基于Cytb基因的滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌鱼的遗传多样性分析

为研究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象的种质遗传状况,通过PCR和测序技术,获得保护区翘嘴鲌(Culter alburnus)、达氏鲌(Culter dabryi)、蒙古鲌(Culter mongolicus)等3种鲌属鱼类的细胞色素b(Cytb)基因序列,并分析了其遗传多样性和群体结构。结果显示,3种鲌鱼的Cytb基因全长为1 141 bp,碱基组成相似,均表现为A+T的含量(56.4%)高于G+C的含量(43.6%)。翘嘴鲌的Cytb基因有16个变异位点,定义14种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.907和0.002 4;蒙古鲌的Cytb基因有8个变异位点,定义6种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.863和0.002 4;达氏鲌的Cytb基因有10个变异位点,定义7种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.573和0.001 2。整体来看,3种鲌鱼均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的遗传多样性模式,暗示3种鲌鱼群体在历史上经历过种群扩张,与中性检验结果和歧点分布图分析结果相一致。翘嘴鲌和蒙古鲌的种内遗传距离为0～0.006,达氏鲌的种内遗传距离为0～0.004,...     

基于线粒体COI序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性和遗传结构分析

本研究采用线粒体COI序列为分子标记，探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术，获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示：COI序列片段长度为630 bp, 243条COI序列共检出23个变异位点，定义14种单倍型，平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.692和0.005 12。8个群体的单倍型多样性为0.508～0.803,核苷酸多样性为0.002 41～0.006 94,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自于群体内，遗传分化指数(F_ST)为0.008 3,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示，单倍型分化为2个分支，但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明，鲢群体没有显著偏离中性选择，群体大小保持相对稳定。     

不同水系银鲴自然群体线粒体COI基因遗传变异研究

为了解银鯝(Xenocypris argentea)的遗传资源状况,利用线粒体COI基因序列比较分析长江、钱塘江和黑龙江水系中银鲴群体的遗传多样性和种群分化情况。结果显示,在110条528 bp的COI序列中,碱基T、C、A、G的平均含量分布为27.13%、18.56%、28.70%、25.61%,检测出变异位点15个。多样性分析显示,各地理种群单倍型多样性均较高,核苷酸多样性均较低,长江群体单倍型多样性(0.742±0.053~0.911±0.033)高于黑龙江(0.731±0.087)和钱塘江(0.552±0.137)群体,推测与不同地理群体所处生境多样性有关。单倍型网络结构显示出明显的地理分布格局,3个群体两两之间都存在显著的遗传分化,分子变异方差分析(AMOVA)也显示银鲴群体的遗传变异主要发生在水系之间(40.21%),进一步说明银鲴种群之间的遗传分化与种群间的地理隔离有关。种群历史分析显示,只有长江群体的中性检测呈现显著的负值(FS=-7.078 21,P0.05)且岐点分布呈现明显的单峰,共同支持该群体在近期发生过种群扩张事件,而钱塘江和黑龙江两群体与长江群体都经历着不同的种群历史事件。     

利用线粒体序列分析黑龙江和松花江流域乌苏里拟鲿种群遗传结构

采用PCR技术,对25个乌苏里拟鲿(Pseudobagrus ussuriensis)线粒体COI、Cytb基因和D-loop区进行遗传结构分析。结果显示:21个个体识别出15个单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样性分析显示黑龙江群体遗传多样性略高于松花江群体。分子变异分析(AMOVA)显示,两群体间产生了较大水平的遗传分化,并根据分子钟分析推断黑龙江群体起源早于松花江群体。种群扩张结果表明,松花江和黑龙江乌苏里拟鲿未经历种群扩张。     

基于线粒体D-loop区和COI基因序列研究2个禾花鲤群体和野生鲤群体的遗传多样性与系统进化关系

利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系。基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927～930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4%、32.9%、14%和19.7%,A+T(66.3%)明显高于G+C(33.7%);总体的单倍型数(h)、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.008 3;遗传分化指数(Fst)为0.224 59。基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897～899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7%、28.5%、17.8%和27%,且A+T(55.2%)高于G+C(44.8%);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.003 16;Fst值为0.191 43。在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003～0.009和0.003～0.01,远小于种群分类水平0.05。分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54%(D-loop)和80.86%(COI)变异来自群体间变异,22.46%(D-loop)和19.14%(COI)来自群体内变异。单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象。研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性。综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象。     

洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)2种表型群体的遗传变异分析

采用形态学分析(壳长、壳宽和壳高)和分子标记技术(细胞色素氧化酶I基因,COI)对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)黄色和黑色2个群体的形态和遗传多样性特征进行研究。形态参数统计分析结果显示,2个群体的形态特征之间有显著性差异。经PCR扩增和序列测定,获得614 bp COI基因序列,2个群体的COI基因序列的碱基组成高度一致,均表现出A+T的含量(64.8%)明显高于G+C的含量(35.2%)。28个黑色个体发现7种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.794和0.04274;30个黄色个体发现5种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.607和0.02825。单倍型之间的遗传距离在0.002-0.091之间,其NJ和MP系统发生树表明,COI基因单倍型聚为2个明显分支。分子方差分析(AMOVA)结果显示,F_(st)=0.21736(P0.01),21.74%的变异来自群体间,78.26%的变异来自群体内,2个群体之间有显著的遗传分化。研究表明,应将洪泽湖河蚬黑色和黄色群体分别作为独立单元进行管理和保护。     

基于线粒体COI基因的6个黄鳝群体遗传多样性

为研究我国主要养殖区域黄鳝(Monopterus albus)的遗传多样性,利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome C oxidase subunit I,COI)基因对来源于湖北、江西、安徽、湖南、重庆和山东的6个黄鳝群体共187个样本进行遗传多样性分析。结果表明长度为646 bp的COI基因序列在6个群体的碱基含量基本相同,碱基T、C、A和G的平均含量分别为27.7%,30.7%,24.5%和17.1%,包括61个变异位点,其中单位点突变16个,简约信息位点45个,变异位点以C/T间的转换为主。6个群体中共检测到38种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.886,核苷酸多样性(π)为0.01094,群体整体遗传多样性高,湖北和山东群体遗传多样性都较高(Hd0.8),湖南群体和江西群体的遗传多样性次之(Hd0.5),而安徽和重庆两个群体的遗传多样性都较低(Hd0.5)。6个群体间有显著的遗传分化,基因交流贫乏(Nm1)。群体分子变异分析(AMOVA)显示,6个黄鳝地理种群群体内的遗传变异高于群体间的遗传变异,其遗传变异主要发生在群体内部。遗传结构和系统发育树显示湖南群体与其他5个群体的遗传关系较远。重庆群体可能由单一或很少几个群体进化而来的,起源比较单一。就目前而言,黄鳝野生种质资源遗传多样性丰富,苗种频繁流动和人工养殖尚未对其种群结构造成较大影响,仍有较强的环境适应能力和良好的育种潜力。     

基于线粒体控制区序列的塔里木裂腹鱼遗传多样性及种群分化分析

为了解塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)种群遗传多样性和遗传结构,本研究分析了库玛拉克河(KMLK)、木扎提河(MZT)、塔什库尔干河(TSKEG)、喀拉喀什河(KLKS)、玉龙喀什河(YLKS)、克孜勒苏河(KZLS)、车尔臣河(CEC)7个群体共143个线粒体控制区序列变异个体,获得了39个单倍型。其中,CEC群体与其他群体间遗传分化显著,无共享单倍性。群体间遗传差异的分子变异分析表明,在所有群体中大多数的变异来源于群体间;而排除CEC群体后,大多数变异则来源于群体内(81.01%),群体间的遗传变异小(16.68%)。塔里木裂腹鱼不同群体间的基因流(Nm)为0.0464~18.2786,CEC与其余群体间的基因流均小于1。贝叶斯法(BI)构建BI树和单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。2个分支的最近共同祖先约在2.7 Ma前。单倍型间的歧点分布具有明确的双峰,表明2.7 Ma前罗布泊的干枯或盐化事件使2个分支间产生了地理隔离,后因塔里木盆地冷湿气候的影响罗布泊水面恢复,现今的分布是先前分化居群的二次联系。种群结构分析结果均支持塔里木裂腹鱼已分化出2个明显分化的地理种群的观点,即塔里木河(TLM)种群和CEC种群。TLM种群具有较高的单倍型多态性(0.939±0.008)和核苷酸多态性(0.0125±0.0017),而CEC种群的单倍型多态性高(H)(0.903±0.025),核苷酸多态性低(Pi)(0.0051±0.0012)。建议对以上2个种群分开管理,TLM种群为优先保护单元。     

基于线粒体COI和D-loop序列的黑龙江流域蛇(鱼句)种群遗传结构分析

以线粒体COI和D-loop序列为分子标记，基于88个样本研究了黑龙江流域3个蛇(鱼句)(Saurogobio dabryi)种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明，比对剪切后的COI和D-loop序列长度分别为582～583 b、834～583 b,基于COI序列总体的单倍型多样性(0.377 3)略低于基于D-loop序列的单倍型多样性(0.577 0),但基于两个序列总体的核苷酸多样性指数相等，且仅有0.000 9。群体间遗传距离分别为0.000 9(COI)和0.000 9～0.001 0(D-loop),群体间遗传分化指数分别为-0.004 9～0.007 6(COI)和-0.002 8～0.011 4(D-loop),遗传分化均不显著(P>0.05)。分子方差分析(AMOVA)显示，群体内遗传变异占总变异的100.02%(COI)和99.49%(D-loop),总的遗传变异主要源自群体内。单倍型系统发育树和TCS网络图表明，所有的单倍型随机地聚集在一起，没有形成明显的地理格局。中性检验和核苷酸错配分析显示，3个蛇(鱼句)群体历史上发生过种群扩张事件。综上，3个蛇(鱼句)...     

基于线粒体COII和ND4基因序列的塔里木裂腹鱼群体遗传多样性分析

为探究塔里木裂腹鱼群体的遗传多样性和遗传分化现状,选用车尔臣河、克孜勒河和阿克苏河3个不同地理种群的塔里木裂腹鱼共计126尾样本,进行线粒体DNA COII和ND4基因序列的对比分析,探讨了2种标记对塔里木裂腹鱼遗传多样性分析结果的差异和关系。结果显示,塔里木裂腹鱼线粒体DNA COII和ND4基因序列的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。基于线粒体DNA COII和ND4基因序列分析,126个样本中分别确定了6个和23个单倍型,其中线粒体DNA COII基因序列中3个群体存在共享单倍型现象,线粒体DNA ND4基因序列中未发现3个群体间存在共享单倍型。2种标记下群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.738±0.019/0.904±0.014和0.02129±0.00298/0.04876±0.00149,呈现出高单倍型多态性和高核苷酸多态性的特征。2种标记的分子方差分析（AMOVA）均表明,在所有群体中遗传变异主要来源于群体间,且车尔臣河群体的塔里木裂腹鱼与其他2个群体的遗传分化均达到显著水平（P<0.05）。贝叶斯法（BI）构建的BI树与单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。COII和ND4基因序列的岐点分布图均呈现双峰型,表明塔里木裂腹鱼现在的分布是先前分化种群发生二次交流的结果。种群结构分析结果亦表明塔里木裂腹鱼已分化出2个明显的地理种群,故建议将车尔臣河群体作为塔里木裂腹鱼的亚种。