呼玛河3种茴鱼遗传分化及属内地位的微卫星分析

茴鱼属（Thymallus）是黑龙江水系特有的珍稀濒危冷水性鱼类,本研究利用6对微卫星引物,对采自黑龙江上游呼玛河同域分布的黑龙江茴鱼（T.grubii）、下游黑龙江茴鱼（T.tugarinae）及待定名种（T.sp.）3种茴鱼的遗传多样性进行了比较研究,以探讨其种群遗传结构、分化水平及分类学地位,为制定保护管理策略提供遗传学理论依据。结果显示,黑龙江茴鱼、下游黑龙江茴鱼和待定名种的平均等位基因数（Na）分别为17.3、18.2和15.3,平均杂合度（H）分别为0.9112、0.9190、0.8492,多态信息含量（PIC）为分别为0.8900、0.8980和0.8250,种群中的特有等位基因数分别为34、37和43。黑龙江茴鱼与下游黑龙江茴鱼的遗传距离（Ds）最小（0.9617）,下游黑龙江茴鱼与待定名种最大（1.8427）,3种茴鱼的Fst为0.1575（P〈0.01）,远大于黑龙江茴鱼、下游黑龙江茴鱼的不同地理种群间的遗传分化水平。研究表明,黑龙江上游3种茴鱼具有很高的遗传多样性水平,3个种间产生显著的遗传分化,结合3种茴鱼种间稳定而显著的形态学特征差异及其地理分布现状,支持黑龙江上游呼玛河同域分布的3种茴鱼在属内各为独立种的分类学地位。     

呼玛河3种茴鱼遗传分化及属内地位的微卫星分析

茴鱼属(Thymallus)是黑龙江水系特有的珍稀濒危冷水性鱼类,本研究利用6对微卫星引物,对采自黑龙江上游呼玛河同域分布的黑龙江茴鱼(T.grubii)、下游黑龙江茴鱼(T.tugarinae)及待定名种(T.sp.)3种茴鱼的遗传多样性进行了比较研究,以探讨其种群遗传结构、分化水平及分类学地位,为制定保护管理策略提...     

利用微卫星标记评估乌江彭水水电站对泉水鱼的遗传多样性影响

乌江彭水水电站建成后形成阻隔,可能对生境连通性及坝上坝下鱼类的交流产生不利,影响到物种遗传多样性和群体遗传结构.本研究通过磁珠富集法构建了泉水鱼(Pseudogyrincheilus procheilus)微卫星文库,建立了泉水鱼微卫星DNA分子标记体系,并利用这些微卫星分子标记初步评估了乌江彭水水电站对泉水鱼的遗传多样性影响.用6对具多态性的引物对乌江中35尾野生泉水鱼样本进行遗传多样性分析,结果显示,6个位点共检测到28个等位基因;每个位点平均杂合度为0.6536,平均多态信息含量为0.6085,平均Shannon多样性指数为1.2752;卡方检验得出2个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,且其中1个位点中出现了无效等位基因.实验初步表明乌江流域泉水鱼的遗传多样性较为丰富,但可能受到了水电站阻隔的干扰.     

05下游黑龙江茴鱼种群遗传变异及地理分化的微卫星分析

下游黑龙江茴鱼(Thymallus tugarinae)为黑龙江水系中国境内茴鱼属(Thymallus)新纪录种,也是黑龙江水系特有的珍稀濒危冷水性鱼类.本研究利用7对微卫星引物,对乌苏里江(WS)、黑龙江上游的呼玛河(HM)和额木尔河(EM)3个下游黑龙江茴鱼地理种群的遗传多样性进行了比较研究,以探讨其种群遗传结构及地理分化水平,并为制定保护管理策略提供遗传学依据.结果显示,WS、HM和EM种群的平均等位基因数(Na)分别为18.1、14.4,和11.7,平均杂合度(H)分别为0.816 5、0.807 2和0.818 4,多态信息含量(PIC)分别为0.891 3、0.805 3和0.757 7,种群中的特有等位基因数分别为33、16和7.遗传多样性水平以WS最高,HM次之,EM最低,在地理上呈现出由黑龙江下游至上游逐渐下降的趋势.3个种群间等位基因及基因型分布不均衡(P＜0.01),WS与HM、EM的遗传距离(Ds)分别为0.609 3、0.635 7,遗传分化系数(Fst)分别为0.068 0和0.0827,HM与EM亲缘关系最近,Ds和Fst分别为0.221 2和0.035 6,3个种群间的遗传距离及分化程度与地理距离呈正相关.AMOVA分子方差分析显示,6.35%的遗传变异来自于种群间,93.65%的变异来自于群体内个体之间.研究表明,黑龙江水系下游黑龙江茴鱼种群具有很高的遗传多样性水平,3个地理种群间产生了一定的遗传分化,推测其独特的生活史特性及地理距离是导致种群间产生遗传分化的主要原因.综合以上研究,建议将乌苏里江种群和黑龙江上游种群(呼玛河、额木尔河)作为下游黑龙江茴鱼的2个独特进化单元,并制订相应的保护管理策略.     

微卫星标记在RR-B系剑尾鱼遗传监测中的应用

采用49对微卫星引物对RR-B系剑尾鱼和红眼红体的非选育系剑尾鱼进行PCR扩增,有46个微卫星座位能获得稳定的扩增产物,7个微卫星座位能区分RR-B系与非选育群体剑尾鱼。7个微卫星座位在选育系剑尾鱼为单态纯合,而在非选育群体具有多态性,座位Msa014鉴定RRB系剑尾鱼排除概率最高,为98.75%,座位Msd003排除概率最低达到了87.50%,其余5个座位排除概率介于两者之间。为方便今后的遗传监测,对RR-B系剑尾鱼样品的7个微卫星座位进行了测序,确定了其大小和具体的微卫星结构。本实验建立了RR-B系剑尾鱼分子检测方法,为实验动物剑尾鱼的遗传监测奠定了基础。图4表3参23     

利用微卫星标记分析军曹鱼养殖群体的遗传多样性

利用12个微卫星标记对北海(BH)、陵水(LS)、硇洲(NZ)、徐闻(XW)和三亚(SY) 5个军曹鱼(Rachycentron canadum)养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示,12对微卫星引物在5个军曹鱼养殖群体中共检测到129个等位基因。各养殖群体的平均等位基因数为3.833~6.750,平均有效等位基因数为2.284~3.645,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.481~0.635和0.533~0.681,平均多态信息含量为0.463~0.630;哈迪-温伯格平衡检测结果显示,各群体在多个微卫星位点上均显著偏离平衡(P<0.05);军曹鱼养殖群体间的遗传分化指数(Fst)为0.055~0.150,遗传距离(D)为0.240~0.635,其中,BH和NZ的Fst最大(0.150),D最远(0.635);AMOVA分析表明,军曹鱼养殖群体的84%遗传变异来自于个体之间;基于Nei´s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,BH和SY聚为一支,LS和XW聚为一支,两支聚为一支后与NZ聚为一支。研究结果将为军曹鱼种质资源保护和改良等提供科学的数据参考。     

基于微卫星标记的黄唇鱼遗传多样性研究

为了解安徽省内长江和淮河水系黄颡鱼 (Pelteobagrus fulvidraco) 遗传多样性和遗传结构,选用10个微卫星标记对9个自然群体共254尾黄颡鱼进行了遗传分析。共检测到等位基因数 (N_a) 245个,平均有效等位基因数 (N_e) 9.75个。各群体的平均N_a为5.20~14.80,平均N_e为2.64~8.93;平均观测杂合度 (H_o) 为0.496~0.671,平均期望杂合度 (H_e) 为0.557~0.818;平均多态信息含量 (PIC) 为0.500~0.790。AMOVA分析显示仅8.15%的遗传变异来自群体间,各群体间的遗传分化指数 (F_ST) 为0.006~0.236。基于Nei's遗传距离的UPGMA系统树和利用Structure软件的群体遗传结构分析均显示,9个群体可被划分4或5个谱系,其中石台 (秋浦河水系)、麻川河 (青弋江支流)、阜南 (淮河水系) 3个群体的个体遗传结构均比较独立,与其他群体亲缘关系较远;其他6个群体 (长江水系的望江、无为、龙窝湖、泾县群体和淮河水系的凤台、瓦埠湖) 的较为复杂,可能存在谱系间的混杂。结果表明,研究区域内黄颡鱼野生资源遗传多样性较高,地理群体间存在遗传分化且部分群体可能经历了瓶颈效应。

     

扁吻鱼微卫星的筛选及群体多样性分析

本文采用磁珠富集法筛选新疆扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps Day)的微卫星分子标记,获得13个位点,同时随机抽取1000对鲤引物检测扁吻鱼同源位点的多态性,获得具多态性位点18对。应用31对引物对扁吻鱼与塔里木裂腹鱼(Schizthorax biddulphi)进行遗传多样性分析,共检测到110个等位基因,每个位点的等位基因数为2~6个,扁吻鱼群体平均多态信息含量为0.5353,平均观测杂合度为0.5306,平均期望杂合度为0.6057。表明扁吻鱼群体多态性较高,遗传多样性处于中等偏上水平。群体间遗传距离为0.4763,遗传相似系数为0.6211,表明两个群体为同科不同属的群体。     

微卫星DNA标记对乌苏里江哲罗鱼遗传多样性的分析

从网上查询获得鳟微卫星标记30对，并对乌苏里江哲罗鱼的基因组进行遗传多样性分析，结果筛选出10对具多态性的微卫星标记。并用其中6对微卫星引物对17尾乌苏里江哲罗鱼进行基因组DNA扫描检测。用2％的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物，并对扩增结果进行了统计分析，计算了6个基因座的等位基因频率、杂合度等。结果表明，乌苏里江哲罗鱼等位基因频率为0．0455～0．7857，多态信息含量(PIC)为0．2801～0．6351，杂合度(H)为0．3368～0．6563。统计结果初步表明乌苏里江哲罗鱼的遗传多样性程度处于中等偏下水平。同时，结合资源量下降的事实，建议在保护遗传多样性的前提下对其采取人工繁殖和放流的方法增加其种群数量。     

微卫星标记及其在鱼类原种检测中的应用

我国拥有多达3000余种鱼类,其中淡水鱼类有800多种,分属于13目38科226属[1].此外,近30多年来,从国外引进的鱼类约有40多种.这些物种无论在形态方面,还是在生物学特性、栖息环境方面,多样性都极其丰富.但随着人工养殖规模得逐渐扩大,鱼类原种受水体污染、自然生态环境破坏和水利工程等因素的影响,导致鱼类原种种质资源逐渐退化[2].因此,开展鱼类原种保存对提高养殖产量有着十分重要的意义.     

对虾混养技术研究进展

<正>对虾单养池塘中高蛋白质饲料的大量投入,使得含氮代谢产物在池塘中积累,是导致近年来养殖水环境恶化,虾病频发的主要因素。对虾单养池塘一旦发病很难取得较高的经济效益~([1])。为促进对虾养殖业的健康可持续发展,科研人员开展了虾贝、虾蟹、虾鱼和虾藻等不同健康养殖模式的研究,     

虾类遗传育种研究进展

虾在水产养殖业中占有极为重要的地位。20世纪50年代以来,随着众多经济虾类人工培育苗种的成功,其养殖业发展迅猛,由50年代的世界虾产量不足5.0×105t,到现在维持在1.9×106t的水平。尤其是近年来特种水产养殖业的兴起,使虾类的身价倍增。世界养殖业总产量约3—5年翻一番。90年     

基于转录组测序的圆口铜鱼SSR标记初步筛选及特征分析

分析圆口铜鱼(Coreius guichenoti)的遗传多样性,可为其人工繁殖家系鉴别、分子标记辅助育种及长江上游珍稀特有鱼类的种质资源保护提供理论依据和技术支撑。以室内循环水养殖的圆口铜鱼为研究对象,提取其肝脏RNA,通过Illumina HiSeq? 2000 高通量测序平台进行转录组测序,利用MISA软件对测序获得的unigene进行微卫星（SSR）位点挖掘和特征分析,设计SSR位点引物并进行验证。结果显示,圆口铜鱼转录组测序共获得80 688条 unigene,通过查找获得34 155个SSR位点,分布在25 947条序列上,发生率为32.2%。圆口铜鱼SSR中主要重复单元类型为单碱基和二碱基,其中A/T和AC/GT为优势单碱基和二碱基重复单元,占总SSR数量的57.2%和19.7%。SSR重复数在5~60次,其中有40.3%的SSR序列集中在11~15次;SSR序列长度变化显著,单碱基至六碱基重复类型的总体长度在11~101 bp,其中12~35 bp序列长度占78.8%。随机选取50个SSR位点合成引物对9尾圆口铜鱼样本进行PCR 扩增验证,可稳定扩增出目的条带的有40对引物,其中16对具有多态性,证明了通过转录组测序开发圆口铜鱼SSR标记的可行性。     

淡水养殖环境中氨氧化微生物的研究进展

随着水产养殖业的快速发展,养殖水体氮素污染日益突出,硝化微生物在水产养殖环境氮循环中具有重要作用。本文主要综述我国淡水养殖环境中硝化微生物的多样性、作用机理、厌氧氨氧化过程和机理等研究进展,并展望今后的研究工作:(1)淡水养殖水域硝化作用和氨氧化微生物的时空分布特征及影响因子;(2)淡水养殖环境氨氧化微生物及其他氮素转化关键微生物的过程与机理;(3)深入研究特定生态系统中如池塘生态系统、氮循环的各个过程,构建相关氮素转化和氮素平衡模型,为完善淡水池塘生态系统氮循环理论、水产养殖环境的氮素污染治理和生态修复提供参考。     

Development of a Multiplex Microsatellite PCR Assay Based on Microsatellite Markers for the Mud Carp,Cirrhinus molitorella

In this study, we developed a multiplex microsatellite polymerase chain reaction (PCR) assay that consisted of 13 pairs of primers selected from previously developed microsatellite markers in mud carp data obtained in our laboratory. We adjusted the number of cycles, the time of extension, and the primer ratios to make the multiplex PCR system as valuable as possible. Using this system, we performed a genetic analysis and parentage assignment for 2 male and 5 female mud carps and 146 of their progeny. The results showed a range of alleles of 2 < K < 5, with an average of 3.54. The polymorphism information content ranged from 0.271 to 0.697, with an average of 0.4954. The observed heterozygosity ranged from 0.183 to 0.810, with an average of 0.6008. The expected heterozygosity ranged from 0.324 to 0.741, with an average of 0.5572. The null allele frequency was 1.29–27.68%. The computer‐simulated identification was 99%, while the combined exclusion power using all loci was 100% for actual offspring. Thus, this multiplex PCR assay is a new technological tool for selective breeding and a genetic resource for studying the mud carp, Cirrhinus molitorella.     

(鱼师)鱼诺卡氏菌研究进展

诺卡氏菌(Nocardia sp.)是一种革兰氏阳性丝状杆菌,具有抗盐、碱,耐干旱的特点,广泛分布于土壤、水体、空气、腐烂植物和动物粪便中[1-2].该菌为条件致病菌,其中某些种类为人畜共患[1].目前,已发现(鱼师)鱼诺卡氏菌(N.seriolae)、星状诺卡氏菌(N.asteroids)、杀鲑诺卡氏菌(N.salmonicida)和粗形诺卡氏菌(N.crassostreae)对鱼类具有致病性[1,3].鱼诺卡氏菌是鱼类诺卡氏菌病的主要病原,多数为腐生,少数营寄生[4].水产养殖动物一旦感染该菌,患病周期长、治愈率低、累积死亡率高,给我国的加州鲈(Microperus salmoides)、乌鳢(Channa argus)等特种水产养殖业造成了极大的经济损失[1,5].笔者综述了鱼诺卡氏菌的国内外研究概况,旨在为该病的有效防控提供参考.     

云斑尖塘鳢微卫星分子标记的筛选与检测

用磁珠富集法分离云斑尖塘鳢的微卫星序列,由所获得的1032个克隆中筛选出146个阳性克隆,经测序81个含有微卫星序列,52个为完美型,27个为非完美型,2个为复合型,其中43个微卫星序列重复次数在10以上。所获得的云斑尖塘鳢微卫星序列中除探针中使用的CA重复单元和GA重复单元外,还有TAC等其他类型的重复单元。设计合成38对微卫星引物,其中29对引物可稳定扩增出条带,使用这些引物对云斑尖塘鳢48个个体进行检测显示:观测杂合度平均值为0.63,期望杂合度平均值为0.43。29对引物中1对引物表现为单态,7对表现为高度多态,14对表现为中度多态,7对表现为低度多态,多态性较为丰富,说明本研究开发的绝大部分微卫星分子标记较为理想。     

小球藻遗传转化技术研究进展

小球藻(Chlorella)是一种单细胞真核藻类,属绿藻门、绿藻纲、绿球藻目、小球藻科、小球藻属[1].作为最早开发的真核微藻之一,具有高营养价值、生长快速、结构简单、易工业化集成等显著优点.其细胞形态为球形或椭圆形,直径 3～12μm,呈单生或聚集成群状生长[2],分布广泛,多见于淡水、咸水和土壤中.作为地球上最早的...