主养草鱼池塘底泥微生物群落多样性研究

为研究主养草鱼池塘底泥微生物多样性,采用细菌通用引物27F和1492R扩增了湖北石首一草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖池塘底泥细菌16S rDNA片段,构建了底泥细菌16S rDNA克隆文库,并对该文库中的微生物群落进行了分析.结果显示,该文库的Shannon多样性指数(H′)为3.85,S...     

四种不同食性鱼类肠道微生物群落组成及多样性比较分析

本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响,并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术,提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物,12个样品的16S rRNA,构建文库并测序,分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示,鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05),综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群：变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而,优势菌群在属水平上存在一定差异,如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群,拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现,鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主;草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类;约氏不动杆菌(A._ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化,而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述,食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一,分析食性与肠道优势菌群之间的关联,探讨特异菌群的功能,可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。     

螭霖鱼肠道微生物多样性分析

分析螭霖鱼肠道微生物的群落结构组成及多样性差异,研究其与其肠道内共生微生物的协同进化关系。提取螭霖鱼的肠道内容物及粪便微生物DNA样本,利用高通量测序技术进行16S V4区域扩增子测序以及生物信息学分析,共得到250 958条序列。基于97%的样本相似度,样本优化聚类为1200个OTU(Operational taxonomical unit),共涉及13门24纲42目56科75属。在属水平上黄杆菌属(Flavobacterium)(44.72%)、蓝黑紫色杆菌属(Janthinobacterium)(14.08%)和气单胞菌属(Aeromonas)(9.29%)为主要优势菌群,其余菌种所占比例不大。螭霖鱼肠道内微生物群落组成较为相似,无统计学意义差异。     

16S rRNA检测技术及其在水产增养殖中的应用

16S rRNA;微生物;检测;水产     

南极微生物产低温蛋白酶菌株的筛选、分子鉴定及部分酶活特性

从南极获得的260株低温细菌中筛选到107株具有蛋白酶活性菌株，其中5株菌所产蛋白酶的活性高于45U／mL。对其进行16S rRNA基因序列的同源性和系统发育分析，结果表明，菌株NJ276、NJ5—9、NJ16—70、NJ345属于假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)，NJ341属于科尔韦尔氏属(Colwellia)。对其中NJ276、NJ341、NJ16—70、NJ345这4株产蛋白酶南极嗜冷菌的生长及分泌蛋白酶的部分酶活特性进行研究，结果表明：(1)4株菌最适生长、产酶温度均为10℃左右；培养2～5d，嗜冷菌生长、产酶量一直处于较高的状态。(2)4株南极嗜冷菌分泌的蛋白酶的酶活反应最适pH值为9。(3)菌株NJ276、NJ5—9分泌的蛋白酶最适酶活温度为50℃；菌株NJ341、NJ345分泌的蛋白酶最适酶活温度为40℃；在0℃时蛋白酶活性是最高活性的30％左右，蛋白酶热稳定性较差，因此菌株NJ341、NJ345分泌的蛋白酶属于低温蛋白酶。     

基于16S rRNA高通量测序的长江口日本鳗鲡幼体肠道微生物群落研究

为了解长江口日本鳗鲡(Anguilla japonica)幼体肠道微生物的结构特点和多样性组成,探索其潜在功能,采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对2022年1―4月每月VA期和VB期2个发育时期的肠道样本进行微生物测序,分析了肠道微生物的OTU数量、菌群组成、丰度及Alpha多样性,并预测其功能。8个样本共测得1467个OTU,每个样本平均396个。共鉴定出51门、140纲、286目、414科、643属、959种,每个样本平均包含26门和229属,并表现出随月份递增而门数和属数明显减少的现象。在门水平上,以变形菌门(Proteobacteria)(81.33%)和拟杆菌门(Bacteroidota)(10.61%)为优势菌群。在属水平上,主要由嗜冷杆菌属(Psychrobacter)(35.10%)、假单胞菌属(Pseudomonas)(16.75%)、黄杆菌属(Flavobacterium)(7.99%)、无色杆菌属(Achromobacter)(4.82%)、希瓦氏菌属(Shewanella)(4.21%)等组成,显示了一组与其他鱼类不同的肠道微生物群落。1月组的肠道...     

大鲵皮肤溃疡死亡相关的微生物区系

为了分析自然环境中病死大鲵和健康大鲵皮肤及水样的微生物区系差异,实验通过高通量16S r DNA的V4～V5区测序,对皮肤微生物区系进行差异分析,探讨大鲵在患病前后微生物区系的变化。健康大鲵和病死大鲵生活水样以及皮肤菌群的多样性、结构和功能存在显著差异。各样品序列标签(Tag)数量平均为97 150条,测序平均长度为400 bp,操作分类单元(OTUs)数据显示,健康大鲵生活水样和皮肤的微生物丰度远远高于病死大鲵。在健康大鲵生活水样中的优势菌群为砷氧化菌属,而当大鲵病死后,其生活水样的优势菌群变为金黄杆菌属。同样,在病死大鲵皮肤样本中金黄杆菌属、丛毛单胞菌属、伯克氏菌目的微生物菌群丰度显著升高,而砷氧化菌属、微小杆菌属、莱比托泉动性球菌等微生物菌群丰度显著下降。同时,病死大鲵皮肤表面有大量溃疡并伴有菌毛,具有典型的伯克氏菌属感染症状。研究表明,大鲵患病死亡前后皮肤微生物区系差异明显,人兽共患病菌伯克氏菌属可能是通过水媒传播感染自然环境下的大鲵并导致死亡的主要病原菌,为科学养殖大鲵、保护野生大鲵以及开发益生菌改善大鲵养殖环境提供依据。     

水产养殖病原微生物的分子检测

随着水产养殖集约化程度的提高,虾类、贝类和鱼类养殖业受到病原微生物的严重影响。因此如何快速准确预测和诊断水产动植物疾病,就成为当前水产养殖业十分重要而突出的问题。随着分子生物学技术的发展,以核酸杂交、PCR、DNA指纹和16SrRNA检测等为代表的分子生物学技术在水产养殖病原体检测中已有大量应用并显示出巨大的应用前景。     

大黄鱼冰鲜杂鱼饲料中细菌多样性研究

为研究大黄鱼（Larimichthys crocea）冰鲜杂鱼饲料中细菌的多样性,用细菌通用引物构建了细菌16S rRNA基因克隆文库。从文库中随机挑选125个克隆子进行限制性片段长度多态性（ RFLP）分析,得到82个不同的RFLP 带型。对部分代表性克隆子进行测序,得到23条有效序列。序列同源性分析和系统进化分析结果表明,大黄鱼冰鲜杂鱼饲料中细菌主要分为3大类群,其中γ-变形菌纲（γ-Proteobacteria）细菌占据明显地优势地位,约占所分析克隆子数的84.4％;其次是黄杆菌纲（Flavobacteria）细菌,约占10.9％;还有少量的梭杆菌纲（Fusobac-teria）细菌,约占4.7％。γ-变形菌纲细菌中以嗜冷杆菌（Psychrobacter sp.）最多,其次是发光杆菌（Photobacteri-um）。     

澜沧江西藏段鱼类群落结构及多样性

为了解澜沧江西藏段鱼类群落现状,于2017-2019年对澜沧江西藏段干流及主要支流的鱼类资源进行了实地调查,并分析和评价了鱼类群落的结构特征及多样性.结果显示,澜沧江西藏段现有鱼类2目5科(亚科)13种,其中土著鱼类9种,外来鱼类4种;摄食生态类型包括杂食性(占比92.3％)和肉食性(占比7.7％)2种;栖息类型包括3...     

岩原鲤对7种饲料消化力离体研究

以岩原鲤（Procypris rabaudi Tchang）肠道的粗酶液作为酶源,采用离体消化法测定鱼粉、豆粕、菜粕、棉粕、膨化豆粕、膨化菜粕、膨化棉粕等7种蛋白饲料的干物质和蛋白质的离体消化率及其4h内氨基酸生成量随反应时间的关系和氨基酸的生成速度。结果表明：（1）岩原鲤对鱼粉干物质的消化率和酶解氨基酸的生成速度均为最高,其次为豆粕;以菜粕、棉粕的效果最差。其中,鱼粉、豆粕、菜粕、棉粕的干物质消化率分别为47.95%、40.46%、28.16%、16.74%,酶解氨基酸的生成速度分别为21.800mg&#183;h^-1、17.233mg&#183;h^-1、13.033mg&#183;h^-1、14.100mg&#183;h^-1。同时,肠道酶液对测定饲料的蛋白质离体消化率均大于肝胰脏酶液。（2）棉粕和菜粕膨化后,岩原鲤对干物质、蛋白质的离体消化率以及酶解氨基酸的生成速度都增加。其中,棉粕膨化后干物质、蛋白质的离体消化率在肠道分别增加6.25%、10.53%,在肝胰脏分别增加8.43%、8.15%;菜粕膨化后干物质、蛋白质的离体消化率在肠道分别增加9.30%、7.72%,在肝胰脏分别增加7.99%、11.20%;棉粕和菜粕膨化后的酶解氨基酸的生成速度分别增加10.74%、16.08%。而豆粕膨化后,其蛋白质的离体消化率以及酶解氨基酸的生成速度却显著下降。结论认为,岩原鲤对所用的7种人工配合饲料有较强的消化能力。     

嘉陵江下游鱼类资源现状调查

2003年5月至10月对嘉陵江下游的鱼类资源进行了调查,并对该水域鱼类资源变动的原因进行了探讨。计调查226船次,统计渔获物1153kg,测量鱼类标本19378尾。共记录鱼类92种,隶属于5目14科61属,其中有13种为该水域新记录。结果表明嘉陵江水域生态环境的变化导致鱼类物种组成、种群结构发生了变化;珍稀鱼类、洄游性或半洄游性鱼类的种群数量急剧减少甚至绝迹,如中华鲟、达氏鲟、白鲟、胭脂鱼、等。     

兴化湾春、秋季游泳动物种类组成及其多样性

根据2012年4月和10月拖网调查资料,分析和研究了福建兴化湾海域游泳动物的种类组成、鱼类区系特点、资源结构、密度分布及物种多样性等特征。结果表明:调查海域游泳动物有96种,其中鱼类64种、虾类11种、蟹类10种、头足类6种、口足类5种;春季游泳动物种类比秋季少。鱼类以暖水性和暖温性、底层和中上层鱼类为主,春季优势种有13种,秋季15种;春、秋季渔获的重量组成和数量组成均以鱼类为主,春季分别占64.91%和74.71%,秋季分别占79.98%和70.41%;两季游泳动物的平均重量密度为796.78 kg/km~2,平均尾数密度为72 127 ind./km~2;春季重量密度高于秋季,而尾数密度低于秋季;游泳动物种类多样性指数H'、均匀度指数J'、丰富度指数D,春季均显著低于秋季。     

珠江口水域秋季刺网的渔获组成及多样性分析

2014年9月使用3种不同结构（单片、双重、三重）和不同网目尺寸（40 mm、50 mm、60 mm）的刺网在珠江口水域进行了海上捕鱼试验,并从多样性和相异性两方面探讨了珠江口水域刺网渔业资源群落结构的差异。实验结果显示,3种刺网的渔获种类数、尾数和质量都随着网目尺寸的增大而减少;相对重要性指数（IRI）大于1 000的优势种有所差异,但深水金线鱼（Nemipterus bathybius）是共同优势种。针对珠江口渔获个体大小悬殊的特点,分别以个体数和生物量为基础计算了该水域的多样性指数,t检验结果显示这两者之间存在显著差异。采用欧氏距离法（Euclidian distance）计算,结果显示不同网目刺网渔业资源群落结构的差异性较高,而同一网目刺网差异性较低。从提高渔业资源群落结构的多样性和恢复其生态稳定性来看,控制网目尺寸是当前最主要和最有效的措施。     

嘉陵江北碚江段人工鱼巢增殖效果调查

为探索人工鱼巢的增殖效果,于2014年2月15日—4月20日,在嘉陵江北碚江段郭家沱和三圣庙产卵场投放人工鱼巢对该区域产黏性卵鱼类进行增殖。结果显示:在两水域人工鱼巢上产卵的为鲤(67.2%)和鲫(32.8%),产卵集中在3月中旬-4月上旬,产卵均有4次峰值,分别粘附鱼卵814.6万和2 194.6万粒;推算本研究投放的人工鱼巢至少可为200组鲤、520组鲫亲鱼提供繁殖场所,增殖鲤58.0万尾、鲫28.4万尾,增加鲤400.4 t、鲫8.7 t,经济价值达491万元。     

乐清湾口海域春秋季鱼类群落多样性研究

为研究乐清湾口海域鱼类群落结构动态变化趋势和渔业资源现状,对该海域鱼类物种组成、种类数、多样性等群落结构特征进行调查分析。共鉴定出鱼类49种,隶属于10目26科39属。结果显示,春季物种数较秋季少,春季在瓯江口水域物种明显较少,秋季物种数空间分布大致为东西走向;春季种类重量多样性低于秋季,但尾数多样性高于秋季,鱼类种类数与多样性指数之间有较强的相关性。研究表明,乐清湾口海域的鱼类种类类型以近岸河口性鱼类为主,且大多为广温、广盐性种类;该海域位于河口,受瓯江径流影响较大;受地理位置和水文环境影响,该海域暖水性种类较多;种类数平面分布特征主要是春季受瓯江径流淡水水团影响,而秋季受交汇水团影响,物种丰富;两季鱼类多样性不同,是因为鱼类个体大小、数量随着季节的变化而变化。     

嘉陵江渠化对主要经济鱼类产卵场的影响

为探究嘉陵江渠化对主要经济鱼类产卵场的影响,2019年3-4月,采用历史资料搜集、访问调查和实地勘察的方法,并结合DNA条形码技术鉴定野外采集的样品。结果显示,原有60个主要经济鱼类产卵场中,41个已经消失,14个存在但已经发生改变,只有5个基本未改变;从产卵场数量、类型和规模来看,均呈减少趋势,仍存在的主要为鲤（Cyprinus carpio）、鲫（Carassius auratus）产卵场。共鉴定鱼卵1 362粒、鱼苗539尾,隶属2目2科12种。鱼卵仅3种,其中,鲤1039粒,占比76.28%;鲫312粒,占比22.91%;红鳍原鲌（Cultrichthys erythropterus）11粒,占比0.81%。鱼苗11种,包括鲤、鲫、马口鱼（Opsariichthys bidens）、麦穗鱼（Pseudorasbora parva）、峨眉鱊（Acheilognathus omeiensis）、大鳍鱊（Acheilognathus macropterus）、兴凯鱊（Acheilognathus chankaensis）、?（Hemiculter leucisculus）、短须颌须鮈（Gnathopogon imberbis）、子陵吻虾虎鱼（Rhinogobius giurinus）、粘皮鲻虾虎鱼（Mugilogobius myxodermus）;其中,兴凯鱊最多,有372尾,占比69.02%;其次为鲫59尾,占比10.95%;鲤57尾,占比10.58%;其他占比仅9.46%。研究表明,产卵场的改变主要集中在水文情势、河床底质和水生植物等方面,梯级水电站开发和采砂作业等导致河道变宽、水位上升、流速降低、卵石漫滩等生境消失、水生植物生物量减少,是原有产卵场消失或改变的主要原因。     

基于水声学方法的嘉陵江中游蓬安段鱼类资源研究

研究嘉陵江中游鱼类资源时空动态特征,了解变化过程及影响因素,提出嘉陵江鱼类资源保护的建议和措施,同时为长江上游及其支流的鱼类资源保护提供基础数据。2018年7月（夏）、10月（秋）以及2019年1月（冬）、4月（春）,运用Biosonics DT-X分裂波束科学回声探测仪对嘉陵江中游蓬安段金溪航电工程干流江段进行了水声学探测,并辅以常规渔获物调查。共采集到鱼类6科38种,其中蛇鮈、鲫、银飘鱼、黄尾鲴等中小型鱼类在数量上占优;鱼类密度分别为春季（0.8296±0.43）、夏季（0.8705±0.38）、秋季（0.5082±0.25）、冬季（0.3939±0.13）尾/m3;鱼体平均目标强度分别为春季（-63.15±5.03）、夏季（-52.85±14.45）、秋季（-46.42±15.85）、冬季（-44.77±15.28）dB;鱼体平均重量分别为春季0.03、夏季1.08、秋季11.19、冬季20.40 g/尾;鱼类资源量分别为春季0.4096、夏季0.2907、秋季0.3919、冬季0.5622 kg/m3;坝下鱼类密度显著高于坝上（F=12.67,P<0.05）;坝上（F=7...     

雅鲁藏布江下游墨脱江段黄斑褶鮡的年龄结构与生长特征

于2018年3月、7月,在雅鲁藏布江墨脱江段采集黄斑褶鮡(Pseudecheneis sulcatus)203尾,其中183尾可用脊椎骨作为鉴定材料对其进行年龄鉴别,并对其进行生长特征分析。通过对比发现,脊椎骨比微耳石更适合做为黄斑褶鮡的年龄鉴定材料。所采样本的年龄范围为1~9龄,其中2~5龄为优势群体,占样本总数的73.22%。雌、雄个体生长无显著性差异,样本体长分布范围为50.0~144.0 mm,平均体长为(99.1±18.67)mm,体重分布范围为3.8~65.6 g,平均体重为(26.0±14.7)g。脊椎骨半径与体长的直线关系式:L=62.88R+40.69(R2=0.89,n=183)。体长与体重的关系式:W=3×10^-5L^2.9292(R2=0.96,n=183),通过对比Compertz GF、Logistic GF、von Bertalanffy生长方程(VBGF)三种生长方程的拟合效果,选用von Bertalanffy方程进行描述黄斑褶鮡生长特性,生长方程:Lt=189.56[1-e^-0.118[t+1.981]],Wt=155.45[1-e^-0.118[t+1.981]]2.9292;生长速度方程:dL/dt=22.37e^-0.118(t+1.981),dW/dt=53.57e^-0.118(t+1.981)(1-e^-0.118(t+1.981))1.9292;生长加速度方程:d^2L/dt^2=-2.639e^-0.118(t+1.981),d^2W/dt^2=6.34e^-0.118(t+1.981)(1-e^-0.118(t+1.981))0.9292(2.9292e^{-0.118(t+1.981}-1)。黄斑褶鮡体重生长拐点为7.1龄,对应的体长和体重分别为124.6 mm和45.5 g。黄斑褶鮡属小型,中速生长鱼类。雅鲁藏布江下游墨脱江段的黄斑褶鮡资源已遭到破坏,需加大力度进行保护。