猪PRRSV云南分离株主要蛋白基因克隆及序列分析

采用RT-PCR技术,分别对PRRSV云南分离株-YN株编码GP3、GP5、M蛋白的基因进行扩增,获得764、602、524 bp特异性目的片段,经纯化后,克隆至pMD18-T载体中,分别进行序列测定与分析。结果表明,云南PRRSV与已知代表毒株核苷酸序列同源性分别为89.72%～98.80%;遗传进化分析表明,云南分离株与HB-2(sh)/2002、CH-1a等毒株关系最近,与VR-2332、respPRRS mlv等同属一个大分支,而与JXA1、GD、NM1等毒株处于不同的分支。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒湘潭分离株GP5基因的遗传进化分析

湖南湘潭某猪场母猪出现流产、死胎等症状,疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染所致,将2头病猪肺脏样本送至实验室进行分子生物学诊断与分析。结果显示:样品均检测为PRRSV阳性,GP5序列同源性分析结果显示:PRRSV湘潭分离株与HP-PRRSV分离株(JXA1、CH-1a和TJ等)核苷酸同源性为94.2%～99.3%;与其它型PRRSV毒株同源性相对较低。遗传进化分析结果显示,研究获得的2株PRRSV毒株与国内流行的高致病性毒株(HP-PRRSV)所属分支相隔较近,提示研究获得的2株PRRSV分离株为高致病性毒株,且其GP5抗原表位存在变异。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1R株全基因组序列测定及遗传变异分析

为了解猪繁殖与呼吸综合征的弱毒(PRRSV)株在基因组水平上的变异和分子遗传特征,本研究对致弱毒株CH-1R株进行了全基因组序列的测定。结果表明,CH-1R株基因组序列全长15424nt,具有典型的动脉炎病毒基因组结构。通过与亲本株CH-1a株序列进行比对,发现其基因组内碱基的缺失和突变主要分布在ORF1a基因的第2191位～2193位、ORF5基因的第439位、ORF6基因的第49位和ORF7基因的第28位和第139位。其中PRRSVCH-1R株的Nsp2蛋白和结构蛋白的变异相对较大,尤其是Nsp2蛋白的变异,同CH-la株相比,CH-1R株的Nsp2蛋白存在多处核苷酸的突变,其中包括连续3个核苷酸发生缺失;由结构蛋白基因推导的氨基酸序列共有17处变异,在各结构蛋白中以GP3和GP5蛋白变异较大,而高度保守的M蛋白和N蛋白,同样发生了变异,由此预测了Nsp2蛋白的R631E、GP5蛋白的L146Q、M蛋白的Q16L和N蛋白的K46N处毒力相关的氨基酸位点,推测其在毒株致弱过程中起到了重要的作用。     

4株PRRSV GP5蛋白编码序列的序列测定和特性分析

针对PRRSV ORF5基因组设计了1对特异性引物,利用RT-PCR的方法,对在南方地区分离的4株PRRSV ORF5基因进行了基因扩增,克隆到pMD18-T载体后测序,获得了4株PRRSV ORF5基因全长603bp的核苷酸序列。利用生物信息学软件对4株PRRSV ORF5基因序列进行了遗传进化分析,结果显示GD1、GD2、GD3、GD4株与美洲型参考株(VR-2332)的核苷酸序列同源性分别为87.1%、87.2%、87.1%和86.9%。利用系统进化树分析表明GD1、GD2、GD3、GD4株均属于美洲型。进一步采用序列分析软件对病毒结构蛋白推导糖基化位点比较,结果表明不同毒株GP5糖基化位点在基序和位置上均有所不同,这可能与毒株的毒力、免疫原性的差异相关,这些为更好地了解PRRSV的分子流行病学特征和抗原变异规律提供依据,同时为研制基因工程疫苗奠定了基础。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1R株致弱过程中ORF5基因遗传变异分析

将猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1a株在Marc-145细胞上传代,用85代(S85)病毒对35日龄的仔猪进行人工感染试验,证实该毒株已经被致弱,将其命名为CH-1R株。利用RT-PCR扩增10个不同代次的CH-1a株和CH-1R株病毒的ORF5基因,并与9株参考毒株进行RFLP分析,发现了一个特异性的内切酶酶切位点-TspEⅠ。根据该酶切位点,可以区分CH-1R株、CH-1a株、其它野生型毒株和参考毒株。ORF5基因的变异分析显示,该致弱毒株与CH-1a株以及其它8株参考毒株存在着差异,并且它们的氨基酸同源性在88.5%～97.0%之间。系统进化树研究表明该弱毒株仍属于CH-1a亚支。     

PRRSV豫南株的分离鉴定及其ORF5基因遗传变异分析

从河南省信阳市某猪场分离获得1株PRRSV,将病料处理接种Marc-145细胞,48 h后出现明显的细胞病变,通过RT-PCR和间接免疫荧光方法鉴定,证实分离到的毒株为PRRSV,暂命名为HN-XY12。进一步对其ORF5基因进行克隆和测序,并将其进行序列比对和遗传进化分析。结果表明:分离株ORF5基因与HP-PRRSV代表株JXA1、Hu N4和HEnan-1的核苷酸同源性分别为98.7%、98.8%和99.2%,且遗传进化距离很近,同处一个基因群中,而与CH-1a经典毒株较远,说明分离株属于HP-PRRSV毒株;进一步分析ORF5基因编码的GP5蛋白,第13、151位均为具有强毒特性的精氨酸(R),第137位为具有野毒特性的丝氨酸(S),且分离株与国内分离的高致病性毒株JXA1的GP5蛋白氨基酸序列基本一致,而与美洲型毒株VR2332相比有多处变异。该结论进一步说明了分离株为HP-PRRSV毒株。     

多重RT-PCR检测PRRSV和CSFV及PRRSV ORF5基因遗传变异分析

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)的基因组序列设计了2对特异性引物,建立了同时检测PRRSV和CSFV的多重RT-PCR方法.2008年1月至2009年12月期间,采集山东各地71个不同规模猪场及农村散养户212份病料,采用建立的多重RT-PCR技术同时检测PRRSV和CSFV的感染状况.检测结果显示,病料中高致病性PRRSV占57.1%(121/212),CSFV占29.2%(62/212).应用RT-PCR方法扩增山东不同地区16株PRRSV的ORF5基因,并进行了序列分析.结果表明,16株PRRSV的ORF5基因核苷酸同源性为97.0%～100.0%;与参考变异毒株JXA1、传统毒株VR2332核苷酸同源性分别为98.0%～99.5%和86.4%～87.7%.推导的氨基酸序列分析表明,16株毒株GP5蛋白氨基酸不存在缺失,但存在位点突变.12株在非中和表位29位点与准种进化34位点发生了突变,分别由V→A和N→S;1株在非中和表位185位点发生突变,由A→V;这与2007年流行的PRRSV毒株JXA1、HUN等不同.     

我国南方某省猪繁殖与呼吸综合症病毒分离株分子流行病学分析

根据GenBank上发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)VR-2332的基因序列设计并合成了一对针对ORF5基因的引物,通过RT-PCR方法对我国南方某省部分地区分离的14个PRRSV分离株进行扩增,获得了大约773bp的DNA片断,将目的片断与pMD18-T载体进行连接并测序。应用DNAStar分析所测序列,并与LV、VR-2332、CH-1a、BJ-4、HB-1、HB-2、JX-1等毒株的序列进行比较。核苷酸序列分析表明:14株病毒的与JX-1ORF5基因同源性高达99.0%～99.8%,与CH-1a、HB-1、HB-2同源性达到91.4%～94.9%,与VR-2332、BJ-4同源性达到86.1%～87.6%,与LV同源性仅为55.2%～55.7%。氨基酸序列分析表明:与JX-1同源性高达97.5%～99%;与VR-2332、CH-1a、BJ-4、HB-1、HB-2同源性达到85.6%～94.5%;与LV同源性仅为55.7%～56.2%。可知这14株病毒与JX-1遗传关系较近,可归属同一基因亚群。     

广西省猪繁殖与呼吸综合征病毒GP2、GP3、GP4蛋白遗传进化分析

研究表明,动脉炎病毒GP2、GP3和GP4形成的复合物决定病毒的细胞嗜性,猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)GP2和GP4能与细胞受体CD163进行相互作用。GP3和GP4也是刺激猪体产生中和抗体的病毒蛋白。本研究选用本实验室在2013~2014年分离到的11株PRRSV毒株进行ORF2、ORF3和ORF4基因的克隆和序列测定,并与国内外代表毒株进行比对分析。结果显示,11株PRRSV GP2、GP3、GP4核苷酸序列同源性分别为94.6%~99.6%、95.3%~100%、93.9%~100%;与美洲经典毒株VR-2332 GP2、GP3、GP4氨基酸同源性分别为91.4%~93.0%、85.1%~86.7%、89.4%~91.1%;与HP-PRRSV毒株对应氨基酸的同源性分别为96.1%~99.6%、95.3%~98.8%、95.0%~99.4%。序列比对表明:11株PRRSV GP2、GP3、GP4蛋白氨基酸序列未出现缺失和插入,但出现多处点变异。遗传进化分析表明:11株PRRSV均分布在美洲型分支上,且与HP-PRRSV亲缘关系较近。     

PRRSV新亚型毒株JL580的基因组变异特征研究

为了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)新分离株JL580遗传变异特征,研究扩增得到了该病毒的全基因组序列,并对GP5和NSP2序列进行了比对分析。结果表明:JL580株属于美洲株,且不同于中国现流行的其他毒株,与中国代表毒株CH-1a的核苷酸同源性是84.9%,与HP-PRRSV代表株JXA1、HuN4、TJ的核苷酸同源性分别是84.8%、84.9%、85%。对基因组的进一步分析表明,JL580株GP5蛋白与CH-1a、VR-2332、HuN4相比,R13→Q13,V27→A27,H38→N38,R151→K151;且NSP2存在3处缺失,与HP-PRRSV的30个氨基酸的缺失有明显的不同。JL580分离株的出现表明中国出现了新的PRRSV亚型,这对于PRRSV的防治和新疫苗的研制提供了科学依据。