GnRHR基因部分序列多态性及其与会理黑山羊产羔数相关性研究

设计3对引物,应用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术检测GnRHR基因外显子1和外显子3在会理黑山羊和波尔山羊中的单核苷酸多态性(SNP),同时研究该基因与会理黑山羊产羔性状的相关性。结果表明:引物P1扩增片段具有多态性,其余2对引物的扩增片段都不存在多态性;对于引物P1扩增片段,在会理黑山羊和波尔山羊中均检测到AA和AC基因型;测序分析发现AC型与AA型相比在外显子1有2处突变(A74G、G101A),但未引起氨基酸改变;会理黑山羊AA和AC基因型频率分别为0.72和0.28,AC型平均产羔数比AA型显著多0.48只(P0.05)。因此,GnRHR基因可以作为会理黑山羊多胎性状的一个有效分子标记。     

山羊GnRHR基因部分序列多态性及其与产羔数的关联性分析

采用聚合酶链式反应-单链构象多态性（PCR—SSCP）技术,用3对引物鉴定了黄淮山羊和波尔山羊促性腺激素释放激素受体（GnRHR）基因外显子2和外显子1部分序列的多态性,并对黄淮山羊Gn—RHR基因多态性与产羔数的关联性进行了分析。结果表明,引物P1、P3扩增片段在2种山羊中均只,检测到1种基因型,不存在多态性;而引物P2扩增片段,2种山羊类型均检测到AA、AB和BB基因型。黄淮山羊AA、AB和BB基因型频率分别为0．725、0．200和0．075;波尔山羊AA、AB和BB基因型频率分别为0．765、0．206和0．029。测序分析发现AA型基因与BB型基因相比在58bp处发生A—C碱基突变,该突变导致编码氨基酸由赖氨酸改变为谷氨酰胺。在黄淮山羊中,BB型比AA型个体平均产羔数多0．66只（P〈0．05）。因此,山羊GnRHR基因第1外显子具有多态性;GnRHR基因可能是控制黄淮山羊多胎性能的一个主效基因或是与之存在紧密连锁的一个遗传标记。     

PRLR基因多态性与深县猪繁殖性能的关联分析

实验旨在研究催乳素受体（PRLR）基因多态性对深县猪繁殖性能的影响。通过PCR-RFLP技术结合混合池一代测序技术检测基因多态性，并与71头深县猪的繁殖性能进行关联分析，结果显示PRLR基因外显子8有2个突变位点，分别为A394G和A44G位点。A394G位点上存在AA、AG和GG 3种基因型，其中AG基因型个体的初生窝重显著高于GG基因型个体；A44G位点上存在AA、AG和GG3种基因型，其中AG基因型个体的总产仔数显著高于GG基因型个体。各位点皆为错义突变，且均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。因此，PRLR基因多态性与深县猪的繁殖性状显著相关，可作为深县猪分子遗传育种的候选基因。     

西农莎能奶山羊和波尔山羊GDF9基因多态性与产羔数的相关分析

为了研究西农萨能奶山羊和波尔山羊生长分化因子9(GDF9)基因遗传多态性及其与产羔数和生长体重的相关性。根据绵羊GDF9基因序列设计4对引物,采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数和生长体重的关系。所研究的西农萨能奶山羊群体和波尔山羊群体P1扩增片段存在多态性,分别定义为AA、AG和GG3种基因型;P2、P3和P4扩增片段均不存在多态性,只出现一种带型。通过测序发现:GG型与AA型相比在外显子2的792 bp处有1个G→A的单碱基突变,结果导致第396位氨基酸由缬氨酸变为异亮氨酸。在西农莎能奶山羊群体中,AA基因型产羔数最小二乘均值均极显著高于AG基因型和GG基因型;AG基因型显著高于GG基因型。此外,在西农莎能奶山羊中还发现AA基因型的个体各个生长阶段的体重和GG型和AG型的相比差异均不显著。在波尔山羊群体中,AA基因型产羔数最小二乘均值均极显著高于AG基因型和GG基因型,AG基因型的高于GG型,但没达到显著水平。结果表明,GDF9基因对西农莎能奶山羊和波尔山羊的产羔数均有显著影响,因此认为GDF9基因外显子2第792 bp处G→A的突变可作为西农莎能奶山羊和波尔山羊多胎性状的有效分子标记。     

雷州鸭雌激素相关受体β基因遗传多态性及其与产蛋性能的相关性分析

为筛选雌激素相关受体β(ERRβ)基因的突变位点,分析鸭产蛋量性状的潜在的遗传标记。以雷州鸭为研究对象,PCR扩增ERRβ基因目的片段,直接测序检测扩增片段的单核苷酸多态性,使用SPSS13.0软件分析与雷州鸭产蛋性能的相关性。结果发现:雷州鸭ERRβ基因的内含子中存在3个突变位点,在检测群体中,I2-110 AC存在AA和AC基因型,其中,AA基因型个体的产蛋量显著高于AC型(P0.05);I2-165 GA存在GG、AG和AA基因型,I2-190 AG存在AA、AG和GG基因型,这两处突变与产蛋量并未出现显著相关性。本研究为提高雷州鸭产蛋量提供了相关分子标记,为雷州鸭分子标记辅助育种提供了理论基础。     

骨形态发生蛋白15基因（BMP15）多态性与山羊繁殖性能的研究

以贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚山羊3个品种为实验群体,采用PCR产物直接测序技术检测BMP15基因的多态性,并探讨其多态性对山羊繁殖性状的影响,为山羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。利用在线软件预测BMP15蛋白质二级结构和三级结构;利用Excel计算基因频率、基因型频率;利用POPGEN软件计算纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量,并对HardyWeinberg平衡状态进行分析;用SPSS软件对3个山羊群体BMP15基因多态性与产仔数进行相关性分析。结果显示:BMP15基因外显子中检测到1个SNP位点,BMP15基因在外显子2处存在突变位点C6260G,3个山羊群体在此突变位点处均存在3种基因型CC、GC、GG;贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚山羊χ2检验均未达到显著水平(P0.05),处于Hardy-Weinberg平衡状态,贵州黑山羊和努比亚山羊表现为中度多态,酉州乌羊表现为低度多态;GG基因型个体在贵州黑山羊群体中产羔数显著高于CC基因型个体和GC基因型个体(P0.05),GC基因型个体在努比亚山羊中的产羔数显著高于CC基因型个体和GG基因型个体(P0.05),3种基因型在酉州乌羊中差异均不显著(P0.05)。该研究结果初步表明山羊BMP15基因的突变与其繁殖性能有关,可能是影响山羊繁殖率的一个因素。     

特哈杂交羔羊MSTN基因多态性与体重、体尺关联分析

为检测特哈杂交羔羊(特克塞尔羊×哈萨克羊)Myostatin基因非翻译区域的多态性,探索不同基因型羔羊群的生长发育,对MSTN基因多态性与体重、体尺进行了关联分析。结果表明:在2～6月龄时AG基因型个体体重、十字部宽和胸围均显著高于AA基因型和GG基因型个体(P0.01),AA基因型个体管围最大、GG基因型个体管围最小;在4～6月龄时AG、GG基因型个体体高、体斜长均显著高于AA基因型个体(P0.05);AA、AG基因型个体管围均极显著高于GG基因型个体(P0.01)。说明不同基因型的羔羊生长发育有显著差异,基因标记选择可避免实际育种工作中表型选择上的缺陷。     

山羊GnRHR基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析GnRHR基因外显子1、外显子2和外显子3部分序列在建昌黑山羊、努比亚山羊2个山羊品种中的多态性。结果表明,外显子2、3的扩增片段中,2个山羊品种都无多态性。而在外显子1的扩增片段中,2个山羊品种均检测到CC、CD基因型;建昌黑山羊的CC、CD基因型频率分别为0.62和0.38,努比亚山羊CC、CD基因型频率分别为0.64和0.36。多态片段测序分析表明,GnRHR基因c DNA序列的第85处碱基发生C→A的突变,突变导致编码的氨基酸由亮氨酸(Leu)→异亮氨酸(IIe);第156处碱基发生A→G的突变,该突变没有导致氨基酸的突变,为沉默突变。     

蛋鸭热休克蛋白90基因多态性及其与产蛋性能的关联性分析

本研究旨在搜寻热休克蛋白90(HSP90)基因的突变位点,分析蛋鸭抗热应激分子育种潜在的遗传标记。以缙云麻鸭为研究对象,用PCR方法扩增HSP90基因部分片段,采用直接测序方法检测该片段的单核苷酸多态性,并用最小二乘法分析其与夏季笼养蛋鸭产蛋性能的关联性。结果表明:在蛋鸭HSP90基因644 bp处发现一段长为321 bp的内含子序列,并在内含子序列中发现3个突变位点,其中36 bp处T→C突变形成TT和CT基因型,2种基因型个体间的平均产蛋量无显著差异(P>0.05);149 bp处A→G突变形成AA、AG和GG 3种基因型,GG基因型个体的平均产蛋量显著高于AA型和AG型个体(P<0.05);276 bp处T→G突变形成TG、TT和GG 3种基因型,各基因型个体间的平均产蛋量无显著差异(P<0.05)。结果提示,HSP90基因可能是影响夏季蛋鸭产蛋性能的一个主要候选基因。     

梅山猪CD14基因-61位点的多态性及其与繁殖性能的关联分析

为了探讨将白细胞分化抗原14(Cluster of differentiation antigen 14,CD14)作为繁殖性能遗传标记的可行性,试验采用PCR-RFLP方法对64头梅山猪种猪CD14基因-61位点的多态性进行检测,同时利用广义线性模型(GLM)分析其与繁殖性能间的关系。结果表明:梅山猪CD14基因-61位点经Bam HⅠ酶切后可检测到AA、AG、GG 3种基因型,其频率分别为0.406,0.500,0.094;遗传多态性分析表明,梅山猪CD14基因的多态信息含量(PIC)为0.349,介于0.25~0.5之间,表现为中度多态;关联分析结果表明,在初产母猪中,GG基因型个体的总产仔数显著低于AA基因型和AG基因型(P0.05),且GG基因型个体的产活仔数、断奶仔猪数、初生重和断奶重均低于AA基因型和AG基因型,但差异均不显著(P0.05);在经产母猪中,各性状之间差异不显著(P0.05)。CD14基因-61位点的多态性对梅山猪初产母猪的繁殖性能有显著的遗传效应,但其对经产母猪的繁殖性能没有显著影响。说明梅山猪CD14基因-61位点并不能作为繁殖性能的分子遗传标记,但如果基于梅山猪CD14基因-61位点对于梅山猪的一般抗病力进行分子选育,不会对梅山猪的繁殖性能产生显著的不利影响。     

甘肃肉羊新品种选育群GnRHR基因多态性及其与产羔性状关联分析

根据GenBank发布的绵羊促性腺激素释放激素受体(gonadotropin releasing hormone receptor,GnRHR)基因序列设计2对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术分析GnRHR基因外显子2和3在甘肃肉羊新品种选育群中的单核苷酸多态性,并与产羔性状进行关联分析。结果表明,在甘肃肉羊新品种选育群GnRHR基因外显子2检测到GG、GH、HH基因型,基因型频率分别为0.784(160)、0.206(42)0、.010(2),序列测序结果发现在编码区第198位碱基发生突变G→C,导致G变成R(甘氨酸→精氨酸)变化;GnRHR基因外显子3检测到MM、MN基因型,基因型频率分别为0.882(180)0、.118(24),序列测序结果发现在第257位碱基发生突变A→G,导致Q变成R(谷氨酰胺→精氨酸)。GnRHR基因外显子2突变对新品种群羊繁殖力高低影响极显著,突变纯合基因型(HH)绵羊平均产羔数比野生纯合型(GG)多0.981只(P=0.006<0.01);外显子3突变对新品种群羊繁殖力高低也有显著影响,MN基因型羊平均产羔数比MM基因型多0.688只(P=0.029<0.05)。由此可推测GnRHR基因可能是控制新品种群羊产羔性能的一个主效基因或是与之存在紧密连锁的一个遗传标记。     

山羊生长分化因子9基因FecTT突变检测

本研究采用PCR-RFLP方法检测生长分化因子9(growth differentiation factor 9, GDF9)基因FecTT突变在济宁青山羊、贵州白山羊、大足黑山羊、陕南白山羊、古蔺马羊、马头山羊、波尔山羊、成都麻羊、萨能奶山羊、文登奶山羊、板角山羊、金堂黑山羊、关中奶山羊、川东白山羊、安哥拉山羊、辽宁绒山羊、内蒙古绒山羊等17个山羊品种中的分布。结果表明,在17个山羊品种中都未检测到FecTT突变,提示,GDF9基因影响Thoka绵羊高繁殖力的FecTT突变对以上17个山羊品种的繁殖力均没有显著影响。     

大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86A>G碱基突变,并具有Msp Ⅰ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86A>G多态性分布达到遗传平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型（P<0.05）,AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型（P<0.05）;在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平（P>0.05）。PTGS2基因外显子2 g.86A>G多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。     

山羊催乳素基因PCR-SSCP分析

设计5对引物，采用PCR SSCP技术检测催乳素（prolactin，PRL）基因外显子1~外显子5在高繁殖力山羊品种（济宁青山羊、波尔山羊、文登奶山羊）和低繁殖力山羊品种（内蒙古绒山羊）中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。通过克隆测序首次获得了山羊PRL基因外显子全序列。结果表明PRL基因在研究的4个山羊品种中都不存在单核苷酸多态性，提示检测的PRL基因座位对济宁青山羊高繁殖力没有显著影响。     

不同品种猪α1-岩藻糖转移酶基因遗传变异初析

本实验采用PCR RFLP方法对 5个瘦肉型猪种杜洛克、长白猪、大白猪、汉普夏猪和皮特兰猪共计 2 5 0头猪的α1 岩藻糖转移酶基因 (FUT1)进行多态性分析。结果表明 :本研究中的 5个猪种在该FUT1基因座位存在多态性 ,均分布着三种基因型 (AA ,AG和GG) ,抗性基因型AA分布频率为 0 .0 2 8,易感基因型AG与GG分布频率分别为0 .2 4 4和 0 .72 8。卡方检验结果表明 ,长白猪与大白猪基因型频率差异极显著 (P <0 .0 1) ,与皮特兰猪之间差异显著(P <0 .0 5 ) ,其它猪种之间差异均不显著。     

Exploring polymorphisms and their effects on reproductive traits of the INHA and INHβA genes in three goat breeds

In this study, we report the analysis of INHA and INHβA gene polymorphisms in 786 goats of three breeds: Xinong Saanen (SN), Guanzhong (GZ) and Boer (BG). We identified three new allelic variants: P1–C80G and/126G (GenBank accession no. HQ202573) in the three goat breeds and P2–C936T (GenBank accession no. HQ202572) in SN and GZ goat breeds. At P1 locus, AA, AB and BB genotypes were found in the three goat breeds. At P2 locus, CC and CT genotypes were found in SN and GZ goat breeds. After comparing genotype distribution within the three goat breeds, BG had conspicuous differences from SN and GZ (P < 0.001) at P2 locus. The SNP locus was in Hardy–Weinberg disequilibrium at P1 locus in the three goat breeds (P < 0.05). At P2 locus, the SNP locus was in Hardy–Weinberg disequilibrium in SN and GZ goat breeds (P < 0.05). Association of polymorphisms with litter size was done at P1 locus in the three goat breeds. The result showed that AA genotype had remarkable litter size at P1 locus in the three goat breeds (P < 0.05). Therefore, these results suggest that INHA gene is a strong candidate gene that affects litter size in goats.     

四川5个山(绵)羊品种随机扩增多态DNA分析

本研究参阅文献挑选 80个随机引物 ,从中筛选出 3 0个重复性好的引物 ,对四川黑山羊、南江黄羊、北川白山羊、成都麻羊 4个山羊品种和藏绵羊进行RAPD分析 ,并进一步对 1 3只南江黄羊个体 ,1 8只黑山羊个体的基因组DNA进行PCR扩增。用Nei氏公式计算品种间的遗传距离 ,用UPGMA法构建树状聚类图。结果表明 :黑山羊与南江黄羊的遗传距离最小 ,亲缘关系较近 ;藏绵羊与各品种间的遗传距离都很大 ,亲缘关系远 ;RAPD技术可作为一种有效的分子标记用于山羊品种之间遗传亲缘关系的分析     

杜洛克FUT1基因多态性及其与产仔性能的关联分析

采用PCR-RFLP方法对杜洛克FUT1基因多态性进行分析。结果发现:杜洛克FUT1基因开放阅读框307位点经Hin6Ⅰ酶切后,检测到AA、AG和GG3种基因型,AA基因型的频率为0.157,A基因的频率为0.353。分析这3种基因型与杜洛克产仔性能间的关联性。结果表明:抗性纯合子AA基因型的个体1～5胎每个胎次的产仔数均值均高于AG和GG基因型,且第1胎和第4胎的产仔数均值显著高于AG和GG基因型(P<0.05),AA基因型对产仔性能而言是有益基因型。     

山羊骨形态发生蛋白2基因外显子克隆及序列分析

设计4对引物,采用PCR-SSCP技术检测骨形态发生蛋白2（bone morphogenetic protein 2,BMP2）基因外显子2、3在济宁青山羊、安哥拉、波尔、内蒙古绒山羊4个品种共191个个体中的单核苷酸多态性,分析该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响,并对济宁青山羊BMP2基因2个外显子进行克隆测序。结果表明,4对引物的扩增片段在4个山羊品种中均无多态性;山羊扩增片段核苷酸和氨基酸序列与人、黑猩猩、牛、犬、大鼠、小鼠6个物种的同源性分别为86.5%～91.3%和88.8%～99%;与其他物种相比,山羊BMP2扩增片段推导氨基酸序列存在3处特有突变,分别是位于第131、353、365位的脯氨酸、缬氨酸、亮氨酸变为苏氨酸(P131T)、天冬氨酸(V353D)、脯氨酸(L365P)。可见,哺乳动物BMP2基因外显子2、3序列保守性强,该区域可能不是影响山羊高繁殖力的功能结构域。