基于nrDNA ITS序列的18份宁夏枸杞资源的遗传多样性

[目的]利用nrDNA ITS序列,探讨18份宁夏枸杞资源的遗传多样性。[方法]采用改进CTAB法提取枸杞叶片基因组DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析并对测序结果进行聚类分析。[结果]通过测序首次获得了18种宁夏枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为559~634 bp,平均为612 bp,整个转录间隔区(ITS1+ITS2)对位排列后总长度为480 bp,包括194个变异位点,占40.4%;286个保守位点,占59.6%。聚类结果表明了18份宁夏枸杞的亲缘关系与差异,并将其分为3个大类。[结论]基于nrDNA ITS区序列分析在研究枸杞种质遗传多样性方面具有一定的优越性。     

基于ITS和trnl-trnF序列的新疆扁桃种质资源亲缘关系研究

为探究新疆扁桃种质的亲缘关系,以新疆‘纸皮’与‘阿曼尼沙’等24个扁桃种质为材料,对其叶片及果实的植物学性状进行对比分析。提取总DNA后分别对ITS与trnl-trnF序列进行PCR扩增、纯化及测序,将所测序列进行拼接及同源性比对。利用MEGA5软件构建基于ITS和trnl-trnF序列的不同扁桃种质间的系统发育树。通过植物学性状对比发现,‘矮丰’的叶形指数最高为4.12,‘叶尔羌’的出仁率为72.9%,在供试24个扁桃种质中最高。经相关生物信息学软件分析表明,ITS序列长度为608~610bp,包括42个变异位点和9个简约信息位点,G+C含量为61.16%~61.90%。trnl-trnF序列长度为915~933bp,其变异位点和简约信息位点丰富,分别为457个和332个,分别占总长的48.8%和35.7%,G+C含量较低,为32.46%~32.94%。基于ITS和trnl-trnF序列的系统发育树表明,ITS序列间的遗传距离为0.000~0.008,trnl-trnF序列间的遗传距离为0.000~0.400,‘双薄’与‘双软’具有相同的遗传背景。     

不同柴胡种质资源的ISSR和ITS序列分析

【目的】利用ISSR标记和ITS序列分析方法,对11份柴胡种质进行鉴定和亲缘关系分析,为柴胡种质资源利用和进化分析提供理论依据。【方法】以取自不同省份的11份柴胡干品为材料,提取其基因组DNA,进行ISSR分析,利用DPS(V7.5)软件计算遗传距离,利用UPGMA方法进行聚类分析,构建11份柴胡样品的系统进化树。同时,利用ITS引物对柴胡样品进行PCR扩增和测序,利用DNAMAN软件分析11份柴胡种质的ITS序列,对其遗传相似性进行鉴定。【结果】从100条ISSR引物中筛选出21条扩增谱带清晰、多态性高的引物,利用这21条引物从11份柴胡样品中共获得185条扩增条带,其中156条条带呈现多态性,多态性条带比例为84.3%。11份柴胡样品间遗传距离为0.458 8~0.782 2,表明这11份柴胡样品间遗传基础较狭窄;聚类结果将11份柴胡样品分成2大类,大部分来源相同或相近的柴胡样品聚在一起。ITS序列分析结果表明,11份柴胡样品的ITS序列均长321bp,也可以分为2类,部分柴胡样品存在同质异名现象。【结论】利用ITS技术或将其与ISSR标记相结合对柴胡种质资源进行鉴定和分析,可以提高柴胡种质资源鉴定的准确性和效率。     

基于ITS条形码序列的枸杞属植物鉴定

采用改进CTAB法提取枸杞(Lycium Chinense Mill.)叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nr DNA ITS区进行扩增,利用ITS条形码序列,对枸杞属种质资源进行鉴定,分析其亲缘关系。结果表明,测序得到了17份枸杞属近缘种的ITS条形码序列,整个ITS序列长度变异范围为603~632 bp,平均为624 bp,整个转录间隔区(ITS1+ITS2)对位排列后总长度为480 bp,有194个变异位点,占40%;保守位点288个,占60%。聚类分析结果表明,17份种质资源可分为5个大类群。基于ITS条形码序列分析在鉴定枸杞属种质遗传多样性及其亲缘关系具有一定的优越性。     

麻疯树种质资源学植物学数量性状评价指标探讨

为建立数量化、规范化的麻疯树种质资源描述系统,以便更好地为麻疯树种质资源的研究服务,2011-2012年在云南省农业科学院热区生态农业研究所热带能源作物种质资源圃内对60份麻疯树品种(种质)资源的叶长、叶宽、叶柄长、花序长、雌花数、雄花数、雌雄花比例、果横径、果纵径、果形指数等10项植物学数量性状指标进行了测定,使用SAS软件进行数据统计分析并绘制各数量性状频率分布直方图。结果表明,雌雄花比例变异系数最大(32.07%),果形指数变异系数最小(4.18%);叶长、叶宽、花序长、雄花数、果纵径和果形指数为正态分布,其他4项性状数据为偏正态分布,雌雄花比例的偏态度最大(2.29),果横径的偏态度最小(-0.48);性状分级标准均按1~5级划分,1级为最低级,5级为最高级,3级为中级,其中花序长、果形指数的4级是频率分布最高的范围,其余8个性状的3级是频率分布最高的范围。该项研究为麻疯树种质资源描述系统数量化、规范化的建立奠定了基础。     

核桃种质资源rDNA-ITS序列分析

本研究以9份核桃属种质资源为材料,利用设计引物对其ITS区段进行PCR扩增和测序。利用Dnasp 5.0和MEGA 6.0软件分析ITS序列特征,寻找差异位点,并构建系统发育树。结果显示,9份材料的ITS区段在644~647 bp之间,存在48个变异位点,转换和颠换的比值为1.75。系统发育树结果表明,野核桃和核桃楸亲缘关系最近,最先聚在一起,再与麻核桃聚为核桃楸组,与传统分类学一致。本研究为发掘和利用核桃属种质资源奠定了理论基础。     

药用真菌桑黄分子鉴定及遗传多样性分析

通过对不同来源的桑黄菌株进行分子鉴定和遗传多样性分析,为后续桑黄种质资源的研究、开发及利用提供参考。采用rDNA ITS序列分析技术,对收集到的国内22个桑黄菌株进行分子鉴定与遗传多样性分析。依据rDNA ITS序列计算遗传距离并构建系统发育树,结果显示收集到的桑黄菌株明确聚为3个独立类群,且3个类群的桑黄真菌存在明显的遗传分化。通过BLAST分析,成功鉴定出3类桑黄种质分别为:桑树桑黄(Sanghuangporus sanghuang)、杨树桑黄(Fuscoporia gilva)及丁香桑黄(Inonotus baumii)。不同来源的桑黄菌株间具有一定的遗传多样性,种间遗传趋异度显著高于种内。本研究结果提供了一种准确可靠且简单易行的桑黄真菌分子鉴定技术,可明确各桑黄真菌的种属来源及遗传结构组成,为桑黄真菌的进一步研究及开发应用奠定了基础。     

ISTR标记在榧树种质资源遗传多样性分析中的应用

利用反向序列标签重复技术(inverse sequence-tagged repeat,ISTR)对43份安徽省榧树种质资源及3份浙江省榧树资源进行了遗传多样性分析。ISTR能很好地用于榧树种质资源遗传多样性分析,多态性比例为87. 09%,46份榧树种质遗传相似系数为0. 548 4～1. 000 0,表明安徽省榧树种质资源遗传多样性较为丰富。采用UPGMA(非加权组平均算法)对46份种质的ISTR数据进行聚类分析,结果显示可分为3个类群,来自同一地方的种质基本上都独立聚成类群,表明种质间亲缘关系与地理来源关系较为密切;相似的种质类型聚为一类,可能与实生繁殖方式有关。ISTR标记可在榧树种质资源遗传多样性分析中被广泛地应用。     

基于ITS序列的薄荷种质资源遗传关系鉴定研究

为分析薄荷的遗传关系及对薄荷优良品种进行开发利用,对收集的11个薄荷种质进行了DNA提取、PCR扩增和测序,获得了ITS全序列,再利用软件MEGA 5.0计算了物种种内种间K2P遗传距离,并应用最近距离法、构建NJ(邻接)系统聚类树方法,对薄荷种质进行了遗传关系分析。结果表明,11个薄荷种质的遗传距离为0.001～1.365,平均值为0.456 6,系统发育树可将11个薄荷种质分成三大类,体现了较好的遗传多样性。     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

基于nrDNA ITS序列的18份宁夏枸杞资源的遗传多样性(英文)

[Objective] The study aimed to investigate the genetic polymorphism of eighteen Lycium barbarum resources via nrDNA ITS sequencing. [Method] The genomic DNAs from Lycium barbarum leaves were isolated by modified CTAB method for PCR amplification on the nrDNA ITS region using specifically synthesized primers; the amplified fragments were cloned and sequenced, then the sequencing results were clustered. [Result] nrDNA ITS sequences of the tested eighteen Lycium barbarum were firstly obtained in the present study. For all eighteen tested materials, the variation range of whole ITS region was 559-634 bp, with an average of 612 bp; alignment analyses showed that the whole length of internal transcribed spacer (ITS1+ITS2) was 480 bp, within which there are 194 variation sites (accounting for 40.4%) and 286 conserved sites (accounting for 59.6%). The cluster results showed that the eighteen tested materials could be grouped into three classes. [Conclusion] Analysis of nrDNA ITS sequence may avail to identify the Lycium barbarum germplasm resources.     

麻风树EST-SSR的筛选和分析

[目的]开发麻风树EST-SSR标记,为遗传多样性分析、种质资源鉴定等研究提供理论依据。[方法]以麻风树EST序列为材料,运用CAP3软件对EST序列进行组装后,再运用SSRIT软件进行EST-SSR标记的预测。[结果]麻风树13193条EST序列经组装后获得6281个UniGene,其中1367个Contig,4914个Singleton。利用SSRIT在线软件对UniGene分析得到206条EST-SSR。拼接后的Unigene含有SSR位点的频率为3.28%,麻风树EST-SSR的发生频率为1/29kb。这些EST重复基元中,三核苷酸重复和二核苷酸重复最多,分别占24.76%和21.84%;五、六核苷酸重复次之,分别占16.50%、20.39%;单、四核苷酸的重复基序最少,分别占9.71%和6.80%。在所有的核苷酸重复基序中,二核苷酸重复序列AG所占比例最高,约占12.62%;三核苷酸重复序列中,所占比例最高的是AAT和AAG,各占6.80%、6.31%。[结论]上述结果对于开展麻风树分子辅助育种研究具有一定的指导意义。     

一种鉴定菜用枸杞的新方法——nrDNA ITS测序法(英文)

[Objective] The study aimed to identify Lycium Linn. at molecular level.[Method] The nrDNA ITS sequence of 5 edible Lycium Linn. germplasm resources were investigated. [Result] The nrDNA ITS regions of five edible Lycium Linn. germplasm resources were sequenced. The whole sequences varied from 628 bp to 632 bp,with the average length of 630 bp. Total 79 variation sites were observed in the sequences,which accounts for 12.5%. [Conclusion] Sequence analysis based on nrDNA sequencing provides a new approach to identify edible Lycium Linn. germplasm resources.     

不同地区麻疯树籽油的理化性质及脂肪酸组成

对6个不同地区的麻疯树籽的性状、籽油的理化性质及脂肪酸组成进行分析。结果表明,参试的不同地区的麻疯树种子外观性状差异不大,长度、宽度、侧径变异系数分别为2.6%、1.2%和2.4%,千粒重差异相对较大,变异系数为3.8%;不同地区的麻疯树籽的含油率均在30.0%以上,脂肪酸以C16和C18为主;不同地区的麻疯树籽油的不饱和脂肪酸含量很高,均在70%以上。     

A New Method of Identification on Edible Lycium Linn. Germplasm Re-sources——nrDNA ITS Sequencing

[ObJective] The study aimed to identify Lycium Linn. at molecular level. [Method] The nrDNA ITS sequence of 5 edible Lycium Linn. germ-plasm resources were investigated. [Result] The nrDNA ITS regions of five edible Lycium Linn. germplasm resources were sequenced. The whole se-quences varied from 628 bp to 632 bp, with the average length of 630 bp. Total 79 variation sites were observed in the sequences, which accounts for 12. 5%. [Conclusion] Sequence analysis based on nrDNA sequencing provides a new approach to identify edible Lycium Linn. germplasm resources.     

一种鉴定菜用枸杞的新方法——nrDNA ITS测序法

笔者以5种菜用枸杞为试验材料,开展nrDNA ITS序列分析研究,探索适宜于枸杞nrDNA ITS序列分析的优化技术体系,从而为建立分子水平的菜用枸杞鉴定标准提供参考。     

贵州小桐子农家品种的花粉活力和柱头可授性

为更好地开发和利用贵州小桐子种质资源,以充分发挥其生物能源的作用,对贵州省罗甸县、望谟县、册亨县和贞丰县4个地方的小桐子花粉活力和柱头可授性进行了比较。结果表明,2007—2011年5年中,册亨县巧马采育林场种植的小桐子农家品种的花粉活力和柱头可授性均高于其他3个地方的品种。     

一种鉴定菜用枸杞的新方法——nrDNA ITS测序法

[目的]拟从分子水平对菜用枸杞进行鉴定。[方法]利用nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)碱基序列测定的方法对5份菜用枸杞资源进行碱基序列测定并分析序列差异。[结果]首次获得5种菜用枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为628~632 bp,平均为630 bp,共有79个变异位点,占12.5%,保守位点553,占87.5%。基于nrDNA ITS序列差异的品种聚结果与依据形态指标的是划分结果相符。[结论]nrDNA ITS区测序分析可作为分子水平鉴定菜用枸杞不同种质来源的又一途径。