提取家蚕肠道微生物总DNA的2种方法的比较研究

为寻找提取家蚕中肠道微生物总DNA的方法,比较研究了2种方法:①直接提取家蚕中肠道内容物的总DNA,再选择性研究其中来源于微生物的DNA;②先分离家蚕中肠道的微生物,再提取其总DNA.结果表明,方法②所得到的DNA数量较少,但纯度较高;方法①的数量多,种类齐,但杂质多.2种方法分别适合于不同的研究目的.     

微生物总DNA的提取

目前,对微生物多样性的研究越来越多地从传统的培养方法转向分子生物学方法,现代分子生物学技术的蓬勃发展解决了不可培养微生物研究的难题,使肠道微生物的研究进入了一个新的发展阶段,而肠道微生物总DNA的提取是整个分子生物学方法的关键.主要总结了前人提取土壤、植物、粪便、瘤胃和肠道微生物DNA的试验方法,介绍了微生物总DNA的纯化方法,为用于分子生物学研究的肠道微生物总DNA的提取提供依据.     

家兔盲肠微生物总DNA的提取

为了全面了解家兔盲肠中的微生物信息，本文采用非培养技术，通过化学、物理裂解和酶解相结合，建立了直接从家兔盲肠内容物中提取总DNA的方法。结果从1g新鲜的盲肠内容物中提取出5．4μg总DNA；所得的DNA能被核酸限制性内切酶降解；经纯化后能用作模板进行PCR扩增。     

绵羊瘤胃微生物基因组DNA提取方法的探讨

本研究针对瘤胃内容物成分复杂、微生物种类繁多,且难于培养和分离这一特点,本着为采用免培养技术研究瘤胃微生物提供前期样本这一目的,对现在常用的五种基因组DNA提取方法进行了比较。试验结果得出应用珠磨-SDS/CTAB/PVP法所提瘤胃微生物基因组DNA质量及纯度较好,总DNA长度大于20kb,OD260/OD280在1.7以上。同时对所提的DNA应用PCR方法进行了检测,可以成功扩增出瘤胃中的古细菌、真细菌和真菌16/18SrDNA片断,进一步证明了此方法的优越性及可行性,为后续一些分子生物学试验提供质量较高的DNA模板。     

家兔盲肠微生物总DNA的提取

为了全面了解家兔盲肠中的微生物信息,本文采用非培养技术,通过化学、物理裂解和酶解相结合,建立了直接从家兔盲肠内容物中提取总DNA的方法。结果从1g新鲜的盲肠内容物中提取出5.4μg总DNA;所得的DNA能被核酸限制性内切酶降解;经纯化后能用作模板进行PCR扩增。     

瘤胃微生物总DNA快速提取法研究

本文介绍了一种简便快速地提取瘤胃微生物细胞总DNA的方法,该法是对提取植物的CTAB法进行改进而成。与经典反复冻融 SDS/蛋白酶K裂解法相比,该法可在数小时内高效地提取瘤胃内容物总DNA,经琼脂糖凝胶电泳对所提取瘤胃微生物总DNA进行检测,证明所获得的瘤胃总DNA符合分子生物学操作要求。     

水牛瘤胃微生物总DNA提取方法的研究

瘤胃微生态系统是迄今为止世界上对纤维类物质转化利用效率最高的天然体系之一,为此反刍动物瘤胃微生物一直是研究热点。但由于反刍动物瘤胃是一个特殊的厌氧发酵罐,相当多的瘤胃微生物并不能应用传统的方法培养,不能被人们所了解认识进而开发利用。实践证明,     

瘤胃微生物总DNA快速提取法研究

本文介绍了一种简便快速地提取瘤胃微生物细胞总DNA的方法,该法是对提取植物的CTAB法进行改进而成.与经典反复冻融＋SDS/蛋白酶K裂解法相比,该法可在数小时内高效地提取瘤胃内容物总DNA,经琼脂糖凝胶电泳对所提取瘤胃微生物总DNA进行检测,证明所获得的瘤胃总DNA符合分子生物学操作要求.     

秦川牛瘤胃微生物DNA提取方法的比较试验

[目的]本试验的目的是优化秦川牛瘤胃微生物DNA提取方法。[方法]针对秦川牛特有的生理及生物学特性,采取珠磨法、反复冻融法、液氮研磨法、超声波法提取微生物DNA,并获得一种提取秦川牛瘤胃胃微生物DNA的最佳方法。[结果]珠磨法、反复冻融法提取的DNA片段较完整,DNA含量较高。[结论]珠磨法和反复冻融法是较科学的提取方法。     

山羊粪便总DNA提取方法的比较

本试验比较了从山羊粪便中提取总DNA的四种方法的优缺点,旨在为后续实验提供合适的提取方法。笔者首先采用PBS缓冲液过夜处理粪便标本,继而通过酚-氯仿抽提法、CTAB抽提法、天根试剂盒法和OMEGA试剂盒法提取样品总DNA。结果显示：酚-氯仿抽提法提取的DNA完整性不好,且纯度低;CTAB法提取的DNA浓度和纯度都较高,但完整性不好;试剂盒法提取方便,操作简单,时间短,但提取的浓度较低,其中天根试剂盒法提取的DNA纯度高,完整性好。综合考虑,天根试剂盒法是提取山羊粪便总DNA的最佳方法。     

禽类全血DNA不同提取方法的比较

以4个不同禽类品种(金定鸭、长乐灰鹅、象洞鸡和闽南火鸡)为试验材料,采用4种不同方法从其全血中提取DNA,比较不同方法的DNA提取效率。结果表明:由于品种之间DNA存在差异,DNA的质量和产率也有显著差异,金定鸭全血DNA用树脂法效果最佳;长乐灰鹅和闽南火鸡全血DNA用酚-氯仿法效果最佳;而盐析法是提取象洞鸡全血DNA的最佳方法。     

Improved rapid and efficient method for Staphylococcus aureus DNA extraction from milk for identification of mastitis pathogens

A rapid and efficient DNA extraction method was developed for detecting mastitis pathogens in milk. The first critical step involved cell wall disruption by bead-beating, as physical disruption using beads was more effective for DNA extraction from Gram-positive bacteria, such as Staphylococcus aureus, than enzymatic disruption using proteinase K. The second critical step involves the use of acetic acid and ammonium sulfate in the purification process, as these reagents effectively and efficiently remove the lipids and proteins in milk. Using these methods, DNA suitable for loop-mediated isothermal amplification was obtained within 30 min. Also, the rapid and sensitive detection of S. aureus in milk was possible at levels as low as 200 cfu/ml.     

绵羊血液中布氏杆菌DNA提取方法的比较研究

本研究旨在比较5种DNA提取方法对绵羊血液中布氏杆菌DNA的提取效果及对PCR检测的影响。将不同浓度的疫苗株布氏杆菌加入绵羊全血中,采用3种DNA提取试剂盒和酚/氯仿法以及碘化钠法等5种方法提取模拟的绵羊血液样品中的DNA,评价所获得DNA的浓度、纯度和完整性,并采用布氏杆菌特异性PCR进行检测。同时,对各提取方法所需时间及经济成本进行了比较。结果表明,各方法均能提取获得绵羊全血中布氏杆菌DNA,3种试剂盒和碘化钠法获取布氏杆菌DNA的效果相同,而酚/氯仿法获取布氏杆菌DNA的效率最低或存在PCR抑制剂而不适合用于绵羊血液中布氏杆菌的PCR检测。碘化钠法具有耗时较短、成本低、方便的优点,是从绵羊血液中提取布氏杆菌DNA的良好方法。本研究结果为临床绵羊血液中布氏杆菌DNA提取方法的选择提供了参考。     

沙拐枣DNA提取方法改进及PCR扩增检测

利用改进的提取沙拐枣Calligonum mongolicumDNA的CTAB方法,从沙拐枣当年鲜根提取总DNA,以琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测,并进行PCR扩增试验。结果显示,所提取的DNA片段大小在20 kb以上,OD260/OD280比值为1.880~1.900,OD260/OD230比值为2.000~2.040,DNA的浓度0.380~0.470μg/mL,DNA纯度较高,可直接用于随机扩增的DNA多态性(RAPD)标记,条带清晰、迁移率低而整齐。     

甘露寡糖对肉鹑肠长度及肠道菌群的影响

选取240只1日龄肉鹑随机分成4组,每组设4个重复,每个重复15只肉鹑。其中第1组为对照组,饲喂基础日粮,第2~4组为试验组,在基础日粮中分别添加0.5%、1.0%2、.0%的甘露寡糖(MOS)。进行为期50日龄的饲养,分别于35日龄和50日龄采样。试验结果表明,1.0%和2.0%MOS可显著增加35日龄肉鹑小肠长度和十二指肠长度(P<0.05)。1.0%和2.0%MOS组35日龄肉鹑空肠长度和回肠长度显著长于对照组和0.5%MOS组(P<0.05)。各处理组35 d肉鹑空回比均高于对照组,但未达到统计学差异水平(P>0.05)。日粮中添加MOS对50日龄肉鹑肠长度的影响无明显规律,各处理组之间无显著差异(P>0.05)。日粮添加0.5%、1.0%2、.0%MOS可显著降低35日龄和50日龄肉鹑回肠内大肠杆菌的数量(P<0.05),随着日粮MOS添加量的增加,回肠内大肠杆菌数量逐渐下降,且1.0%和2.0%MOS添加组回肠内大肠杆菌数量显著低于0.5%MOS添加组(P<0.05)。日粮添加0.5%、1.0%、2.0%MOS可显著提高35日龄和50日龄肉鹑回肠内乳酸杆菌的数量(P<0.05),随着日粮MOS添加量的增加,回肠内乳酸杆菌数量逐渐升高,且2.0%MOS添加组35日龄肉鹑回肠内乳酸杆菌数量显著高于0.5%MOS添加组(P<0.05)。     

荔枝果皮总RNA提取方法的筛选

以三月红荔枝果皮为试验材料,通过采用改良CTAB法、SDS法、改良SDS法、改良Bugos法和RNAplant plus Reagent试剂盒（TIANGEN公司）提取总RNA,采用浓度检测、纯度检测、RT-PCR等方法进行提取结果检测,进而筛选出最佳的提取方法。结果表明,这五种方法都能从三月红荔枝果皮中提取出总RNA,但总RNA浓度和纯度有明显的差异。其中采用改良Bugos法、改良SDS法和RNAplant plus Reagen试剂盒提取RNA的浓度较高;采用改良CTAB法和RNAplant plus Reagen试剂盒提取的总RNA纯度较高,完整性较好。采用SDS法、改良SDS法和改良Bugos法所提取的荔枝果皮总RNA纯度低,降解严重。经RT-PCR验证,采用改良CTAB法和RNAplant plus Reagen试剂盒均能扩增得到200bp的18sRNA编码基因片段。综合以上各项检测的结果,改良CTAB法为提取荔枝果皮总RNA的最佳方法,总RNA质量和得率满足后续分子生物学实验的需要。     

An optimized high quality male DNA extraction from spermatophores in open thelycum shrimp species

The crucial step of most of the current genetic studies is the extraction of DNA of sufficient quantity and quality. Several genomic DNA isolation methods have been described to successfully obtain male DNA from shrimp species. However, all current protocols require invasive handling methods with males for DNA isolation. Using Aristeus antennatus as a model we tested a reliable non‐invasive differential DNA extraction method to male DNA isolation from spermatophores attached to female thelycum. The present protocol provides high quality and quantity DNA for polymerase chain reaction amplification and male genotyping. This new approach could be useful to experimental shrimp culture to select sires with relevant genetic patterns for selective breeding programs. More importantly, it can be applied to identify the mating pairs and male structure in wild populations of species as A. antennatus, where males are often difficult to capture. Our method could be also valuable for biological studies on other spermatophore‐using species, such as myriapods, arachnids and insects.     

蒙古马肠道细菌总DNA提取方法的比较

本试验采集蒙古马新鲜粪便样品,采用酚－氯仿抽提法和2种细菌基因组DNA提取试剂盒法进行样品中细菌基因组DNA的提取。通过DNA浓度和纯度的测定,并将其作为模板扩增细菌16S rDNA V3区特异性片段对提取效果进行比较,从而找出更适合蒙古马粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果显示,3种提取方法得到的基因组DNA均能用于PCR扩增的模板,其中B试剂盒法提取的DNA数量较多,且纯度高,更适合用于提取蒙古马肠道微生物细菌基因组DNA及后续的蒙古马肠道微生物多样性等分子生物学试验。     

草坪草ctDNA提纯方法探讨

以4种草坪草高羊茅Festuca elata、黑麦草Lotium perenne、狗牙根Cynodon dactylon、中华结缕草Zoysia sinica为材料,用改进的差速离心法分离叶绿体, CTAB法提取叶绿体DNA(ctDNA),琼脂糖电泳检测ctDNA含量。结果显示,改进CTAB法提取ctDNA的纯度高、谱带清晰、完整叶绿体比例高;且CTAB法与常用高等植物ctDNA的分离提纯方法相比,省去传统的密度梯度离心法耗材、耗时步骤,具有简便、快速、得率较高等优点。实验表明,改进CTAB法为禾本科植物ct DNA的提取提供参考,适于生物实验教学和科研活动。     

An efficient protocol for genomic DNA extraction from formalin-fixed paraffin-embedded tissues

Formalin-fixed paraffin-embedded tissues (FFPET) represent the largest source of archival biological material available for genomic studies. In this work we present an advanced protocol for extraction of high quality DNA from FFPET that can be applied in several molecular studies. Although cat mammary tumours (CMT) are the third most frequent tumour in cats the recovery of significant number of samples for molecular studies are in some way restricted to FFPET samples. We were able to obtain high quality DNA from FFPET of thirty six CMT that were subjected to pre-fixation and fixation processes routinely used in the veterinary hospitals. The quality of DNA obtained was tested by PCR amplification using six sets of primers that amplify single-copy fragments. The DNA fragments obtained were further sequenced. This protocol was able to provide FFPET gDNA that can be amplified and sequenced for larger fragments up to 1182bp.