叶籽银杏DNA甲基化水平与模式变异的研究

以萌动期与展叶期的叶籽银杏和银杏为试材,采用基于DNA甲基化敏感扩增多态性分析（Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP）方法,在全基因组水平上探究叶籽银杏、银杏不同发育期DNA序列中CCGG位点的甲基化水平及模式变化特征。萌动期选用22对引物,在叶籽银杏和银杏中检测到扩增位点为498和384个,甲基化位点为237和165个,其总甲基化率分别为47.6%和42.4%;展叶期选用40对引物,在叶籽银杏有叶生胚珠（YZ2）、无叶生胚珠（YC）及银杏（CK）叶片中检测到扩增位点767、600及367个,甲基化位点分别为370、244及152个,其总甲基化率分别为48.3%、40.5%及41.5%。进一步对不同发育期叶籽银杏、银杏DNA甲基化模式的变化特征进行分析,结果显示：萌动期、展叶期叶籽银杏与银杏相比均有超过半数的位点（52.1%、54.6%及64.2%）DNA甲基化模式发生多态性变化,萌动期叶籽银杏相对于银杏其变化趋势以超甲基化为主;展叶期叶籽银杏有叶生胚珠相对于叶籽银杏无叶生胚珠及银杏甲基化的变化趋势以超甲基化为主,叶籽银杏有叶生胚珠相对于银杏DNA甲基化模式变异幅度更大,超甲基化水平更高,显示出叶籽银杏基因组独特的DNA甲基化特征。     

红富士苹果芽变系DNA甲基化研究

以35份富士苹果(Malus×domestica Borkh.‘Fuji’)芽变材料为试材,利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP)分析和UPGMA聚类方法,对其基因组甲基化修饰水平、变异模式以及表观遗传变异关系进行研究。结果表明:(1)不同富士系得到不同的MSAP扩增,总DNA甲基化水平27.90%～36.16%,平均32.87%,双链全甲基化为主要甲基化方式;(2)富士芽变材料绝大多数位点保持了原有甲基化模式;(3)绝大多数芽变(68.57%)检测到全部的甲基化变异模式(12种),去甲基化频率极显著高于甲基化频率(P <0.01),且CG去甲基化极显著高于CHG;(4)36份种质遗传相似系数平均值0.89(0.79～0.92),在聚类图上,富士原种分布在芽变系集中区外,新近发生的芽变系更倾向于聚在一起,着色系片红型和条红型芽变呈分散排布状态。总的来看,富士芽变的甲基化变异模式丰富,超甲基化和去甲基化相伴发生,但以去甲基化为主;‘富士’着色芽变与其最原始品种富士,以及芽变之间发生了较大表观遗传变异;片红和条红型芽变聚类未表现明显偏好性。本研究将为进一步开展富士着色系芽变机理研究提供指导,可以CG去甲基化为切入点展开深入研究。     

虎奶菇菌丝体和菌核基因组甲基化分析

以虎奶菇[Pleurotus tuber-regium (Fr.) Singer]菌丝体和菌核为材料,利用MSAP技术分析其甲基化水平,并对甲基化差异片段进行回收测序,探究虎奶菇生长与DNA全基因组甲基化的关系.结果 表明,菌丝体和菌核的DNA甲基化率分别为7.94％和9.54％,其中半甲基化率分别为4.50％和4.0...     

梨属矮生资源的发现及主要性状评价

2009 年在山东沂蒙山区梨野生资源调查中发现梨属矮生型变异株系,通过枝接方式嫁接在青岛农业大学试验站6 年生豆梨砧木成年大树上。多年实地调查以及对转接材料植物学性状和生物学习性观察结果表明：该变异株树形紧凑,枝条节间极短,与普通杜梨差异明显;在连续转接多次后矮生性状能够稳定保持,病毒学检测无明显异常;除节间短外,在枝条的绒毛、果实形状、叶片等方面与杜梨和豆梨存在明显差异,并依据田间调查编号命名为‘PY-9’。这一梨属矮生资源材料的发现,为今后梨矮生机制研究及砧木矮化育种提供了宝贵的优异种质材料。     

观赏蔬菜新宠——矮生樱桃番茄的栽培

矮生樱桃番茄具有植株形象古朴典雅,果实小巧,色泽美艳,口味甘甜的特点。盆栽矮生樱桃番茄既可作为美味水果蔬荣,也可作为盆景美化居室,可食可赏,一举两得。     

菊花组织培养继代过程中的DNA甲基化变化

采用MSAP（甲基敏感扩增多态性）方法对菊花（Dendranthema ×grandiflorum）组织培养继代过程中的DNA甲基化情况进行了分析。结果发现,3个单芽系的组培苗较田间材料均有DNA甲基化增加和减少现象,采用7对引物,共扩增出929条带,各单芽系DNA甲基化变异率分别为8.929%、8.902%和8.986%。继代材料较母体均有甲基化变异发生,且变异类型中DNA甲基化减少的比例高于甲基化增加的比例,随着继代次数的增加,两种变异间的差异逐渐减小,比例相近。同时在同一单芽系内的不同次继代个体间有DNA甲基化变化现象,对5次继代的180个个体研究发现,带型变化中18.38%的带型不一致,2.99%为一个或两个个体发生了变化,仅有1.72%在发生变化后趋于稳定,另外10.68%的带型呈现不稳定的随机变化。     

矮生一串红在岑溪的栽培与应用

结合在岑溪当地多年的生产实践,总结出矮生一串红的栽培技术以及应用.     

通过对甲基化敏感的AFLP标记分析辣椒种子在萌发过程中的DNA甲基化

引言植物的DNA甲基化与很多外(后生)遗传现象有关,在植物各种发育与分化过程中,调节机制的变化亦是其中之一(仑德等1995;芬内干等1993)。本文报道的是在辣椒种子萌发过程中,利用甲敏扩增多态性(MASP)——这是一种与AFLP相匹配的技术——来分析辣椒胞嘧啶甲基化的初步结果。MSAP     

我国部分矮生果树资源的选育与引进概况

介绍了我国７种重要果树－苹果，梨，李，樱桃，柿，枣，板栗矮生资源的选育种与引种概况，迄今为止，我国 入矮生品种３０多个，采用芽选种，这生选种及杂交育种的方法选育矮生品种７０个以上。     

矮生豇豆新品种“长秆矮豇”的选育

为了解决在生产中矮生豇豆豆荚易拖地而影响其品质和产量的问题,以架豇豆自交系cg-1-3为母本,以美国无支架豇豆为父本,进行杂交、分离后,经系统选育,培育出矮生豇豆新品种——长秆矮豇。其矮生,中晚熟,荚长30～40 cm、粗0.7～0.8 cm,单荚质量为12～16 g,长圆条形,每荚籽粒数为9～12粒;豆荚肉质脆嫩,纤维少,味甜,品质优;花梗长而硬,长度大多数在35～45cm,高于豇豆长度和植株叶片高度,对豇豆荚起强烈的支撑作用,并保证豇豆在整个生长期间基本不拖地,便于采收。667m2产量1 300 kg左右,田间对锈病、叶斑病的抗性强于对照美国无支架豇豆,具有抗逆性强、适应性广等特性。     

银杏基因组DNA甲基化修饰位点的MSAP分析

 利用EcoRⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于银杏基因组的甲基化敏感扩增多态性（methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP）分析体系,在全基因组水平检测银杏DNA甲基化修饰水平、模式及位点等表观遗传信息。结果显示,从54对MSAP选扩引物中,选出16对MSAP引物组合,共扩增产生454条清晰可辨且可重复的DNA条带,平均每对引物扩增获得28.38条带。在全部扩增位点中,检测到甲基化位点200个,CCGG/GGCC位点甲基化修饰比例为44%。部分银杏基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了18条存在甲基化修饰的基因组DNA序列。BLASTn比对分析表明,银杏基因组中包括转录调控因子、反转录转座子、通道蛋白、启动子结合蛋白、蛋白激酶等在内的多种类型的DNA序列中均存在DNA甲基化修饰现象。     

春化对白菜DNA 甲基化、GA含量及蛋白质的影响

 以普通白菜‘油冬儿’为试材, 研究了低温对白菜开花的诱导效应, 并分析了萌动种子和幼苗春化诱导后DNA 甲基化水平、赤霉素(GA) 含量和蛋白质种类的变化。结果表明, 不论萌动种子还是幼苗, 4 ℃低温处理30 d 均可完成春化。春化处理后, 两处理植株茎尖组织DNA 甲基化水平都较对照下降;但GA 含量明显上升, 为对照的2～3 倍; 低温诱导植株产生了一种分子量为58 kD 的特异蛋白质, 同时也使一种蛋白质消失。说明低温可能通过降低DNA 甲基化水平或增加GA 含量而诱导植物开花。     

5–氮杂胞苷对白菜幼苗DNA 甲基化和耐热性的影响

 研究了不同浓度5–氮杂胞苷（5-azaC）处理白菜‘夏帝’和‘冬赏味’品种的种子,对其幼苗甲基化和耐热性的影响。结果表明：不同浓度5-azaC 溶液处理可显著降低幼苗DNA 甲基化水平,植株形态发育未见异常。0.1 ~ 0.2 mol · L^-1 5-azaC 处理可减缓幼苗在高温胁迫下的生长量、POD 活性和蛋白质含量的降低幅度,同时降低MDA 含量和细胞膜透性。     

白菜及其相邻类群基因组DNA的RAPD分析

运用ＡＰＰＣＲ技术对白菜及其相邻类群的基因组ＤＮＡ进行ＲＡＰＤ分析。结果表明，用α－３２ＰｄＣＴＰ标记的单一引物扩增的带型在所试材料中显示了比成对引物用溴化乙锭染色的带型更为丰富的多态性。ＰⅡ—３、１３、３２和３４是所试１８种蔬菜材料的基本片段，ＰⅡ—２、１８、２０、２１、２３、２５、３３是鸡心甘蓝的特征片段，而ＰⅡ—１、１０、１５、１９、２２、２４、３０是白菜、芜菁和日本的壬生菜等１７种蔬菜材料（２ｎ＝２０）共有的特征片段。     

离体条件下5 - 氮杂胞嘧啶核苷对菊花DNA甲基化和表型性状的影响

 采用离体处理的方法, 初步研究了5 - 氮杂胞嘧啶核苷(5-azaC) 对菊花的影响。结果表明, 500μmol·L - 1以上时有致死效应, 100μmol·L - 1以上时能抑制离体材料的生长发育, 而各浓度对菊花的丛生芽均具有抑制作用, 且这种抑制作用具有时间累加效应和剂量累计效应。10μmol·L - 1以下时使菊花开花时间有不同程度的提早, 这一效应具有稳定性, 并可通过营养繁殖进行遗传。MSAP技术分析表明,处理材料基因组DNA甲基化水平明显降低, 在去处理后的继代过程中仍有部分位点保持低甲基化状态。     

森林草莓6mA甲基转移酶基因鉴定及功能分析

通过生物信息学手段，鉴定出森林草莓（Fragaria vesca）基因组中两类可能的6mA甲基转移酶基因5个（3个MT-A70、2个DAMT基因）。对细菌、真菌、动物和植物中的6mA甲基转移酶基因的系统进化分析及染色体定位表明，森林草莓MT-A70基因可分为3个亚家族，且在动、植物分化前就已经存在：两个DAMT基因由物种特异的串联重复产生，且结构变化快，推测其在进化历程中功能发生了分化。转录组数据及实时定量荧光PCR分析显示，各个基因均具有时空表达特异性和非生物胁迫响应。其中1个DAMT基因表达量在果实中较高且随果实成熟上调，推测可能参与调控果实成熟。此外，这5个基因在冷胁迫下表达水平有不同程度下调：而在热胁迫下各基因表达量变化显著不同。由此推测6mA甲基转移酶基因可能参与了森林草莓的生长发育和对冷、热胁迫的响应。     

菊属植物SCoT分子标记技术在遗传多样性分析中的应用

 采用正交设计方法,对Mg²⁺、dNTPs和引物浓度、TaqDNA聚合酶及模板DNA用量等5个因素进行筛选,得到适于菊属植物的SCoT标记PCR反应体系,25 μL体系中含有：Mg²⁺ 1.2 mmol · L^-1、dNTPs 0.15 mmol · L^-1、引物0.8 μmol · L^-1、TaqDNA聚合酶1 U、模板DNA 50 ng。优化的最适退火温度为49.4 ℃。改进电泳方法,采用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,银染法染色。运用不同倍性菊属材料基因组DNA对优化的SCoT-PCR反应体系进行验证,获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明确立的菊属植物SCoT分子标记技术体系稳定可靠。利用该体系及筛选出的12个SCoT引物,对18份菊花近缘种属材料的遗传多样性及亲缘关系进行分析,共检测到209个位点,其中多态性位点数189个,多态性比率为90.43%。应用NTSYS-pc2.1软件,计算菊花近缘种属材料之间的相似性系数并采用不加权成对算术平均法（UPGMA）进行聚类分析,结果18份菊花近缘种属材料的遗传相似性系数范围为0.4516 ~ 0.7035,平均遗传相似性系数为0.58。聚类分析显示在相似系数0.530处可以将18份材料分成Ⅰ、Ⅱ两个大组,Ⅱ组包括芙蓉菊和绢毛蒿,其余16份材料属于Ⅰ组。Ⅰ组在相似系数0.615水平又分为6个亚组。结果表明SCoT分子标记体系适用于菊属及其近缘属种遗传多样性及亲缘关系的研究。