoV, presenting the prospect of research work. We aim to expand understanding on SARS-CoV-2 and provide references for subsequent research on PDCoV and SADS-CoV.     

猪新发冠状病毒研究进展

当前，由新型冠状病毒（SARS-CoV-2）导致的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情正在全球暴发大流行，这也引发业界对于动物源性冠状病毒的高度关注。猪德尔塔冠状病毒（PDCoV）和猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV）是近年来新发现的猪冠状病毒，不但严重危害到养猪业，对公共卫生安全也具有潜在威胁风险。本文结合国内外现有文献，从PDCoV和SADS-CoV的病原学、病毒起源与进化、致病性以及检测诊断技术等方面进行综述，并提出展望，以拓展对SARS-CoV-2的认识，并为PDCoV和SADS-CoV的后续研究提供参考借鉴。     

SARS-CoV-2 in animals: potential for unknown reservoir hosts and public health implications

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, previously 2019-nCoV) is suspected of having originated in 2019 in China from a coronavirus infected bat of the genus Rhinolophus. Following the initial emergence, possibly facilitated by a mammalian bridge host, SARS-CoV-2 is currently transmitted across the globe via efficient human-to-human transmission. Results obtained from experimental studies indicate that animal species such as cats, ferrets, raccoon dogs, cynomolgus macaques, rhesus macaques, white-tailed deer, rabbits, Egyptian fruit bats, and Syrian hamsters are susceptible to SARS-CoV-2 infection, and that cat-to-cat and ferret-to-ferret transmission can take place via contact and air. However, natural infections of SARS-CoV-2 have been reported only in pet dogs and cats, tigers, lions, snow leopards, pumas, and gorillas at zoos, and farmed mink and ferrets. Even though human-to-animal spillover has been reported at several instances, SARS-CoV-2 transmission from animals-to-humans has only been reported from mink-to-humans in mink farms. Following the rapid transmission of SARS-CoV-2 within the mink population, a new mink-associated SARS-CoV-2 variant emerged that was identified in both humans and mink. The increasing reports of SARS-CoV-2 in carnivores indicate the higher susceptibility of animal species belonging to this order. The sporadic reports of SARS-CoV-2 infection in domestic and wild animal species require further investigation to determine if SARS-CoV-2 or related Betacoronaviruses can get established in kept, feral or wild animal populations, which may eventually act as viral reservoirs. This review analyzes the current evidence of SARS-CoV-2 natural infection in domestic and wild animal species and their possible implications on public health.     

SARS-CoV-2 infection in farmed minks,associated zoonotic concerns,and importance of the One Health approach during the ongoing COVID-19 pandemic

The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic has now affected over 72.5 million people worldwide, with nearly 1.6 million deaths reported globally as of December 17, 2020. SARS-CoV-2 has been implicated to have originated from bats and pangolins, and its intermediate animal hosts are being investigated. Crossing of the species barrier and exhibition of zoonosis have been reported in SARS-CoV-2 in farm (minks), domesticated (cats and dogs), and wild animals (tigers, puma, and lions). Recently, the rapid spread of SARS-CoV-2 infection was reported in mink farms, which led to the death of a myriad minks. The clinical and pathological findings of SARS-CoV-2 infection and the rapid animal-to-animal transmission in minks are almost similar to the findings observed in patients with COVID-19. Additionally, the rapid virus transmission among minks and the associated mutations resulted in a new mink-associated variant that was identified in both minks and humans, thereby providing evidence of mink-to-human transmission of SARS-CoV-2. The new mink-associated SARS-CoV-2 variant with a possible reduced sensitivity to neutralizing antibodies poses serious risks and is expected to have a direct effect on the diagnostic techniques, therapeutics, and vaccines that are currently under development. This article highlights the current evidence of SARS-CoV-2 infection in farmed minks, and provides an understanding of the pathogenesis of COVID-19 in minks and the associated zoonotic concerns of SARS-CoV-2 transmission from minks to humans with an emphasis on appropriate mitigation measures and on the necessity of adopting the One Health approach during the COVID-19 pandemic.     

动物新型冠状病毒流行现状

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染导致的新冠肺炎(COVID-19)疫情自2019年12月以来,已在全球221个国家和地区传播,导致1亿多人感染,230多万人死亡。SARS-CoV-2除了对公共卫生产生极大影响之外,全球已有24个国家和地区报告470余起动物感染疫情,涉及犬、猫、水貂、狮子、老虎等多种动物。因此,在同一健康框架下,应高度关注动物感染SARS-CoV-2的早期预警。本文描述了动物感染SARS-CoV-2的国际流行特点,对其流行现状和感染动物种类进行了综合分析,评估了当前国内防控动物SARS-CoV-2感染面临的形势,并提出了针对性的防控建议,为国内COVID-19联防联控和养殖业健康安全提供了借鉴。     

冠状病毒受体的研究进展

近年来多种感染人或家畜的冠状病毒病轮番出现,给人类社会的经济和公共卫生安全带来很大危害。特别是在2019年底出现并在全球迅速蔓延的SARS-CoV-2,由此引发的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在2019年12月至2020年3月之间在全球范围内造成超过7万人死亡。冠状病毒感染宿主的第一步是识别宿主细胞膜受体分子并与之结合,随后启动入侵使病毒基因组进入宿主细胞内部。因此冠状病毒细胞受体的阐明对于了解病毒的宿主与组织嗜性具有重要意义,同时也有助于了解病毒的致病与传播机制以及新型抗病毒药物研发。本文介绍了近年来主要的冠状病毒受体的最新研究进展,包括血管紧张素2(the angiotensin converting enzyme 2,ACE2)、氨基肽酶N(aminopeptidase N,APN)、二肽酰肽酶4(dipeptyl peptidase 4,DPP4)、唾液酸(sialic acid,SA)和癌胚抗原相关细胞黏附分子1(carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1,CEACAM1)等。     

Molecular detection of bat coronaviruses in three bat species in Indonesia

Bats are an important reservoir of several zoonotic diseases. However, the circulation of bat coronaviruses (BatCoV) in live animal markets in Indonesia has not been reported. Genetic characterization of BatCoV was performed by sequencing partial RdRp genes. Real-time polymerase chain reaction based on nucleocapsid protein (N) gene and Enzyme-linked immunosorbent assay against the N protein were conducted to detect the presence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) viral RNA and antibody, respectively. We identified the presence of BatCoV on Cynopterus brachyotis, Macroglossus minimus, and Rousettus amplexicaudatus. The results showed that the BatCoV included in this study are from an unclassified coronavirus group. Notably, SARS-CoV-2 viral RNA and antibodies were not detected in the sampled bats.