南疆地区四个家鸡群体微卫星标记的遗传多样性研究

利用20个微卫星标记对新疆南疆和静县、拜城县、阿合奇县和塔什库尔干县家鸡的203个样本进行检测分析,结果表明,除MCW0248位点(PIC=0.487)外,其它19个位点均为高多态性位点(多态信息含量PIC=0.575-0.920)。四个家鸡群体均显示出较高的多态性水平(观测杂合度Ho=0.455-0.833;期望杂合度He=0.542-0.927),塔什库尔干鸡群体的多态性水平最低。群体间分析表明群体间总体遗传差异不显著,其中拜城县家鸡和阿合奇家鸡群体间遗传差异最小,塔什库尔干鸡与其它三个家鸡群(拜城县家鸡、阿合奇家鸡、和静黑家鸡)之间的遗传距离均大于拜城县家鸡、阿合奇家鸡和静黑家鸡两两之间的遗传距离。Nei氏遗传距离表明拜城油鸡和阿合奇鸡的遗传距离最近,塔什库尔干鸡与其他群体的遗传距离都较远。基于Nei氏遗传距离的UPGMA系统聚类树显示,塔什库尔干鸡聚为一个单独的分支,与其它三个家鸡构成的分支成姐妹群关系,拜城县家鸡和阿合奇家鸡聚在一起,两者之间具有紧密的亲缘关系。塔什库尔干是位于帕米尔高原的一个县,推测由于地理环境与外界相对隔绝,此地的鸡品种与外界的基因交流较少,遗传多样性低,与其它的家鸡品种之间的遗传距离较远,逐渐演变为一个较为独立的品种。     

新疆地方家禽遗传资源保护与利用方案探讨

1 资源概况与评价 新疆现有经过农业部公告的地方家禽遗传资源5个:吐鲁番斗鸡、和田黑鸡、拜城油鸡、新疆鹅、塔里木鸽,其中:吐鲁番斗鸡是我国五大斗鸡之一,新疆鹅是我国唯一由灰雁进化而来的鹅种[1],塔里木鸽是我国鸽种中唯一被确定起源亚种(原鸽的新疆亚种)的鸽种[1],拜城油鸡是我国不多的油鸡之一,和田黑鸡肉质鲜美、对生态环境的适应性很强.这些遗传资源因其种质特异性,在我国家禽资源中有很重要的地位.     

新疆土鸡的外貌特征、经济生产性能和选育改良状况

我国西部地方鸡的品种资源丰富。新疆土鸡主要包括两个品种―吐鲁番斗鸡和拜城油鸡,它们的遗传特性、外貌特性和生产性能明显。吐鲁番斗鸡的发展历史很长。它最早起源于吐鲁番地区,该地区气候炎热干燥,水源充足,适宜饲养畜禽。由     

安集延鸡mtDNA D-loop遗传多样性及系统进化研究

本研究通过分析mtDNA,对安集延鸡的母系遗传多样性和母系来源进行调查。随机采集了29个安集延鸡DNA样品,测定了D-loop区1231bp序列。结果显示,共检测到30个多态位点和10个单倍体型,在859bp位置发现一个插入/缺失变异,此变异在安集延鸡中的分布频率为51.72%;单倍体型多样度和核苷酸多样度适中,分别为0.776和0.00614;Tajima′D检验和Fuli′D检验值分别为-0.0041和-0.0192;遗传距离与红色原鸡最近,为0.007;Network结构图显示安集延鸡群体分为五大世系,可划分到家鸡世系的A、B、C、D和E分支中;世系D所占比例最高为45%,据以往报道,D型世系中分布的大部分为红色原鸡和斗鸡,结果表明安集延鸡母系大部分来源于红色原鸡和斗鸡,并且也掺入一些家鸡母系,为多母系构成的群体。     

中国斗鸡mtDNA遗传多样性及起源研究

本研究旨在探究中国斗鸡的遗传多样性和起源.运用DNA测序的方法测定了河南斗鸡、鲁西斗鸡、吐鲁番斗鸡、西双版纳斗鸡和漳州斗鸡5个斗鸡品种40个个体的mtDNA细胞色素b(Cytb)的部分碱基序列(535 bp).结果表明,这5个斗鸡品种共有6种单倍型;单倍型多样度为0.428 57～0.785 71;核苷酸多样度为0.000 80～0.006 54;漳州斗鸡与其它斗鸡的遗传距离均较远;基于单倍型构建的系统发生树分析表明中国斗鸡母系起源于多个红色原鸡亚种.结论,漳州斗鸡的遗传多样性最丰富,而西双版纳斗鸡和吐鲁番斗鸡最贫乏;中国斗鸡母系起源于多个红色原鸡亚种.     

江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析

选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。     

两种分子标记对我国斗鸡遗传多样性的联合分析比较

为了准确评价我国斗鸡遗传多样性,以我国重要的5个斗鸡品种为研究素材,应用SSR标记和mtDNA细胞色素b基因标记联合分析5个斗鸡品种的遗传多样性并作相应的比较。微卫星标记分析结果显示:西双版纳斗鸡群体杂合度最高,为0.662;河南斗鸡群体杂合度较低,为0.532。说明河南斗鸡基因型趋于一致。线粒体DNA细胞色素b基因分析结果:5个斗鸡品种共有6种单倍型,单倍型多样度为0.42857~0.78571;核苷酸多样度为0.00081~0.00659。研究表明,微卫星标记比较适合斗鸡群体遗传多样性分析,评价结果更符合品种的历史形成和实际状态。     

微卫星荧光标记分析坝上长尾鸡与3个地方品种鸡遗传多样性

为评估坝上长尾鸡保种群的遗传结构和其他地方品种鸡的遗传关系,本研究利用20个微卫星DNA标记,采用微卫星荧光标记与毛细管电泳相结合的方法,检测了4个地方鸡品种共120个个体的遗传多样性。结果表明:20个微卫星位点中有19个微卫星位点均为高度多态,120个个体中共检测到253个等位基因,单个位点的等位基因数从4(MCW0103)~27(LEI0094)不等,平均为12.65。所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.697 5和0.673 6;所有群体均显示较高的期望杂合度,坝上长尾鸡最高,为0.747 2,太行鸡相对比较低,为0.698 0,平均遗传分化系数为0.098,群体内的近交系数为20.4%,杂合子缺失的水平不高;群体的Nei′s遗传距离从0.059 7(广西麻鸡-太行鸡)~0.689 0(北京油鸡-太行鸡)不等。UPGMA系统发生树中,广西麻鸡和太行鸡聚为一类,然后又于坝上长尾鸡聚在一起。北京油鸡独自聚为一类。UPGMA系统发育树结果与这些鸡品种的外貌形态相吻合。     

拜城油鸡与良凤花鸡杂交后体尺测定及分析

为了培育出适合在新疆地区饲养的优质土鸡品种,试验采用拜城油鸡公鸡与良凤花鸡母鸡(麻羽)进行杂交,得到杂交一代(油麻鸡F1代),选取油麻鸡F1代青脚母鸡与拜城油鸡公鸡回交得到杂交二代(油麻鸡F2代),再选用性状突出的油麻鸡F2代母鸡与F2代高脚公鸡本交得到杂交三代A(油麻鸡F3 A)型,用油麻鸡F2代母鸡与良凤花公鸡杂交得到杂交三代B(油麻鸡F3 B)型,分别测定油麻鸡F3 A型和B型的体尺性状并进行比较。结果表明:油麻鸡F3 A型和B型具有特殊体型外貌、抗病力强、耐粗饲、饲料转化率较高的特点。说明油麻鸡F3 A型和B型总体性状优于拜城油鸡和良凤花鸡,适合在新疆和田等地区推广。     

我国优质鸡种——吐鲁番鸡保护与利用

吐鲁番鸡是中国斗鸡的重要品种之一,它以体大、健壮、善斗著称,在当地被誉为“吐鲁番斗鸡”,抗病力强,综合利用价值高。吐鲁番鸡是珍稀的品种资源,是培育新品种难得的遗传材料。十几年来,由于许多当地群众片面追求短期效益,盲目引进外来品种如越南斗鸡、泰国斗鸡、河南斗鸡等与吐鲁番鸡杂交,致使吐鲁番鸡混杂退化,纯种吐鲁番鸡存栏数量明显下降。因此,实施吐鲁番鸡品种资源保护及开发利用,将资源优势转变为产业优势显得尤其重要。     

新疆地方斗鸡遗传多样性的微卫星分析

本试验利用8个微卫星座位分析了新疆3个地方（吐鲁番、喀什和伊犁）斗鸡群体的等位基因频率、多态信息含量、基因杂合度和有效等位基因数等群体遗传变异参数。结果表明,3个地方斗鸡的8个微卫星座位共检测到77个等位基因,多态信息含量（除伊犁斗鸡ADL0298位点外）均大于0.5,表现高度多态信息,群体间平均遗传距离为0.2866。因此,所选取的微卫星位点可用于新疆3个地方斗鸡的群体遗传多样性分析。     

新昌宫廷黄鸡遗传多样性及遗传结构分析

为研究新昌宫廷黄鸡的遗传多样性及遗传结构,本实验利用STR分型技术对新昌宫廷黄鸡在26个微卫星位点上的遗传多样性进行检测,并分析其与仙居鸡、萧山鸡、龙游麻鸡、丝羽乌骨鸡和白耳黄鸡的遗传距离。结果显示:新昌宫廷黄鸡平均有效等位基因数为4.03个,多态信息含量变幅为0.41～0.85,平均为0.67,观察杂合度平均为0.60,期望杂合度平均为0.72,Shannon信息指数平均为1.50,表明宫廷黄鸡26个遗传位点具有高度多态性,即该群体具有较高的遗传多样性;基于遗传距离NJ系统进化树将6个不同群体聚为两大簇,其中白耳黄鸡单独成一簇,其他5个品种聚为一簇,与宫廷黄鸡遗传距离从小到大依次为丝羽乌骨鸡、龙游麻鸡、萧山鸡、仙居鸡、白耳黄鸡,基于FCA分析结果与遗传距离NJ系统进化树结果一致。     

利用微卫星标记分析不同保种场的保种效果

分别采用23对微卫星引物分析了我国两个地方品种北京油鸡和北京鸭在不同保种场的保种效果。检测了北京油鸡和北京鸭共计240个个体的基因型,通过计算等位基因数量、遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、F统计量和Nei氏遗传距离分析了北京油鸡和北京鸭群体内与群体间的变异,比较了两个品种不同保种场的保种效果。在所检测的4个群体中,各群体均有较高的多态性,其杂合度均超过了0.5,除微卫星座位APL82(北京鸭Ⅱ)为纯合位点外,各位点等位基因数量为2~16个。结果表明,4个保种场均较好地保存了这些品种的遗传多样性,但同一品种保种场间保种群体已经发生了分化。     

山东地方鸡种遗传距离与聚类分析方法比较研究

选用5个多态性较好的微卫星标记，检测了山东省仅存的5个地方鸡种：寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡，以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率，并以基因频率为基础计算了Nei氏标准遗传距离(Ds)和DA遗传距离，发现日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近，而鲁西斗鸡与其他6个鸡种距离都较远。根据两种遗传距离分别进行了NJ法和UPGMA法聚类，得到4个聚类图。结果表明：DA遗传距离的UPGMA聚类图比较可靠。     

新疆3个地方品种驴微卫星遗传分析

研究利用8个微卫星标记检测新疆3个地方驴品种的遗传多样性。计算了各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和群体间遗传距离。结果表明:8个微卫星基因座在3个地方驴群体中均表现高度多态,3个地方驴群体的平均多态信息含量PIC(0.7568),遗传杂合度h(0.7841)都高于国内其他品种驴,说明新疆地方驴遗传多样性丰富,群体遗传变异程度较高,育种潜力大。聚类分析表明和田驴先与喀什驴聚为一类然后与吐鲁番驴聚类,与史料及地理分布一致。     

华东27个地方鸡品种(品系)的遗传变异

应用30个微卫星标记对华东27个地方鸡品种（品系）进行了遗传多样性分析，计算了多态信息含量、平均杂合度和遗传距离等遗传参数，并用类平均法进行了聚类分析。结果表明：平均杂合度最高的是河田鸡，为0．6870，最低的是狼山鸡，为0．6170；27个地方鸡品种（品系）的杂合度都较高，反映了这些品种的多种多型；各品种的平均遗传距离反映了各品种分化时间的长短；UPGMA的聚类分析将27个品种（品系）聚为10类：丝绒乌骨鸡、济宁百日鸡、河田鸡、安义瓦灰鸡、仙居鸡、江山乌骨鸡、溧阳鸡、金湖乌风鸡、灵昆鸡、余干乌骨鸡、康乐鸡、萧山鸡、琅讶鸡、淮北麻鸡、淮南三黄鸡为第1类，白耳鸡为第2类，浦东鸡为第3类，崇仁麻鸡与丝羽乌骨鸡为第4类，狼山鸡与寿光鸡为第5类，鹿苑鸡、东乡绿壳蛋鸡、汶上芦花鸡各独自聚为第6、7、8类，鲁西斗鸡与宁都三黄鸡聚为第9类，漳州斗鸡独自聚为第10类。通过微卫星标记对华东27个地方鸡品种（品系）遗传变异的分析说明这些地方品种的遗传多样性极其丰富，各具特色，应促进资源优势向经济优势转化。     

利用微卫星标记分析5种地方家禽品种遗传多样性

为了分析沂蒙地区饲养的家禽品种资源分类进化、种群遗传结构,试验对14个微卫星位点进行分析,检测琅琊鸡、济宁百日鸡、清远麻鸡、莱芜黑鸡及沂蒙草鸡的遗传多样性。结果表明:沂蒙草鸡的平均观察杂合度和多态信息含量(PIC)最高,分别为0.546,0.504,平均等位基因数为5.23;而琅琊鸡的平均观察杂合度和PIC最低,分别为0.434,0.311,平均等位基因数为3.45。各微卫星位点等位基因数在不同品系中差异不显著,品种间遗传距离范围为0.122～0.589,差异程度较大。沂蒙草鸡和琅琊鸡遗传距离最近,为0.122;清远麻鸡与其他品种鸡的遗传距离均较远,为0.442～0.589。相关分析结果表明,沂蒙草鸡与其他4个品种鸡呈现中度差异。     

基于RAD-seq技术分析北京油鸡的遗传进化

为分析地方鸡种北京油鸡保种群的遗传多样性和遗传进化机制,本研究对北京油鸡和其他20个不同品种鸡进行简化基因组测序,鉴定其SNP标记,计算遗传统计量,分析北京油鸡的遗传结构和遗传多样性,筛选受到强烈选择的前200个基因并进行功能注释分析。结果显示:北京油鸡保种群体共鉴定出295 849个SNP标记,核苷酸多样度为0.205 9、保种群体的平均观察杂合度为0.200 4、近交系数为0.026 5,在21个品种中近交水平最低;连锁不平衡分析表明北京油鸡群体各等位基因不存在连锁不平衡现象;利用MEGA模型进行聚类分析,结果表明北京油鸡形成一个独立的分支,这与北京油鸡的历史背景相符;通过GO和KEGG对前200个受到强烈选择的基因进行功能注释分析,发现这些差异基因主要富集在细胞形态发生分化、分泌系统、脉管系统、心血管系统、蛋白质磷酸化等信号通路。本研究从分子水平对北京油鸡的种质特性进行了评价,为北京油鸡的品种保护及开发利用提供了分子理论依据。     

利用微卫星标记对地方鸡种群体遗传结构的聚类分析

利用29个微卫星标记,通过计算亚群体杂合度（Hs）、总群体杂合度（Ht）、遗传分化系数（Gst）和基因流（Nm）,并基于Reynolds遗传距离、Nei遗传距离运用NJ和UPGMA聚类法构建4类聚类图,比较分析国家地方禽种遗传资源基因库保存的7个地方鸡品种（仙居鸡、鹿苑鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、萧山鸡）间的遗传分化和亲缘关系。结果表明,7个地方鸡种29个微卫星座位的总群体杂合度、亚群体杂合度的平均值为0.642,0.551;平均遗传分化系数为0.142。7个地方鸡品种间,萧山鸡与鹿苑鸡的基因流动最大,为5.832 7;狼山鸡与固始鸡的基因流动最小,为0.805 3;基于Reyonalds遗传距离运用NJ聚类法获得的7个鸡种间的亲缘关系聚类图较为准确地反映了7个地方鸡种间的遗传分化和亲缘关系。     

“吐鲁番斗鸡”饲养管理技术

吐鲁番斗鸡是中国四大斗鸡品种之一,于2006年列入《国家畜禽遗传资源保护名录》,2009年列入《新疆维吾尔自治区畜禽遗传资源保护名录》,地方畜禽遗传资源一级保护品种。随着特色特种养殖业的发展,特养技术、生产管理水平需要相应的完善与提高。希望通过这些技术指