猪圆环病毒2型广西流行株序列比较分析

参考GenBank发表的猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)全基因组序列,设计引物,通过反向PCR技术,从广西部分市区疑似"高热病"病猪的组织中,扩增9株PCV-2流行株的全基因,并进行了序列测定分析.结果表明,9个PCV-2分离株基因组全长为1 767 bp或1 768 bp.同源性比较发现,9个分离株之间的核苷酸同源性为94.6%～99.9%,与GenBank上已发表的国外分离株比较,同源性为94.4%～100%;9个分离株ORF2之间的核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为93.7%～99.4%和93.6%～99.1%;系统发育树显示,其中7个分离株与法国株、新西兰株关系较近,与美国株和加拿大株关系较远;另外2个分离株与澳大利亚株、美国株亲缘关系较近.     

6株猪圆环病毒2型流行毒株全基因组克隆及序列分析

参考GenBank发表的PCV-2全基因组序列,设计1对引物,通过反向PCR技术扩增出6株PCV-2流行株的全基因,并进行了序列测定分析。结果表明,6个分离株基因组全长为1 768 bp或1 767 bp,同源性比较发现,分离株之间的核苷酸同源性为95.5%~100%,与GenBank上已发表的PCV-2分离株之间的同源性为93.0%~100%,与法国分离株同源性最高。6株分离株的ORF2核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为92.9%~100%和92.3%~100%,存在较大的变异。     

两株猪圆环病毒2型ORF2基因的克隆和序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2基因序列,设计一对引物,从分离的PCV-2 GZ株、HN株的细胞培养物中扩增出ORF2基因(702 bp).将此基因片段克隆入pMD18-T载体,筛选获得重组质粒pMD-ORF2,并对其测序.结果表明,所克隆的ORF2基因与其他PCV-2的ORF2基因核苷酸序列同源性在90.6%～99.6%之间,推导的氨基酸序列同源性在88.9%～98.7%之间.     

猪圆环病毒2型浙江株ORF2基因的克隆及序列分析

为了研究猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2基因的分子特征,试验采用PCR方法从疑似圆环病毒感染的猪组织病料中扩增ORF2基因(702 bp),将纯化后的PCR产物克隆入pMD18-T载体,筛选鉴定重组质粒T-ORF2,并进行序列测定。结果表明:克隆的PCV-2 ORF2与加拿大分离株(AF118097)、美国分离株(AY099495)的同源性最高,核苷酸序列和推导的氨基酸序列同源性分别达98.7%和97.9%,与其他PCV-2毒株同源性分别为97.0%~98.6%和94.0%~97.9%。     

猪圆环病毒2型吉林分离株的全基因组序列分析

采用PCR扩增1株吉林新分离的PCV2-2017全基因组序列,经过测序拼接后进行了序列分析。毒株PCV2-2017基因全长1 767 bp,在GenBank上进行同源性比对,同源性在96%～99%之间;与法国株AF055394同源性可达99%,与美国株AF055391、四川株HM102350同源性最低,为96%。PCV2中ORF1编码Rep蛋白,核苷酸和氨基酸同源性达到99%,ORF1突变很小,相对保守;ORF2基因全长为702 bp,编码Cap蛋白,氨基酸同源性达94%～99%,核苷酸同源性与美国株比对,可达96%,与法国株和国内部分毒株同源性达99%,是变异主要发生部位,共有12处点突变;ORF3编码蛋白,核苷酸同源性高达100%,说明变异不大。基因的遗传进化分析表明,PCV2-2017吉林新分离株全基因组与法国株AF055394亲缘关系最近,同属于PCV-2b亚型;与AY322001、AB426905和国内GU370064、AY691169、AY969004、DQ180393毒株亲缘关系较远。     

猪圆环病毒2型江西株的全基因组克隆和序列分析

为了解江西地区猪圆环病毒2型（PCV-2）的流行和进化情况,根据GenBank上已发表的PCV-2全基因序列设计1对引物,PCR扩增后得到9条PCV-2全基因序列,并对其全基因序列核苷酸和蛋白序列进行分析,绘制遗传进化树。结果表明,江西地区流行的9株PCV-2中,基因组序列全长分为8株1 767 bp和1株1 768 bp,9株PCV-2的核苷酸同源性为94.7%~99.9%,与GenBank己发表的PCV-2分离株全基因组同源性介于94.3%~99.8%之间,而9株PCV-2的ORF1核苷酸序列同源性为96.9%~100.0%。ORF2和ORF3编码的蛋白氨基酸序列存在部分位点突变。遗传进化树显示为3种基因型：5株PCV-2b、3株PCV-2d、1株PCV-2a。本研究有助于江西地区PCV-2的监测和防制。     

猪圆环病毒2型四川分离株全基因组进化分析

为了调查四川地区猪圆环病毒2型(PCV-2)流行毒株的遗传多样性,试验对2017年于四川省12个地区分离的28株PCV-2进行全基因组扩增和测序分析,应用Lasergene 7.0和MEGA 6.0软件对分离株的全基因组序列进行比对并构建系统进化树,使用Clustal W方法对ORF2核苷酸和Cap蛋白氨基酸进行比对,并对Cap蛋白型特异性基序及抗原表位的突变情况进行比较分析。结果表明:28株PCV-2四川分离株与参考株之间的同源性为93.9%～99.9%;在进化关系上,3株为PCV-2b基因亚型,24株为PCV-2d基因亚型,1株为重组毒株;PCV-2四川分离株ORF2核苷酸与参考株之间同源性为88.6%～100%,氨基酸同源性为85.9%～100%;PCV-2四川分离株的Cap蛋白型特异性基序及抗原表位在各自亚型内较为保守,在B细胞表位和T细胞表位分别发现9处、2处氨基酸替换,其中位于122 aa和169 aa处的突变值得注意。说明2017年四川省流行的PCV-2以PCV-2d亚型为主,也存在少数的PCV-2b亚型毒株,各亚型毒株变异程度较小,但也存在少量关键位置的氨基酸替换,另外还发现四川省存在PCV-2重组毒株。     

广西地区猪圆环病毒2型和猪圆环病毒3型基因型监测及遗传进化分析

为了明确猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)和猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV-3)在广西地区的分子流行病学情况,试验通过PCR方法对2017年来自广西不同地区的80份猪肺脏样品进行PCV-2和PCV-3核酸检测,并对PCV-2和PCV-3的阳性样品进行ORF2基因的扩增和测序,同时利用生物信息学软件DNAStar和MEGA 6.06对PCV-2和PCV-3的ORF2基因进行同源性分析和构建遗传进化树。结果表明:2017年广西地区PCV-2和PCV-3的总感染率分别为43.8%(35/80)和33.8%(27/80),PCV-2和PCV-3的共感染率为16.3%(13/80)。试验获得的19个PCV-2 ORF2基因序列之间的核苷酸同源性为93.6%～99.9%,对应氨基酸同源性为93.1%～100%;19个PCV-2 ORF2基因序列与国内外参考毒株ORF2基因序列的核苷酸同源性为82.8%～99.9%,对应氨基酸同源性为83.3%～99.6%。试验获得的2个PCV-3 ORF2基因序列之间的核苷酸同源性为99.8%,对应氨基酸同源性为100%;2个PCV-3 ORF2基因序列与国内外参考毒株ORF2基因序列的核苷酸同源性为97.7%～99.8%,对应氨基酸同源性为96.2%～100%。获得的19个PCV-2 ORF-2基因序列中,12个为PCV-2b亚型,7个为PCV-2d亚型;获得的2个PCV-3 ORF2基因序列为PCV-3a亚型,与丹麦和中国湖南分离得到的PCV-3亲缘关系较近。说明PCV-2和PCV-3在广西地区猪群中感染率很高,PCV-2感染主要以PCV-2b亚型为主,PCV-3之间高度保守,分布无地域性规律。     

猪圆环病毒2型广西株的分离和全基因组序列分析

从广西表现为断奶仔猪多系统衰竭综合征的猪群中分离到1株猪圆环病毒2型(PCV-2),命名为GXB株.对GXB株的全基因组进行PCR扩增,扩增产物克隆至PMD18-T载体.测序结果表明,全基因组为1 767 bp,与GenBank上已知的8株PCV-2参考株序列的同源性在95.0%～99.6%之间.序列分析表明,GXB株基因组包含11个读码框(ORF),其中ORF1和ORF2是最主要的读码框,分别编码314个和233个氨基酸,与其他PCV-2毒株的ORF1、ORF2氨基酸的同源性分别为97.8%～100%、91.5%～98.7%.对GXB株ORF2编码的Cap蛋白基因进行功能分析,表明含有1个潜在的糖基化位点,3个明显的亲水区,有较强的抗原性和亲水性,为作为主要的免疫原性蛋白基因提供了依据.     

7株猪2型圆环病毒ORF2基因的克隆及其序列分析

为了研究分离的猪圆环病毒2型基因序列,根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2基因序列设计1对引物,通过PCR方法从采自不同地区的7份疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PM-WS)的仔猪组织病料中分别扩增出PCV2的ORF2基因,并将获得的ORF2基因片段分别克隆入pMD18-T载体,通过筛选获得重组质粒,分别命名为pMD-PCV2-HN01、pMD-PCV2-DY01、pMD-PCV2-HM01、pMD-PCV2-SDqd01、pMD-PCV2-SDqd02、pMD-PCV2-SDqd03、pMD-PCV2-PD01,并进行测序及序列分析。结果表明:HN01株ORF2基因全长为705 bp,另外6株ORF2基因全长均为702 bp;7株分离株的ORF2基因核苷酸序列同源性较高,为94.0%～99.9%,氨基酸序列同源性达93.6%以上;7株分离株与GenBank中登录的德国株和台湾株的核苷酸序列同源性较低,分别为91.7%～93.2%和89.0%～90.5%,而与丹麦、法国、中国株的核苷酸序列同源性较高,达94.0%以上,氨基酸序列同源性均达89.3%以上。     

Cloning and Sequence Analysis of Complete Genomes of Porcine Circovirus Type 2 (PCV-2) Jiangxi Strains

In order to understand the epidemiology and evolution of PCV-2 in Jiangxi province, a pair of primers was designed according to the PCV-2 gene sequence published in GenBank. After PCR amplification, we got the whole genome sequence of 9 strains PCV-2 isolates, and the nucleotide and protein sequences were analyzed, the genetic evolutionary tree was constructed. The results showed that the complete genome of 8 out of the 9 strains were 1 767 bp in length and one strain was 1 768 bp. By analyzing the whole genome sequences of the nucleotide,the homology of nucleotide sequences of the 9 strains was 94.7% to 99.9%.Compared with other whole genome sequences of PCV-2 in GenBank, the homology was 94.3% to 99.8%. The homology of nucleotide sequences of the ORF1 of the 9 strain was 96.9% to 100.0%. ORF2 and ORF3 encoding protein amino acid sequence had some locus mutation. Phylogenetic tree analysis showed that the 9 strains could be divided into 3 genotypes,5 strains belonged to PCV-2b, 3 strains belonged to PCV-2d, and 1 strain belonged to PCV-2a. This study was helpful to monitor and control of PCV-2 in Jiangxi province.     

猪圆环病毒2型HN0712株ORF2基因的原核表达

根据已测猪圆环病毒2型湖南分离株（HN0712）全基因序列,设计一对克隆和表达HN0712株ORF2全基因（709bp）的引物,利用原核表达载体pET-32a（＋）获得重组pET—ORF2质粒。经IPTG诱导后成功地在BL21宿主菌中表达分子质量约为48．2ku的融合蛋白。Western blot分析表明,该融合蛋白具有较好的反应原性。     

猪圆环病毒ZZ株ORF2基因的克隆及原核表达

对所分离鉴定的猪圆环病毒2型(PCV-2)ZZ株,参照GenBank中PCV-2全基因序列,设计1对特异性引物,利用PCR扩增出PCV-2ORF2片段,原核表达载体pET-32a(+)获得重组质粒pET-ORF2,IPTG进行诱导表述,并进行Western blot分析。结果表明,PCR扩增产物长度为702bp,大小与预期的一致,成功构建重组质粒,经IPTG诱导成功获得分子质量约为30ku的表达蛋白,该蛋白具有很好的免疫原性,为进一步研制PCV-2疫苗提供依据。     

华东地区PMWS患病猪群PCV-2的检测及其基因特征

用 PCR方法 ,对江苏、上海、山东、江西、安徽和浙江等省市 6 5家猪场 99例断奶仔猪多系统衰弱综合征(PMWS)肺脏和淋巴结病料 ,进行了猪圆环病毒 - 2 (PCV- 2 )基因检测 ,发现其中 18家猪场 2 1例病料为 PCV- 2阳性。源自安徽和上海的 PCV- 2分离株经基因序列分析显示 ,2个分离株部分 ORF2 与国外分离毒株同源性为 92 %～99%。安徽分离株 AHHF6与韩国分离株 KSY- 1同源性为 99% ,而上海分离株 SHHT1与加拿大分离株 Imp.114 7同源性为 98%。上述结果表明 ,我国 PMWS患病猪群广泛存在 PCV- 2 ,不同地区 PCV- 2存在一定基因差异 ,它们可能来源于不同国家或地区     

猪Ⅱ型圆环病毒ORF2基因的克隆及其序列分析

根据 GenBank 中猪圆环病毒Ⅱ型(PCV- 2)ORF2基因序列,设计一对引物,应用PCR从疑似断奶仔猪多系统消耗综合征(PMWS)的死亡仔猪组织病料中扩增出 ORF2 基因(702 bp)。将此基因片段克隆入 pMD -18 T载体,筛选获得重组质粒 pMD ORF2 并对其测序,结果表明所克隆的ORF2基因与德国分离株AF201897核苷酸序列同源性为99.5%与其它PCV- 2 的 ORF2 核苷酸序列同源性在92.1%~99.9%之间,推导的氨基酸序列同源性在90.2%~99.5%之间。     

2株猪圆环病毒2型ORF2的克隆及序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV-2)的核酸序列,设计一对引物,采用PCR方法从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的死亡仔猪组织病料中扩增出ORF2基因,将其克隆到pMD18-T载体上,筛选获得重组质粒pMD18T-ORF2。序列分析表明,克隆的ORF2基因与其他PCV-2ORF2的分离株的同源性在91.5%～99.4%,与杭州分离株的同源性达到99.4%,表明我国各地区之间PCV-2的分离株存在较大的差异。     

FRRSV和PCV-2双重PCR检测方法的建立及应用

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型标准株(ATCCVR-2332)的ORF7保守序列和猪圆环病毒2型(PCV-2)(AF381175)的ORF2基因保守序列,设计合成了两对特异性引物。用这两对引物,通过优化的PCR条件,对PRRSV阳性毒株反转录后的cDNA模板和PCV-2毒株的DNA模板进行双重PCR扩增,同时得到两条与试验设计相符的432bp(PRRSV)和630bp(PCV-2)特异性条带,建立了同时检测PRRSV和PCV-2的双重PCR方法。并用此方法对在安徽省不同地区所采集的72头份病猪的淋巴结、肺、肝、脾、肾等组织进行检测,证明建立的PCR方法可用于临床诊断。     

PCV-2 ORF2基因的真核表达及其体内分布和安全性检测

根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2基因序列,设计了1对引物,应用PCR从广西PCV-2的DNA扩增出ORF2基因,将ORF2基因克隆至真核表达载体pcDNA3.1( )载体上,获得重组质粒,经PCR酶切以及序列分析鉴定,表明插入的片段为ORF2目的基因,插入的位置、大小和阅码框均正确,成功构建了真核表达载体重组质粒pcDNA-PCV-ORF2。对阳性真核表达质粒pcDNA-PCV-ORF2大量抽提后,以每只小鼠0.2 mg免疫5周龄左右的雌性小鼠,然后用ELISA检测免疫小鼠血清中抗体的产生情况,同时进行pcDNA-PCV-ORF2的体内分布和安全性检测。结果表明,pcDNA-PCV-ORF2在小鼠体内广泛存在,产生了抗猪圆环病毒的特异性抗体,从第7天开始产生抗体,第28天抗体水平达到最高,抗体可维持7周以上,并具有良好的安全性。本研究通过对小鼠的免疫试验,产生了猪圆环病毒的特异性抗体,表明成功构建了能够在活体细胞中高效表达的真核表达载体,为进一步研究猪圆环病毒DNA疫苗奠定了基础。     

猪圆环病毒2型ORF3编码蛋白的体外表达

设计特异引物,以猪圆环病毒2型(PCV-2)杭州株HZ0201的基因组DNA为模板,PCR扩增出ORF3基因,构建了pGEX-4T-1-ORF3原核表达载体和pEGFP-C2-ORF3真核表达载体。ORF3基因全长315 bp,编码105个氨基酸。SDS-PAGE、Western blot分析及真核PK15细胞转染结果显示:ORF3蛋白在大肠杆菌中以包涵体形式存在,分子量大小约为37.7 ku;ORF3重组蛋白在真核PK15细胞的细胞核和细胞浆都有表达,尤其在细胞核中表达量较高,且对细胞有一定的毒性。