柳属植物ITS序列分析

本文分析了垂柳、曲枝垂柳、旱柳和龙爪柳以及其他柳属植物属内种间系统发育关系。提取垂柳、曲枝垂柳和龙爪柳基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用BLAST方法将植物内转录间隔区(ITS)序列在GenBank中进行同源搜索,应用邻接距离距阵法,建立柳属共19种的ITS序列的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果表明,垂柳、曲枝垂柳、旱柳和龙爪柳应属于同一种,其关系为种内变异水平,与经典分类方法中垂柳与旱柳为两个不同种存在分歧。     

降香黄檀DNA提取及其rDNA-ITS序列分子系统发育分析

以核糖体转录间隔区(rDNA-ITS)序列为分子标记,结合GenBank数据库中已有序列,阐明黄檀属内不同物种之间的分子系统发育关系。通过改良十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB)提取降香黄檀总DNA,利用引物对rDNA-ITS序列进行聚合酶链式反应(PCR扩增)和序列测定。结果表明,基于rDNA-ITS序列测定、位点分析和系统发育树构建方法,可利用ITS序列进行黄檀属树种准确的分子鉴定,为其种类鉴定和种间分类地位提供分子生物学依据。     

真菌ITS区序列结构及其应用

分析了真核生物以及原核生物核糖体基因内部转录间隔区序列结构.核rDNA的内转录间隔区ITS序列包含被5.8S rDNA所分隔的ITS1和ITS2两个片段.列举了根据真菌ITS区序列设计的扩增通用引物与特异引物.在此基础上,综述了真菌ITS序列结构在种间亲缘关系研究、植物病原真菌的检测、未知病原真菌的鉴定、近似种或疑难种的确定等方面的应用.     

几种野牡丹属植物系统发育关系的初步研究

采用nr ITS和叶绿体基因间隔区trnL-trnF的序列,初步研究分布于广东省的野牡丹属的6个物种,即展毛野牡丹(Melastoma normale)、野牡丹(M.candidum)、多花野牡丹(M.affine)、细叶野牡丹(M.in-termedium)、地稔(M.dodecandrum)、毛稔(M.sanguineum)和1个原产印度的印度野牡丹(M.malabathri-cum)及其白花变种(M.malabathricum var.alba)的遗传关系。结果表明,展毛野牡丹、野牡丹、多花野牡丹、细叶野牡丹和毛稔这5个物种具有完全一样的nr ITS和叶绿体基因间隔区trnL-trnF序列,表明它们之间存在非常近的亲缘关系。印度野牡丹在nr ITS序列上与前5个物种序列相同,但在叶绿体trnL-trnF序列上具有1个碱基的差异,表明它与这些物种之间存在非常近缘的关系。地稔与其他几个物种无论在nr ITS序列还是在叶绿体trnL-trnF序列上都差异甚大。     

旋花科植物ITS序列分析

通过提取白色圆叶牵牛基因组的DNA及紫色重瓣圆叶牵牛的DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定.采用BLAST方法,将测序结果在GenBank中进行同源搜索,采用邻接距离矩阵法构建了与其亲缘关系接近的旋花科14个种基于ITS序列的系统发育树,并分析了它们的亲缘关系.结果表明,原牵牛属和番薯属的亲缘关系较近,打碗花属、旋花属与番薯属为旋花科两大亲缘关系较远的类群;疑似新种的紫色重瓣圆叶牵牛并非一个新种,而是属于圆叶牵牛种下分类水平的变种或变型.     

狭义酿酒酵母属ITS序列分析

狭义酿酒酵母属中的酵母菌对葡萄酒产品特色的形成尤为重要。于丽江地区分离得到的新菌株,被命名为SA37,ITS序列分析表明其属于狭义酿酒酵母属。同时,在GenBank中下载该属6个种的22个不同菌株相似度较高的同源序列,重点分析ITS序列长度、G+C含量。运用邻接距离矩阵法,建立系统发育树,并讨论各种之间的系统进化关系。结果表明,贝酵母(S.bayanus)、葡萄汁酵母(S.uvarum)可认为是同一个种;新发现菌株SA37与贝酵母(S.bayanus)、贝优酵母(S.eubayanus)和葡萄汁酵母(S.uvarum)都有较近的亲缘关系。丽江地区该种酵母类型鲜有报道,新菌株的发现,为研究酵母的系统发育、菌株间的地域差异以及酿酒工艺的优化奠定了基础。     

基于DNA序列分析的刚竹属系统树构建

提取刚竹属中毛金竹、毛竹、龟甲竹、人面竹、紫竹、白哺鸡竹、黄槽竹、芽竹、蓉城竹、红壳雷竹、假毛竹、金竹、黄纹竹等13个竹种的DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列以及maturase K(mat K)序列进行PCR扩增和序列测定。构建了与其亲缘关系接近的刚竹属6个种、牡竹属3个种共22个竹种基于ITS序列的系统发育树和刚竹属7个种、牡竹属3个种共23个竹种基于mat K的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果显示,实验所用的大部分竹种分类结果与传统分类类似,但黄纹竹、毛竹与其他刚竹属竹种的遗传距离较远,却与牡竹属的竹种聚类,与传统分类相左。通过测序分析认为其为杂种的可能性较高,并由此推测杂种的存在是造成竹子分子分类困难的一大原因。     

福木假尾孢菌Pseudocercospora elaeodendri的转录间隔区序列分析

PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离分析结果发现,试验菌株仅与同源性为100%的未知种名的假尾孢菌聚为一类。比较不同种的ITS碱基序列,结果表明,试验菌株与其它种之间的差异碱基分布于ITS1和ITS2区域,说明ITS能够体现假尾孢属的种间变异。     

巨桉林下马勃分子系统发育的关系

采集巨桉林下马勃子实体,培养其菌丝体,提取子实体及菌丝体基因组DNA,进行rDNA-ITS区序列的扩增、克隆和序列测定,并对rDNA-ITS不同区域作序列分析,首次构建马勃的系统发育树.结果表明:野外采集获得马勃子实体l0种,其中成功培养6种,测序结果表明马勃rDNA-ITS区长度在607～766 bp之间,系统发育分析表明硬皮马勃属(Scleroderma)与豆包菌(Pisolithus)亲缘关系较近,秃马勃属(Calvatia)、马勃属(Lycoperdon)及横膜马勃属(Vascellum)之间亲缘关系较近,ITSl-5.8S rDNA-ITS2区可建立马勃类真菌属间系统发育树,ITS2区可用于建立马勃类真菌属内系统发育树,3个待定种硬皮马勃Scleroderma sp.11-1,Scleroderma sp.2-2和Scleroderma sp.5-2为金黄硬皮马勃(S.aurantium)的可能性较大.此研究可为探讨巨桉人工林下外生菌根种类与作用机制、马勃分类系统学及菌丝体的开发研究奠定基础.     

桉树无性系与亲本及桉属其它种遗传关系分析

对桉属(Eucalyptus)的11个种和3个元性系的ITS序列进行了比对分析,桉属的不同种以及3个无性系的ITS长度范围为633～678 bp.分析表明,3个无性系的ITS为假基因,其ITS序列长度比近缘种长38～45 bp.因此,通过ITS引物扩增和测序可以将无性系与其它种类、品种或类型区分.系统发育分析表明,柠檬...