瘤胃微生物总DNA快速提取法研究

本文介绍了一种简便快速地提取瘤胃微生物细胞总DNA的方法,该法是对提取植物的CTAB法进行改进而成。与经典反复冻融 SDS/蛋白酶K裂解法相比,该法可在数小时内高效地提取瘤胃内容物总DNA,经琼脂糖凝胶电泳对所提取瘤胃微生物总DNA进行检测,证明所获得的瘤胃总DNA符合分子生物学操作要求。     

水牛瘤胃微生物总DNA提取方法的研究

瘤胃微生态系统是迄今为止世界上对纤维类物质转化利用效率最高的天然体系之一,为此反刍动物瘤胃微生物一直是研究热点。但由于反刍动物瘤胃是一个特殊的厌氧发酵罐,相当多的瘤胃微生物并不能应用传统的方法培养,不能被人们所了解认识进而开发利用。实践证明,     

奶牛瘤胃微生物DNA提取法的研究与优化

试验通过对提取瘤胃微生物DNA常用的方法进行比较,优化出一种可以获得完整瘤胃微生物总DNA片段的方法,使其能进一步满足PCR的扩增要求以及后续的分子生物学研究。试验的瘤胃液样本取自3只装有瘘管的荷斯坦奶牛,将方法适当改进。结果表明:珠磨-CTAB法提取的总DNA片段长度大于20 kb,OD260/OD280在1.8以上,DNA的提取效果最稳定。同时对所提的DNA样本应用PCR方法进行了检测,成功扩增出长度分别为1 500 bp、1 000 bp左右的瘤胃细菌和古细菌的16S rDNA序列。结果证明了该方法所提取的瘤胃微生物DNA可以应用到后续的试验研究工作中。     

绵羊瘤胃微生物基因组DNA提取方法的探讨

本研究针对瘤胃内容物成分复杂、微生物种类繁多,且难于培养和分离这一特点,本着为采用免培养技术研究瘤胃微生物提供前期样本这一目的,对现在常用的五种基因组DNA提取方法进行了比较。试验结果得出应用珠磨-SDS/CTAB/PVP法所提瘤胃微生物基因组DNA质量及纯度较好,总DNA长度大于20kb,OD260/OD280在1.7以上。同时对所提的DNA应用PCR方法进行了检测,可以成功扩增出瘤胃中的古细菌、真细菌和真菌16/18SrDNA片断,进一步证明了此方法的优越性及可行性,为后续一些分子生物学试验提供质量较高的DNA模板。     

秦川牛瘤胃微生物DNA提取方法的比较试验

[目的]本试验的目的是优化秦川牛瘤胃微生物DNA提取方法。[方法]针对秦川牛特有的生理及生物学特性,采取珠磨法、反复冻融法、液氮研磨法、超声波法提取微生物DNA,并获得一种提取秦川牛瘤胃胃微生物DNA的最佳方法。[结果]珠磨法、反复冻融法提取的DNA片段较完整,DNA含量较高。[结论]珠磨法和反复冻融法是较科学的提取方法。     

微生物总DNA的提取

目前,对微生物多样性的研究越来越多地从传统的培养方法转向分子生物学方法,现代分子生物学技术的蓬勃发展解决了不可培养微生物研究的难题,使肠道微生物的研究进入了一个新的发展阶段,而肠道微生物总DNA的提取是整个分子生物学方法的关键.主要总结了前人提取土壤、植物、粪便、瘤胃和肠道微生物DNA的试验方法,介绍了微生物总DNA的纯化方法,为用于分子生物学研究的肠道微生物总DNA的提取提供依据.     

家兔盲肠微生物总DNA的提取

为了全面了解家兔盲肠中的微生物信息，本文采用非培养技术，通过化学、物理裂解和酶解相结合，建立了直接从家兔盲肠内容物中提取总DNA的方法。结果从1g新鲜的盲肠内容物中提取出5．4μg总DNA；所得的DNA能被核酸限制性内切酶降解；经纯化后能用作模板进行PCR扩增。     

家兔盲肠微生物总DNA的提取

为了全面了解家兔盲肠中的微生物信息,本文采用非培养技术,通过化学、物理裂解和酶解相结合,建立了直接从家兔盲肠内容物中提取总DNA的方法。结果从1g新鲜的盲肠内容物中提取出5.4μg总DNA;所得的DNA能被核酸限制性内切酶降解;经纯化后能用作模板进行PCR扩增。     

鹌鹑肠道微生物总DNA的最佳提取方法

为了获取高质量、较完整的肠道菌群基因组DNA,试验采用常规的饱和苯酚/氯仿法(方法一)、牛瘤胃DNA的提取法(方法二)和对上述两种方法进行优化后得到的肠道微生物DNA的提取法(方法三)对鹌鹑肠道微生物总DNA进行了提取,并对结果进行了比较。结果表明:应用方法一和方法二提取的DNA浓度比较低,电泳显示样品DNA条带没有方法三明亮;以方法三提取的肠道总DNA为模板,采用细菌通用引物,对其16S rDNA V3可变区进行PCR扩增,得到较清晰的图谱,条带整齐。说明采用方法三提取鹌鹑肠道微生物DNA较完整,可用于后续的分子生物学试验研究。     

辽东栎基因组DNA提取方法比较与优化

针对辽东栎叶片组织中多糖含量高严重影响基因组DNA的提取问题,比较了改良SDS法、改良CTAB法1和改良CTAB法2等3种方法的处理效果。结果表明：用改良SDS法提取DNA多糖杂质多,易降解、褐化严重;用改良CTAB法1提取DNA难以去除植物组织中的多糖类杂质;而改良CTAB法2提取的DNA,杂质少,纯度高。     

一种东北虎全血DNA抽提的方法

以8只东北虎全血为材料，用CTAB自配细胞裂解液和细胞沉淀液，采用改进的方法提取基因组DNA。结果表明，提取的基因组DNA纯度高，用琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA，主带清晰、无拖尾现象。     

瑞氏木霉基因组DNA提取方法比较研究

采用4种常规DNA提取方法提取瑞氏木霉基因组DNA。结果表明:EDTA-SDS法和冷冻研磨CTAB 法更适合此真菌DNA的提取,试剂盒提取的总DNA纯度和浓度比较高,但是价格昂贵,冷冻研磨SDS法提取的 DNA浓度不高,不适合分子生物学操作的要求。     

瘤胃微生物的传统定量方法在反刍动物中的应用

瘤胃微生物作为一个完整的生态系统,受日粮成分、饲养方式、季节等诸多因素的影响,认识瘤胃微生物的功能及其活动规律复杂而困难。瘤胃微生物的传统定量方法有亨氏滚管法和最大或然数计数法,二者有着各自的优缺点。本文综述了瘤胃微生物的传统定量方法的应用状况及各自的优缺点。     

冷冻原肠中细菌基因组DNA提取方法的建立

为建立冷冻原肠中细菌基因组DNA的直接提取法,采用震荡洗脱、金属网过滤和梯度离心相结合的方法,对2份冷冻原肠样品进行前处理;对经前处理后的原肠样品,采用酚/氯仿法提取细菌基因组DNA,然后进行琼脂糖电泳和OD_(260)/OD_(280)比值测定;以细菌基因组DNA为模板,用PCR技术扩增细菌16S rDNA并构建克隆文库,并从2个文库中各随机挑取3个菌落进行16S rDNA的PCR鉴定和DNA测序。结果显示:样品提取的DNA浓度、纯度较高,OD_(260)/OD_(280)比值介于1.8～2.0;挑取的6个菌落中,1个为阴性,剩余5个为阳性,为肠球菌属(Enterococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)的5种细菌。结果表明,本研究提取的原肠细菌基因组DNA质量较好,可用于非培养法研究冷冻原肠中细菌的多样性。本研究解决了因缺乏原肠细菌基因组DNA提取方法,无法进一步应用现代分子生物学方法研究冷冻原肠细菌的多样性、菌群组成结构和动态变化等难题。     

海子水牛瘤胃微生物的宏基因组学分析

为系统探讨海子水牛瘤胃内的微生物组成及木质纤维素降解酶系,本试验利用基于高通量测序的宏基因组学技术对海子水牛(2.5岁左右,平均体重为493 kg)瘤胃液样本进行组学分析。结果表明,共获得了77 283 638条reads,并拼接出744 712个scaffold。经prodigal分析后,共预测出827 044个基因。通过基因注释发现海子水牛瘤胃中含有多种木质纤维素降解微生物,如生黄瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)、产琥珀酸丝状杆菌(Fibrobacter succinogenes)及栖瘤胃普雷沃氏菌(Prevotella ruminicola)。此外,还发现有38 011个基因编码蛋白质具有木质纤维素降解酶活性,其中糖苷水解酶(GH)基因数量最多(17 877个),糖基转移酶(GT)(8 637个)、碳水化合物结合模块(CBM)(4 693个)和碳水化合物酯酶(CE)基因(4 214个)数量次之,多糖裂合酶(PL)(1 296个)和辅助氧化还原酶(AA)基因(934个)数量较少。在GH基因中,归属于GH2、GH43、GH97、GH3家族的基因较多,且编码蛋白质具有寡糖降解酶活性的基因数量最多。此外还发现了少量的纤维小体组分蛋白基因。结合其他物种肠胃宏基因组中GH基因比对分析,发现海子水牛瘤胃中的纤维素酶、半纤维素酶和分支降解酶比例与奶牛瘤胃较为接近。由此可见,海子水牛瘤胃内含有丰富的木质纤维素降解微生物及酶系,这将为筛选具有工业应用潜力的酶基因奠定理论基础。     

瘤胃微生物氨基酸代谢的研究进展

瘤胃微生物在反刍动物氨基酸代谢中起着重要作用。通过介绍瘤胃微生物在蛋白质降解中的作用。进而阐述瘤胃微生物的氨基酸需要、产量及其氨基酸组成,并对今后瘤胃微生物的氨基酸营养研究进行了展望。     

一种高效提取桑树根围土壤微生物总DNA的方法

为了建立桑树根围土壤微生物群落结构的分子生态学试验技术体系,采取不同的细胞裂解方法及DNA沉淀方法直接提取桑树根围土壤微生物总DNA,并以采用试剂盒提取的桑树根围土壤微生物总DNA为参照,筛选出一种能有效提取高纯度、多样性土壤微生物总DNA的方法:以十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)、溶菌酶、蛋白酶K、十二烷基磺酸钠(SDS)为裂解液,经反复冻融裂解细胞,在DNA提取液中添加聚乙烯吡咯烷酮K30(PVP K30)、牛血清蛋白(BSA)、CaCl2去除腐殖酸,并结合聚乙二醇8000(PEG8000)沉淀和纯化DNA。该方法简便、快速,获得的桑树根围土壤微生物基因组DNA分子长度在23 kb以上,土壤鲜样的微生物DNA产率为11.2μg/g,且纯度较高,D(260 nm)/D(230 nm)=1.42,D(260 nm)/D(280 nm)=1.37,可直接用于PCR扩增及变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析。     

栗蚕基因组DNA提取方法比较试验

栗蚕蛹中含有大量的脂肪和蛋白质类物质,这些物质易与DNA结合形成粘稠的胶状物,影响栗蚕基因组DNA的提取。针对上述问题,本研究采用十二烷基硫酸钠-蛋白酶K(SDS-PK)消化法和十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取栗蚕基因组总DNA进行比较试验。结果表明:CTAB法提取的DNA产量高;SDS-PK法提取的DNA质量好。     

瘤胃微生物宏组学分析及研究进展

瘤胃微生物在反刍动物饲粮消化和吸收中起着重要的作用,深入探索瘤胃微生物群落结构、代谢活动和功能作用,对反刍动物健康和促进饲草利用效率具有重要意义。相对传统瘤胃微生物纯培养方法,组学技术能够更加全面对瘤胃微生物种类、代谢途径、功能进行解释,宏组学联用为系统理解瘤胃微生物降解纤维物质分子机理提供新方式,并受到研究人员越来越多的关注。本文总结了宏基因组学、宏转录组学、宏蛋白质组学与代谢组学在瘤胃微生物研究中的应用,并围绕宏组学技术联合应用进行综述,为反刍动物瘤胃微生物的研究提供理论支持。