油茶近成熟种子表达的发育相关基因及其分析

以油茶优良无性系湘林1号和湘林4号近成熟种子为材料构建cDNA文库．随机挑取2327个克隆进行3’端测序，并将所得序列与核酸数据库进行同源性比较．发现16种58条与油茶种子胚胎发育及种子成熟相关的基因序列，这些序列与核酸数据库中其他物种相关序列有很高或较高的同源性．其中，脱落酸应答蛋白、成熟控制蛋白、翻译控制肿瘤蛋白、胚胎特化蛋白、乙烯应答因子包含域蛋白等基因序列为高丰度表达；种子成熟蛋白、细胞分化蛋白、乙烯应答因子、脱水素等编码基因属中等丰度表达；而成熟相关蛋白、胚珠发育蛋白、伸展蛋白、生长控制因子、休眠相关蛋白、衰老相关蛋白和脱水应答蛋白等基因只检测到1条序列．属低丰度表达．这些结果为揭示油茶种子油脂转化过程中的基因表达和生理过程提供了科学依据．     

兔CCR10基因的克隆与序列分析

克隆并分析兔CCR10基因.基于电子延伸序列,设计1对克隆引物,兔盲肠黏膜组织提取总RNA,进行RT-PCR,将PCR产物与pMD19-T载体连接后转化E.coli JM109感受态细胞、检测阳性克隆、测序并进行序列分析.克隆的兔CCR10基因长为723bp,编码由241个氨基酸残基组成的CCR10前体蛋白,三级结构预测表明CCR10具有一个多克隆免疫球蛋白区(PIG-X).克隆的兔CCR10基因与绵羊、人的同源性分别为89.6%、89.9%,推导的氨基酸序列与绵羊、人的同源性分别为94.2%、93.8%,结构特征与绵羊、人的相一致.克隆了兔CCR10基因并注册GenBank(登录号:EU348829).     

猪骨形态发生蛋白4成熟肽cDNA的克隆及序列分析

克隆猪骨形态发生蛋白4(BMP-4)成熟肽基因。通过提取猪肾的总RNA,通过RT-PCR技术扩增出目的基因,并将其回收后与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌TOP10感受态细胞,进行阳性克隆的筛选与鉴定。琼脂糖凝胶电泳检测RT-PCR产物,显示结果与预期片段大小一致,质粒PCR检测、酶切鉴定证实重组克隆中插入了PCR产物,测序结果揭示BMP-4成熟肽cDNA长为351bp,编码116个氨基酸。序列对比表明,猪与人、小鼠、牛、绵羊BMP-4成熟肽cDNA序列的同源性分别为94.87%、90.60%、94.87%、94.59%,而相应的氨基酸同源性分别为99.12%,99.12%,100%、100%。首次成功地克隆了猪BMP-4成熟肽编码基因,对于进一步研究猪BMP-4全基因结构、功能及其与繁殖性能的关系有重要的意义。     

岭南黄鸡肌生长抑制素基因成熟肽的克隆及酵母表达质粒的构建

根据Genebank上登录的鸡的myostatin基因cDNA全长序列以及成熟肽序列设计一对引物,并分别在两引物前设计两个酶切位点EcoRⅠ和KpnⅠ,克隆岭南黄鸡肌肉生长抑制激素的成熟肽蛋白编码基因,然后将特异性片段连接到pMD18-T载体,经酶切、PCR鉴定后,构建了岭南黄鸡真核单纯表达载体pPICZαA-MSTN-m,经测序鉴定,结果表明所克隆的myosta-tin成熟肽基因与Genebank上发表的鸡（AF019621）、猪（AY208121）和家鹅（AF440862）的MSTN-m核酸序列同源性分别可达到99%、92%、86%,但翻译后的成熟蛋白氨基酸序列与鸡、猪和家鹅的同源性可以分别达到100%、99.1%及99.1%。     

番茄果实LeNCED2基因的克隆及其表达分析

为了解ABA对果实发育和成熟的调控作用,对与ABA合成相关的LeNCED2基因进行了克隆与分析.采用RT-PCR和RACE技术从番茄品种‘嘉宝'(Solanum lycopersicum cv.Jiabao)果实中克隆得到了一个LeNCED1基因的同源片段,定名为LeNCED2(基因库注册号:EU912387).该基因3'端序列为1635 bp,与LeNCED1基因的DNA序列同源性为72.7%,与马铃薯中的StNCED2基因(AY662343)碱基序列同源性高达95%.碱基序列推导的蛋白序列与LeNCED1基因的同源性为80%.RT-PCR分析显示LeNCED2基因在番茄植株的根、茎、叶、花和萼片上都有表达.Real-time RT-PCR分析显示LeNCED2基因在幼果期表达量较高,随着果实成熟逐渐降低,与ABA含量不一致.而LeNCED1基因在转色期表达量最大且与ABA含量相对应.     

中国环颈雉肌内脂肪相关候选基因的克隆与序列分析

采用RT-PCR方法从中国环颈雉胸肌组织中扩增出心脏型脂肪酸结合蛋白、脂肪型脂肪酸结合蛋白和脂蛋白脂酶基因的cDNA序列,并进行了分析。结果显示：克隆的基因与GenBank上已发表的禽类脂肪酸结合蛋白、脂蛋白脂酶基因核苷酸和氨基酸序列的同源性比较高,与哺乳动物的同源性较低。     

绵羊显性白位点基因（KIT）cDNA的克隆与序列分析

显性白位点基因座位编码一种跨膜蛋白--肥大细胞生长因子受体,这种受体对黑色素细胞的形成、成熟及增殖迁移有重要作用.该研究克隆了绵羊KIT基因的部分编码序列,首次获得绵羊KIT基因的cDNA序列.并与其它动物相应区域作了同源性比较,结果表明:绵羊KIT基因exon11-19 cDNA长1003bp,编码含331个氨基酸残基的蛋白;蛋白质同源性比较显示,绵羊与牛、羊、猪、人、马等的同源性大于94%;通过对绵羊该蛋白进行结构及功能分析,为进一步研究KIT基因与绵羊毛色的关系奠定了一定的理论基础.     

牛分枝杆菌MPB64基因的克隆及序列分析

以牛分枝杆菌ValleeⅢ染色体DNA为模板,以MPB64成熟蛋白基因特异性引物进行PCR扩增,获得了642 bp的DNA片段。通过T-A克隆技术,将PCR产物克隆至pGEM-T载体。经鉴定证实,成功地构建了pGEM-T-64克隆载体。序列分析结果表明:该基因序列与Mycobacterium bovis BCG Tokyo的MPB64成熟蛋白基因序列同源性为100%。     

牛Musclin基因片段克隆与序列分析

[目的]对牛Musclin基因片段进行克隆与序列分析。[方法]通过电子克隆技术克隆牛Musclin基因,并通过软件分析牛Musclin基因与小鼠、大鼠、人、猪和鸡的同源性。[结果]通过电子克隆技术成功克隆了牛Musclin基因;分析结果表明,牛Musclin基因与小鼠、大鼠、人、猪和鸡同源性分别为81．0％、80．8％、90．0％、89．1％和62．4％,预测的氨基酸序列含有“KKKR”结构和与小鼠ANP、BNP、CNP蛋白的同源性区域,并将克隆的牛Musclin基因片段注册GenBank（EF646361）。[结论]该试验为进一步研究Musclin在牛骨骼肌中的生物学功能提供了基础资料。     

兔CCR9基因的克隆与序列分析

设计1对克隆引物,从兔十二指肠黏膜组织提取总RNA,进行RT-PCR,将PCR产物与pMD19-T载体连接后转化E.coliJM109感受态细胞,检测阳性克隆、测序并进行序列分析。结果表明：克隆的兔CCR9基因长为624 bp,编码由208个氨基酸残基组成的CCR9前体蛋白,预测CCR9具有多个跨膜区。克隆的兔CCR9基因与绵羊、人的同源性分别为82.9%、82.7%;推导的兔CCR9氨基酸序列与绵羊、人的同源性分别为80.1%、82.2%,其结构特征与绵羊、人的相一致。     

The neu gene: an erbB-homologous gene distinct from and unlinked to the gene encoding the EGF receptor

The neu oncogene, identified in ethylnitrosourea-induced rat neuroglioblastomas, had strong homology with the erbB gene that encodes the epidermal growth factor receptor. This homology was limited to the region of erbB encoding the tyrosine kinase domain. It was concluded that the neu gene is a distinct novel gene, as it is not coamplified with sequences encoding the EGF receptor in the genome of the A431 tumor line and it maps to human chromosome 17.     

猪GPR40基因的生物信息学分析

克隆猪GPR40(G protein-coupled receptor)基因,并对其生物信息学进行分析。结果表明,克隆的该基因(GenBank登陆号为EU366318)与已发表的人、大鼠和小鼠GPR40基因核苷酸序列同源性分别为85%、80%和82%,氨基酸序列同源性依次为86%、82%和83%,其编码的蛋白质分子量为22.59 ku,等电点(pI)9.54,包含215个氨基酸残基,有许多内切酶位点;结构分析发现,该基因无信号肽,但包含一个7次跨膜结构,其蛋白产物多集中在细胞膜上。表明该蛋白结合在细胞膜上作为许多信号分子受体,参与体内脂类代谢等。     

鹅LPL基因外显子4、5、6克隆及序列分析

为揭示鹅脂蛋白脂酶(LPL)脂质和肝素结合区域的特性,对鹅LPL基因外显子4~6进行了克隆和序列分析。以皖西白鹅血清总DNA为模板,设计引物对鹅LPL基因的第4~6外显子区域进行扩增和测序,分析鹅与其他物种之间该区域的DNA序列同源性、密码子非随机应用以及相应氨基酸残基区域的亲水性。结果表明,鹅LPL基因外显子4~6的片段大小分别为112、234和243 bp,其序列与鸡LPL基因相应序列的同源性达到91.9%,与人、羊、牛、猪等哺乳动物的同源性为74%~77%;鹅与鸡密码子非随机应用的相似系数为0.839,与猪和鼠的相似系数为0.580~0.650;LPL中由外显子4~6编码的氨基酸残基有4个区域具有较大的表面概率,分别位于残基145~148、残基187~190、残基255~257和残基293~299区域,表面概率分别1.62~4.29、2.06~3.01、2.75~4.46和3.03~6.01,这些区域伴随有较强的亲水性。     

驴生长激素基因的克隆与分析

 【目的】克隆驴生长激素基因DNA和cDNA的全序列,分析其序列和cDNA编码的蛋白序列特征及其在不同物种中的遗传差异。【方法】根据不同物种同一基因序列的同源性比对结果设计引物,应用RT-PCR和PCR 技术克隆基因,用生物信息学方法对获得的DNA和cDNA及推定的氨基酸序列进行分析。【结果】从驴肝组织和血液中分别得到驴GH基因全序列1 928 bp和包括完整的编码区的cDNA序列706 bp,两者序列比对后证明驴GH基因DNA序列由5个外显子和4个内含子组成,编码216个氨基酸的GH前体蛋白,其中包括26个氨基酸的信号肽和190个氨基酸的成熟肽。序列比较结果表明,驴GH基因的序列与马同源性最高,启动子不是哺乳动物的典型TATA盒,而是CATA盒,该基因在进化过程中是保守的。【结论】从驴肝组织和血液中克隆了GH基因DNA和cDNA,DNA序列在1 267位的C→G可能影响到驴和马生长发育的差异,为下一步驴GH基因的表达调控、进化和多态性分析奠定了基础。     

广西巴马小型猪LAIR-1基因cDNA克隆及序列分析

[目的]了解广西巴马小型猪白细胞相关免疫球蛋白样受体1(LAIR-1)基因的序列特征及基本结构,为以广西巴马小型猪作为人类器官模型及器官移植手术后的排斥反应研究奠定基础.[方法]根据GenBank上已登录的人和家鼠LAIR-1基因序列的保守区域,用Oligo设计合成1对引物,并以广西巴马小型猪总RNA为模板,对LAIR-1基因进行RT-PCR扩增,经PCR和双酶切鉴定后,进行测序及同源性比对分析.[结果]从广西巴马小型猪的外周血淋巴细胞中克隆获得LAIR-1基因cDNA序列,全长867 bp;与人、家鼠和挪威鼠的同源性分别为79.3%、50.9%和49.9%.[结论]广西巴马小型猪LAIR-1基因cDNA序列与人类的亲缘关系最近,进一步验证了广西巴马小型猪作为人类器官模型研究的可行性.     

中国大耳白肉兔IFN-γ、IL-2和IL-4基因的克隆测序与进化分析

实验应用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,在国内首次从ConA诱导培养的中国大耳白肉兔外周血淋巴细胞总RNA中扩增得到IFN-γ、IL-2和IL-4基因,并将其克隆到PGEM-T载体中,经菌落PCR鉴定、序列测定及序列分析,结果表明:①经克隆得到的IFN-γ基因(序列号:DQ852341),与Genbank中已登录的欧洲兔IFN-γ基因(序列号:AB010386)的核苷酸序列和推知氨基酸序列的同源性均为100%;与其他哺乳动物如犬、猫、人、猪、牛、羊、马、大熊猫和鼠等的核苷酸同源性在63.0%(鼠)～77.6%(人)之间;编码氨基酸同源性在41.7%(鼠)～65.7%(人)之间;②扩增得到的IL-2基因(序列号:DQ852342),与Genbank中已登录的欧洲兔IL-2基因(序列号:AF068057)的核苷酸序列和推知氨基酸序列的同源性分别为99.6%和100%;与其他哺乳动物如犬、猫、人、猪、牛、羊、马、大熊猫和鼠等的核苷酸同源性在64.8%(鼠)～86.0%(人)之间;编码氨基酸同源性在55.7%(鼠)～80.1%(人)之间;③扩增得到的IL-4基因(序列号:DQ852343),与Genbank中已登录的欧洲兔IL-4基因(序列号:AF169169)的核苷酸序列和推知氨基酸序列同源性均为100%;与其他哺乳动物如犬、猫、人、猪、牛、羊、马、大熊猫和鼠等的核苷酸同源性在57.0%(大熊猫)～69.8%(人)之间;编码氨基酸同源性在43.0%(鼠)～53.6%(人)之间。用这3个基因分别构建的进化树结果都表明,兔与人的亲缘关系相对较近,与鼠的亲缘关系最远,这与传统的分类地位基本吻合,即兔与鼠应分别归为兔形目和啮齿目动物。     

应用RACE法分离和克隆猪GPX2基因研究（英文）

[Objective] Using molecular biotechnology to clone the sus scrofa GPX2 gene.[Method] Using total RNA of sus scrofa duodenum as template,degenerated primer pairs were designed according to the homology alignment analysis of GPX2 gene of human,rat,mouse,dog and cattle.A sus scrofa GPX2 gene sequence of 330 bp was obtained by RT-PCR application method.Primes were designed respectively according to the known sequence,sus scrofa GPX2 gene was isolated and cloned by 3-RACE and 5-RACE method and analyzed the gene sequence.[Result] A mRNA sequence of 924 bp was successfully cloned and isolated in this research.This sequence contained complete 3' end and had higher sequence homology with human,mouse,cattle and dog GPX2 gene,and there was codon called TGA which encoding Sec on the position of No.114-116 gene.[Conclusion] Sequence alignment analysis showed that the cloned gene was sus scrofa GPX2 gene(NCBI GenBank database,the sequence number was DQ98982).     

应用RACE法分离和克隆猪GPX2基因研究

[目的]运用分子生物学技术克隆猪GPX2基因。[方法]以猪十二指肠总RNA为模板,根据人、大鼠、小鼠、牛、狗GPX2基因同源序列分析,设计兼并引物对,采用RT-PCR技术扩增获得了1段330bp的猪GPX2基因序列。根据获得的已知序列分别设计引物,采用3-′RACE和5-′RACE技术手段分离、克隆猪GPX2基因。并对所得基因进行基因序列分析。[结果]该试验成功克隆分离了1段长924 bp的mRNA序列,该序列包含完整3′-末端,与人、鼠、牛、狗GPX2基因具有较高的序列同源性,并在基因第114~116位置具有编码硒代半胱氨酸残基(Sec)的密码子TGA。[结论]序列分析比对的结果表明克隆的基因就是猪GPX2基因(NCBI GeneBank数据库序列号为DQ98982)。     

Sus scrofa interferon epsilon-1基因的克隆与序列分析

[目的]克隆分析Sus scrofa interferon epsilon-1基因,以期为其生物学功能研究奠定基础。[方法]利用Homo sapiens interferon epsi-lon 1(IFNE1)序列(NM_176891.3)对猪HTG库进行搜索,通过对获得的2个片断(CU074336、AC127471)的序列分析,在5'-UTR和3'-UTR设计1对克隆引物,对7日龄仔猪的胃组织进行RT-PCR,将PCR产物克隆、测序,并进行相关分析。[结果]同源性分析结果表明,猪SIFNE1与人、小鼠interferon epsilon-1基因cDNA编码区(CDS)的同源性分别为83.6%和69.2%;蛋白序列同源性分别为76.2%和55.2%。推测其氨基酸序列信号肽为第1～21位氨基酸,IFabd结构域为第59～176位氨基酸,结构特征与人、小鼠的interferon epsi-lon-1相一致。[结论]该研究克隆了Sus scrofa interferon epsilon-1基因,为进一步研究SIFNE1基因的生物学功能奠定了基础。     

绵羊甘露聚糖结合凝集素的研究

[目的]为了研究绵羊甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因。[方法]以陶塞特羊全血基因组DNA为模板,参考GenBank上牛与人的MBL基因序列合成一对特异性引物,进行PCR扩增,并经回收重组到pBS-T载体,筛选阳性克隆。用DNAMAN软件将部分测序结果同已发表的牛和人MBL序列进行同源性比较,并通过Primer Premier5进行蛋白质氨基酸序列预测。[结果]经PCR扩增获得了549bp的特异性片段。部分测序结果同牛和人MBL序列的同源性分别高达97%和86%,且该DNA序列与牛MBL部分序列编码的氨基酸仅一个之差,证实该序列为绵羊MBL基因的部分序列。[结论]绵羊MBL基因序列的获得,不仅为绵羊MBL基因全序列的获得提供了依据,还有助于进一步揭示MBL的生理和病理功能,对绵羊优良品种的选育具有深远意义。