云南常用玉米自交系SSR遗传多样性研究

明确玉米自交系之间的亲缘关系对玉米种质的利用和强优势玉米杂交种选育具有重要意义。本研究主要应用改良CTAB法提取DNA、SSR分子标记技术和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染显色技术,采用Excel 2007和NTSYS-pc 2.10e软件进行数据处理及聚类分析,用筛选出的70对SSR引物分析19个云南常用自交系的遗传多样性,结果共检测到504个等位基因变异,每对引物检测到2~13个,平均7.21个;每对引物的多态信息量（PIC）变化范围为0.40~0.90,平均为0.73;19个自交系之间的遗传相似系数为0.611~0.841,平均值为0.703。利用UPGMA 聚类分析方法,以0.697为标准,可将云南19个自交系划分为4个类群,表明云南自交系遗传基础丰富、多态性好,为玉米种质改良、杂种优势群划分和新品种选育提供了参考依据。     

西南玉米自交系SSR遗传多样性研究

利用SSR分子标记技术研究了135个西南地区玉米自交系的遗传多样性,62对SSR引物共检测出429个等位基因变异,每对引物检测到等位基因2~21个,平均为7个。聚类分析结果表明,大部分自交系划分到几大类群中,少数四川和云南材料可形成单独的类群。并探讨了西南地区玉米自交系间的遗传差异,所有供试自交系中遗传相似系数变化范围为0.56~0.96之间,遗传相似系数小于0.60有8对材料,其中四川材料与云南材料之间的有6对,一个方面说明云南材料与四川材料之间有相对较大的遗传多样性,另一个方面也表明地理来源差异相对较大的材料遗传多样性相对较丰富。     

基于SSR分子标记的青贮玉米自交系遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术,以4个代表国内主要杂种优势群的普通玉米标准测验种为对照,对65份青贮玉米自交系进行遗传多样性分析。23对引物在研究材料中共检测到67个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为2.9个,每个SSR位点可以检测到的等位基因2～5个不等。聚类分析结果表明,65份青贮玉米自交系可划分为4个类群,较好地反映了供试材料的亲缘关系。     

基于 SSR 标记的玉米自交系遗传多样性

为了解重庆市玉米自交系的遗传多样性,提高育种效率,利用32对 SSR引物对66份玉米自交系进行检测,分析其遗传相似系数,并进行聚类分析,掌握材料间的亲缘关系。结果表明：1）共检测出307个条带,每对引物检测到条带4～25个,平均9．59个,其中多态性条带占80．78％;多态性信息量（PIC 值）变幅为0．516～0．988,平均为0．721;供试自交系间遗传相似系数变化范围为0．54～0．88,平均0．68,遗传相似系数在0．60～0．70间分布最多,占60．33％,供试材料亲缘关系较近,但也有一定的遗传差异。2）聚类分析将供试材料分为6大类群,其中,改良 Reid 群和旅大红骨类群分别占24．24％和60．60％。     

SSR标记对高海拔玉米自交系遗传多样性的研究

利用SSR分子标记技术研究了我国喀斯特高海拔山区主要玉米自交系的遗传多样性,初步进行了杂种优势群划分.37对引物在供试材料中共检测出128个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～6个,平均为3.48个,平均多态性信息量为0.506,33个自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.476～0.876,平均为0.607.UPGMA聚类分析结果表明,可将我国喀斯特高海拔山区玉米地方自交系划分为6个类群.     

SSR标记对高海拔玉米自交系遗传多样性的研究

利用SSR分子标记技术研究了我国喀斯特高海拔山区主要玉米自交系的遗传多样性,初步进行了杂种优势群划分。37对引物在供试材料中共检测出128个等位基因变异,每对引物检测等位基因2~6个,平均为3.48个,平均多态性信息量为0.506,33个自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.476~0.876,平均为0.607。UPGMA聚类分析结果表明,可将我国喀斯特高海拔山区玉米地方自交系划分为6个类群。     

利用SSR标记研究东北北部常用自交系遗传多样性

为了明确东北北部常用玉米自交系遗传基础,更好地改良和利用玉米种质,利用70对玉米SSR引物,对131个东北北部常用自交系和6个标准测验种共137个自交系进行遗传多样性分析。结果表明:将PA、BSSS和LRC划为A群,PB、Lan和SPT归为B群,有61个自交系属于A群,50个属于B群,中间型26个。     

SSR标记用于贵州省喀斯特山区玉米自交系的遗传多样性分析

利用SSR标记对19个喀斯特山区常用玉米自交系进行遗传多样性分析,在此基础上又进行了杂种优势类划分。从90对引物中共筛选出46个能够稳定扩增的多态性引物,这46对引物共扩增出190条具有遗传多态性的条带,平均每个位点监测到的等位基因数为4.13个,变化范围为2～8个。每个位点的多态性信息量（PIC）变化于0.291～0.861之间,平均为0.623。供试材料的遗传距离变化范围为0.093～0.521,平均为0.342。UPGMA聚类分析结果表明,可将19个喀斯特山区常用玉米自交系划分为3个类群,分类结果与系谱来源基本一致。研究表明SSR标记可以进行玉米自交系遗传多样性分析。喀斯特山区地方玉米种质与温带玉米种质的遗传基础存在异质性,是温带玉米育种不可多得的异源种质。     

玉米骨干自交系品质基因SSR标记遗传多样性研究

选用玉米品质基因第2条染色体上的2对和第7条染色体上的3对SSR引物,对32个玉米自交系材料进行遗传多样性分析。结果表明:不同引物在不同自交系间多样性范围与程度都不相同,umc1066具有最好的多态性,带型稳定,重复性好。在o2基因内的SSR标记区域变异具有独立性,并非保守序列。具有o2基因的自交系与不具有o2基因的自交系,在基因的等位区段具有明显差异;在都具有o2基因的自交系间o2基因区段内的SSR标记具有多样性;具有o2基因的材料与优良自交系之间具有较好的多态性。     

54份甜玉米自交系的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记对54份甜玉米自交系进行了遗传多样性分析,从150对引物中筛选出了56对扩增条带清晰、稳定性好的引物.结果表明:56对引物在54份甜玉米自交系中共检测到155个位点的等位基因变异,平均每对引物检测出的等位基因变异为2.77个,变异范围为2～5个,平均多态性信息含量为0.42,变异范围为0.13～0.71.UPGMA聚类结果表明,可将甜玉米自交系划分为三大类,其划分结果与系谱分析基本一致.     

宁夏常用玉米自交系的SSR遗传分析

[目的]对宁夏常用的82份玉米（Zea may L.）自交系进行遗传分析,划分自交系类群,以提高玉米育种效率。[方法]利用SSR标记中可用于遗传多样性分析的20对SSR引物对材料进行分析。[结果]82份自交系中共检测出335个等位基因,其中具有多态性的为108个,每对引物检测出3～10个多态性位点,平均为5.4个。SSR引物的多态性信息量（PIC）介于0.523 3～0.858 9,平均为0.7123。[结论]82份自交系划分为5个类群,分类结果基本与系谱来源一致。     

利用SSR分子标记分析三峡库区玉米地方品种的遗传关系

利用微卫星（SSR）标记技术和DNA混合取样方法,检测了来自三峡库区15个玉米地方品种的遗传多样性．42对SSR引物在15个玉米地方品种群体中共检测到248个多态性条带,每个位点的等位基因数为2～14个,平均5．9个;多态信息量0．28～0,81,平均为0．73;根据遗传相似系数矩阵做出的树状图,将15个玉米地方品种划分成3类,所有玉米地方品种间的遗传相似系数均在0．42以上．从15个玉米地方品种中选出5个,每个品种选取15个单株,共75个DNA单株样品,分析玉米地方品种群体的遗传结构．42对相同的SSR引物在5个玉米地方品种中检测到有效等位基因数Ae=3．40,平均期望杂合度He＝0．67．遗传结构分析结果表明,玉米地方品种群体间及群体内的遗传结构均偏离了Hardy-Weinberg平衡;品种群体内和群体间的遗传变异分别占总变异的92％和8％．     

SSR标记揭示的云南省、贵州省糯玉米与普通玉米种质资源的遗传差异

以贵州和云南的9个糯玉米地方品种和5个普通玉米地方品种为材料,用79对SSR引物共检测出330个等位变异,平均每个位点上的等位基因变异为4 18个,聚类分析结果表明在分子水平上糯玉米的确与普通玉米存在较大遗传差异,这种差异不仅仅表现在wax基因及其相关位点,而且遍布整个基因组。     

利用SSR分子标记分析三峡库区玉米地方品种的遗传关系

利用微卫星(SSR)标记技术和DNA混合取样方法, 检测了来自三峡库区15个玉米地方品种的遗传多样性. 42对SSR引物在15个玉米地方品种群体中共检测到248个多态性条带, 每个位点的等位基因数为2～14个, 平均5.9个; 多态信息量0.28～0.81, 平均为0.73; 根据遗传相似系数矩阵做出的树状图, 将15个玉米地方品种划分成3类, 所有玉米地方品种间的遗传相似系数均在0.42以上. 从15个玉米地方品种中选出5个, 每个品种选取15个单株, 共75个DNA单株样品, 分析玉米地方品种群体的遗传结构. 42对相同的SSR引物在5个玉米地方品种中检测到有效等位基因数Ae=3.40, 平均期望杂合度He=0.67. 遗传结构分析结果表明, 玉米地方品种群体间及群体内的遗传结构均偏离了Hardy-Weinberg平衡; 品种群体内和群体间的遗传变异分别占总变异的92%和8%.     

玉米杂种优势类群划分高多态SSR引物筛选

【目的】 研究玉米杂种优势类群划分高多态SSR引物筛选。【方法】 遴选均匀分布在玉米10个连锁群上160对SSR引物,在104份玉米自交系DNA中扩增,根据引物的染色体分布和PIC值,分别取40、30、20和10对高多态引物建立4套新引物体系,检测104份自交系的分类效果。【结果】 (1)160对引物中的63对引物带型稳定,多态性高,最高PIC值0.762 3,高于过去常用核心SSR引物,63对引物中过去常用核心SSR引物仅保留40%左右;(2)4套引物体系中,40和30对引物体系的分类结果与已知自交系类群高度吻合,20对体系与40对体系比较具90.5%一致性,10对体系与40对体系比较的一致性81.0%;(3)40对体系分类104份材料为5大类群,分别是瑞德、改良瑞德、兰卡斯特、黄改和和旅大红骨,与目前国内利用的优势群划分结果一致,也能鉴别出每个群中亲缘关系最远的亚群是相近群间二环系来源的混合基因型;(4) 各群的代表自交系是单一遗传结构成分,亚群是多遗传结构成分。【结论】 部分SSR引物的多态性在新自交系中会出现下降,建立的新的40对引物体系有精确的分类功能,可应用于类群划分,20对体系的分类精确性稍低,但检测工作量减半,在批量材料分类中有利用价值。     

利用SSR标记分析小豆种质资源的遗传多样性

 【目的】分析小豆起源国中国丰富的小豆种质资源的遗传多样性及群体结构,提高这些种质在育种中的利用效率。【方法】选用51对SSR引物对国内外145份小豆种质进行多样性评价,并分析了中国小豆种质资源间的遗传关系和遗传结构。【结果】共检测出222个等位变异,每SSR位点的等位变异数为2～13不等,平均为4.35个,其中分布频率低于5%的等位变异数占35.9%。多态性信息含量（PIC值）为0.014～0.838,平均为0.472。不同种质间遗传相似性系数为0.227～0.951,平均为0.482。比较分析发现,湖北、陕西等省小豆资源的遗传变异最丰富,且遗传背景与中国主产区小豆存在较大差异。基于NTSYS的聚类可以将145份小豆种质划分为5组,根据组内种质的地理来源,可分别命名为东北组、华北Ⅰ组、华北Ⅱ组、华东组和混合组,其中混合组主要由湖北、陕西及国外种质组成。利用STRUCTURE对小豆种质资源的遗传结构分析与NTSYS聚类结果基本一致,即种质的遗传背景与地理来源有关。【结论】中国小豆种质资源遗传变异丰富,不同地理来源小豆间存在遗传分化,可以作为小豆生态区划的重要参考依据。     

玉米丝裂病发生的数量遗传分析

【目的】分析玉米丝裂病发生的遗传机制,为选育抗丝裂病品种和高效改良感病材料提供理论依据和技术支持。【方法】运用六世代平均值分析法和植物数量性状主基因+多基因混合遗传模型多世代联合分析的方法,对普通玉米自交系R08与975-12杂交组合的P₁、P₂、F₁、F_2:3、B_1:2和B_2:2 6个世代群体的种子丝裂病进行分析。【结果】玉米丝裂病的遗传符合1对加性主基因+加性-显性多基因模型。在F_2:3、B_1:2和B_2:2 3个家系世代,主基因方差分别为201.45,31.99和31.99;多基因方差依次为11.04、81.14和0.00。主基因加性效应值为11.31;多基因加性效应值为-4.47,显性效应值为10.85。主基因遗传率在F_2:3和B_1:2两个分离家系群体中为81.31%和21.56%,多基因遗传率为4.46%与54.68%。B_2:2家系中未检测出多基因的存在。【结论】玉米丝裂病主要由加性主基因控制,在抗病育种中可在早代高强度选择,对感病自交系可采取回交转育的方法进行改良。     

ICRISAT花生微核心种质资源SSR标记遗传多样性分析

【目的】评价ICRISAT花生微核心种质资源的遗传多样性水平,揭示ICRISAT花生微核心种质资源遗传多样性,验证传统植物学分类的可靠程度,为充分发掘、利用ICRISAT花生微核心种质资源提供必要信息。【方法】采用27对花生SSR引物,对ICRISAT微核心花生种质168份材料(来自世界五大洲42个国家)进行遗传多样性分析;利用NTSYS-pcV2.0软件进行主成分分析(PCA)并绘制三维空间聚类图;利用Popgene V1.32估算种质群间的Nei78遗传距离等参数并进行UPGMA聚类分析,采用MEGA3.1绘制种质群间聚类图。【结果】27对SSR引物共扩增出115条多态性条带,每对引物平均扩增出4.2930个等位变异,其中有效等位变异数2.7931,有效等位变异所占比重为65.49%;PM137、16C6、14H6、8D9和7G02等引物最为有效,其Shannon’s信息指数均在1.5以上,等位变异数5个以上,有效变异数3.7个以上。在多粒型群体中,来源于南美洲和印度种质资源的遗传多样性较低,来源于南美洲和非洲种质资源的遗传多样性较高;在珍珠豆型群体中,来源于北美洲种质资源的遗传多样性较低,来源于南美洲和非洲种质资源的遗传多样性较高;在普通型群体中,来源于北美洲种质资源的遗传多样性较低,来源于南美洲、美国和非洲种质资源的遗传多样性较高。来自南美洲的花生种质资源具有较高的遗传多样性,与花生起源于南美洲的结论一致。PCA分析,发现栽培种花生种质资源由4个差异明显的基因源构成,"hypogaea"包括普通型种质资源,"vulgaris"包括珍珠豆型种质资源,"fastigiata1"包括多粒型种质资源,"fastigiata2"包括多粒型种质资源。植物学分类单位间的Nei78遗传距离介于16.336—23.607cM,UPGMA聚类方法将花生属植物学分类单位聚成5个组群,"组群1"对应"hypogaea"基因源,"组群2"对应"vulgaris"基因源,"组群3"对应"fastigiata1"、"fastigiata2"基因源之和,"组群4"和"组群5"分别代表秘鲁型和赤道型基因源,聚类结果支持4个基因源的划分。【结论】ICRISAT花生微核心种质资源具有丰富的遗传多样性,不同来源的变种群间存在明显的遗传差异,并分化成4个基因源,研究结果部分支持栽培种花生传统的植物学分类体系。为拓宽花生育成品种的遗传基础,应充分发掘ICRISAT微核心种质各基因源的遗传潜力。     

河北省花生地方品种基于SSR标记的遗传多样性

 【目的】揭示河北省花生地方品种的遗传多样性,为花生育种提供理论依据。【方法】利用20对SSR引物对75个河北省不同植物类型花生地方品种遗传多样性进行分析。【结果】共检测到65个等位基因,每个位点的等位基因变幅为2～6个,平均3.25个;平均Shannon信息指数为0.5448,变幅为0.1680(7G02)～1.3617(PM15);平均Nei基因多样性指数为0.6458,变幅为0.3385(7G02)～0.9013(PM384);普通型花生地方品种的遗传多样性明显大于多粒型和珍珠豆型。采用类平均法对欧氏距离进行聚类,可以将各地方品种分为两大类,第Ⅰ类群为珍珠豆型和多粒型花生地方品种,第Ⅱ类群为普通型花生地方品种,品种间的亲缘关系与地理来源关系不大。【结论】SSR检测结果表明,河北省花生地方品种的多样性程度较高。