SSR标记在南瓜亲缘关系分析中的应用

以20份分属10个品种群的中国南瓜、印度南瓜和美洲南瓜材料及1份印度南瓜和中国南瓜的种间杂交种为试材,采用390对SSR引物对21份材料进行了多态性及亲缘关系分析.结果表明:供试材料之间具有丰富的遗传多样性,美洲南瓜与中国南瓜亲缘关系较近,二者与印度南瓜的亲缘关系较远;同一亚种内及同一品种群内材料之间具有更近的亲缘关系;利用SSR分子标记做出的聚类结果基本可以将供试材料按照不同品种群分开.     

草莓属种质资源亲缘关系的SSR 标记分析

 用20对SSR引物对草莓属83份资源包括14个种和自然五倍体以及未鉴定的材料进行PCR扩增。在20个SSR位点共获得363个等位基因。每个位点扩增等位基因8 ~ 34个,平均18.2个,各位点多态性信息含量（PIC）在0.6691 ~ 0.9431,平均为0.8598。聚类分析表明,同属一个种的草莓资源被紧密地聚在一起。以种为单位,3个八倍体种智利草莓、弗州草莓和栽培种凤梨草莓亲缘关系很近,而八倍体种与其他低倍性野生种亲缘关系较远;在低倍性草莓种中,伞房草莓、五叶草莓、日本草莓、蝦夷草莓、高原草莓、黄毛草莓和绿色草莓聚在一组,具有较近的亲缘关系,而森林草莓、东北草莓、东方草莓、麝香草莓和自然五倍体草莓聚在一组,具有较近的亲缘关系。自然五倍体草莓可能起源于森林草莓或东北草莓与东方草莓或麝香草莓的自然杂交。     

基于SSR标记的黄桃种质资源亲缘关系分析

利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考.     

化州橘红种质资源的SSR标记分析

利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。     

黄瓜砧木用南瓜新品种‘冀砧10号’

 ‘冀砧10号’南瓜根系发达, 子叶较小, 吸肥力强, 下胚不易空心, 嫁接亲和力好, 共生亲和性强, 高抗枯萎病和拟茎点霉根腐病, 对蔓枯病免疫, 耐弱光, 产量较高, 其嫁接苗的瓜条在各种栽培方式下都不产生蜡粉。     

印度南瓜‘贝栗7号’杂交种子纯度SSR分子标记鉴定

为了准确和快速地鉴定南瓜品种杂交种纯度,建立‘贝栗7号’南瓜品种的SSR分子标记纯度鉴定体系。基于24对南瓜SSR特异性引物对‘贝栗7号’品种亲本进行引物筛选,筛选出4对可扩增出差异片段的引物,再与F_1代扩增出的片段进行对比,获得2对最优引物。最后通过大田和室内2种鉴定方法,对同一批次样本开展鉴定试验,结果表明,室内分子鉴定与大田鉴定符合率达99.97%,成功开展了鉴定技术的应用。     

砧用南瓜品种资源抗旱性鉴定

以14份砧用南瓜品种为材料,对发芽期(23%PEG-6000模拟干旱)和幼苗期(控制浇水量)进行干旱胁迫处理,采用非加权算术平均法(UPGMA)聚类分析方法分析各品种资源的抗旱性,并对适宜鉴定砧用南瓜抗旱性的形态指标进行筛选。通过测定发芽势、发芽率、活力指数、发芽指数、茎粗、株高、叶面积、鲜质量、干质量、干旱胁迫指数、壮苗指数等11个发芽期和幼苗期的性状指标,将14份砧用南瓜品种资源分为抗旱品种、较抗旱品种、干旱较敏感品种和干旱敏感品种4类。在发芽期和幼苗期均表现出较强抗旱性的品种为大维10号、佳合台木、金刚1号、昆仑、日本根力神、日本绿霸、日本强力士、神砧和胜利(白)等9个品种。种子相对发芽率、相对发芽势、相对发芽指数、相对活力指数以及相对株高可作为砧用南瓜品种抗旱性鉴定的可靠指标,相对干质量可作为砧用南瓜品种资源抗旱性鉴定的有益指标。综合分析14个品种的耐盐性、耐寒性、耐热性和抗旱性,发现日本绿霸和日本强力士的多重抗性较强,可作为黄瓜嫁接的优质砧木。     

甜瓜砧木用南瓜新品种‘皖砧6号’

南瓜新品种‘皖砧6号’用作甜瓜砧木,是以自交系NG-98-25为母本,自交系NG-12-5为父本杂交选育而成。根系发达,植株生长稳健。与甜瓜嫁接亲和力强。嫁接苗坐果率高,单瓜质量高于自根栽培甜瓜,增产效果明显,且对果实品质影响小;抗枯萎病;耐高温、耐湿、抗早衰。适宜早春和夏秋季甜瓜嫁接栽培。     

俄罗斯南瓜种质资源引进及综合性状评价

以2012年从俄罗斯瓦维洛夫研究所引进的19份俄罗斯南瓜种质资源为研究对象,2012年春季在黑龙江省农业科学院园艺分院试验田进行了引进资源的试种、筛选工作,对引进材料进行了植物学、生物学性状的调查,并对引进资源进行分类、鉴评以及抗病、抗逆等方面筛选。结果表明:RY-3、RY-4、RY-7、RY-8、RY-9、RY-11、RY-14、RY-18的品质、口感表现为优异。RY-6、RY-7、RY-14抗病性表现突出,RY-3、RY-14白粉病抗性表现为高抗,RY-8、RY-16霜霉病表现为高抗。RY-4、RY-7、RY-9、RY-11、RY-14、RY-17产量均在2 600kg/667m2以上。综上,RY-3、RY-4、RY-7、RY-8、RY-9、RY-11、RY-14、RY-17、RY-18植物学综合性状表现优良,在抗病育种、产量及品质筛选等方面应用前景广阔。     

基于形态学标记及SSR 标记的甜瓜主栽品种分类鉴定研究

利用形态学标记、SSR 分子标记技术对市场上广泛种植的甜瓜品种进行分类鉴定。利用形态学聚类分析，得到60份材料间的相似系数为0.73～0.94，在相似系数为0.74 处，60 份甜瓜材料被分为2 类，为薄皮甜瓜和厚皮甜瓜；在相似系数为0.77 处，薄皮甜瓜按照单果质量、熟性、果皮底色、芳香气分为4 组，实现初步分类。经过SSR 标记聚类分析，得到60 份材料间的相似系数为0.75～0.95，当相似系数为 0.77 时，可以将所有供试材料分为6 类。利用SSR 分子标记技术，为60 份不同甜瓜品种构建唯一的指纹图谱。18 对SSR 引物，每对引物可以检测到4～11 条数目不等的多态性条带，平均为8 条。多态性信息含量（PIC）平均为0.71，变化范围为0.58～0.88。采用QR 编码为60 份甜瓜材料构建了唯一的指纹图谱。试验结果表明形态学标记对60 份材料实现初步分类，SSR 分子标记则能够有效地区别60 份材料，并且为建立甜瓜品种的核酸指纹图谱库提供了理论数据，实现对甜瓜品种进行快速、准确的鉴定。     

厚皮甜瓜遗传多样性的SSR分析

采用61对SSR特异引物对46份厚皮甜瓜材料进行分析,其中52对扩增出条带,47对引物具有多样性,扩增带分子量在150～1500bp,187条谱带中154条谱带具有多态性,多态率占82.35%,平均每个引物可扩增出3.60条带。同时,对材料网纹、果形、单果质量、有无条带、果皮颜色、果肉颜色、肉质、种子、有无麝香味、裂叶、是否自落和花性型等12个性状进行了田间调查,经过phylip软件和NTSYS软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记和性状2个聚类图。结果显示,46份材料的遗传距离在0.0188～1.2119,而单一性状气味、果皮颜色、果肉颜色和表面网纹的遗传距离都小于0.1,十分接近;2种聚类分析结果存在较大差异,这与供试材料的亲缘关系十分复杂,大部分材料来源相近,具有相同的亲本,和回交亲本存在一定关系。     

砧用南瓜耐盐性的遗传分析

选择耐盐性不同的6份砧用南瓜(Cucurbita moschata)自交系为材料,采用完全双列杂交法对杂交后代耐盐性的配合力进行分析,研究砧用南瓜耐盐性遗传规律。结合各配合力的分析,在36个配制组合中,选出较为优良的配制组合18C0077×18C0005、18C0077×18C0046、18C0077×18C0049、18C0024×18C0046、18C0024×18C0049、18C0024×18C0026。同时,以耐盐性强的砧用南瓜自交系18C0077(P₁)和耐盐性弱的砧用南瓜自交系18C0005(P₂)配制得到的6个世代(P₁、P₂、F₁、B₁、B₂和F₂)为材料,利用数量性状遗传模型进行砧用南瓜耐盐性的遗传分析。结果表明,砧用南瓜耐盐性的遗传符合"2对加性显性-上位性主基因+加性-显性多基因"模型。砧用南瓜各世代耐盐性主基因遗传率在34.62%～62.08%之间,以主基因遗传为主,且主基因遗传力在B1...     

番茄种质资源亲缘关系的SSR分析

采用25对SSR特异引物对20份番茄材料进行分析,其中21对引物扩增出条带,18对引物具有多态性,扩增出的66条谱带中有52条具有多态性,多态率为78.8%。遗传距离分析结果表明：20份番茄材料两两间的遗传距离（GD）在1.489 2～9.180 6之间,遗传距离大于7的育种材料共有18份,其中No.1与No.15之间的遗传距离最大,为9.180 6。以遗传相似系数0.67为标准可将20份番茄育种材料划分为4大类。     

栽培黄瓜种质遗传多样性的SSR鉴定

利用62对多态性SSR引物对59份黄瓜材料进行了遗传多样性分析。聚类分析结果将供试材料分为 7 大类群,第 1 类包含6个欧洲温室型材料,全为无刺瘤类型;第 2 类是4个美国类型种质,属于小果型材料;版纳黄瓜D59单独聚为第3类,且与其他材料的遗传距离均大于0.33;疑为华南型种质的D38,单独聚为第4类,其果实为乳白色;第5类包括D13及其父本D39,两者含有欧洲和华北血缘;第6类为叶色突变材料D28,是欧洲型和华北型黄瓜的后代;第7类包括33个华北型材料、7个华南型材料、4个日本型材料。主成分分析与系统聚类分析结果基本一致。两种分析方法的分类结果与形态学分类相吻合。     

油梨转录组SSR分子标记开发与种质资源亲缘关系分析

选取海南大学油梨种质资源圃的‘Fuerte’油梨花朵和小果进行转录组测序,获得18 010条序列,总长度为29 422 056 bp。利用MISA软件检索转录组测序数据,获得分布于4 687个序列中的6 312个SSR位点。经统计发现,SSR在所检测的序列中出现的频率为35.05%。分析SSR位点特征显示,所有类型的SSR平均长度为18.90 bp,SSR之间的平均距离为4.66 kb。‘Fuerte’油梨转录组中SSR序列以二核苷酸、三核苷酸重复类型为主,两者占SSR总数的87.15%。二、三、四核苷酸重复类型中优势基元分别为AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物13 398对。以32份油梨种质资源为研究对象,对随机挑选的100对SSR引物进行有效性验证,并用于对这些油梨种质进行亲缘关系分析。发现其中40对引物具良好多态性,共扩增出219条谱带,其中171条为多态性谱带。经计算,平均每对引物产生4.275个多态性片段。He和PIC均值分别为0.529和0.456。UPGMA聚类和PCA分析结果较一致,在系数设定为0.74时可将32...     

引进豌豆种质资源遗传多样性分析

以引进的34份豌豆种质资源为试材,采用19个表型性状对其变异性、多样性和主成分分析进行了研究,结合SSR分子标记对其开展遗传多样性分析,以期加速豌豆种子资源研究进程。结果表明:19个性状在不同材料之间存在显著差异,平均变异系数为45.05%,平均遗传多样性指数为0.95;前7个成分占表达信息量的74.807%,其中第1主成分占表达信息量的18.350%,且第1主成分在脐色、粒色、叶面积、茎粗和花色等性状呈现较高的载荷量;表型性状分析将34份材料分成8类;分子标记研究结果显示,118对SSR引物共筛选出25对具有稳定多态性条带,共检测115个差异位点,每对引物平均4.6个,有效等位变异数为1.6944,有效等位变异所占比重为40.17%,Shannon信息指数为0.5941。运用NTSYS软件进行聚类分析,34份材料遗传相似系数(GS)为0.461~0.860,平均0.661,SSR标记分析引进的34份材料也被分为8类,2种分类方法呈现显著正相关(R=0.9013,P=0.1011>0.050)。该研究利用SSR分子标记从分子水平上揭示豌豆种质资源遗传背景和亲缘关系,可为今后豌豆资源的利用提供重要参考依据。     

甜樱桃先锋及其芽变品种的SSR分析

短枝先锋和早生凡是先锋的2个短枝型芽变品种,应用SSR技术,筛选了9对引物来区分这3个品种.结果表明:只有引物pchgms4没有扩增产物,其余8对引物扩增效果理想;单独利用引物pchpgms3可以完全区分这3个品种;引物PceGA25与引物组合EMPA017可以区分这3个品种.     

樱桃主栽品种的遗传多样性分析

利用24对SSR引物对30个樱桃主栽品种进行遗传多样性分析, 以了解樱桃产区的资源多样性状况, 为种质资源的开发和利用提供帮助。结果表明: 樱桃产区具有丰富的遗传变异。SSR的遗传多样性指数的分布范围为1.3647～2.9964, Simp son指数分布范围为0.6111～0.9326。30个品种的分子数据聚类结果均呈现一定的地理分布规律。根据系统聚类分析将30个樱桃品种分为两大类: 欧洲甜樱桃和中国樱桃, 与传统分类学的结果相符。同时在两大类内又将品种进行细分, 第Ⅰ类分为3组, 第Ⅱ类分为2组,其结果与地理分布有一定的相关性, 能够反映樱桃的遗传特点及区域特性。