血管活性肠肽Ⅰ型受体基因多态位点与鸡冠高度和体重的相关性

以鸡VIPR-1基因作为鸡冠高度和体重的候选基因,选取了12个多态位点对586只宁都三黄鸡进行基因型检测并分析了其与这两个性状的相关性.研究表明:位于内含子2的位点C+598T与84日龄体重显著相关(P＜0.05);位于内舍子8的位点C+53327T与77日龄体重和91日龄体重呈极显著相关(P＜0.01);等位基因C有利于增加体重;但这12个位点与不同日龄的鸡冠高度不相关.位点C+598T与C+53327T组成的单倍型块与91日龄体重显著相关(P＜0.05).     

VIPR-1基因12个多态位点与鸡早期产蛋性状的相关性

以鸡VIPR-1基因作为早期产蛋性状的候选基因,选取了12个多态位点对644只宁都三黄鸡进行基因型检测并分析了其与早期产蛋性状的相关性。研究表明：位于5′调控区的位点A-284G与开产日龄（P〈0.0001）、总畸形蛋数（P〈0.05）呈显著相关,等位基因G有利于产蛋量的提高;位于内含子6的位点C＋42913T与300日龄产蛋数和300日龄的总正常蛋数显著相关（P〈0.05）,CT基因型为优势等位基因型;位于内含子8的位点C＋53327T与开产日龄呈极显著相关（P〈0.01）,等位基因C有利于开产日龄的提前。     

VIPR-1基因SNP位点与如皋黄鸡产蛋性能和蛋品质的关联分析

本研究旨在分析VIPR-1基因的SNP位点与产蛋性能和蛋品质之间的关联性。实验以如皋黄鸡为素材,采用飞行时间质谱技术对VIPR-1基因内含子2第+1063位碱基(PA位点)的G-T突变和第+3522位碱基(PB位点)的T-C突变进行单位点和多位点组合效应分析。结果表明:PA位点的多态性与产蛋性状中的开产日龄(AFE)和40周龄总产蛋数(EN40)呈显著相关(P<0.05);与蛋品质性状中的蛋壳强度(ESS)、蛋黄比率(YR)和蛋黄蛋白比(YAR)呈显著相关(P<0.05);等位基因T有利于产蛋量和蛋品质的改善。PB位点与本次实验所测的5个产蛋性状相关均不显著(P>0.05),与蛋品质性状中的蛋重(EW)、蛋形指数(ESI)、蛋壳厚度(EST)和蛋比重(ESG)相关显著(P<0.05)。组合效应分析结果表明,对于产蛋性能,GTTT和TTTC组合基因型个体的组合效应显著。     

肌肉生长抑制素基因5′调控区的多态性对边鸡生长和繁殖性状的遗传效应

本研究采用PCR-SSCP技术检测边鸡肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因5′调控区的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长和繁殖性状进行关联分析。结果表明:在MSTN基因5′调控区检测到2个突变(A326G、C334G);6～8周龄,KK型的体重显著高于JJ和JL型(P<0.05);14周龄,KK和LL型的体重显著高于JL型(P<0.05);16周龄,KK型的体重显著高于JJ、JK和JL型(P<0.05);18周龄,KK型的体重极显著高于JL型(P<0.01),显著高于JJ和JK型(P<0.05),LL型的体重显著高于JL型(P<0.05),KK型的开产体重显著高于JJ和JL型(P<0.05);不同基因型对其余4个繁殖性状(开产日龄、开产蛋重、300日龄产蛋数以及300日龄蛋重)均无显著影响。结果提示,MSTN基因可能是影响边鸡生长性状的一个主要候选基因。     

鸡VLDLR基因多态性与蛋黄性状的关联分析

本研究采用PCR-RFLP方法,检测VLDLR基因在山东地方鸡种汶上芦花鸡、济宁百日鸡和莱芜黑鸡中的多态性,并分析各多态位点不同基因型与4个蛋黄性状的相关性。结果表明,在3个供试群体中共检测到2个具有生物学意义的SNPs位点,即第6外显子8 467nt处的G→A突变(V8467)和第17内含子13 876nt处的A→G突变(V13876)。最小二乘分析结果表明,V8467对蛋黄质量有极显著影响(P<0.01),对蛋黄高度有显著影响(P<0.05);V13876对蛋黄质量有极显著影响(P<0.01),对蛋黄比率和蛋黄高度有显著影响(P<0.05);而双倍型对蛋黄质量、蛋黄比率的影响均达到极显著水平(P<0.01),对蛋黄高度的影响达到显著水平(P<0.05)。结果提示:本研究检测到的VLDLR基因的V8467和V13876多态性位点可以作为蛋黄性状的候选分子标记。     

思州鸡BMP15基因第1外显子多态性及其与蛋品质的关联分析

研究旨在探讨思州鸡骨形态发生蛋白15（BMP15）第1外显子多态性及其与蛋品质的相关性。采用PCR产物直接测序法检测思州鸡BMP15基因第1外显子测序,将测序结果用DNAStar软件校正;利用Excel 2007统计基因型频率数据,并进行卡方适合性检验;通过SPSS 18.0软件对BMP15基因不同基因型与思州鸡蛋品质间的关联性进行分析。结果显示,思州鸡BMP15基因第1外显子存在4个SNPs位点：397C/T、473A/G、603C/T和612C/T,均处于Hardy-Weinberg非平衡状态（P<0.05）;397C/T和603C/T位点的多态信息含量（PIC）分别为0.3488和0.3299,属于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）,473A/G与612C/T位点的PIC分别为0.1527和0.2075,属于低度多态（PIC<0.25）。关联性分析结果表明,397C/T位点对思州鸡蛋白高度、哈氏单位、蛋黄重均有显著影响（P<0.05）;473A/G、603C/T位点对思州鸡蛋品质指标均无显著影响（P>0.05）;612C/T位点对思州鸡蛋长径有显著影响（P<0.05）,提示BMP15基因第1外显子对鸡蛋品质中蛋白高度、蛋长径具有较大的遗传效应。结果表明,BMP15基因可能是影响思州鸡蛋品质的基因之一,可作为思州鸡蛋白高度、蛋长径等蛋品质性状的分子标记。     

京海黄鸡LYZ基因外显子的遗传多态性及其与体重的关联分析

试验旨在研究鸡溶菌酶基因(LYZ)对鸡体重的影响。以200只京海黄鸡为研究群体,采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测LYZ基因单核苷酸多态性,并将所发现的SNPs与体重进行关联分析。结果发现,共3个突变位点,且均为沉默突变,未引起氨基酸序列的改变;经χ2适合性检验,除1411位点外,其他2个突变位点均显著偏离Hardy-Weinberg平衡;111位点AA基因型个体12和16周龄体重显著高于GG基因型个体(P0.05),1411位点AA和GA基因型个体各周龄体重均高于GG基因型个体,且4周龄体重差异达到了显著水平(P0.05),1426位点各基因型对体重没有显著影响(P0.05)。单倍型分析结果显示,除4周龄外,ANC个体各周龄体重均较大,GAC个体4周龄体重较大,这与上述各位点基因型对体重影响的分析结果相一致,暗示在选种、育种过程中,可将鸡LYZ基因作为京海黄鸡体重候选基因应用于遗传标记辅助选择。     

NPY基因SNPs与优质鸡睾丸性状的关联分析研究

本文采用PCR-RFLP技术,对560只黄羽肉公鸡的NPY基因3个酶切位点进行了多态性研究,并分析其与睾丸性状的关系.结果表明:rs3和rs19识别位点在隐性纯合子的情况下表现为较大的睾丸重(P＜0.05)和睾丸指数,这两个位点可以作为睾丸性状的候选分子标记.     

黑番鸭VIPR-1基因第12内含子SNP与就巢性状关联分析

VIPR-1基因是研究家禽就巢性状的重要候选基因,以就巢期黑番鸭和非就巢期黑番鸭为研究对象,通过PCR-RFLP和测序的方法,对VIPR-1基因内含子12进行多态性检测,并进行相关性分析.结果表明,VIPR-1基因内含子12存在一个StuI酶切位点,该位点由于在内含子988 bp处发生了A→G的碱基突变,产生了AA、AG、GG三种基因型.其中就巢黑番鸭只表现为AG（1.0）一种基因型,而非就巢黑番鸭表现为AG（0.4167）、AA（0.1666）、GG（0.4167）三种基因型,就巢期黑番鸭与非就巢期黑番鸭两者之间基因型的分布差异极显著（P＜0.01）.试验表明黑番鸭VIPR-1基因第12内含子A988G突变与黑番鸭的就巢性状显著相关,为利用分子遗传标记辅助选择来降低或消除黑番鸭的就巢性,最大程度上提高黑番鸭的产蛋性能提供了新的依据.     

Polymorphisms of MSTN Gene and Its Association with Meat Quality Traits in Chishui Black-bone Chicken

This study was aimed to analyze the association of myostatin (MSTN) gene polymorphisms with meat quality traits in Chishui Black-bone chicken. The DNA pooling was constructed and the direct sequencing technology of PCR product was used to detect the single nucleotide polymorphism (SNP) of MSTN gene. The results showed that C324T were detected in exon 1 of MSTN gene in Chishui Black-bone chicken. However, there was not found SNP site in exon 2 and exon 3 of MSTN gene. The C324T site was devised into three genotypes of CC, CT and TT. The association relationships between the genotype of MSTN gene and meat quality traits revealed that chest muscle pH and leg muscle pH value of Chishui Black-bone chicken with CT genotype were significantly higher than that of CC and TT genotypes (P<0.05), the shear force of CT genotype was significantly higher than that of TT genotype (P<0.05), there was no significant difference in other meat quality traits (P>0.05). This results suggested that the pH value and shear force of MSTN gene had a larger genetic effect in Black-bone chicken,MSTN gene was one of genes which could control the preliminary inference, might affect the pH value and shear force or with the main gene chain in Black-bone chicken, and could be used as pH value and shear force of molecular markers of Black-bone chicken.     

赤水乌骨鸡肌肉生长抑制素基因多态性及其与肉质性状的关联分析

本研究旨在探讨肌肉生长抑制素（myostatin,MSTN）基因多态性及其与赤水乌骨鸡肉质的关联性。采用DNA池、PCR产物直接测序方法对赤水乌骨鸡MSTN基因的外显子进行多态性检测,结果发现,在赤水乌骨鸡MSTN基因的外显子1中检测到1个SNP位点C324T,表现为3种基因型,分别命名为CC、CT和TT,而在MSTN基因外显子2、3上没有发现多态位点。对基因型与肉质性状关联分析显示,CT基因型胸肌、腿肌pH均显著高于CC和TT基因型（P<0.05）,CT基因型剪切力显著高于TT基因型（P<0.05）,其他肉质性状在不同基因型间差异均不显著（P>0.05）。此结果提示,MSTN基因对赤水乌骨鸡pH和剪切力具有较大的遗传效应,初步推断 MSTN是控制这一性状的众多基因之一,且可能是影响赤水乌骨鸡pH和剪切力的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育赤水乌骨鸡pH和剪切力的分子标记,用于标记辅助选择意义重大。     

鸡GPC1基因外显子8的SNPs与部分免疫性状的相关性分析

采用PCR-SSCP对12个不同鸡种glypican-1(GPC1)基因外显子8的单核苷酸多态性进行检测,同时检测如皋鸡、安卡鸡和文昌鸡3个鸡种56日龄的5个免疫性状,进一步分析SNP位点与免疫性状的关系。结果表明:12个鸡种中均出现3种带型,存在g.155 C>A错义突变,引起苏氨酸突变为精氨酸。12个鸡种群中,AA、AB和BB基因型平均频率分别为0.259、0.545和0.211;平均观察杂合度为0.466,平均Shannon信息指数为0.671。除乌骨鸡、大骨鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡外(P<0.05),其余群体均处平衡状态。基于该位点构建的UPGMA聚类图将12个鸡种分为3大类,反映了12个鸡种在抗性方面存在的差异。经过关联分析,如皋、安卡鸡中AB型个体的IL-1浓度、H/L值与BB型存在显著差异,与AA型差异不显著;在其他免疫性状中各基因型之间均无显著差异。安卡鸡的一般抗性总体低于如皋鸡和文昌鸡。     

MSTN基因外显子3的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测边鸡及2个对照鸡群体(京海黄鸡和尤溪麻鸡)肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)基因外显子3的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在MSTN基因外显子3的8527—8528 bp处检测到一个TC的插入。在边鸡和京海黄鸡中只检测到2种基因型(AA和AB基因型),在尤溪麻鸡中检测到3种基因型(AA、AB和BB基因型)。在3个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,边鸡2种基因型个体的6～16周龄体重均无显著差异(P>0.05)。     

鸡PRR5L基因5'UTR多态性及其与脂肪性状、屠体性状的关联分析

试验旨在研究类富脯氨酸5（proline rich 5 like,PRR5L）基因遗传变异对鸡脂肪性状及屠体性状的影响。以矮脚黄鸡为研究对象,根据GenBank公布的鸡PRR5L基因全序列（登录号：XM_015287209.1）设计扩增引物,利用PCR直接测序技术检测PRR5L基因的5'UTR区域单核苷酸多态性（SNPs）,并用统计学方法分析其与鸡脂肪性状及屠体性状的关联性。结果发现,PRR5L基因5'UTR区域存在C480G、G514A和A579G 3个多态位点,均表现出3种基因型。χ²适合性检验结果发现,群体在G514A位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态（P < 0.05）;在C480G和A579G位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。基因型与性状关联分析结果显示,在脂肪性状方面,PRR5L基因3个多态位点各基因型间腹脂重、腹脂率和肌内脂肪含量差异均不显著（P > 0.05）;在屠体性状方面,在G514A位点处AG与GG基因型的胸肌重差异显著（P < 0.05）,其余指标差异均不显著（P > 0.05）。因此,可推断PRR5L基因5'UTR的G514A位点可能是一个影响鸡胸肌生长发育的位点,但该位点能否作为标识鸡屠体性状的分子标记辅助选择还需要进一步探究。     

京海黄鸡IGFBP-1基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

以京海黄鸡、AA鸡、尤澳麻鸡、边鸡等4个鸡品种为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因r结合蛋白1(insulin-Like growth factor-binding protein-1,IGFIIP 1)第4外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长性能的遗传效应.结果显示,在IGFBP-1第4外显子区检测到2处变异(5550T→C,5692AAT插入).对于P3扩增片段,在尤溪麻鸡群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,在AA鸡和边鸡品种中检测到AA和AB 2种基因型,京海黄鸡中只检测到AA基因型;对于P4扩增片段,在4个鸡品种中均检测到CC、CD、DD 3种基因型.最小二乘分析结果表明,京海黄鸡3种基因型个体的初生重存在显著差异(P<0.05).     

鸡Nramp1基因多态性与部分免疫指标相关性分析

随机选取同期孵化出雏的中国地方鸡种如皋鸡和引进隐性白羽鸡72只和55只,测定部分免疫性状。利用PCR-SSCP技术检测如皋鸡和隐性白羽鸡Nramp1基因第9外显子的多态性,并对不同基因型与免疫性状进行相关分析。结果表明:如皋鸡与隐性白羽鸡H/L、淋巴细胞转化率和IgM含量均差异显著(P<0.05)。如皋鸡AA型的H/L显著低于BB型和AB型(P<0.05),而AA型的淋巴细胞转化率和IgM含量显著高于BB型(P<0.05)。隐性白羽鸡各基因型对免疫指标的影响与如皋鸡的趋势相同。该研究结果初步显示,如皋鸡的综合免疫性能优于隐性白羽鸡,AA基因型的综合免疫性能优于AB型和BB型。     

鸡MSTN基因多态性及其与屠体性状的关联分析

为了探明肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因对鸡屠体性状的影响,以优质鸡S3系为研究对象,采用PCR-RFLP及测序技术进行多态性检测.结果发现MSTN基因存在G195C和A234G 2个突变位点,均出现3种基因型.公鸡群体在G195C位点处于非Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05),各群体在G195C和A234G位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).最小二乘方差分析显示,MSTN基因A234G位点处GG基因型S3系优质公鸡半净膛率和全净膛率显著高于AG基因型(P＜0.05),而AA型与GG型和AG型在这两项上差异不显著(P＞0.05);G195C位点CC基因型S3系优质母鸡的半净膛率、全净膛率、胸肌重和腿肌重均显著高于GG基因型(P＜0.05),GC型与GG型和CC型均不显著(P＞0.05).因此,MSTN可能是影响鸡骨骼肌生长的一个主效基因或与控制该性状的主效基因连锁,能够作为候选基因用于地方鸡屠体性状的分子标记辅助选择.     

京海黄鸡IGFBP-1基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

以京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡等4个鸡品种为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因子结合蛋白1(insulin-like growth factor-binding protein-1,IGFBP-1)第4外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长性能的遗传效应。结果显示,在IGFBP-1第4外显子区检测到2处变异(5550T→C、5692AAT插入)。对于P3扩增片段,在尤溪麻鸡群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,在AA鸡和边鸡品种中检测到AA和AB 2种基因型,京海黄鸡中只检测到AA基因型;对于P4扩增片段,在4个鸡品种中均检测到CC、CD、DD 3种基因型。最小二乘分析结果表明,京海黄鸡3种基因型个体的初生重存在显著差异(P＜0.05)。     

牛α-乳清蛋白基因5'调控区多态性研究

试验选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种α-乳清蛋白(alpha-lactalbumin, LALBA)基因5'调控区及第1外显子部分序列总长1126 bp。结果表明,LALBA基因5'调控区存在5个SNPs位点:T-114C、C-166T、A-225C、C-344T、T-778C,T-114C仅在务川黑牛表现多态性。生物信息学软件预测LALBA基因核心启动子区及转录因子结合位点,SNP位点导致11个转录因子结合位点消失,其中1个位于核心启动子区,产生5个新的转录因子结合位点。突变前后RNA二级结构发生明显改变,目标序列未发现CpG岛。     

促卵泡激素受体基因第2内含子多态性对如皋黄鸡繁殖性状的遗传效应分析

试验以260只如皋黄鸡为素材,采用飞行质谱技术对位于促卵泡素受体(follicle stimulate hormone receptor,FSHR)基因第2内含子的3个SNPs位点进行检测,并对其与繁殖性状的相关性进行了分析。结果表明,C+29329A突变对开产日龄、开产蛋重及40周龄蛋重有显著影响(P<0.05);而C+30582G只与40周龄总产蛋数呈显著相关(P<0.05);G+51411A则对开产日龄、开产体重及40周龄总产蛋数有显著影响(P<0.05)。研究结果显示,FSHR基因有望成为选育高产蛋鸡的分子标记,辅助选育、开发中国地方鸡品种资源。