皖北猪的随机扩增多态DNA研究

为保护和开发地方品种猪的遗传资源,采用随机扩增多态DNA(RAPD)法分析皖北猪个体之间的遗传多样性。试验方案采用L(35)正交法,优化RAPD反应条件;筛选7条特异引物对皖北猪进行RAPD分析,计算带谱相似率、平均杂合度和遗传相似度,UPGMA法进行聚类分析。试验结果表明,优化的皖北猪RAPD反应体系为Mg2+浓度3 mmol/L,Taq酶1.50 U,dNTPs浓度0.40 mmol/L,引物浓度0.50μmol/L,模板浓度1 mg/L。皖北猪群处于亲缘关系不清的遗传非均衡状态。     

淮南猪遗传特异性的RAPD分析

试验用150个10碱基随机引物对引入品种杜洛克猪、长白猪、大约克猪及河南地方品种淮南猪4个猪种基因组池DNA进行了RAPD分析。电泳检测结果发现,其中72个引物扩增出明显的多态性条带,共检测到911条扩增片段,其中多态性片段462条,占50.71%。统计分析结果表明,大约克猪与长白猪之间的遗传距离指数为0.0064,遗传关系最近;淮南猪与杜洛克猪、大约克猪遗传距离指数相近,分别为0.0068、0.0069,遗传关系较近;淮南猪与长白猪遗传距离指数为0.0072,遗传关系最远。结果显示,河南省地方品种淮南猪与其他引入品种之间有遗传的相似性,也存在差异,同时也证明了RAPD技术可以作为分子标记,很好地检测猪种群内的遗传变异及区分不同猪种的遗传检测方法。     

基于ISSR分子标记分析陆川猪种群遗传差异

试验旨在探究陆川猪种群之间的遗传差异,对陆川猪种群进行遗传多样性分析,为种质改良与创新提供参考。以29份陆川猪种及部分广西地方猪种样品为试验材料,采用了3条带型清晰、重复性好的ISSR引物,通过对PCR扩增及电泳得到的DNA片段条带进行聚类分析并构建聚类树状图,并对陆川猪种群进行遗传差异分析。结果显示,ISSR分子标记上共发现182条条带,其中84条多态性条带,3条ISSR引物扩增出来的总DNA片段条带与多态性DNA片段条带差异较大且分布不均匀,表明所选择的3个ISSR分子标记在陆川猪种群中具有丰富的多态性;陆川猪种群之间遗传相似系数变异范围为0.43~1.00,表明种群间的遗传差异变化较大,遗传背景丰富;UPGMA聚类分析表明,陆川猪与长陆二元杂猪、巴马香猪、环江香猪均可聚为一类,大陆二元杂猪、三元杂猪和龙宝猪聚为一类。本研究证实了所选的3条ISSR引物可作为有效的遗传标记用于陆川猪种群间的遗传差异分析,丰富了当前的陆川猪ISSR分子标记资源,同时也表明陆川猪种群具有丰富的遗传多样性。     

利用SSR、ISSR和RAPD技术构建苜蓿基因组DNA指纹图谱

在建立可靠的苜蓿基因组DNA提取分离和PCR扩增技术体系的基础上,筛选具有稳定多态性位点的RAPD、SSR和ISSR引物,建立苜蓿基因组DNA的SSR、ISSR和RAPD分子标记技术体系,并利用分子标记检测苜蓿品种(系)的DNA分子标记多态性,构建苜蓿品种的DNA指纹图谱.筛选出36个RAPD引物,8个SSR引物和12个ISSR随机引物,通过PCR扩增在55个国内外苜蓿品种(系)中获得了182个RAPD多态性位点和丰富的SSR和ISSR多态性位点,构建了55个苜蓿品种(系)的SSR、ISSR和RAPD指纹图谱.结果表明,不同苜蓿品种(系)的SSR多态性有较大差异;苜蓿品种ISSR指纹图谱多态性丰富,稳定性比RAPD强;可以通过2～3个引物鉴别我国主要苜蓿品种和引进品种,SSR和ISSR指纹图谱可以更好地用于苜蓿品种鉴定和遗传多样性分析.     

早熟禾属植物种间关系的RAPD分析

利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对10种早熟禾植物进行了基因组DNA多态性分析，对30个OPRON公司十聚体随机引物进行多态性筛选，28个可产生多态性，18个引物产生的250个DNA片段，用于计算种间的欧氏遗传相似性系数分析，在Statistic统计软件按非加权算术平均数（UPGMA）进行聚类并构建系统发育树状图，结果，10种早熟禾植物种间的亲缘关系，其变幅主要在6．7－8．5之间；其中P.botryoides与P.psilolepis之间的遗传距离最小，为6．7，其次是P.sinattenuata与P.sphondylodes遗传距离较近，为6．8，而P．sikkimensis与P.pratensis,P.sikkimensis与P.psilolepis之间的距离最远，均为10．5，这与形态学分类结果基本一致，说明RAPD分析方法可从分子生物学角度为早熟禾属植物的系统学分类提供更为有利和可靠的证据。     

Use of RAPD-PCR for genetic analysis of Nicobari fowl of Andamans

1. The present study was conducted to estimate genetic relatedness among Nicobari fowls (Brown, Black and White) and an exotic bird (White Leghorn) using random amplified polymorphic DNA (RAPD) polymorphism. 2. A total of 25 decamer primers were screened among all the breeds of which 24 primers amplified the genomic DNA, generating 2000 to 200 bp bands. Ten primers generated reproducible and distinct RAPD profiles and were used for further analysis. 3. A total of 94 bands were amplified and 30 polymorphic bands (32%) were produced. The number of polymorphic loci ranged from 1 to 5 with an average of 3.0. 4. Among the native breeds Brown Nicobari showed higher genetic similarity (0.85) than Black Nicobari (0.80) and White Nicobari fowl (0.82). 5. Brown Nicobari showed high genetic similarity with Black Nicobari (0.87 +/- 0.029); least similarity was between White Nicobari and White Leghorn (0.77 +/- 0.028). 6. The RAPD profile of all Nicobari fowls on amplification with the primers PBG5 and PBA12 showed specific bands of molecular size 1050 and 785 bp, respectively. 7. The native breeds showed the least genetic distance with each other while White Leghorn appeared to be most distant from the native breeds.     

Genomic polymorphism in Uruguayan Creole cattle using RAPD and microsatellite markers

Uruguayan Creole cattle inhabit areas that cannot sustain conventional farming. They have adapted to fragile environments and are influenced only by natural selection. In this study, random amplified polymorphic DNA (RAPD) and microsatellite (MS) markers were used to analyse Creole cattle genome polymorphism. A comparative analysis using the RAPD technique was performed in pooled DNA of three cattle breeds (Holstein Friesian, Creole and Hereford) in order to evaluate their amplification patterns. A primary screening of RAPD primers allowed us to select and use those with higher percentage of GC base composition. A total of 215 loci ranging between 300 and 2500 bp were amplified. Bandsharing frequency (BSF) among breeds showed that less related fingerprints were observed between Creole and Hereford cattle (0.77), while the highest similarity frequency corresponded to Holstein Friesian compared to Hereford (0.81). Specific RAPD bands were identified in the three DNA pools and they were tested in every individual of each breed. It may be possible to isolate and sequence these bands to create breed-specific molecular markers. The identification of multiple alleles of the MSCYP 21 in Creole cattle with an heterozygosity of He = 0.846 supported the variability of this genetic resource. The use of molecular markers such as RAPD s and microsatellites is proposed to establish genetic distance among American Creole cattle and possibly related ancestral Iberian breeds.     

甘肃新选育党参品系与主栽品种的RAPD分析

采用RAPD分子标记技术,分析了新选育党参（Codonopsis pilosula）8个品系和2个主栽品种的遗传多样性和亲缘关系。结果显示,14条引物共扩增出159个位点,其中多态位点26个,多态性位点比率为46.43%,材料间遗传相似系数范围在0.771 9～0.964 9,说明甘肃省主栽党参品种资源具有较丰富的遗传多样性。根据聚类分析结果,党参品种DS6与所有其他供试材料的亲缘关系最远,可单独聚为一类;DS3与DS8的亲缘关系最近,其相似系数为0.964 9。     

12个无芒雀麦种群遗传多样性的RAPD分析

用RAPD分子标记对12个无芒雀麦种群进行遗传多样性分析,结果表明:选用的9条多态性引物共扩增出87个条带,平均每个引物扩增9.67条,其中多态性条带45个,多态性条带百分率为51.72%.无芒雀麦物种水平上的多态性条带数为76个,多态性条带百分率为87.36%,Shannon信息指数为0.2933,Nei s基因多样性指数为0.1843.种群间遗传分化系数为0.2735,说明无芒雀麦的遗传分化主要发生在种群内.聚类结果显示,部分种群间的遗传距离与地理距离有一定的相关性,但也有例外,这可能与人类的广泛栽培加大了种群间的基因交流有关.     

应用RAPD技术对中国3品系实验用小型猪进行亲缘关系的分析

随机扩增多态ＤＮＡ (ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ ,ＲＡＰＤ)技术 ,在动物、植物、微生物种属鉴定 ,亲缘关系的划分及多态性分析中得到广泛应用 ,但应用于小型猪方面的研究报道很少 ,尤其是对我国特有的实验用小型猪的研究 ,目前国内外尚未见报道。贵州小型香猪、广西巴马小型猪及西双版纳近交系小耳猪由于其近交程度高、遗传性稳定以及良好的实验应用效果 ,已引起了国内外相关领域的关注。本实验应用 1 0 0条随机引物对上述 3品系小型猪的基因组ＤＮＡ进行ＲＡＰＤ研究 ,旨在筛选具有品系间多态性的ＲＡ…     

用RAPD标记分析高羊茅的遗传多样性

采用RAPD分子标记技术对从国外引进的15个高羊茅品种的遗传多样性进行了研究。从60个随机引物中筛选出12个有效引物,它们共扩增出85条DNA带,其中59条为多态性带,占69.41%,平均每个引物扩增出多态性带4.92条;利用NTSYS-PC软件计算出的不同品种间Jaccard遗传相似系数(GS)变化范围较大,为0.373~0.932;根据得到的遗传相似性矩阵进行非加权组法(UPGMA)聚类分析,建立高羊茅品种的分子系统树状图;以相似系数0.68为标准,可将所有品种分为3类,品种翠丽和贝克各自聚为一类,其余13个品种聚成一类。     

不同品系家兔的RAPD遗传分析

应用随机扩增多态ＤＮＡ技术（ＲＡＰＤ）对新西兰白兔、加利福尼亚兔、布列塔尼亚配套系（ＥＬＣＯ）进行了遗传分析。从２０个随机引物中筛选出８个,对其基因组ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增,对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,共检测到７１条扩增片段,其中多态片段４５条,占６３．４％,反映了家兔品种的遗传变异。多态性统计表明：品种内的遗传相似度大于品种间的遗传相似度。聚类分析表明：ＥＬＣＯ的Ｄ系与新西兰白兔、加利福尼亚兔的     

随机扩增多态DNA（RAPD）技术在鹅育种上的应用

本文用4种引物（OPH5、OPH13、OPH16和OPF4）对隆昌鹅、太湖鹅和新太湖鹅进行基因组DNA、RAPD分析。结果表明：三种鹅都有特异性的条带,扩增DNA条带都表现为多态性,条带数为3-12条,大小范围在0.36-0.38kb之间,多态频率为72.14%;RAPD标记可作为一种辅助手段来比较鹅群体的遗传变异性,太湖鹅遗传变异性大于隆昌鹅;OPF-04很可能用作区分隆昌鹅与太湖鹅的标记性引物。     

Within- and between-strain genetic variability in White Leghorn population detected through RAPD markers

1. Five White Leghorn (WLH) strains, namely G, H, I, J and C, differing in selection history, were screened for randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) polymorphism using 50 random decamer primers. 2. Only 12 primers detected polymorphism between the strains. Out of 96 bands scored using these primers, only 21 (21.9%) were found to be polymorphic. 3. Strains differed considerably for within-population genetic similarity, estimated either by band sharing (WS=0.836 to 0.968) or band frequency (WF=0.820 to 0.969). 4. Between-strain genetic similarity estimates, based on band sharing (BS) as well as on band frequency (BF) ranged from 0.756 to 0.958 and from 0.830 to 0.996, respectively. Strains C and H were most closely related to each other, while J appeared to be more distant from other strains. 5. The between-strain genetic distance estimates also revealed similar trends. 6. A phylogenetic tree, derived using Nei's coefficient of similarity revealed similar relationships between the WLH strains.     

Measurement of within and between population genetic variability in quails

1. To detect polymorphism in various quail lines, Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers were tested and were found to be effective. 2. Twenty decamer primers were selected at random and tested, and 6 of these generated distinct polymorphic patterns between the quail lines. 3. Out of a total of 60 bands amplified using 6 selected primers, 19 (31.7%) were found to be polymorphic. 4. Genetic similarity within the lines ranged from 0.726 in HBW to 0.836 in KLQ. 5. Genetic similarity estimates between the populations ranged from 0.709 to 0.808.     

苦豆子种质资源遗传多样性的RAPD分析

为深入研究并充分利用野生苦豆子（Sophora alopecuroides）资源,本研究利用RAPD技术对22个苦豆子居群进行研究,从DNA水平探讨苦豆子种质资源的遗传多样性。结果表明,筛选得到的31条RAPD随机引物共检测出314条扩增DNA片段,其中多态性条带285条,多态性比率为90.76%。Nei’s遗传多样性指数（H）为0.301 5,Shannon信息指数（I）为0.453 1,遗传距离变化范围为0.114～0.709,所研究的苦豆子居群间具有丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析和主成分分析(PCA)结果显示,22个苦豆子居群聚为6类,不同居群间出现了一定的遗传分化。     

西藏牦牛的RAPD遗传多样性及其分类研究

为了解西藏地区牦牛品种或类群的遗传多样性和亲缘关系,本研究从33个RAPD多态性引物中筛选出8个条带清晰且多态性丰富的引物对西藏地区的巴青牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、江达牦牛、康布牦牛、桑桑牦牛、嘉黎牦牛、帕里牦牛、斯布牦牛等11个类群的核基因组DNA进行了RAPD分析,并用Nei氏标准距离和UPGMA聚类法分析了类群间的亲缘关系.结果表明:(1)西藏牦牛类群的遗传多样性指数变异范围在0,185 7～0.405 3之间,其中帕里牦牛最小(0.185 7),说明相对较纯,群体较整齐;而工布江达牦牛最大(0.405 3),显示该群体内部具有较多的遗传变异.(2)在11个类群中,其遗传多样性指数大小分别为:工布江达牦牛(0.405 3)＞江达牦牛(0.353 6)＞斯布牦牛(0.344 8)＞康布牦牛(0.342 8)＞嘉黎牦牛(0.332 3)＞桑日牦牛(0.282 3)＞巴青牦牛(0.279 3)＞桑桑牦牛(0.269 8)＞丁青牦牛(0.259 7)＞类乌齐牦牛(0.224 1)＞帕里牦牛(0.185 7),具有西藏东部牦牛类群遗传多样性相对较高,而西部牦牛类群遗传多样性相对较低的趋势,预示着西藏东部可能是牦牛的起源地之一.(3)遗传距离构建的分子聚类关系图表明:西藏11个牦牛类群可分为2大类,帕里牦牛(PL)为一类,其余10个牦牛类群为另一类.综上所述,西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性,品种或种群内的遗传分化显著,这是西藏牦牛业持续发展和牦牛适应外界环境的遗传基础,是将来培养牦牛新品种或品系的重要基因资源;西藏牦牛品种可分为2大类群.     

淮南猪品种遗传特异性的AFLP分析

试验利用25对引物对河南省地方品种淮南猪及引入品种杜洛克猪、长白猪、大约克猪4个品种猪进行AFLP分析。电泳检测结果发现,25对引物共检测到317条扩增片段,其中多态性片段79条,占24.92%。多态性统计分析表明,长白猪与大约克猪之间的遗传距离指数为0.0070,遗传关系最近;淮南猪与杜洛克猪、大约克猪遗传距离指数相近,分别为0.0073、0.0075,遗传关系较近;淮南猪与长白猪遗传距离指数为0.0078,遗传关系最远。结果显示,河南省地方品种淮南猪相对于其他引入品种特异性强,具有很高的育种价值,同时也证明了AFLP技术可以很好地检测猪种群内的遗传变异及猪种鉴别。     

不同居群狗牙根RAPD分析

利用RAPD分子标记和形态特征观察研究了中国部分地区野生和坪用型及国外引进商业品种狗牙根28个居群的遗传差异。 20个寡聚核苷酸引物扩增共得到326个标记条带,其中314 条为多态性带,占96.32%,平均每个引物15.7个多态位点,证明试验材料之间存在复杂的遗传背景,有丰富的遗传多样性。聚类结果结合形态学特征分析, 28个狗牙根居群可划分为A、B、C三大类型,A类包含12个居群,相似系数0.251 0～0.054 1,证明遗传差异较大,多态性较为丰富, 从外部形态看这类叶片长而宽、质地较粗,主要包括广州、浙江、无锡、南京及青岛等地的野生类型;B类有9个居群,相似性系数0.233 9～0.121 6,说明遗传基础比较狭窄,相对遗传距离较近, 外部形态看这类叶片短而中长、质地纤细,主要为从国外和国内其他城市引进的草坪型居群; C类包括7个居群,相似系数范围0.500～0.143,说明各居群间变异范围更大,主要为山东内陆不同地区的居群。     

太空搭载‘热研2号’柱花草后代RAPD多态性分析

以返回式卫星搭载的‘热研2号’柱花草(Stylosanthes guianensis (Aubl.) Sw.)种子为材料,经过5年地面种植和选择,获得26个变异株系。利用RAPD分子标记技术对26个变异株系和2个对照‘热研2号’与‘热研5号’柱花草进行遗传多样性研究。从50个随机引物中筛选出11个,共扩增出77条带,其中53条为多态性带,占68.8%,平均每个引物扩增出多态性带4.8条;采用Nei72方法计算出不同材料间的遗传距离,其变化范围为0.056~0.509;利用NTSYS软件进行非加权组法(UPGMA)聚类分析,建立‘热研2号’柱花草太空育种后代材料间的分子系统树状图;并以相似系数0.77为标准,将28份材料分为5类。