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苹果愈伤组织SSR-PCR反应体系优化 总被引:1,自引:0,他引:1
以"嘎啦"苹果组培苗叶片诱导的愈伤组织作为DNA模板提取材料,采用正交设计,摸索了SSR反应体系中Mg~(2+)、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA、dNTP的最适浓度,可为苹果愈伤组织的遗传变异研究奠定基础。结果表明:各因素不同水平变化对反应体系的影响为Taq DNA聚合酶dNTP用量Mg~(2+)用量引物用量=模板DNA浓度。确立了苹果愈伤组织SSR-PCR最佳反应体系总体积25μL,其中4μL 25mmol·L~(-1) Mg~(2+),0.25μL 5U·μL~(-1) Taq DNA聚合酶,3μL 0.01mmol·L~(-1) SSR引物,1μL 30ng·μL~(-1)模板DNA,4μL 2.5mmol·L~(-1)dNTP,2.5μL 10×PCR Buffer,10.25μL超纯水。 相似文献
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以2种独行菜种子为试材,采用cDNA-SRAP技术,研究了dNTPs、Mg~(2+)、上下游引物、cDNA模板、Taq DNA聚合酶浓度等5个因素对独行菜cDNA-SRAP反应体系扩增结果的影响,以期得到适合2种独行菜种子的cDNA-SRAP反应体系,并且对cDNA-SRAP扩增条件进行了优化。结果表明:优化的最佳cDNA-SRAP反应体系(20μL)为10×PCR buffer,cDNA模板用量100ng,Mg~(2+)浓度1.75mmol·L~(-1),dNTPs浓度0.275mmol·L~(-1),引物浓度1.0μmol·L~(-1),Taq DNA聚合酶用量0.5U;利用优化的cDNA-SRAP反应体系能够扩增获得清晰、数目多的条带,可用于后续深入研究2种独行菜不同处理下差异表达基因。 相似文献
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以全缘叶绿绒蒿的DNA为模板,利用正交实验设计,研究了Mg~(2+)、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶、DNA这5种PCR反应成分对反应体系的影响,以期建立并优化一个适合全缘叶绿绒蒿的ISSR反应体系,并用优化的体系对UBC公布的100条ISSR引物进行筛选。结果表明:在50μL优化后的反应体系中,含3 mmol·L~(-1) Mg~(2+)、2mmol·L~(-1)dNTPs、0.4mmol·L~(-1)引物、1.25UTaq DNA聚合酶、60ng DNA。通过梯度PCR仪检验,确定了适宜的退火温度、延伸时间和循环次数。利用该体系共筛选出16条ISSR引物,并对全缘叶绿绒蒿共10株个体材料进行扩增检验,获得了较好的扩增效果。利用该体系,可为今后ISSR标记在绿绒蒿属植物的种质鉴定和遗传多样性分析等方面的应用提供一定的试验基础。 相似文献
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以粉枝莓为试材,以改良CTAB法提取的基因组DNA为模板,从引物、dNTPs、Mg~(2+)浓度以及退火温度4个因素,对SCoT-PCR反应体系进行了优化,以建立适合粉枝莓SCoT-PCR最佳扩增体系。结果表明:SCoT-PCR反应体系的最佳条件为dNTPs 0.125mmol·L~(-1)、Taq DNA聚合酶0.15μL、引物1.0μmol·L~(-1)、Mg2+0.625mmol·L~(-1)、模板40ng、反应体积20μL、退火温度为51℃。该优化体系扩增的产物条带清晰,稳定性高。 相似文献
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以新疆天山樱桃叶片为试材,从NCBI数据库中搜索天山樱桃EST序列,利用SSRHunter 1.3软件查找SSR位点,结合Primer 6.0设计引物,通过正交实验和单因素试验优化天山樱桃SSR-PCR反应体系,并用最佳体系对所开发的引物进行验证,以期为研究天山樱桃遗传多样性、构建遗传连锁图谱奠定基础。结果表明:从58对备选引物中随机挑选30对引物进行试验,有21对引物能够扩增出特异性条带,有效扩增率为70%。20μL天山樱桃SSR-PCR最佳反应体系为dNTP 0.2mmol·L~(-1)、引物0.4μmol·L~(-1)、Taq酶0.75U、模板DNA 60ng。 相似文献
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以大葱嫩叶为试材,采用单因素试验和正交实验探讨了Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、TaqDNA聚合酶用量、模板DNA以及Buffer用量对大葱ISSR-PCR扩增的影响,建立了大葱ISSR反应体系。结果表明:优化后的最佳反应体系为10μL反应体系中,10×Buffer缓冲液1.0μL,Mg~(2+)浓度为2.0mmol·L~(-1),dNTPs浓度为0.3mmol·L~(-1),引物浓度为0.65μmol·L~(-1),Taq酶1.0U,模板DNA为60ng,用灭菌的超纯水补齐体积至10μL。对大葱71份样品材料进行ISSR-PCR扩增体系的检测结果显示,该优化体系扩增的产物条带清晰,稳定性高,为大葱种质ISSR分子标记遗传结构分析提供参考依据。 相似文献
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以苦瓜‘MC9’为试材,采用L16(45)正交实验,对苦瓜SSR-PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTPs浓度、模板DNA量、Taq聚合酶量、引物浓度等5个因素的4个水平进行优化试验,并通过正交设计直观分析法对Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq聚合酶量进行了单因素确定。结果表明:最佳反应体系为1μL 10×PCR buffer,Mg2+浓度为1.75mmol·L~(-1),dNTPs浓度为0.25mmol·L~(-1),Taq DNA聚合酶1U,DNA 100ng,引物0.20mmol·L~(-1),ddH2O补足至10μL。 相似文献