三江白猪H-FABP基因多态性和肌内脂肪含量相关性分析

利用PCR-RFLP技术检测了80头三江白猪H-FABP基因的5'-上游区和第2内含子区的遗传变异,并用最小二乘法模型分析了H-FABP基因对猪肌内脂肪含量的遗传效应。结果表明:在H-FABP基因5'-上游区域HinfⅠ-RFLP和第2内含子MspⅠ-RFLP均不存在多态性,基因型为HH和AA。第2内含子HinfⅠ*-RFLP(基因型BB、Bb、bb)和HaeⅢ-RFLP(基因型DD、Dd、dd)均有多态性,肌内脂肪含量bb高于Bb型,但肌内脂肪含量差异不显著(P>0.05);dd基因型肌内脂肪含量显著高于Dd和DD基因型(P<0.05)。通过各种组合基因型发现,AAddbbHH基因型具有最高的IMF含量,因此可通过提高"AAddbbHH"基因型的频率来增加肌内脂肪含量,达到改善猪肉质的目的。     

三江白猪H-FABP基因的多态性分析及与繁殖性能的关系

心脏脂肪酸结合蛋白(Heart fatty-acid binding protein,H-FABP)是一类结构特殊的蛋白质,对脂肪酸具有特别的亲和力,它可以结合多种配体,加强细胞内的脂肪酸向特定细胞器或者细胞膜的转运扩散. 三江白猪为我国自己培育的第1个瘦肉型猪种,以其繁殖能力强、抗逆性强、肉味鲜美而著称于世.试验通过对三江白猪H-FABP基因的5'-上游区和第二内含子的遗传多态性研究,分析其与三江白猪高繁殖性能的关系,为三江白猪分子育种奠定基础.     

鸭脂肪酸结合蛋白基因的克隆和序列多态性分析

根据鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因序列设计1对引物对鸭基因组进行PCR扩增，将扩增出的475bp片段进行克隆和测序，序列分析表明该基因片段包含部分外显子2、3和完整的内含子2序列，与鸡、鹅、猪的A-FABP基因分别有84％、94％和77％的同源性。在此基础上又设计3对引物利用PCR—SSCP方法对获得的序列进行多态性研究。结果引物P3在樱桃谷鸭、山麻鸭等品种中发现4处单碱基突变，分别为：241处“A～T”突变；243处的“T—C”突变；258处的“T—C”突变；299处的“C—T”突变。这些点突变共产生了3种基因型，且基因型分布在各鸭品种间有显著差异。     

德州驴心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的克隆及序列分析

本试验对德州驴心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因进行了克隆测序,并与GenBank中11个物种相应基因编码区核苷酸序列、氨基酸序列进行了比对分析,同时通过最小进化法(ME法)、邻接法(NJ法)和非加权组平均法(UPGMA法)对H-FABP基因编码区核苷酸序列进行了物种间分子系统进化树分析。结果表明,德州驴H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成,外显子1、2、3、4大小分别为73、173、1025、7 bp,内含子1、2、3大小分别为3500、1980、1425 bp。CDS序列全长为405 bp,前体氨基酸数为134个;德州驴与马、野猪、人、牛、山羊、牦牛、大鼠、小鼠、红原鸡、绿头鸭、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上有较高的保守性,同源性大小分别为96.79%、91.36%、89.14%、88.89%、88.89%、88.64%、84.07%、83.46%、75.80%、74.81%、67.90%;3种方法构建的物种间分子系统进化树基本一致,并且3种分子进化树结果与动物学分类一致,表明H-FABP基因适合于构建不同物种间的系统进化树。     

布莱凯特牛心脏脂肪酸结合蛋白基因的序列测定及分析

根据GenBank发表的牦牛心脏脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid-binding protein,H-FABP)基因的序列设计13对引物,分13段扩增出布莱凯特牛H-FABP基因,采用PCR产物直接测序的方式对各个片段进行测序,使用生物信息学软件对各个片段的测序结果进行拼接,得到布莱凯特牛H-FABP基因的全序列,并对其进行序列分析。结果表明,布莱凯特牛的H-FABP基因(GenBank登录号:FJ756345)是由4个外显子(73、173、102和54 bp)和3个内含子(3463、1892和1494 bp)组成;布莱凯特牛与牦牛、普通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小鼠和鸡等9个物种之间的核苷酸同源性大小依次为99.3%、99.0%、96.3%、92.5%、89.8%、88.3%、83.3%、82.8%、75.6%,其氨基酸的同源性为99.2%、99.2%、96.2%、93.2%、91.7%、88.7%、86.5%、86.5%、77.4%;系统发生树将这些物种总体上分成2支,鸡为独立的一支,布莱凯特牛、牦牛、普通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小鼠为另一独立的大分支。因此,渤海黑牛H-FABP基因具有很强的保守性,其进化树符合物种进化规律。     

大熊猫IL-4基因的克隆与序列分析

应用RT-PCR技术从ConA诱导培养的大熊猫外周血淋巴细胞总RNA中扩增得到大熊猫IL-4基因,并将其克隆到PGEM-T载体中。经菌落PCR鉴定、序列测定及序列分析,结果表明,克隆得到的IL-4基因开放阅读框由396个核苷酸组成,编码一个由132个氨基酸组成的多肽,包括编码24个氨基酸的信号肽和108个氨基酸的成熟肽。与GenBank中已登录的大熊猫IL-4（DQ166512）的核苷酸序列同源性分别为99.5%和100%;与其他哺乳动物如犬、猫、人、猪、牛、羊、马、兔、鼠等的IL-4核苷酸同源性为50.7%（鼠）～87.7%（犬）;IL-4编码氨基酸同源性在35.7%（鼠）～78.8%（犬）;进化树构建结果表明,大熊猫与犬、猫遗传距离最近。     

新城疫病毒B_(95)株HN蛋白基因的克隆及序列分析

根据 NDV　 HN蛋白已知基因序列设计一对引物 ,以提取的澳大利亚布里斯班 NDV分离株 B95基因组 RNA为模板 ,利用 RT- PCR技术扩增得到一条约 1.9kb的条带。将扩增产物克隆到 PGEM- T- easy载体中 ,并对重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定 ,结果证明我们得到了 HN基因的阳性重组子 ,随后采用 Sanger's双脱氧末端终止法对阳性重组子进行核苷酸序列测定 ,获得该基因全长序列 ,并进行同源性分析。 B95株与其他毒株核苷酸同源性为 95 .1%～ 87% ,氨基酸同源性为96 .1%～ 92 .1%。     

牛病毒性腹泻病毒新疆分离株E2基因的克隆及序列分析

应用RT-PCR方法从牛病毒性腹泻病毒（BVDV）新疆石河子分离株、玛纳斯不同年份两个分离株扩增获得的3株BVDV的E2基因序列,分别命名Shihezi148、Manasi和MNS2（GenBank登录号：EU159699、EU159703和EU169937）。序列分析结果表明3株E2基因长度分别为1121bp、1122bp和1122bp,分别编码373、374和374个氨基酸残基。核酸序列同源性和系统发生分析表明,3株病毒均属于BVDV基因1型（BVDV-1）,Shihezi 148株与澳大利亚Bega株亲缘关系最近,同处于BVDV-1c基因亚型群,其E2氨基酸同源性为90.11%。Manasi株和MNS2株E2基因核酸序列仅有4个碱基的差别,它们与Changchun 184和匈牙利VEDEVAC株亲缘关系最近,位于BVDV-1b基因亚型群。Manasi和MNS2株与Changchun 184株E2氨基酸同源性分别高达98.66%和98.93%。     

山羊痘病毒ITR基因片段的克隆与序列分析

应用PCR方法扩增山羊痘病毒QL、LD、Y和B株ITR基因片段,插入pMD18-T载体,转化DH5α感受态细胞,提取重组载体经PCR和酶切鉴定后测序,并与GenBank上8株羊痘病毒相应序列进行同源性分析。结果经PCR扩增,4株病毒均可得到一条均一的DNA片段,该片段可被内切酶AluⅠ特异酶切,而且该PCR的DNA模板最小检出量为24.40pg。经测序,该基因片段长度为289bp;序列比较发现,4株病毒ITR片段与GenBank上2株山羊痘病毒的核苷酸与氨基酸序列同源性均为100%,与3株绵羊痘病毒分别为98.2%和96.5%,与3株牛疙瘩皮肤病病毒为98.2%～99.3%和96.5%～97.7%。这表明ITR基因片段在羊痘病毒属中较为保守,可以针对ITR基因建立羊痘病毒的PCR检测方法。     

家蚕蛋白激酶C受体基因( Bmrack )的克隆及序列分析

蛋白激酶C受体蛋白(RACK)除作为细胞内蛋白激酶C的受体之外,还作为细胞内重要的支架蛋白调节细胞功能。应用生物信息学方法对家蚕RACK蛋白的编码基因Bmrack进行电子克隆,获得了1224 bp的重组序列,基因编码区长960 bp,编码319个氨基酸,蛋白分子质量为36.04 kD,等电点为8.07。从家蚕幼虫脂肪体基因组DNA中PCR克隆了Bmrack基因,序列总长为2 122 bp,含有4个内含子和5个外显子,通过家蚕WGS比对,结果与其中5条序列的一致性为99%,且修复了其中8个缺口。聚类分析表明RACK蛋白的氨基酸序列在鳞翅目昆虫中非常保守。     

三江白猪与5个品种猪RAPD分析引物的筛选

试验用100条引物对6个品种猪进行随机扩增，筛选出了25个多态性较好的引物，可产生遗传多样性，其中Q—13，Q—03，Q—01，K—07，K—19，G—13，A—09，C—19，C—5，C—11，K—09，E—03，E—15，S—17，S—13共15条引物的扩增结果稳定性好、多态性强。这些引物的RAPD扩增结果都可作为三江白猪品种的遗传多样性分析、基因定位及分子标记等。     

6个猪种FUT1基因的多态性分析

α(1,2)岩藻糖转移酶基因1(α-1,2-Fucosyltransferase gene,FUT1)是可以调节大肠杆菌F18侵染猪小肠、并引起仔猪水肿和腹泻的一个抗性基因。采用PCR-SSCP方法,检测了FUT1基因在大白猪、长白猪、杜洛克、马身猪、山西黑猪、晋汾白猪6个猪种中的多态性。结果表明:在大白猪、长白猪和杜洛克这3个引进品种中,存在A、B、C 3种单倍型,A单倍型的平均分布频率为0.58;而在地方品种马身猪及其培育品种山西黑猪和晋汾白猪中只发现了单倍型A。经测序比对发现B单倍型第5位碱基发生了C→A的转换,第145个碱基处发生了T→C的突变;而单倍型C的第372位碱基A发生缺失。大白和杜洛克2个种群Hardy-Weinberg不平衡,FUT1基因在国外引进猪种大白、长白、杜洛克种群多态性丰富。     

金堂黑山羊LHR基因片段的克隆及序列分析

采用RT-PCR法从刚断奶健康金堂黑山羊卵巢组织中扩增出促黄体素受体(LHR)基因部分序列,序列长度分别为1799和1724个碱基。2个序列与牛相比,中间都缺失266 bp;与猪变体B有相同的终止密码,初步确定2个序列为山羊LHR的2个变体。2个序列蛋白没有7个跨膜结构,但有N连接糖基化位点。结果表明:金堂黑山羊LHR RNA中存在一种替代剪接机制,采用不同的相位导致读码框的终止。     

不同绵羊群体BMP15基因多态性检测及序列分析

为了检测在小尾寒羊、无角陶赛特羊及陶×寒F1、F2代中骨形态发生蛋白15(BMP15)基因的单核苷酸多态性,试验采用PCR-RFLP、PCR-SSCP方法进行检测。结果表明:在小尾寒羊、无角陶赛特、陶×寒F1和F2代群体中均未检测到BMP15基因,编码序列第718位碱基处发生了FecXG(B2)突变,与贝尔克莱绵羊和剑桥绵羊相同,说明BMP15 B2突变在这4个绵羊群体中的自然发生率非常低。     

贵州白山羊BMP15基因多态性研究

骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)基因是控制Belclare和Cambridge等绵羊的高繁殖力主效基因,BMP15蛋白中单个氨基酸的改变直接影响绵羊的产卵率和产羔数。采用RFLP和SSCP技术检测BMP15基因中绵羊高繁殖力突变类型FecXG和FecXB在贵州白山羊中的分布。结果表明,在贵州白山羊样品中没有检测到BMP15基因的FecXG突变,说明该突变在贵州白山羊中的自然发生率非常低;在贵州白山羊高产母羊和公羊中检测到BMP15的FecXB突变,以杂合的AB基因型存在,低产母羊中没有检测到该突变,提示BMP15基因的FecXB突变可能是影响贵州白山羊繁殖力的因素之一。     

绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性分析

试验旨在探讨心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid-binding protein,H-FABP）基因在绵羊中的遗传多态性,并寻找可用于辅助选择的分子标记。本研究以滩羊（250只）及滩羊×湖羊杂交F1代（174只）为试验动物,利用SNaPshot分型技术对H-FABP基因（GenBank登录号：AY157617）的多态位点进行单核苷酸多态性（SNP）分析,统计基因频率和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（Ne）等遗传多态指标,分析候选基因不同基因型与体重、体长、体高、胸围、胸深、胸宽和管围等生长性状的关联性。结果显示：①检测到9个多态位点：939[A/G]、980[G/A]、1018[T/C]、2878[C/T]、2956[C/T]、3017[G/A]、3341[G/C]、3394[T/A]、1056[-/G],其中有6处转换、2处颠换、1处单碱基插入。②939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]和1018[T/C]的He为0.3200~0.4666,PIC为0.2688~0.3577;2878[C/T]、3017[G/A]位点的He为0.0283~0.1272,PIC为0.0279~0.1191,为低度多态;1056[-/G]位点的He在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0120和0,PIC在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0119和0;9个多态位点在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中均符合Hardy-Weinberg平衡定律。③5个多态位点：939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]处于紧密连锁（D'>0.99）,将H-FABP基因分为3个单倍型：AA、AB和BB。④在41只滩羊×湖羊杂交F1代羊中,BB单倍型在各生产性状上具有最大值,但各单倍型间差异不显著（P>0.05）。结果表明,绵羊H-FABP基因具有丰富的遗传多态性,939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]5个位点紧密连锁,BB单倍型可能是与绵羊生产性状相关的优势单倍型。     

湘西黄牛的H-FABP基因对大理石花纹和肌内脂肪含量相关性分析

[目的]为了研究H—FABP基因多态型与湘西黄牛大理石花纹和肌肉脂肪含量的相关关系。[方法]本试验选用肉质候选基因H—FABP,利用DNA测序和PCR—SSCP技术,对H—FABP基因多态性与湘西黄牛肉肌内脂肪含量和大理石纹的影响做了初步的探讨。[结果]表明：研究的牛群中存在H—FABP基因的多态性分布,其中AA型的大理石花纹要显著高于AB型和BB型（P〈0．01）,AB型和BB型间差异不显著（P〉0．05）;AA型肌内脂肪含量要显著高于AB型和BB型（P〈0．01）．AB型和BB型间也存在显著差异（P〈0．01）。[结论]H—FABP基因的多态性与湘西黄牛的牛肉肌内脂肪含量和大理石花纹间存在显著的相关性。