枸杞品种SRAP分析

应用相关序列扩增多态性(SRAP)标记,对15个枸杞品种进行了遗传多样性分析。从36对引物组合中筛选8对引物组合用于PCR扩增,共获得39条谱带,多态性条带为37条,平均多态性百分率为94.8%,每对引物组合扩增出条带数3~9条不等,平均每对引物组合得到4.8条。15份材料之间遗传相似系数范围介于0.13~1.00之间,说明供试枸杞品种间存在丰富的遗传多样性。     

苦楝SRAP分子标记及遗传多样性分析

[目的]为快速分析苦楝Melia azedarach不同种源提供方法,揭示苦楝遗传多样性,为苦楝的开发、利用及选择育种提供一定的理论依据.[方法]从783对SRAP引物组合中筛选出20对多态性较高的引物组合,对苦楝国内全分布区的37个种源和肯尼亚1个种源样品进行SRAP遗传多样性分析.[结果]20对引物组合共扩增出242条谱带,其中多态性条带101条,多态性百分率平均值为40.89％,每对引物组合扩增条带5～17条,平均每对引物扩增条带12.1条;其多态性信息量(Polymorphism information content,PIC)值介于0.188 ～0.488,平均值为0.299.基于UPGMA法聚类以0.350为阈值可将38个苦楝种源划分为7类,在此基础上,去掉2个种源,将其余36个种源划分5个地理类群.[结论]SRAP分子标记可以很好地反映苦楝的遗传多样性,聚类类群划分结果有明显的地理趋势和气候生态特征.     

基于SRAP分子标记的贵州5种忍冬属药用植物遗传多样性分析

[目的]分析贵州5种忍冬属药用植物的遗传多样性,为忍冬属药用植物鉴定、良种筛选及开发利用提供理论依据.[方法]采集贵州6份忍冬属药用植物材料的嫩芽为试验材料,采用SRAP分子标记研究其遗传多样性,并利用NTSYS-pc2.1计算各材料间的遗传相似系数,利用UPGMA进行聚类分析.[结果]从154对SRAP引物组合中筛选出15对重复性好、条带清晰、多态性丰富,且扩增条带(100~1000 bp)数目≥5的引物组合.15对SRAP引物共扩增出197条带,其中178条为多态性条带,多态性条带比率为90.36%,平均每对引物扩增11.87条多态性条带.引物组合Me8-Em10扩增的多态性条带数最多(16条);引物组合Me2-Em2扩增的多态性条带最少(8条);引物组合Me4-Em2扩增条带数为15条,均为多态性条带,但从5种忍冬属药用植物的扩增条带数不同.聚类分析结果显示,6份忍冬属药用植物材料间遗传相似系数为0.4213~0.8477,平均0.5672;其中,野生忍冬与栽培忍冬间遗传相似系数最大(0.8477),二者亲缘关系最近,灰毡毛忍冬与野生忍冬遗传相似系数最小(0.4213),二者亲缘关系最远.在遗传相似系数0.4873处,6份忍冬属药用植物分为两大类,第Ⅰ类包括灰毡毛忍冬、红腺忍冬和黄褐毛忍冬,均为山银花的基源植物;第Ⅱ类包括野生忍冬、栽培忍冬和红白忍冬,均为金银花的基源植物.[结论]贵州5种忍冬属药用植物具有丰富的遗传多样性,SRAP分子标记能有效分析其遗传多样性及亲缘关系,其引物组合Me4-Em2可用于鉴别5种忍冬属药用植物.     

部分杧果种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR分析

利用SRAP和ISSR分子标记,对20份杧果种质资源进行遗传亲缘关系分析,为杧果种质资源的鉴定和杂交育种亲本选配提供参考依据。结果显示,在SRAP分析中,从80对引物中选出12对引物组合共扩增出224条谱带,每对引物组合扩增谱带数在13~21条,平均为18.7条,其中多态性谱带为194条,平均多态性谱带为16.2条,多态性比率为86.61%,材料间相似遗传系数变化范围为0.54~0.94;在ISSR分析中,从100条引物中选出10条引物共扩增出179条谱带,每条引物扩增谱带数在11~20条,平均为17.9条,其中多态性谱带为153条,平均多态性谱带为15.3,多态性比率为85.35%,材料间相似遗传系数变化范围为0.58~0.90。SRAP和ISSR标记分别在相似系数0.624和0.665水平上,均可将20份杧果种质资源分成4大类群,SRAP和ISSR标记都能将供试材料完全区分开来,聚类结果具有很高的一致性,均适用于杧果材料的遗传多样性分析,可用于杧果遗传亲缘关系的研究。     

利用SRAP和RGA标记对新疆海岛棉品种的聚类分析

[目的]对新疆自育的新海系列品种进行遗传多样性研究.[方法]利用SRAP和RGA标记,检测出多态性位点;利用NTSYSpc2.1软件,分别计算两种分子标记数据的系数矩阵,采用UPGMA法对所选材料进行聚类分析.[结果]SRAP共检测出了134个多态性位点,每组合的多态性条带数从2～8不等,平均每个引物组合产生2.91个多态性位点,表明SRAP能检测出较多的遗传位点,能够较好地反映海岛棉的遗传多样性.RGA标记共扩增出了46个多态性位点,每组合的多态性条带数从2～5不等,平均每个引物组合产生2.08个多态性位点,表明RGA作为一种分子标记也能检测出较多的遗传位点,能够较好地反映海岛棉在抗病方面的遗传多样性.[结论]SRAP聚类结果基本与品种系谱来源一致,RGA聚类基本与材料的抗病水平一致.分子标记在鉴别品种和品种遗传多样性研究方面具有重要作用.     

利用SRAP标记分析彩色棉与白色棉的遗传差异

利用SRAP分子标记技术对彩色棉遗传多样性进行研究,应用NTSYS软件对30种供试棉花材料的SRAP-PCR结果进行分析,从中筛选得到29对条带清晰的多态性引物,共产生1067条清晰条带,多态性条带132条,平均每个引物组合得到4.55条多态性条带。聚类分析29对引物组合的扩增结果,Jaccard’s相似系数在0.5405-0.9109之间,利用SRAP标记可以判明彩色棉和白色棉的遗传差异,可有效地应用于彩色棉的遗传多样性及亲缘关系的研究。     

基于SRAP分子标记的春大豆杂交种核心亲本杂种优势群划分

为明确杂交大豆核心亲本的遗传多样性特点及群体结构特征,以来源中国东北和国外的100份杂交大豆核心亲本为材料,通过SRAP分子标记多态性分析和UPGMA聚类分析等方法进行聚类分析。结果表明:1)SRAP标记共扩增出2 135条条带,其中多态性条带2 130条,多态性位点占比99.76%,每对引物组合扩增出的多态性谱带数为137~204条,平均为178条,引物的多态性信息含量范围在0.074 0~0.153 7,平均值为0.125 7;2)根据遗传相似系数于0.450 0处划分为2个类群,在遗传相似系数0.460 0处将类群Ⅰ划分2个亚群,又在遗传相似系数0.480 0处将类群Ⅱ划分2个亚群,并将主要来源于中国东北的保持系材料划分为类群Ⅰ,主要来源于美国的恢复系材料划分为类群Ⅱ;3)通过对10个已审定强优势杂交种的13个亲本进行分析发现,杂交种亲本间的遗传相似性多分布在0.329 2~0.637 6;4)通过遗传多样性分析发现,类群I与类群Ⅱ内遗传多样性相似,4个亚群中的亚群Ⅰ-1和Ⅱ-2遗传多样性均大于亚群Ⅰ-2和Ⅱ-1;通过主坐标分析,亲本同样被划分为2个类群,验证了聚类分析的结果。综上,基于SRAP分子标记成功将100份春大豆杂交种核心亲本划分为两大类群;其中,类群Ⅰ的中国东北材料与类群Ⅱ的国外材料之间杂交配制组合存在较强的杂种优势。     

寒兰品种类型的SRAP分子鉴定

 【目的】从分子水平分析寒兰品种的遗传多样性和亲缘关系,为寒兰种质资源的有效利用和开发提供依据。【方法】利用SRAP标记对37个中国寒兰和14个日本寒兰品种类型的基因组DNA进行分析。【结果】筛选出的11对引物组合对51份供试材料共扩增出586条带纹,其中504条为多态性(86.01%),平均每个引物扩增46条多态性带。聚类分析表明,51份材料根据起源和生物学特性划分为中国寒兰和日本寒兰两大类群。【结论】SRAP标记技术能很好地用于兰花植物遗传多样性和亲缘关系研究。     

苦楝SRAP分子标记及遗传多样性分析

【目的】为快速分析苦楝Melia azedarach不同种源提供方法,揭示苦楝遗传多样性,为苦楝的开发、利用及选择育种提供一定的理论依据。【方法】从783对SRAP引物组合中筛选出20对多态性较高的引物组合,对苦楝国内全分布区的37个种源和肯尼亚1个种源样品进行SRAP遗传多样性分析。【结果】20对引物组合共扩增出242条谱带,其中多态性条带101条,多态性百分率平均值为40.89%,每对引物组合扩增条带5~17条,平均每对引物扩增条带12.1条;其多态性信息量（Polymorphism information content,PIC）值介于0.188~0.488,平均值为0.299。基于UPGMA法聚类以0.350为阈值可将38个苦楝种源划分为7类,在此基础上,去掉2个种源,将其余36个种源划分5个地理类群。【结论】SRAP分子标记可以很好地反映苦楝的遗传多样性,聚类类群划分结果有明显的地理趋势和气候生态特征。     

19个香菇菌株基于ISSR、SRAP和TRAP分子标记的遗传多样性分析

利用简单重复序列间扩增(inter-simple sequence repeat,简称ISSR)、相关序列扩增多态性(sequencerelated amplified polymorphism,简称SRAP)和目标区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,简称TRAP)分子标记对19个香菇栽培菌株进行遗传多样性分析。结果显示,共筛选出34对(条)多态性丰富的引物,获得303条数据条带,其中多态性条带254条,多态性比例为83. 83%,在遗传相似系数为0. 75的水平上,将19个菌株分为6类。3种标记的多态性比例排序如下:TRAP(91. 14%) ISSR(83. 15%) SRAP(80. 00%)。由结果可知,综合不同分子标记进行香菇的遗传多样性分析,可更加准确地反映菌株间的亲缘关系。     

小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析

利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。     

花生优异种质的分子标记与遗传多样性分析

【目的】通过对花生遗传多样性的研究,为花生育种提供理论依据。【方法】运用ISSR和SRAP2种标记对24份重要花生种质资源的遗传多样性进行分析。【结果】32条ISSR引物中的13条引物共扩增出390条条带,其中多态性条带有293条,75.13%的条带可以揭示材料之间的遗传差异;252对SRAP引物中有229对引物为有效引物,共扩增出5827条可读的条带,其中多态性条带为3966条,平均每对引物可扩增17.32条条带。利用2种分子标记计算的相似系数的变化范围为0.60—0.80,将24份种质按系统聚类分析可以分为7组,按主坐标分析可以分为8组,从分子水平上解释了这些种质资源的遗传多样性水平和亲缘关系。【结论】ISSR和SRAP是非常有效、稳定和可靠的分子标记,可为花生育种的亲本利用及遗传连锁图的构建提供重要的科学依据。     

黄瓜白粉病抗性序列相关扩增多态性的分子标记研究

以高抗和高感白粉病的黄瓜亲本及其杂交后代F2分离群体为材料,应用序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)技术开展与黄瓜白粉病抗性基因连锁的SRAP分子标记研究.结果表明:从437对SRAP引物组合中筛选出62对能够在2个亲本抗、感池间扩增出稳定多态性条带的引物组合,进一步用这些引物分析F2群体,发现有1对引物组合Mel/Em9扩增出的SRAP标记(Mel/Em9-284 bp)能与黄瓜抗白粉病基因连锁,遗传距离为9.8 cM.获得的分子标记对克隆抗病基因和利用分子标记辅助选择提高育种效率具有重要意义.     

应用SRAP分子标记构建红麻种质资源分子身份证

【目的】以来源于不同国家和地区的127份红麻栽培种、野生种和近缘种为材料,利用SRAP标记构建红麻种质资源分子身份证。【方法】利用SRAP标记对127份红麻种质进行遗传分析,计算其遗传相似系数。利用UPGMA法作聚类图,构建分子身份证。【结果】40对引物组合在127份红麻种质材料中共扩增出383条DNA片段,其中,375条为多态性片段,总的多态性条带比率（PPB）为97.9%。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.70时,127份红麻种质资源被划分为4个类群。用SRAP特征谱带和多种引物组合2种方法可有效区分所有材料,并构建出127份红麻种质资源特异性分子身份证,置信概率达到99.99%。【结论】基于15对SRAP核心引物组合的36条谱带构建了一套127份红麻种质资源唯一性的分子身份证。     

西南地区小果油茶群体遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记对6个小果油茶群体的180份材料进行遗传多样性研究.从87对SRAP引物中筛选出9对多态性理想的引物组合,共扩增出184条带,其中多态性条带184条,多态性位点比率高达100%.平均有效等位基因数为1.776 3,180份小果油茶总Nei基因多样性指数为0.432 8,平均Shannon信息指数为0.623 3,表明小果油茶群体具有较丰富的遗传多样性,遗传变异主要分布在群体内,群体间变异相对较小.同时提出了对该物种遗传多样性的保护策略.     

湖南柚种质资源的遗传多样性和亲缘关系

采用形态学标记与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对分布于湖南特定生态条件下的47份地方柚类种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。结果表明：①根据花与果实性状等形态学标记进行聚类分析,在欧式遗传距离10处可将柚类资源分为6个组群;②基于柚资源的SRAP分子标记进行分析,47份地方柚资源间的遗传相似系数为0.65～0.93,在相似系数0.798处可分为7个组群;③SRAP标记扩增结果表明,17对引物共扩增出319条带,其中275条带具有多态性,平均每对引物扩增出多态性带16.2条,多态性比率86.52%,基因多样度0.724 3,表明湖南柚类品种间具有丰富的遗传多样性;④将形态学标记聚类结果与SRAP分子标记聚类结果进行比较,发现二者都能很好地将柚类品种进行分类,SRAP标记不受环境因素影响,所揭示的柚类种质间的遗传差异更准确。综合以上结果,利用SRAP标记产生的特异性遗传标记可以区别大部分湖南地方柚类种质资源。     

辽宁省槭属植物种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建

为研究辽宁省槭属植物种质资源遗传多样性水平并构建分子指纹图谱,为分子水平上鉴定槭属种质提供技术支撑,也为辽宁省槭属植物种质资源开发、保存利用及新品种选育奠定基础,本研究利用SRAP分子标记技术,对辽宁省内的11份槭属植物主栽品种和19份不同种源红花槭种质为材料,利用110对SRAP引物进行PCR扩增,产物用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,并统计多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性比率。利用NTSYS-pc2.1和Excel软件统计SRAP-PCR条带数据,按照相似系数法和非加权组平均法进行聚类分析,计算遗传相似性系数,绘制树状聚类图,并构建30份槭属种质资源指纹图谱。从110对SRAP引物中共筛选出36对多态性好且重复性高的引物,共扩增得到708条带,其中多态性谱带为542条,多态性比率为76.55%;30份槭属植物材料的遗传相似系数在0.235~0.954之间,其中19份不同种源红花槭的遗传相似系数在0.700~0.954之间,平均为0.849;通过聚类分析将30份材料划分为7个群,在11份本地材料间,假色槭与挪威槭之间遗传相似系数最小(0.235),国王枫与挪威槭相似系数最大(0.703)。SRAP引物ME6/EM3可有效区分所有材料,并构建出30份槭属材料种质资源特异性分子指纹图谱。结果表明:供试槭属植物材料间具有较丰富的遗传多样性水平,基于36对SRAP引物组合所构建的指纹图谱具有唯一性和高效性,SRAP标记适合用于槭属植物种质遗传多样性分析及品种鉴定。     

湖北省油茶种质资源的遗传基础研究

用ISSR和SRAP 2种分子标记技术对湖北省5个地区的48个油茶资源进行了遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明,无论是ISSR分析、SRAP分析,还是ISSR+SRAP的组合分析均显示油茶群体具有较高的遗传多样性。ISSR的6条引物共产生74条扩增带,多态性条带70条,多态性比例为94.59%;SRAP的11对引物组合共产生64条扩增带,其中有60条多态性带,多态性比例平均为93.75%;ISSR+SRAP的组合分析多态性比例为94.20%。2种分子标记及其组合所作的分类趋势基本相同,亲缘关系分析结果显示将5个地方居群分为2个类群,武汉新洲、黄冈红安、咸宁横沟桥和黄石阳新居群为一类,而恩施鹤峰居群单独为一类。     

苋菜主要品种DNA指纹图谱构建与遗传多样性分析

利用基因组DNA的RAPD、ISSR与SRAP等3种分子标记技术,对来自不同地区具有代表性的10个苋菜品种进行DNA指纹图谱构建与遗传多样性分析.8个RAPD引物共产生多态性条带25条,多态率为52.1％;6个ISSR引物共产生28条清晰带,其中多态性条带15条,多态率为53.6％;10个SRAP引物组合共产生144条带,其中多态性谱带83条,多态性比率为57.6％,说明品种间的多态性不高.综合3种标记10个品种,获得各自特异的DNA指纹数据.基于3种标记的聚类分析结果表明,10个材料可以分为4大类,与叶片形状、颜色等性状相符,在一定程度上揭示品种之间园艺学性状的相似性及亲缘关系远近.     

无患子种质资源多样性与亲缘关系的ISSR和SRAP分析

采用ISSR和SRAP分子标记研究16个分布于不同地区无患子种质的亲缘关系。基于优选出的13条ISSR引物和3对SRAP引物介导的稳定PCR扩增图谱,采用NTSYS数据分析软件计算材料间的Dice相似系数,利用UPGMA法进行聚类分析。结果表明,ISSR和SRAP条引物共扩增出90个稳定条带,平均每个引物扩增出5条,其中多态性条带共55条,多态性条带比率约为61％,表明分布于不同地区的无患子种质间存在较高的多态性,遗传多样性较为丰富,各地区种质间的遗传差异较大。基于UPGMA法构建的分子树状图,可将16个无患子种质划分为3个大类,其中分布于福建与分布于四川的无患子种质亲缘关系最远,分子聚类结果并不完全与其地理分布一致。