暗纹东方鲀养殖群体和野生群体遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对暗纹东方鲀3个养殖群体(SH、GD和ZJG)和1个野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了分析。结果显示:(1)14条ISSR引物总共获得109条扩增条带,平均多态位点率为88.76%,4个群体的平均有效等位基因数(Ne)在1.5085~1.5838,平均Nei's基因多样性(H)在0.297 0~0.337 1,平均Shannon信息指数(I)在0.446 3~0.499 2;(2)4个群体的总遗传分化指数(GST)为0.077 6,表明4个群体已经产生了中等程度的遗传分化;AMOVA结果显示,8.80%的遗传变异来自于群体间,91.20%的遗传变异来自于群体内个体间;(3)UPGMA聚类分析的结果显示,GD和ZJG群体先聚为一支,然后与SH群体聚为一支,最后与YS群体聚为一支。结果表明,我国暗纹东方鲀的人工养殖群体仍具有较丰富的遗传变异水平和较好的遗传改良潜力。     

利用微卫星标记分析3个暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)养殖群体的遗传多样性

针对3个暗纹东方鲀养殖群体,采用21对微卫星引物对其遗传多样性进行分析,成功扩增出具有一定多态性片段的微卫星位点共19个。共得到125个等位基因,每位点等位基因数为3-11,平均值为6.58,有效等位基因数为1.7-7.8,平均值为4.5,平均观测杂合度为0.156-1.000,平均期望杂合度为0.399-0.876,平均多态信息含量(PIC)为0.353-0.858。广州、上海、江苏3个群体的PIC由小到大依次为0.588、0.633、0.655,三群体间遗传分化指数分别为0.048、0.062、0.076,平均值为0.081,表明三群体间发生了小程度的遗传分化。三群体间的遗传距离和UPGAM分析显示,广州和上海群体的遗传距离最远(0.351),广州和江苏群体的遗传距离最近(0.204),聚类分析显示,广州群体和江苏群体聚为一类,上海群体为一类。研究结果基本符合养殖群体的养殖环境,也表明3个养殖群体发生了一定程度的遗传分化,特别是江苏群体的遗传多样性较高,作为选育群体具有一定的遗传潜力。     

基于26个微卫星标记的三江水系草鱼遗传多样性分析

选取26个微卫星标记对来自长江(监利、邗江)、黑龙江、珠江3个水系的4个野生草鱼(Ctenopharyngodon idellus)群体的遗传多样性进行了检测。结果表明,26个微卫星位点均为高度多态位点,草鱼4个地理群体的多态信息含量(PIC)平均值为0.581 3~0.638 6;共检测出141个等位基因,其中有102个为共有等位基因;每个位点有等位基因2~11个,平均等位基因5.46,平均有效等位基因3.455 6。4个地理群体野生草鱼的平均杂合度在0.711 4~0.804 5之间。群体间遗传固定指数(FST)及AMOVA分析表明,群体间遗传分化并不显著(FST=0.031 73)。基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,监利群体与邗江群体这两个长江水系野生地理群体聚为一支,然后与珠江群体聚为一支,黑龙江群体单独聚为一支。长江群体是原始群体。综上所述,三江水系野生草鱼具有较高的遗传多样性,4个群体之间遗传分化并不明显。     

长江刀鲚选育和野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星标记技术,对长江刀鲚野生群体(YS)与3个连续选育世代群体(F_1、F_2、F_3)间的遗传多样性进行了分析。12对多态性微卫星引物总共检测到等位基因82个,平均每对引物获得等位基因6. 83个。4个群体的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)以及平均多态信息含量(PIC)分别为3. 47～4. 10、0. 400 0～0. 516 7、0. 684 4～0. 738 1和0. 646 4～0. 701 2。F_1、F_2、F_3之间的遗传分化微弱(FST0. 05),并与YS具有中等程度的遗传分化(0. 05 F_(ST)0. 15)。分子方差分析(AMOVA)结果显示,大部分的遗传变异来源于个体间(93. 66%),仅有6. 34%的遗传变异来源于群体间。F_1、F_2、F_3的遗传变异水平低于YS,且呈现出伴随着选育世代的进行而降低的趋势,表明选育群体随着人工选育的进行而日趋纯化,但仍然具有丰富的遗传多样性和进一步选育的潜力。     

利用微卫星标记分析军曹鱼养殖群体的遗传多样性

利用12个微卫星标记对北海(BH)、陵水(LS)、硇洲(NZ)、徐闻(XW)和三亚(SY) 5个军曹鱼(Rachycentron canadum)养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示,12对微卫星引物在5个军曹鱼养殖群体中共检测到129个等位基因。各养殖群体的平均等位基因数为3.833~6.750,平均有效等位基因数为2.284~3.645,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.481~0.635和0.533~0.681,平均多态信息含量为0.463~0.630;哈迪-温伯格平衡检测结果显示,各群体在多个微卫星位点上均显著偏离平衡(P<0.05);军曹鱼养殖群体间的遗传分化指数(Fst)为0.055~0.150,遗传距离(D)为0.240~0.635,其中,BH和NZ的Fst最大(0.150),D最远(0.635);AMOVA分析表明,军曹鱼养殖群体的84%遗传变异来自于个体之间;基于Nei´s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,BH和SY聚为一支,LS和XW聚为一支,两支聚为一支后与NZ聚为一支。研究结果将为军曹鱼种质资源保护和改良等提供科学的数据参考。     

利用微卫星标记分析3个暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)养殖群体的遗传多样性

针对3个暗纹东方鲀养殖群体,采用21对微卫星引物对其遗传多样性进行分析,成功扩增出具有一定多态性片段的微卫星位点共19个。共得到125个等位基因,每位点等位基因数为3-11,平均值为6.58,有效等位基因数为1.7-7.8,平均值为4.5,平均观测杂合度为0.156-1.000,平均期望杂合度为0.399-0.876,平均多态信息含量(PIC)为0.353-0.858。广州、上海、江苏3个群体的PIC由小到大依次为0.588、0.633、0.655,三群体间遗传分化指数分别为0.048、0.062、0.076,平均值为0.081,表明三群体间发生了小程度的遗传分化。三群体间的遗传距离和UPGAM分析显示,广州和上海群体的遗传距离最远(0.351),广州和江苏群体的遗传距离最近(0.204),聚类分析显示,广州群体和江苏群体聚为一类,上海群体为一类。研究结果基本符合养殖群体的养殖环境,也表明3个养殖群体发生了一定程度的遗传分化,特别是江苏群体的遗传多样性较高,作为选育群体具有一定的遗传潜力。     

红鳍东方鲀亲本群体遗传多样性的微卫星分析

从日本进口的红鳍东方鲀Takifugu rubripes受精卵发育至性成熟的120尾亲鱼群体中,选择22个分布于每个连锁群的微卫星标记进行了遗传分析,以分析红鳍东方鲀亲本群体的遗传多样性,并筛选出有效鉴定群体遗传特征的特异性微卫星标记。结果显示:等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ae)的范围分别介于4.000~13.000和1.834~7.706之间。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)的范围分别为0.173~0.977、0.456~0.872和0.427~0.857。Hardy-Weinberg遗传偏离指数(d)介于-0.746~0.344。群体内个体间的遗传距离在0.51~0.86之间,依据遗传距离的远近将全部个体分成4个群体,每个群体23~38个体。各项遗传参数表明:该实验群体具有较为丰富的遗传多样性,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体间的遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。实验所选的22个微卫星标记具有高度多态性,可作为分析红鳍东方鲀群体遗传多样性的候选标记。     

4 个斧文蛤群体微卫星标记的遗传多样性分析

为研究斧文蛤(Meretrix lamarckii)不同地理群体(浙江苍南群体、福建长乐群体、福建宁德群体以及广东汕头群体)的遗传结构和系统发生关系,采用13对微卫星分子标记,对4个不同地理群体进行了分析。结果显示,13对引物共检测出63个等位基因,每个位点等位基因数(Na)2~7个,平均每个位点观测等位基因数(Na)为4.87;有效等位基因数(Ne)为1.927~2.591;平均观测杂合度(Ho)为0.437~0.562;平均期望杂合度(He)为0.446~0.549;平均多态信息含量(PIC)为0.383~0.490;Hardy-Weinberg平衡检验表明,4个群体的大部分微卫星位点都偏离平衡状态(P0.05);UPMGA聚类分析表明,浙江苍南群体与福建宁德群体聚为一支,福建长乐群体和广东汕头群体聚为一支;群体间遗传变异指数Fst为0.230 9,表明4个斧文蛤群体间的遗传变异为23.09%。研究表明,斧文蛤4个不同地理群体遗传多样性处于中等多态水平;4个群体的遗传距离与它们实际的地理分布情况基本一致;4个地理群体间的变异较大,遗传分化水平较高。该研究为斧文蛤种质资源的有效保存、管理和恢复提供了理论依据。     

黄颡鱼养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

为研究14个不同养殖群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及遗传结构，采用8对多态性微卫星引物对14个群体的209尾个体进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示：14个群体的平均等位基因数在8～10之间，平均有效等位基因在5.160～6.882之间，平均观测杂合度在0.633～0.717之间，平均期望杂合度在0.358～0.749之间，平均多态信息含量在0.594～0.681之间，均大于0.5。分子方差分析结果表明：3.69%的遗传变异来自群体间，3.93%来自群体内个体间，92.38%来自所有个体间，变异来源主要来自个体间，其中RB群体和WH群体的遗传分化最大(F_st=0.116),ZL群体和XB群体的遗传分化最小(F_st=-0.009)。基于遗传距离构建了UPGMA系统树，发现14个群体共分为5个聚类支，HJ、YZ、YH、YB 4个群体聚为一支，HQ和LG单独各自聚为一支，LZ和RB 2个群体聚为一支，DB、ZJ、WH、XH、XB和ZL 6个群体聚为一支。基于贝叶斯的Structure聚类分析同样支持14个...     

中华鳖黄河群体选育F3与大陆代表性群体遗传变异的微卫星分析

利用微卫星分子标记技术,对中华鳖(Trionyx sinensis)黄河群体选育F3世代与其基础群体—黄河野生群体以及淮河、鄱阳湖、洞庭湖、太湖野生群体的遗传变异进行了测定和比较分析。结果表明:①从所筛选的14个微卫星位点中,6个群体共检测出334个等位基因;平均等位基因数(N a)为3.6⁴.2,平均有效等位基因数(N e)为2.534.2,平均有效等位基因数(N e)为2.53².99,平均观察杂合度(H o)为0.47142.99,平均观察杂合度(H o)为0.4714⁰.5821,平均期望杂合度(H e)为0.551 50.5821,平均期望杂合度(H e)为0.551 5⁰.599 7,平均多态信息含量(PIC)为0.487 20.599 7,平均多态信息含量(PIC)为0.487 2⁰.540 6,平均Shannon多样性指数(H')为1.0010.540 6,平均Shannon多样性指数(H')为1.001¹.106,表明这6个中华鳖群体均具有较为丰富的遗传多样性。②基于D遗传距离构建的UPGMA聚类树显示,黄河群体选育F3世代与黄河群体聚为一支,鄱阳湖群体与洞庭湖群体聚为一支,淮河群体与太湖群体聚为一支。③群体间F统计量及AMOVA分析表明,黄河群体选育F3世代与黄河群体遗传分化不显著(P>0.05),但与淮河、鄱阳湖、洞庭湖及太湖群体遗传与差异极显著(P<0.01)。④三代选育已使黄河鳖选育群体渐趋纯化,其遗传多样性略低于其它群体,但其F3世代仍保持较高的遗传多样性,显示具有较大的选育潜力。     

两种东方鲀的GH基因单核苷酸多态性分析

根据红鳍东方鲀生长激素基因全序列,设计13对引物,结合单链构象多态性(SSCP)技术和克隆测序技术对野生红鳍东方鲀、养殖红鳍东方鲀和养殖暗纹东方鲀群体进行了遗传多样性分析.结果表明:东方鲀整个生长激素基因的6个外显子中没有多态性,在其内含子2、内含子5以及3′侧翼区发现有多处序列变异位点,包括碱基的缺失、插入和一些单核苷酸突变.这些遗传多态性的存在为从分子水平上对东方鲀的鉴定提供了一定的依据.群体遗传结构分析结果表明,红鳍东方鲀养殖群体的一些等位基因丧失,造成其遗传多样性显著下降,应及早加强对其种质的保护.     

兰州鲇野生群体和人工繁育群体遗传结构的比较研究

采用19对大口鲇(Silurus meriaionalis)微卫星引物对兰州鲇(Silurus lanzhouensis)野生和人工繁育2个不同群体进行微卫星标记的遗传结构分析,结果显示:(1)2个不同种群检测出11个有效微卫星位点,共94个等位基因;各基因座位间除DQ223153与DQ223150,DQ223177与DQ223182,DQ223164与DQ223176存在一定程度连锁(P<0.05),其余连锁关系不显著。(2)2个种群平均有效等位基因数为7.28,平均观测杂合度为0.8873,平均期望杂合度为0.7732,PIC值0.7055,均为高度多态,但人工繁育群体的总扩增位点数和遗传多样性均低于野生群体;(3)两群体间的遗传相似性指数(I)为0.9915,遗传距离(D)为0.0086;各位点F-统计量分析结果表明,群体遗传分化系数(FST)为-0.0392～0.0754,平均值为0.0205;基因流(Nm)为1.6625。综合结果说明,虽然兰州鲇人工繁育群体的遗传多样性降低,但两群体遗传多样性丰富,亲缘关系较近,遗传分化较低,属于同一个种内水平遗传变异。     

中华绒螯蟹野生群体和不同水系人工选育群体的遗传多样性分析

本研究利用10个微卫星分子标记分析了中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis) 3个不同水系人工选育群体(“长江1号”、“光合1号”和七里海河蟹)和1个海河流域自然群体的遗传多样性和遗传分化水平。结果显示,10个位点在4个群体中的等位基因数(N)为3~17,平均等位基因数为8.5~9.7,平均期望杂合度为0.720~0.745,平均观测杂合度为0.566~0.661,平均多态信息含量为0.687~0.716,近交系数(Fis)范围为–0.080~0.827。在40个群体–位点组合中,有13个群体–位点组合显著偏离哈迪–温伯格平衡(P<0.05)。遗传多样性分析结果显示,与海河自然群体相比,3个人工选育群体遗传多样性水平略有降低,但仍保持在较高水平,具有较大的选育潜力。遗传分化分析结果显示,群体间遗传分化指数(Fst)范围为0.015~0.075,遗传相似度为0.7702~0.9401,遗传距离为0.0617~0.2611。基于Nei’s遗传距离构建了群体UPGMA系统进化树,自然群体和“光合1号”聚为一支,而七里海河蟹群体单独聚为一支。综上所述,4个中华绒螯蟹群体间的遗传分化水平较低,群体遗传多样性较高。本研究将为中华绒螯蟹选育繁育和种质资源利用与管理等提供理论基础。     

中国明对虾人工选育群体与野生群体遗传多样性的SSR分析

利用微卫星标记技术分析了中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体(Wild Population,WP)和"黄海2号"第10代选育群体(Breeding Population,BP)的遗传多样性,以检测累代人工选育对中国明对虾群体遗传结构的影响。结果显示,15个微卫星位点共检测到462个等位基因,微卫星位点等位基因数(N_a)和有效等位基因数(N_e)分别为3~44个和2~29个,多态信息含量(PIC)为0.518~0.964。野生群体和选育群体的平均观测杂合度分别为0.852和0.810,15个微卫星位点的等位基因频率在2个群体发生了显著的变化。通过计算P值确定位点Hardy-Weinberg平衡偏离情况,Fis结果显示,共有11个群体位点表现为杂合子过剩,Shannon指数(H)分别为2.786和2.399。2个群体的N_ei′s无偏遗传距离(u D)和无偏遗传相似度(u I)分别为0.177和0.838,遗传分化指数为0.017(P=0.001),表明群体发生了弱遗传分化。遗传变异来源分析显示,只有7.50%的变异来自于群体间,其余遗传变异均来自于个体间。结果表明,人工选育的中国明对虾"黄海2号"第10代群体具有较高的遗传多样性,仍具有很大的选育潜力,可以继续作为选育材料。     

基于线粒体基因组的东方鲀属系统发育学及群体遗传学

为了探究东方鲀属内系统发育关系,本研究首次基于群体尺度对东方鲀属物种进行系统发育分析。利用线粒体基因组,在包含10个种的124尾东方鲀中,挖掘了1 488个单核苷酸多态性(SNP)位点和4个插入缺失(INDEL),使用这些遗传变异位点进行了系统发育及群体遗传学分析。发现网纹东方鲀与铅点东方鲀可能是同种异名,且二者形成的姊妹群位于东方鲀属基部;暗纹东方鲀与红鳍东方鲀、菊黄东方鲀与双斑东方鲀各自亲缘关系较近。此外,实验发现了4尾可疑的双斑东方鲀和菊黄东方鲀杂交个体,以及2尾可疑的横纹东方鲀杂交个体。遗传多样性方面,弓斑东方鲀遗传多样性最低。此外,实验在10种东方鲀中共找到595个种间特异性SNP位点。Ka/Ks分析表明,nd6基因的Ka/Ks最高(平均为1.19),说明在东方鲀属中nd6可能经历了正选择,而ATP合成酶基因可能在东方鲀适应淡水环境中受到选择。研究表明,东方鲀属内系统发育关系较为复杂,且在野生环境下东方鲀物种间广泛存在自然杂交现象,该研究为东方鲀物种快速鉴定提供可靠的分子标记,加速东方鲀属系统发育研究进展,并为东方鲀野生种质资源保护提供了理论依据。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

皱纹盘鲍和盘鲍南方养殖群体遗传变异的微卫星分析

利用4对微卫星引物分析了皱纹盘鲍Haliotis discus hannai和盘鲍H.discus discus在福建和广东养殖群体的遗传多样性。结果表明,4个养殖群体平均等位基因数为3.750~5.500,平均有效等位基因数为2.941~3.885,平均期望杂合度为0.641~0.698,平均观察杂合度为0.456~0.620,平均多态信息含量PIC值为0.558~0.645,其中惠来盘鲍群体遗传多样性最高,东山盘鲍遗传多样性最低。AMOVA分析表明,群体间的遗传变异仅为总遗传变异的4.78%,但群体间遗传分化显著(FSC=0.048,P<0.001)。群体间NEI氏遗传距离为0.084~0.186,UPGMA聚类分析表明,东山盘鲍与惠来盘鲍群体间亲缘关系最近,并与惠来皱纹盘鲍聚为一类,东山皱纹盘鲍与其它群体间亲缘关系较远。皱纹盘鲍和盘鲍南方养殖群体遗传多样性较高,有利于遗传选育,但与野生群体相比等位基因有所丧失。     

牙鲆3个养殖群体遗传结构的微卫星分析

采用微卫星标记分析技术,用5个多态性的微卫星标记对来自3个不同国家（中国、日本和韩国）的牙鲆养殖群体进行了遗传多样性研究。研究结果表明,3个牙鲆群体平均等位基因在4．8～5．6之间,平均观测杂合度（H0）在0．3917～0．5643之间,平均期望杂合度（HE）在0．5981～0．6264之间。有多个位点在不同的群体中偏离哈代-温伯格平衡。遗传距离分析表明,中国群体与日本群体遗传距离最近,韩国群体与日本群体遗传距离最远。分子方差分析（AMOVA）表明,群体内遗传变异与群体间遗传变异分别占总遗传变异的92．44％和7．56％,固定系数（R）为0．0752（P〈0．001）,表明牙鲆3个养殖群体遗传分化显著。     

基于标记系谱的红鳍东方鲀生长性状遗传分析

利用分子标记辅助家系选育进行红鳍东方鲀生长性状的遗传评估,由红鳍东方鲀基础群体中选择性腺发育良好的雌雄亲本各11尾建立全同胞家系11个,每个全同胞家系随机采集10尾个体组建全同胞家系群体,从混合培育的家系中选择相对较大的个体400尾组建混合选育群体。在红鳍东方鲀遗传连锁图谱上挑选44个均匀分布于22个连锁群上的微卫星DNA标记,每个连锁群有2个标记。全同胞家系群体的遗传分析结果显示,10个高亲本排除概率微卫星标记的Excl(1)和Excl(2)为0.58~0.662和0.736~0.797,14个低亲本排除概率标记的Excl(1)和Excl(2)为0.054~0.43和0.177~0.608,剩余20个中等亲本排除概率标记的Excl(1)和Excl(2)为0.467~0.575和0.641~0.732。利用拥有高亲本排除概率的微卫星DNA标记进行混合选育群体的亲权鉴定,结果显示:不同父母本繁殖产生的子代数量存在明显差异,父本M2和母本F4产生了124个子代,占子代个体总数的32.89%。根据亲权鉴定结果建立的系谱估计主要生长性状的遗传参数,不同日龄的体质量和体长遗传力估计值为0.17~0.21和0.15~0.18。研究表明,利用具有高亲本排除概率的微卫星DNA标记能够有效建立红鳍东方鲀系谱,进行生长性状的遗传参数估计,分子标记辅助家系选育可以作为红鳍东方鲀目标性状遗传改良的新方法。     

大菱鲆4个引进地理群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星分子标记对大菱鲆Scophthalmus maximus 4个引进地理群体进行遗传多样性分析.结果表明,等位基因数(A)为2～10个,平均等位基因数为4.3,有效等住基因数(M)为1.6～6.1,平均有效等位基因数为2.7,各位点的杂合度观测值(Ho)为0.000 0～0.562 5,杂合度期望值(He)为0.382 3～0.841 6.各群体之间无偏倚杂合度期望值由小到大依次为丹麦群体、英国群体、法国群体、挪威群体,运用SPSS软件对无偏倚杂合度期望值进行Kruskal-Wallis检验,其结果(H=4.438,df=3,P-0.218)表明,4个群体的遗传多样性差异不显著.群体间平均遗传分化指数(Fz)为0.111 7,各群体之问存在中度遗传分化.用UPGMA法进行聚类分析,4个群体聚为两类,挪威群体和丹麦群体聚为一类,法国群体和英国群体聚为一类.结合Hardy-Weinberg平衡和遗传偏离指数(d),4个群体都不同程度的偏离平衡.4个群体具有一定的遗传分化、较好的遗传多样性,适合作为大规模家系选育的基础群体.