安徽省3个地方鸡品种的遗传多样性分析

运用微卫星标记对淮南麻黄鸡、皖南三黄鸡和五华鸡3个地方品种遗传多样性进行了分析。在5个座位中,共检测到23个等位基因数,平均有效等位基因数为1.5396,杂合度为0.2920,多态信息含量为0.4156。3个地方品种中,淮南麻黄鸡遗传多样性最低,五华鸡遗传多样性最高。根据5个微卫星座位等位基因频率计算群体遗传一致度和标准遗传距离并构建系统发生树,五华鸡与皖南三黄鸡遗传关系最近,皖南三黄鸡与淮南麻黄鸡最远。研究结果与这些地方品种的地理分布、育成历史相一致,同时也佐证了微卫星标记是研究鸡群体遗传关系的一个有用工具。     

安徽省3个地方鸡品种的遗传多样性分析

运用微卫星标记对淮南麻黄鸡、皖南三黄鸡和五华鸡3个地方品种遗传多样性进行了分析.在5个座位中,共检测到23个等位基因数,平均有效等位基因数为1.5396,杂合度为0.2920,多态信息含量为0.4156.3个地方品种中,淮南麻黄鸡遗传多样性最低,五华鸡遗传多样性最高.根据5个微卫星座位等位基因频率计算群体遗传一致度和标...     

四个地方鸡种保种群遗传多样性分析

地方鸡种资源是鸡育种和生产的物质基础,开展地方鸡种资源遗传多样性的评价是开展品种保护的基础[1].微卫星标记为共显性标记,多态性丰富,稳定性和可重复性较好,广泛应用于禽类遗传多样性、群体遗传结构、遗传距离分析等研究[2].本试验利用微卫星标记对安徽省4个地方鸡种的保种群遗传多样性现状进行分析,为保种场的保种工作提供参考. 1 材料与方法 1.1 血样采集 淮南麻黄鸡、淮北麻鸡、皖南三黄鸡和五华鸡分别来自安徽省各个保种场,每个品种采集60只鸡的血样(其中公鸡12只,母鸡48只),肝素纳抗凝.     

不同地方乌骨鸡种群遗传多样性的微卫星DNA分析

利用家禽基因组中的10个微卫星标记，对位于不同地区6个乌骨鸡种群的等位基因频率、各群体的遗传杂合度、群体间的遗传距离等进行了分析，并根据遗传距离对这几个乌骨鸡种群进行了聚类分析。结果表明，各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富，并具有较高的选择潜力。各乌骨鸡种群间有一定的遗传距离，UPGMA聚类分析表明，黑凤乌骨鸡与白凤乌骨鸡最先被聚在一起，四川山地乌骨鸡黑羽系与川南山地乌骨鸡被聚为一类，草科鸡与旧院黑鸡被聚为一类。     

利用8个微卫星标记分析7个鸭群体的遗传多样性

研究应用8个微卫星标记对7个鸭群体进行了遗传多样性检测。利用等位基因频率计算了各群体的基因杂合度、多态信息含量及群体间的遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明:8个微卫星标记中除SMO13(PIC=0.480)和APL83(PIC=0.372)为中度多态外,其余标记均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸭群体间遗传多样性分析和系统发生关系分析。7个鸭群体在微卫星座位的平均杂合度在0.514～0.646,最高的莆田黑鸭为0.646,最低的康贝尔鸭为0.514。从聚类分析结果来看,北京鸭与中型母本、小型母本聚为一类;康贝尔鸭和金定鸭聚为一类;莆田黑鸭与山麻鸭聚为一类。     

江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析

选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。     

我国地方鸡种保种群分子遗传多样性的检测

对国家家禽品种资源基因库中保存的10个地方鸡品种保种群进行了微卫星标记遗传多样性检测，计算各群体遗传参数，并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明：30个微卫星标记在10个地方鸡品种保种群的平均杂合度在0．6189-0．6953之间，其中藏鸡最高，为0．6953；北京油鸡最低，为0．6189；平均多态信息含量均大于0.5，表现为高度多态性；10个鸡品种聚为4类：萧山鸡、茶花鸡、仙居鸡、白耳鸡聚为一类，丝毛乌骨鸡、北京油鸡、大骨鸡、固始鸡聚为一类，狼山鸡和藏鸡分别单独聚为一类。通过对我国地方鸡品种保种群的分子遗传多样性的检测，可以达到监测保种效果的目的。     

微卫星荧光标记分析坝上长尾鸡与3个地方品种鸡遗传多样性

为评估坝上长尾鸡保种群的遗传结构和其他地方品种鸡的遗传关系,本研究利用20个微卫星DNA标记,采用微卫星荧光标记与毛细管电泳相结合的方法,检测了4个地方鸡品种共120个个体的遗传多样性。结果表明:20个微卫星位点中有19个微卫星位点均为高度多态,120个个体中共检测到253个等位基因,单个位点的等位基因数从4(MCW0103)~27(LEI0094)不等,平均为12.65。所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.697 5和0.673 6;所有群体均显示较高的期望杂合度,坝上长尾鸡最高,为0.747 2,太行鸡相对比较低,为0.698 0,平均遗传分化系数为0.098,群体内的近交系数为20.4%,杂合子缺失的水平不高;群体的Nei′s遗传距离从0.059 7(广西麻鸡-太行鸡)~0.689 0(北京油鸡-太行鸡)不等。UPGMA系统发生树中,广西麻鸡和太行鸡聚为一类,然后又于坝上长尾鸡聚在一起。北京油鸡独自聚为一类。UPGMA系统发育树结果与这些鸡品种的外貌形态相吻合。     

重庆地方鸡微卫星遗传多样性研究

为了研究重庆地方鸡品种的遗传多样性,试验采用将微卫星标记与荧光标记引物测序相结合的技术进行基因分型,计算各群体在每个位点上的等位基因频率,以及各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:在12个微卫星位点中共检测到88个等位基因,Ne在3.158 5～8.480 6之间,位点平均杂合度在0.416 7～0.875 0之间,品种平均杂合度在0.587 3～0.722 5之间,平均杂合度最高的是南川鸡,最低的是城口山地鸡;3个鸡品种在12个微卫星位点上的基因频率存在明显差异,H为0.659 9,PIC为0.741 2;聚类分析显示,南川鸡和大宁河鸡聚为一类,城口山地鸡独自聚为一类。     

四川地方乌骨鸡种群遗传变异的微卫星DNA分析

利用10个微卫星标记，对四川不同地区5个乌骨鸡种群的等位基因频率、各群体的遗传杂合度、群体间的遗传距离等进行了分析，并根据遗传距离对这几个乌骨鸡种群进行了聚类分析。结果表明，各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富，并具有较高的选择潜力。各乌骨鸡种群间有一定的遗传距离，UPGMA聚类分析表明，四川山地乌骨鸡黑羽系与川南山地乌骨鸡被聚为一类，草科鸡与旧院黑鸡被聚为一类。     

利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了贵州省5个地方鸡品种:竹乡鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、高脚鸡、乌蒙乌骨鸡的遗传多样性。计算了各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:在5个品种中,杂合度最低的是高脚鸡,为0.501,杂合度最高的是竹乡鸡,为0.673,因此贵州各地方鸡品种的杂合度相差较大,据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性;用UPGMA法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:竹乡鸡、黔东南小香鸡和威宁鸡聚为一类,乌蒙乌骨鸡自聚为一类;高脚鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

四川白鹅微卫星遗传多样性研究

为了解四川白鹅的遗传多样性,揭示其群体内遗传结构,采用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,选用15个微卫星标记对分布在重庆地区的四川白鹅的基因型进行检测。结果表明:微卫星标记CKW 12、CKW 21和TTUCG5 3个位点共检测到10个等位基因;平均遗传杂合度为0.643 0,平均多态信息含量为0.580 5,呈高度多态。这3个标记均可用于四川白鹅的遗传多样性评估和分子辅助选择标记。     

阿塔峡鸡与湖北地方鸡遗传关系的微卫星标记分析

为分析阿塔峡鸡的遗传结构及其与7个湖北地方鸡的群体遗传关系,利用20个微卫星标记分析了上述8个群体的有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)及群体间的遗传距离,并进行了聚类分析。结果显示:所检测的20个微卫星位点中LEI0192的等位基因最多(24个),位点MCW0078和ADL210等位基因数最少(10个);检测的8个群体中阿塔峡鸡的期望杂合度和多态信息含量最低(分别为0.6333和0.6178),江汉鸡的最高(分别为0.8475和0.8192);景阳鸡与江汉鸡的遗传距离最远,而阿塔峡鸡与景阳鸡的遗传距离最近;聚类结果显示江汉鸡和双莲鸡聚为一类,郧阳大鸡和洪山鸡聚为一类,然后这4个群体再聚为一大类,随后再与麻城绿壳蛋鸡、荆门黑羽绿壳蛋鸡、阿塔峡鸡依次聚为一类,最后与景阳鸡聚为一类,该结果与这8个群体的外貌特征及品种形成历史基本一致。综上,阿塔峡鸡与景阳鸡的亲缘关系最近,与江汉鸡的亲缘关系最远。     

12个中国地方鸡种群体遗传结构及遗传多样性分析

利用29对微卫星引物对我国的12个地方鸡种进行群体遗传结构及遗传多样性评估，结果表明：每个座位的等位基因数从2到23不等，所有的12个群体均显示较高水平的杂合度，固始鸡最低，为0．4532，大骨鸡最高，为0．6271。鸡种间存在较大的遗传分化，16．7％的遗传变异源于品种间的差异。基于Reynolds’遗传距离的邻近（NJ）聚类图显示，12个群体可以分为2个主要的类群：重体型的鸡种首先聚在一起，然后轻体型鸡种加入。structure程序同时也被用于评价鸡种间的遗传关系，结果与NJ聚类法相似，重体型的鸡种首先与轻体型鸡种分成两类。     

固始鸡不同品系及部分外来鸡种遗传多样性的微卫星分析

利用10个微卫星标记,对固始鸡5个系和4个非固始鸡品系共9个群体的等位基因频率、遗传杂合度、群体间的遗传距离等进行了分析,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明:星红褐鸡与绿壳蛋鸡被聚为一类,固始鸡慢羽系与快羽系被聚为一类,固始鸡被聚为一大类,罗曼鸡自成一类,艾维茵鸡也自成一类。     

利用微卫星DNA标记分析巴布亚新几内亚三个地方鸡群体的遗传多样性及亲缘关系

为了解巴布亚新几内亚地方鸡群体的遗传多样性和亲缘关系,本研究利用20个微卫星DNA遗传标记,对3个群体、96个个体的基因型进行了测定,估算了群体内的杂合度和近交系数(FIS)以及群体间的遗传分化系数(FST)等多样性参数;根据Nei氏标准遗传距离,构建群体水平的NJ树和个体水平上的无根UPGMA树。结果表明,3个群体内的平均期望(基因)杂合度介于0.665 9至0.680 6,平均FIS介于0.020至0.286,总群体水平上的遗传变异仅占5.5%;3个群体相互之间的遗传分化均达到显著水平,在个体水平的无根UPGMA树上,来源同一群体的个体会优先聚为一类。这说明巴布亚新几内亚的3个地方鸡群体的遗传多样性比较丰富,群体间的遗传分化显著,应该分别加以保护和利用。     

遗传距离聚类法和模型聚类法在地方鸡种群体遗传结构分析中的比较

利用16个微卫星标记,计算品种间DA遗传距离和基因流（Nm）,并基于DA遗传距离运用NJ算法和基于Structure程序构建2类聚类图,比较分析10个地方鸡品种群体间的遗传结构和亲缘关系。结果表明：基于DA遗传距离运用NJ算法构建的聚类图将10个地方鸡品种总体上分为2大类：轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）;在轻体型的类别中,茶花鸡和藏鸡、仙居鸡和固始鸡聚为一类;在重体型的类别中,鹿苑鸡和萧山鸡聚为一类,狼山鸡、大骨鸡和北京油鸡则表现为独立分支,聚类结果与品种问基因流动相一致。Structure程序在预先未标识个体品种来源的条件下,准确推断出10个地方鸡种群体所属类别,构建的聚类图与遗传距离聚类结果基本一致。Structure程序还根据个体基因组分数,指出了10个地方鸡种群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布,这是遗传距离聚类法所不能揭示的。     

布拖黑绵羊微卫星标记遗传多样性研究

本文旨在研究布拖黑绵羊群体的遗传特性,选择了位于绵羊染色体上的30个微卫星标记,统计等位基因、多态信息含量、杂合度等,分析布拖黑绵羊群体的遗传多样性。结果表明,布拖黑绵羊群体30个微卫星标记具有4~13个等位基因,平均为7.27个等位基因;30个微卫星标记的观察杂合度为0.3269~0.8846,平均为0.6269;期望杂合度为0.3620~0.8865,平均为0.6769;多态信息含量为0.3338~0.8660,平均为0.6257,显示布拖黑绵羊群体具有丰富的遗传多样性。     

华中地区家鸭种质资源的遗传结构研究

利用28个微卫星标记对华中地区6个家鸭资源（淮南麻鸭、攸县麻鸭、临武鸭、荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭）的遗传结构进行了评估。结果表明：6个群体的平均杂合度都较高,最低的为攸县麻鸭（0．5512）,最高的为荆江麻鸭（0．6035）,群体平均杂合度为0．5801,反映了各鸭种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;华中地区各鸭种间存在较大的遗传分化,22．5％的遗传变异来源于群体间的差异,进一步反映了各品种具有本品种特性的多样性;通过计算DA遗传距离发现各品种间的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将华中地区家鸭资源聚为3类,湖北省的荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭聚为一类;湖南省的攸县麻鸭和临武鸭聚为一类;河南省的淮南麻鸭独聚为一类。本研究结果为华中地区家鸭品种种质特性研究提供了基础,也为中国家鸭资源的合理保护和开发利用提供了科学依据。     

浦东鸡遗传多样性和进化的微卫星分子标记分析

利用15个微卫星DNA分子标记对浦东鸡及其它6个鸡品种的群体遗传多样性和进化关系进行了检测分析。结果表明,在15个微卫星位点上群体平均观测杂合度为0.5957,期望杂合度为0.6025,多态信息含量为0.5757;7个品种鸡群的遗传距离差异程度较大(0.1872～0.6003)。其中,浦东鸡同其它6个群体间存在显著的遗传差异。试验结果在一定程度上反映了浦东鸡独特的遗传组成和品种形成过程,而且所选择的15个微卫星DNA分子标记能够有效地分析鸡群的遗传基础。