禺毛茛SRAP反应体系优化及引物筛选

以禺毛茛叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以10×Buffer、Mg2+、dNTP和引物4种因素3个水平,对禺毛茛SRAP反应体系进行研究,并比较了不同浓度模板DNA、Taq酶用量对扩增效果的影响,建立了禺毛茛的SRAP最佳反应体系.结果表明,禺毛茛SRAP-PCR最佳反应体系为:20 μl反应体系中,10×Buffer 2.5 μl,25 mmol/L Mg2+ 2.5 μl,2 mmol/L dNTPs 1.5 μl,5 μmol/L引物1.0 μl,模板量为100～200 ng,Taq酶0.5 U.运用该体系对10份禺毛茛进行验证,证明该体系稳定可靠,并从100个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的36个引物组合.这一优化的体系及多态性引物组合为利用SRAP标记技术进行毛茛属植物分子遗传学研究提供了科学依据.     

黑龙江省建三江地区主栽粳稻DNA指纹图谱构建研究

利用农业行业标准(NY/T1433-2007)推荐的12对引物,采用简单重复系列(Simple Sequence Repeats,SSR)标记和毛细管电泳方法,对黑龙江省建三江地区的12个主栽粳稻品种进行检测,构建DNA指纹图谱和品种的分子身份证。12对引物在12份品种中共检测到30个等位基因,每对引物检测到的等位基因数平均值为2.5个。根据引物在水稻品种中的扩增和毛细管电泳测定的结果,采用0/1矩阵构建由30位数字组成的DNA指纹图谱。分子身份证包括品种本身信息及SSR指纹信息,通过软件生成水稻品种身份证条形码和二维码,为水稻品种的鉴定及溯源管理提供技术支撑。     

降香黄檀SRAP分子标记的引物筛选

采用改良CTAB法提取降香黄檀基因组DNA,选用4个降香黄檀DNA作模板,对256个SRAP引物组合进行筛选。以条带清晰、多态性丰富为引物筛选原则,最后共筛选出25个组合作为降香黄檀SRAP分子标记的核心引物,为后续SRAP分析提供依据。     

应用SRAP分子标记构建黄麻遗传资源DNA指纹图谱

以36个黄麻野生种和栽培种为材料,对其基因组DNA进行相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记分析.结果表明:从50对引物中筛选出扩增带型好、品种间带型差异明显、易于识别的34对多态性引物,共扩增出1845条多态性条带,平均每对引物扩增出51.25条,最后从中筛选出14对核心引物构建了36个黄麻品种的DNA指纹图谱,每个品种均有各自特异的DNA指纹,可为黄麻种质资源分子身份证绘制提供依据.     

应用 SRAP 分子标记构建黄麻遗传资源 DNA 指纹图谱

以36个黄麻野生种和栽培种为材料,对其基因组DNA进行相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记分析．结果表明：从50对引物中筛选出扩增带型好、品种间带型差异明显、易于识别的34对多态性引物,共扩增出1845条多态性条带,平均每对引物扩增出51．25条,最后从中筛选出14对核心引物构建了36个黄麻品种的DNA指纹图谱,每个品种均有各自特异的DNA指纹,可为黄麻种质资源分子身份证绘制提供依据．     

白芨属SRAP引物筛选及反应体系优化

为给白芨种质遗传多样性评价、分子标记辅助育种和遗传改良研究提供基础,建立适于白芨SRAP-PCR扩增的反应体系,利用L16(45)正交试验设计对白芨SRAP-PCR反应体系中的各影响因子进行探索.结果表明:Mg2+浓度为影响白芨SRAP-PCR反应的关键因素;在优化的20μLSRAP-PCR反应体系中各组分的最适含量为10×Buffer 2.0 μL,Mg2+2.5 mmol/L,dNTPs 0.5 mmol/L,引物0.2μmol/L,Taq酶1.0U,模板DNA 2.0 ng/μL.利用SRAP反应体系,从72对SRAP引物组合中筛选出条带清晰、扩增稳定、多态性好的引物15对.     

寒地粳稻指纹图谱的构建及聚类分析

用6对INDEL标记及10对SSR标记对74份黑龙江及吉林的粳稻资源材料进行检测,通过分子标记构建每份材料的指纹图谱,利用Structure及Powermarker V3.25软件对供试材料进行分群及聚类分析。结果表明参试材料可以分成两个大群,细分为4个小群,在聚类分析图中,黑龙江和吉林品种中的龙粳30、垦稻20、通823等品种与籼型对照品种9311及偏籼型材料C418聚在一群,其余的粳稻品种分布在不同的3个小群,3个小群中的粳稻材料遗传差异较小,亲缘关系较近,试验结果与田间表现及测定结果相一致,在实际育种中,可以参照聚类图中信息,选择亲缘关系稍远的偏籼型材料进行杂交配组。     

橡胶树SRAP体系优化及其PCR引物组合的筛选

为橡胶树遗传多样性分析及遗传图谱的构建奠定基础,分析引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、模板DNA用量、Taq酶用量等因素对SRAP-PCR扩增反应的影响。结果表明,橡胶树SRAP-PCR的适宜扩增反应体系(20μL)为:引物0.2μmol/L,Mg2+2.0mmol/L,dNTPs 0.20mmol/L,模板DNA50ng,Taq酶0.5U。利用该体系从400对引物组合中初筛出28组多态性好的引物组合,获得250条清晰带,多态性比率为62.8%。     

华山松SRAP引物的筛选与验证

为筛选华山松SRAP遗传多样性引物,以华山松无性系种子园6个种源的30株优良无性系幼嫩无病害针叶为实验材料,基于SRAP标记技术,选用10条正向引物、10条反向引物,随机组合成100个SRAP引物组合,对华山松DNA进行PCR扩增。结果表明：实验共筛选获得15对多态性较为丰富并且具有可重复性的有效引物;15对引物共扩增出3 767条DNA条带,其中,多态性条带有2 448条,占总条带数的64.99%,平均多态性比率为64.28%。所得15对SRAP引物适合作为华山松遗传多样性分析。     

苦荞SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

为了保证SSR-PCR的重复性,快速找到最优的水平组合,采用交互正交设计L27(312)对苦荞SSR-PCR反应体系进行了5因素(Mg2+、dNTP、Taq酶、模板DNA和引物)3水平优化试验,并对148对SSR引物进行了筛选.结果表明:5个单因素和2个交互作用(Mg2+×dNTP、Mg2+×Taq酶)对苦荞SSR-P...     

濒危植物珙桐AFLP反应体系的建立及引物筛选

为研究不同生境下珙桐(Davidia involucrata Baill.)的遗传多样性,以珙桐叶片为材料优化建立珙桐的AFLP反应体系。对酶切与连接中DNA的浓度、预扩增的引物、选择扩增中Mg2+和dNTPs的浓度进行梯度比较分析。结果显示,酶切与连接过程中DNA的浓度变化对结果影响不大,预扩增的引物是否带有选择碱基对结果影响明显,选择扩增中dNTPs浓度的变化对最终谱带影响不大,而Mg2+浓度变化会对最终谱带产生影响,以1.75 mmol/L为宜。采用优化后的体系,从12对Mse I、EcoR I引物的144组AFLP选择扩增引物组合中筛选出能够得到清晰扩增谱带的7组引物组合,为今后的研究奠定了基础。     

油橄榄ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选

[目的]对油橄榄ISSR-PCR反应体系进行优化,并筛选出多态性ISSR引物。[方法]以油橄榄嫩叶片提取的基因组DNA为模板,通过单因子试验针对反应体系主要因子Mg2+、dNTPs、引物浓度及模板用量进行油橄榄ISSR-PCR反应体系优化。[结果]优化的油橄榄ISSR-PCR反应体系为:总体系20μl中含1×Taq Buffer,3.5 mmol/L Mg2+,0.4 mmol/L dNTPs,1.0μmol/L引物,1.0 U Taq DNA聚合酶,20 ng DNA模板。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,52～55℃退火30 s,72℃延伸2 min,40个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。同时利用上述反应体系和反应程序筛选出了扩增稳定、多态性高、扩增条带清晰的ISSR引物11条。[结论]为进一步油橄榄种质资源的多样性研究和品种鉴定奠定了基础。     

杞柳AFLP反应体系的建立与引物筛选

以杞柳F1群体为试验材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,经过酶切、连接、预扩增和选择性扩增,建立杞柳AFLP的反应体系,筛选EcoRI和MseI各16条选择性扩增引物组成256对引物组合。结果表明:320 ng基因组DNA采用5U EcoRI和MseI双酶切6 h,20℃连接12 h,连接产物稀释10倍进行预扩增,预扩增产物稀释15倍进行选择性扩增,选择性扩增产物采用ABI-3130检测,可获得条带清晰的指纹图;从256对引物组合中共筛选出98对多态性较高的引物组合。     

木薯SRAP扩增体系的建立与优化

建立适宜木薯DNA的SRAP扩增体系,为木薯分子标记和基因图谱的构建打下基础.以木薯基因组DNA为模板,采用序列相关扩增多态性(sequence related amplified polymorphism,SRAP)技术对木薯DNA进行PCR扩增,运级优化反应参数.最佳SRAP-PCR反应体系(10L1)为:DNA(50ng/μl)0.5μl、10×PCR buffer(Mg2 )1.0μl、dNTPs(20mM)0.21μl、primer(50ng)0.3μl、Taq polymerase(5U/μl)0.21μl.该程序和体系能很好地满足木薯基因组SRAP扩增的要求,SRAP标记能够很好应用于木薯遗传研究.     

南瓜SRAP扩增体系与扩增程序的优化

利用L45正交设计对影响南瓜SRAP反应体系的MgCl2浓度、dNTPs浓度、Taq酶含量、引物浓度及模板DNA浓度等5个因素进行了筛选,快速得到稳定性和重复性好的南瓜SRAP扩增体系。对复性温度、PCR循环次数等影响南瓜SRAP扩增结果的重要因素进行了优化。最终优化的南瓜SRAP反应体系为25μL反应液中:10×buffer2.5μL,0.2 mmol/L dNTPs,引物0.2μmol/L,1.5 mmol/LMgCl2,DNA模板6 ng/μL,Taq酶1.5 U。本研究最终确立的PCR反应程序为:94℃预变性5 min,94℃变性40 s,35℃退火40 s,72℃延伸90 s,进行5个循环,94℃变性40 s,50℃退火40 s,72℃延伸90 s,进行32个循环,最后72℃延伸5 min。在此条件下得到的SRAP标记可为南瓜遗传多样性、分子标记及辅助育种等研究提供稳定有效的手段。     

八仙花SRAP反应体系的建立与优化

为建立适合八仙花SRAP-PCR分子标记技术体系,以八仙花栽培品种H.macrophylla‘Lavbla’为材料,通过单因子实验分别研究了模板DNA、dNTPs、Mg2 、Taq酶浓度和引物用量对八仙花SRAP扩增反应的影响,确立了八仙花SRAP分析的最佳反应体系为25μl:模板DNA60ng、Mg2 2.0mmol/L、dNTPs0.7mmol/L、Taq酶0.5U、引物0.7μmol/L×2、10×PCRBuffer2.5μl,该反应条件下八仙花SRAP扩增条带清晰,多态性丰富。     

苔藓植物SRAP反应体系的优化

以黄灰藓总DNA为材料,对影响SRAP-PCR反应的模板DNA、Mg2+、dNTP、引物和TaqDNA聚合酶浓度等因素进行了优化,分析了各因素对SRAP-PCR扩增结果的影响。结果表明,在25μLSRAP-PCR反应体系中,最佳反应条件为:模板DNA40ng;Mg2+浓度2.0mmol/L;dNTP浓度0.2mmol/L;正反引物15pmol;TaqDNA聚合酶2.0U。在此条件下,引物组合Me5/em7对13种苔藓植物扩增的条带清晰、多态性好,表明此反应条件适合于苔藓植物的SRAP-PCR反应体系。     

芝麻SRAP反应体系的建立与优化

通过对芝麻SRAP反应体系主要影响因素进行优化,建立最佳反应体系.以芝麻幼叶提取的DNA为实验材料,对影响SRAP扩增结果的重要反应因素dNTPs、Mg2 、Taq酶、随机引物及模板DNA设置不同梯度实验.得到了芝麻扩增多态性高、稳定性强、带型清晰的SRAP最佳反应体系为:dNTPs(10mmol/L)0.30μl,Mg2 (25mmol/L)1.20μl,Taq酶1.00U,正反引物各50ng,DNA模板80ng,10×Buffer1.5μl,总体积15μl,为SRAP标记技术在芝麻分子生物学研究方面的应用奠定了基础.