兰属植物目标起始密码子（SCoT）遗传多样性分析

应用 SCoT 分子标记技术对兰属 14 个种的 24 个样品进行遗传多样性分析,27 条引物共扩增出 259 条 DNA 条带,其中多态性条带 224 条,多态性百分比达 86.49%,条带大小为 100 ~ 2 000 bp,多数条带分布在 500 ~ 1 300 bp 之间。根据 SCoT 标记计算的遗传距离系数得到的聚类结果可知,24 种兰属植物可以分为 5 类：A类：春兰、建兰、蕙兰、莲瓣兰;B 类：墨兰、寒兰;C 类：春剑;D 类：兔耳兰;E 类：多花兰、文山红柱兰、虎头兰、象牙白、碧玉兰、黄蝉兰,这与传统兰属分类有所区别。     

龙眼24个品种的SCoT遗传多样性分析

利用SCoT标记对24份龙眼品种资源进行了检测。从80条引物中筛选出24条重复性好,条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出211条带,其中181条具有多态性,多态性带比率为85.8%。24个龙眼品种间遗传相似系数在0.65 ~ 0.86之间,说明SCoT标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示,SCoT标记能将24份龙眼品种完全区分开,并分成两类。     

枸杞种质遗传多样性SCoT分析

以17份枸杞种质为试材,采用SCoT标记法,分析了17份枸杞种质资源的遗传多样性,以期为枸杞种质资源的深度开发与利用提供参考。结果表明:从42条引物中筛选出7条重复性好、条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出32条条带,其中30条条带具有多态性,多态性比率为93.47%;UPGMA聚类分析显示,17份枸杞种质间遗传相似系数在0.30~1.00,平均相似系数为0.80,在遗传相似系数为0.72时,可将17份枸杞资源分成四大类。表明采用SCoT标记法能够揭示枸杞种质间的遗传多样性。     

柑橘SCoT分子标记技术体系的建立及其在遗传分析中的应用

 采用正交设计方法,对影响柑橘SCoT-PCR反应的Mg2+ 、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化,建立了适于柑橘的SCoT标记分析体系。20 μL反应体系中含有：Mg2+ 1.5 mmol · L-1,dNTPs 0.35 mmol · L-1,引物0.625 μmol · L-1,TaqDNA聚合酶0.25 U,模板DNA 10 ng。最适退火温度为49 ℃。利用该体系对Wan2橘橙 × Li2甜橙的杂交后代及沙田柚四倍体进行分析,扩增条带清晰,扩增产物在150 ~ 2 100 bp之间。7个引物在Wan2橘橙、Li2甜橙及其18株杂交后代中共扩增出74条带,多态性条带48条,多态性比率为64.9%,在相似系数0.85处,18株杂交后代可聚为5类,表明其具有较丰富的遗传多样性;11个引物在4株沙田柚四倍体及其二倍体亲本中共扩增出84条带,其中多态性条带46条,多态性比率为54.8%,聚类分析显示5株沙田柚遗传相似系数在0.785 ~ 0.880,在相似性系数0.825处可分为3类,3株同源四倍体分别聚在不同的位置,四倍体材料均发生了不同程度的遗传变异。研究结果表明建立的柑橘SCoT体系结果稳定,重复性好,可为柑橘遗传育种提供新的技术支持。     

中国野生白灵菇遗传多样性的SCoT 分析

 对来自新疆裕民、托里、青河等3个县的63株野生白灵菇（Pleurotus eryngii var. tuoliensis）的遗传多样性进行了SCoT分析。9条SCoT引物共产生147条带,多态性条带比率为92.52%,平均多态性条带数为15.11。总样本的Nei’s基因多样性指数为0.261,Nei’s遗传一致度0.612 ~ 0.932,平均为0.772,这表明中国野生白灵菇具有丰富的遗传多样性。聚类分析和主坐标分析结果高度相似,几乎将供试样本完全按地理分布划分为3大类群,表明野生白灵菇的遗传多样性与地理分布密切相关。遗传距离分析表明,3个居群中,裕民居群与托里居群的亲缘关系最近,遗传距离为0.086;托里居群与青河居群的亲缘关系最远,遗传距离为0.156。相关性分析表明,遗传距离与直线地理距离和经向地理距离均不存在相关性,而与纬向地理距离存在明显的正相关关系。     

基于SCoT分子标记的19份黄桃种质遗传多样性分析

【目的】分析黄桃种质的遗传多样性和亲缘关系,为选育新品种提供理论依据,有效避免骨干亲本重复利用和新品种遗传背景单一的问题。【方法】基于SCoT引物对19份黄桃材料进行遗传多样性分析,并利用软件NTSYS2.10进行聚类分析和主坐标分析。【结果】15条SCoT共扩增出283条清晰条带,多态性条带共277条,多态性比率为97.88%。19份黄桃材料遗传相似系数的变异范围为0.186～0.635,平均为0.324。聚类分析将19份桃材料分为5个群组,表明19份黄桃材料的遗传背景存在差异,遗传背景丰富。经主坐标分析,得到与聚类分析类似的结果。【结论】15条SCoT引物对19个黄桃材料进行有效区分,并将其分为5个组。19个黄桃材料的遗传背景存在显著差异。     

大花蕙兰遗传多样性及亲缘关系的AFLP分析

对来源于日本、韩国和美国的42个大花蕙兰品种和两个国产兰属原生种进行了遗传多样性和亲缘关系的AFLP分析, 9对多态性引物在50～500 bp内共扩增出1 597条带, 其中多态性带1 565条, 多态性比率9810%。单引物对扩增的带数156～193条, 平均每对引物扩增带数177条。42个品种具特征带或缺失带。大花蕙兰品种间的遗传多样性丰富, 品种间的相似系数0.3399 ～0.8223, 平均相似系数0.5783。UPGMA聚类结果将供试品种分为4大类, 与根据花枝类型或花径大小、花色等形态指标分类的结果相吻合, 同一产地来源甚至同一育种公司选育出的品种能基本上聚类在一起, 反映出了品种间的亲缘关系。     

玫瑰自然杂交后代数量分类及SCoT标记研究

利用数量分类和SCoT分子标记两种方法对40个玫瑰自然杂交后代进行分类、遗传多样性研究。数量分类将40个玫瑰自然杂交后代分为5类：第一类包括Z1、Z15等20个样品,主要特征为花色粉色至深粉,重瓣花,花萼不反卷,花梗刺着生均匀;第二类包括Z10、Z17等6个样品,主要特征为花色紫红,单瓣花,花萼反卷,花梗刺分布均匀;第三类包括Z12、Z38等12个样品,主要特征为花色浅粉至粉,重瓣花,花萼不反卷,花梗刺着生位置多为中下部;Z11和Z34分别为第四类和第五类,主要区别特征为花色,分别为浅黄和白色。SCoT分子标记筛选出的20条引物共扩增出426条带,多态性条带379条,多态性比例为88.97%。选用UPMGA法对供试样本进行聚类分析,聚类结果将40个玫瑰自然杂交后代分为5类,与数量分类结果基本一致。数量分类和SCoT分子标记方法对本项研究适宜可行,40个玫瑰自然杂交后代遗传多样性表现丰富,亲本来源的多样性使得玫瑰的分类体系与之前研究结果相比增加了2个类系。本研究为科学利用玫瑰自然杂交后代和培育玫瑰新品种提供理论依据。     

ISSR和RAPD分子标记技术在不同君子兰品种遗传多样性上的应用

采用ISSR标记和RAPD标记技术研究了15个君子兰品种的遗传多样性。结果表明:从55条寡聚核苷酸引物中筛选出10条简单重复序列引物,共扩增出65条带,平均每条引物扩增出6.5条带,其中5.4条多态性带,多态性比率为81.95%;从55条寡聚核苷酸引物中筛选出11条多态性引物,共扩增出47条带,平均每条引物扩增出4.27条带,其中32条多态性带,多态性比率为67.88%。POPGEN软件计算出君子兰品种间遗传距离为0.1123~0.6330,平均值为0.3263。基于遗传相似系数的UPGMA聚类分析将15个品种明显聚为二组,国兰系列品种为一组,日本兰系列品种组成另一组。     

长白山地区野生软枣猕猴桃遗传多样性研究

利用RAPD分子标记技术对长白山地区24个野生软枣猕猴桃种质资源进行检测,应用NTSYSpc 2.10e软件对遗传一致性和遗传距离进行分析。以期解析长白山地区野生软枣猕猴桃种质资源的遗传多样性、亲缘关系。结果表明:用24个扩增效果良好的引物进行RAPD扩增反应后,共扩增出187条带,其中多态性条带为181条,占96.8%,平均每个引物产生7.54个多态性条带。24个野生软枣猕猴桃种质资源之间遗传距离为0.02~0.58,并具有同一地理区域聚类趋势,且不同地理区域间存在较高的遗传多样性。     

基于SCoT 标记的芥菜种质遗传多样性与指纹图谱

利用SCoT 标记对46 份芥菜种质资源进行遗传多样性分析。从70 条引物中筛选出21 条用于PCR 扩增,共扩增出200 条条带,其中多态性条带140 条,多态性比率为70%。供试材料相似系数介于0.77～0.95 之间,平均Nei’s 基因多样性为0.198,平均Shannon 信息指数为0.301,平均多态信息含量为0.822 7。利用UPGMA 构建46 份芥菜种质资源的聚类树状图,在相似系数D1=0.780 处,可以将46 份芥菜种质分为两大类;而在D2=0.807 处,第Ⅱ类可进一步细分为5 个亚类。选出清晰的16 个多态性位点,构建46 份芥菜种质的SCoT 指纹图谱,结果由引物SP4、SP19、SP20、SP23、SP30 所构建的DNA 指纹图谱可将供试材料完全区分开。     

菊属植物SCoT分子标记技术在遗传多样性分析中的应用

 采用正交设计方法,对Mg²⁺、dNTPs和引物浓度、TaqDNA聚合酶及模板DNA用量等5个因素进行筛选,得到适于菊属植物的SCoT标记PCR反应体系,25 μL体系中含有：Mg²⁺ 1.2 mmol · L^-1、dNTPs 0.15 mmol · L^-1、引物0.8 μmol · L^-1、TaqDNA聚合酶1 U、模板DNA 50 ng。优化的最适退火温度为49.4 ℃。改进电泳方法,采用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,银染法染色。运用不同倍性菊属材料基因组DNA对优化的SCoT-PCR反应体系进行验证,获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明确立的菊属植物SCoT分子标记技术体系稳定可靠。利用该体系及筛选出的12个SCoT引物,对18份菊花近缘种属材料的遗传多样性及亲缘关系进行分析,共检测到209个位点,其中多态性位点数189个,多态性比率为90.43%。应用NTSYS-pc2.1软件,计算菊花近缘种属材料之间的相似性系数并采用不加权成对算术平均法（UPGMA）进行聚类分析,结果18份菊花近缘种属材料的遗传相似性系数范围为0.4516 ~ 0.7035,平均遗传相似性系数为0.58。聚类分析显示在相似系数0.530处可以将18份材料分成Ⅰ、Ⅱ两个大组,Ⅱ组包括芙蓉菊和绢毛蒿,其余16份材料属于Ⅰ组。Ⅰ组在相似系数0.615水平又分为6个亚组。结果表明SCoT分子标记体系适用于菊属及其近缘属种遗传多样性及亲缘关系的研究。     

Genetic diversity in Apium graveolens and related species revealed by SRAP and SSR markers

Genetic diversity is essential to crop improvement. However, lack of molecular markers prevents the understanding of genetic diversity in celery and related species. In this study, SRAP and SSR markers was firstly used to evaluate genetic variation in 68 accessions of Apium graveolens and related species. A total of 888 bands were generated by 40 primer combinations of SRAP and 32 bands were produced by eight SSR markers. Of the 920 bands, 95.1% were polymorphic between A. graveolens and related species, and 49.2% were polymorphic within A. graveolens. Cluster and structure analysis could distinguish local celery, celery, and related species. These results suggested that both SRAP and SSR technologies can be efficiently used to characterize genetic variation and analyze genetic relationship in celery and related species.     

巨大革耳遗传多样性的ISSR分析

为确定巨大革耳种质资源问的亲缘关系,本文应用ISSR分子标记技术,对来源不同地区的野生或栽培的9个巨大革耳菌株进行遗传多样性分析。从20个引物筛选获得4个ISSR多态性引物对巨大革耳菌株扩增,获得23条多态性条带,多态性比率为85．19％;对扩增结果进行聚类分析,当遗传距离为20％时,9个菌株聚为2类：I类包括C．m0002菌株;Ⅱ类包括其它的8个菌株。其中C．m0002菌株与其它8个菌株的遗传距离很远。经栽培出菇实验,结果表明,C．m0002菌株的子实体似多脂鳞伞（黄伞）,是同名异种;其它8个菌株均为巨大革耳。ISSR分析的结果与子实体形态特征一致。     

香蕉A基因组品种间遗传关系的SSR检测

应用SSR技术,对32个香蕉A基因组类型品种(系)的遗传关系进行了检测。40对SSR引物在32个品种(系)中分别扩增带数在3～15个,平均每个SSR座位可检测2.99个多态性带;引物的多态信息量(PIC)在0.00～0.88,平均0.62。依据SSR数据计算的品种间遗传距离在0.00%～34.27%,平均12.45%,大多数品种间的遗传变异非常有限,但也存在着遗传差异突出的品种:FHIA25、Yangambi KM5、Pisang Jari Buaya、Rose和皇帝蕉。依据26%的遗传距离,除了FHIA25和Pisang Jari Buaya单独化成1组外,其它30个品种可以分为2组:品种间遗传差异相对较高的组I和品种间遗传差异相对较低的组Ⅱ。Williams与引进的洪都拉斯3号、M931之间,洪都拉斯1号和洪都拉斯2号之间,高脚青芽蕉和高脚顿地雷分别没有区分开来,这可能是同物异名,也可能是同一品种未能分辨的突变体。     

河南部分牡丹品种遗传多样性的AFLP分析

 利用AFLP技术对30个牡丹品种的遗传多样性进行了研究。用3对引物组合进行选择性扩增, 共产生151个位点, 其中96个为多态性位点, 占63.5%。其中2个受试品种产生了特异性位点。聚类分析结果显示, 遗传距离0.25将30个牡丹品种划分为5个聚类组, 与传统分类结果基本一致。     

辣椒属5个栽培种部分种质亲缘关系的RAPD分析

 采用31个10 bp随机RAPD引物对辣椒属(Capsicum ) 5个栽培种31份材料进行PCR扩增,共扩增出276条带, 其中多态性带244条, 占88.41%。C. annuum 多态性位点比例( PPB) 和Shannon多样性指数( I) 分别为32.97%和0.1599, 表明其遗传多态性较低。31份材料两两不同种质间Jaccard相似系数在0.349～0.952之间, 平均为0.729。聚类分析结果显示: C. annuum 与其它4个栽培种的亲缘关系由近至远分别是C. chinense、C. frutescens、C. pubescens和C. baccatum。对C. annuum 24份不同类型材料聚类分析的结果与形态分类不能完全对应, 说明我国现行主要基于果实形态的变种分类体系不能准确反映C. annuum种质的遗传差异。本研究还发现中国云南西双版纳C. frutescens种质与美洲C. frutescens种质具有较大的扩增片段差异, 为进一步考证我国云南西双版纳地区也是辣椒起源地之一提供了新的证据。