鸡Lpin1基因3'-UTR遗传变异及其对miRNA结合位点的潜在效应

[目的]研究鸡Lpin1基因3'-UTR遗传变异、单倍型及其在品种间的分布,并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应.[方法]根据鸡Lpin1基因组序列(GenBank登录号:NC_006090)设计一对特异性引物,采用PCR直接测序结合克隆测序的方法,进行鸡Lpin1基因3'-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析.[结果]①从6个品种中发现了8个变异位点,包含两个插入/缺失变异.这些变异均位于鸡Lpin1基因的3'-UTR,3'-UTR的变异频率为17SNPs/kb;②在鸡Lpin1基因3'-UTR区域,从固始鸡,卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点,未检测到河南斗鸡品种内的变异;③用次要等位基因频率≥5％的6个变异位点(g.11A＞T,g.77C＞G,g.108_109delinsG,g.110_111delinsG,g.270A＞G和g.348G＞T)进行单倍型的构建和分析,从6个品种鸡中共检测到6种单倍型,其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型,频率均大于30％,河南斗鸡仅包含一种单倍型;④g.77C＞G变异可引起多个miRNA结合位点的增加、丢失.[结论]鸡Lpin1基因3'-UTR具有丰富的变异,3'-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异.     

鸡Lpin1基因5'侧翼区微卫星变异的鉴定

为了掌握鸡Lpin1基因组内微卫星的分布特性,采用SSR hunter软件搜索位于鸡Lpin1基因组序列内的微卫星序列,并采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合克隆测序的方法对位于预测的启动子区域的复合微卫星进行了研究.结果表明,从鸡Lpin1基因组内搜索到9个微卫星,其分布频率为每5.5 kb1个微卫星;对位于鸡Lpin1基因的5’侧翼区(预测的启动子区域附近)的复合微卫星(命名为CLP532)进行多态性研究,共检测到7个等位基因,其序列长度变异在25 bp.从6个鸡品种(固始鸡、河南斗鸡、卢氏鸡、白洛克、来航鸡、丝毛乌骨鸡)中检测到CLP532微卫星的6种等位基因.TFSEARCH软件预测CLP532微卫星长度的变异可引起鸡Lpin1基因转录因子结合位点的改变.研究结果显示,鸡Lpin1基因组内存在丰富的微卫星,CLP532微卫星具有丰富的多态,CLP532微卫星长度变异对鸡Lpin1基因的表达调控具有潜在重要的作用.     

鸡传染性支气管炎病毒S1,M和N基因遗传变异相关性

对山东省1992—2005年分离的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)毒株的纤突蛋白(S1)、膜蛋白(M)和核衣壳蛋白(N)分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的其他具有S1,N和M基因的IBV参考序列,利用DNAStar软件和统计学软件SPSS8.0,对不同毒株的S1,N和M基因分别进行遗传变异和同源性相关分析。结果表明:不同毒株间S1基因与M基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.483,S1基因与N基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.570,M基因与N基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.620,说明S1,M和N基因三者之间的遗传变异既有同步性又有独立性。通过S1,N基因推导的氨基酸系统进化树表明,9株山东野毒株具有较近的亲缘关系,变异方向一致,且与疫苗株的亲缘关系较远,但从M基因推导的氨基酸系统进化树分析,只有3株山东野毒株与部分疫苗株有一定的亲缘关系。由此表明,IBV存在基因重组现象。     

CAPN1基因在寿光鸡群体中的遗传变异分析

采用PCR-SSCP方法对寿光鸡CAPN1基因进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系。结果表明,含有CAPN1基因外显子5的引物CE5扩增的座位在群体中检测到3种基因型AA、AB和BB,基因型频率分别为0.266、0.520和0.214;等位基因A和B的频率分别为0.524和0.476。CE8引物扩增的座位在群体中也检测到3种基因型AA、AB和BB,基因型频率分别为0.378、0.510和0.112;等位基因A和B的频率分别为0.633和0.367。关联分析结果表明:含有CAPN1基因外显子5的引物CE5座位对肌内脂肪含量和腿肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05),CE8座位对胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05)。     

Lpin1基因多态性与黄牛经济性状的关联研究

以6个黄牛品种502个个体为材料,利用PCR-SSCP和DNA测序相结合的方法检测脂素1(Lpin1)基因的多态性,并分析该基因多态性与秦川牛经济性状的相关性。结果发现,黄牛Lpin1基因存在3个SNPs:31735A>G、46137A>C和65969G>A,分别位于内含子1、外显子6和内含子15,其中位于外显子6的突变导致脂素蛋白质第82位的组氨酸变为脯氨酸,为错义突变。3个SNP多态位点与秦川牛的体尺和肉质性状的关联分析表明,31735A>G位点GG基因型个体的胸深、胸围、背膘厚显著高于AA和AG基因型个体(P<0.05);46137A>C位点AC和CC基因型个体的背膘厚显著高于AA基因型个体(P<0.05),CC基因型个体的眼肌面积和大理石花纹评分等级显著高于AA基因型个体(P<0.05);65969G>A位点AA基因型个体的胸深、胸围、眼肌面积和背膘厚显著高于BB基因型个体(P<0.05),BB基因型个体的大理石花纹评分等级显著高于AA和AB基因型个体(P<0.05)。可见,Lpin1基因可能是影响秦川牛眼肌面积、大理石评分和背膘厚性状的主效QTL或者是与之紧密连锁,可作为秦川牛品质改良的辅助选择标记。     

一株鸡传染性支气管炎病毒地方分离株膜蛋白基因的遗传变异分析

对从山西省分离到的1株IBV(IBVSX16)的膜蛋白基因片段进行序列测定及分析,结果发现,IBVSX16株膜蛋白基因含有一个长681 bp的ORF,编码226个氨基酸残基组成的多肽,与疫苗株H120和中国分离株LX4推导的氨基酸序列比对发现,存在基因突变现象,未发现缺失和插入现象,变异主要发生在2～17位.系统进化关系显示19株IBV毒株分属于5个群.IBVSX16株位于第II群,中国IBV分离毒株主要集中在第Ⅲ群和第Ⅳ群,具有较明显的地理区域性,可见IBV分离株在基因进化关系上形成了自己较为独立的进化群.     

CAPN1基因遗传变异及其对牛肉质性状的效应分析

[目的]探索钙蛋白酶1 (CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异,以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记.[方法]采用PCR-SSCP技术对雷琼牛、云南高峰牛,BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体CAPNl基因Exonll-Exon16与Intron21遗传变异检测,运用SPSS17.0软件中的GLM模型分析检测到的遗传变异与中国西门塔尔牛部分肉质性状的关联性.[结果]发现了CAPN1基因DNA序列中的两个突变位点A4558G和C4684T,分别检测到AA/AG/GG和CC/CT/TT 3种基因型.相关分析表明,A4558G位点GG基因型个体剪切力和大理石花纹评分显著低于AG和从型个体(P<0.05);C4684T位点TT基因型个体剪切力显著低于CT型个体(P<0.05).组合基因型分析表明,GGTT组合剪切力显著低于CCAA、CTAG和CTAA(P<0.05),大理石花纹评分显著低于其它基因型组合(P<0.05),脂肪颜色评分显著高于AGTT(JP<0.05),其余指标间无显著差异(P<0.05).[结论]初步推测CAPNI基因A4558G和C4684T的位点,可以作为牛肉嫩度和大理石花纹评分的遗传标记.     

奶牛乳脂性状候选基因EEF1D突变位点功能分析

提高乳脂含量、提升奶质已成为当前奶牛业研究的重点方向之一。前期经GWAS方法研究发现,EEF1D基因5′非翻译区(5′-UTR)的G/A突变与乳脂率极显著相关,为了进一步对候选基因EEF1D的突变位点进行功能分析,首先通过人工合成获得了EEF1D基因突变型与野生型片段,并在细胞水平上对其开展了功能验证实验。研究发现,EEF1D基因5′-UTR的G/A突变引起Sp3转录起始位点后移33 bp,并且突变型的活性大约是野生型的3倍。研究结果表明,该突变可改变转录因子的转录起始位点,从而使EEF1D的表达上调。     

牛CAPN1基因遗传变异及其对胴体性状的效应分析

[目的]探讨钙蛋白酶1(CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记。[方法]采用PCR-SSCP对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体CAPN1基因Exon11-Exon16与Intron21遗传变异检测,运用GLM模型分析检测到的遗传变异与中国西门塔尔牛部分肉质性状的关联性。[结果]发现CAPN1基因DNA序列中的2个突变位点A4558G和C4684T,分别检测到AA/AG/GG和CC/CT/TT 3种基因型,优势基因分别为A和G。效应分析结果表明,A4558G多态对骨重、胴体产肉率及肉骨比性状效应显著(P0.05),C4684T多态对宰前活重、净肉重、胴体重、头重、骨重、前蹄重、网膜油重及肠系膜油重性状效应显著(P0.05)。[结论]CAPN1基因可以作为肉牛胴体性状的主效基因或与主效基因相连锁的一个标记。     

MC1 R基因在中国草金鱼中的遗传变异及其进化分析

鱼类的体色具有重要的观赏和经济价值,是重要的品种特征,属于高遗传力的质量性状,通常受单个基因或几个基因控制。 MC1R基因在黑色素合成过程中起着重要的调控作用,因此可能参与鱼体色的形成。研究利用中国草金鱼为材料,对MC1R基因进行全长序列扩增、SNPs搜寻及其突变位点的功能与进化分析。结果在MC1R基因整个序列上只鉴定到1个突变位点,即Exon 1 g．82 G＞A,属于错义突变,该突变导致MC1R基因的第28个氨基酸发生改变（丙氨酸＞苏氨酸）。进一步蛋白质结构预测和功能分析发现该突变导致MC1R蛋白形成了一个新的低复杂区。通过MC1R基因的分子进化树分析发现金鱼与鲫鱼、鲤鱼、斑马鱼等最先遗传分化出来,它们的遗传距离最近。 MC1R基因的Exon 1 g．82 G＞A突变位点是否在金鱼体色的形成中起着重要调控作用还有待进一步研究。     

PRL和POU1F1基因及基因聚合对白耳鸡产蛋数的效应分析

以PRL和POU1F1为影响鸡产蛋数的候选基因,采用PCR-SSCP方法检测白耳鸡PRL基因调控区和POU1F1基因外显子3区域的单核苷酸多态性,并分析PRL、POU1F1基因多态位点和两基因聚合基因型与72周龄产蛋数的关联。结果表明:PRL调控区的插入/缺失基因型AA型和POU1F1基因exon3的突变(A5331T)基因型CC型与72周龄产蛋数显著相关(P0.05),AA、CC型对产蛋数的加性效应分别为3.65和3.57。聚合基因型AACC型个体72周龄产蛋数(除AACD型外)与对照组比较差异显著(P0.05)。两基因间的互作效应并不显著(P0.05)。     

海东鸡CAPN1基因3'UTR多态性及其与体尺性状的关联性

利用PCR-SSCP技术对海东鸡CAPN1基因多态性进行分析,研究CAPN1基因多态位点与体尺性状之间的相关性。结果表明,海东鸡CAPN1基因3'UTR存在c.*1 114TC转换,对应2种等位基因T和C,等位基因T为优势等位基因;该群体CAPN1基因检测区域为中度多态(0.25PIC0.50),偏离了Hardy-Weinberg平衡状态。CAPN1基因3'UTR的多态性对体斜长、胸宽和胸骨长有显著性影响,对胫长有极显著影响,对胸深、胸围和髋宽无显著性影响。     

地方鸡ONECUT1基因的序列变异分析

为探明ONECUT1基因在贵州地方鸡品种中的作用,分析ONECUTl基因在5个地方鸡品种的序列差异性,设计4对引物,筛选多态位点,采用DNAMAN进行序列变异分析。结果表明:4个多态位点均位于内含子上,分别是16 369位(C→A),16 517位(C→T),16 587位(C→G)和16 639位(C→T)。16 517位置仅长顺绿壳蛋鸡为碱基C,而瑶山鸡、赤水乌骨鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡在该位置为碱基T;瑶山鸡和赤水乌骨鸡在16 587位置和16 639位置检测出多态性,长顺绿壳蛋鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡则与数据库参照序列一致。     

鸡GH和POU1F1基因多态性及基因聚合对产蛋数的影响

以GH和POU1F1作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法,检测白耳鸡GH外显子4和POU1F1外显子3区域的单核苷酸多态性,并利用最小二乘法分析GH、POU1F1单基因型和两基因聚合基因型与72周龄产蛋数的关联.结果表明,GH基因exon4(C2338GC2341T)的突变和POU1F1基因exon3的突变(A5331T)基因型CC与白耳鸡的72周龄产蛋数显著相关(P0.05),基因型AA、CC对产蛋数的加性效应分别为3.80和3.57.聚合基因型AACC个体72周龄产蛋数(除基因型ABCC外)与对照组差异显著(P0.05).两基因间的互作效应不显著(P0.05).扩繁F1代聚合基因型AACC个体72周龄产蛋数与前一世代相当.     

鸡PEPT1抗原表位基因的原核表达及序列鉴定

根据GenBank的原鸡PEPT1基因保守区序列设计引物,PCR扩增得到PEPT1基因抗原表位区序列,将该序列定向克隆至pET22b(+)载体上,成功构建了pET-22b-PEPT1重组质粒。重组质粒在原核表达宿主Rosetta(DE3)中诱导表达出PEPT1抗原表位区蛋白,纯化的表达产物经过质谱分析鉴定,为进一步生产鸡肽转运载体PEPT1的特异性抗体奠定了基础。     

鸡DLK1基因的生物信息学分析

DLK1基因是哺乳动物的一个印记基因,DLK1蛋白促进哺乳动物肌肉的生长发育,但抑制脂肪的生长发育。禽类不存在基因组印记现象,目前禽类DLK1基因的功能和调控机制还不清楚。本研究针对鸡等13种动物的DLK1蛋白进行了多序列比较分析、分子进化分析及糖基化分析,同时还比较了人、鼠及鸡的DLK1基因结构、基因同线性、启动子结...     

NPY、IGF-1基因对文昌鸡繁殖性状的遗传效应

采用PCR-RFLP技术检测文昌鸡NPY基因和IGF-1基因的多态性,并分析NPY、IGF-1基因对文昌鸡繁殖性能的影响。结果表明:300日龄NPY AA型个体平均产蛋数(88.95枚)与NPY aa型个体平均产蛋数(81.55枚)相比差异显著,NPY基因以加性方式作用,其中300日龄产蛋数加性效应值为-0.252(P<0.05)。IGF-1基因同样以加性方式作用,其中300日龄产蛋数加性效应值为0.199(P<0.05)。300日龄IGF-1 bb型个体平均产蛋数(89.03枚)与IGF-1 BB型个体平均产蛋数(82.61枚)相比差异显著,400日龄IGF-1 bb型个体平均产蛋数(137.84枚)与IGF-1 BB型个体平均产蛋数(127.82枚)相比差异显著;IGF-1 bb型个体平均连产天数(3.38 d)分别与IGF-1的BB、Bb型个体平均连产天数(2.96、2.78 d)相比差异均显著。     

鸡OATP1B3互作蛋白筛选及其相关基因的转录表达分析

【目的】筛选鉴定鸡有机阴离子转运多肽1B3(OATP1B3)的互作蛋白,并探究其对鸡蛋绿壳颜色形成的影响,为提高绿壳蛋鸡群体选育准确性提供参考依据。【方法】以真核表达载体p EGFP-SLCO1B3和空载体pEGFP-C1分别转染绿壳型赤水乌骨母鸡蛋壳腺上皮细胞,通过免疫共沉淀（Co-IP）结合液相色谱与串联质谱联用技术（LC-MS/MS）筛选鸡OATP1B3互作蛋白,经GO功能注释分析、KEGG信号通路富集分析及蛋白相互作用网络分析鉴定出与鸡蛋绿壳性状形成相关的OATP1B3互作蛋白。同时,通过构建SLCO1B3基因沉默及过表达载体分别转染蛋壳腺上皮细胞,检测SLCO1B3基因过表达或沉默时部分OATP1B3互作蛋白基因（FXR1、CTTN、RPL12和RPS17）在蛋壳腺上皮细胞中的表达情况,并根据鸡蛋壳颜色分为白壳、浅绿和深绿3种类型,分析蛋壳颜色△a*值与FXR1、CTTN、RPL12和RPS17基因表达的相关性。【结果】共筛选鉴定出37个与鸡OATP1B3相互作用的蛋白,其中FXR1、CTTN、RPL12和RPS17与鸡蛋的绿壳性状有密切关系。SLCO1B3基因过表达能极显著...     

3个基因SNPs及基因聚合对白耳鸡产蛋数的遗传效应

将GH、POU1F1和PRL基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,以白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法检测白耳鸡GH 、POU1F1和PRL基因单核苷酸多态性,分析这3个基因的单基因以及聚合基因型对白耳鸡72周龄产蛋数影响.结果表明:GH 、POU1F1和PRL基因均对白耳鸡72周龄产蛋数的差异产生影响,与鸡的产蛋数存在关联,AA、CC、EE型为优势单基因型;优势单基因型两两聚合的遗传效应高于优势单基因型的遗传效应;3个优势单基因型聚合(AACCEE型)遗传效应又高于优势单基因型两两聚合的遗传效应,因此我们推断可能聚合的优势单基因型越多,对白耳鸡72周龄的产蛋数影响效应越大,所以可以尝试利用聚合基因型对白耳鸡的72周龄产蛋数进行标记辅助选择.     

柔嫩艾美耳球虫杨陵株3-1E基因的克隆与序列分析

根据GenBank发表的鸡柔嫩艾美耳球虫(Ei meriatenella)3-1E基因的ORF设计一对引物,用RT-PCR方法从E.tenella杨陵(YL)株总RNA中扩增3-1E基因,并将扩增产物与pMD18-T easy载体进行连接并测序,用DNAstar 5.0软件对测序结果进行分析。结果表明,2009年分离的E.tenellaYL株3-1E基因与其他虫株相比,核苷酸有9个位点发生变化,其中7个位点的变化引起了相应氨基酸位点的改变,其他2个位点的变化未引起氨基酸的改变。对2006年和2009年分离的YL株3-1E基因的核苷酸进行了比对,结果发现,有两个核苷酸位点发生了变化。系统发育树分析表明,E.tenellaYL株3-1E基因同种间与E.tenella甘肃株遗传关系最近,同属间与E.acervulina法国株遗传关系最近。